Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C16M35MD
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C16M35MD
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 82 focal events and 14 clinical features across 462 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • del_13q12.11 cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

  • del_22q13.32 cnv correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 82 focal events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
del 13q12 11 262 (57%) 200 0.422
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.000139
(0.159) 		0.984
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.464
(1.00)
del 22q13 32 223 (48%) 239 0.74
(1.00) 		7.54e-05
(0.0865) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.0118
(1.00) 		0.0746
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.722
(1.00)
amp 1p34 3 127 (27%) 335 0.79
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.0732
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0785
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1p22 3 125 (27%) 337 0.168
(1.00) 		0.000978
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.685
(1.00)
amp 1q21 3 332 (72%) 130 0.899
(1.00) 		0.0413
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 3q26 2 153 (33%) 309 0.583
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0214
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.218
(1.00)
amp 4q12 90 (19%) 372 0.517
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.132
(1.00)
amp 5p15 33 302 (65%) 160 0.588
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.838
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5p13 1 278 (60%) 184 0.741
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.259
(1.00)
amp 5q35 1 109 (24%) 353 0.984
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.0785
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.81
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00)
amp 6p21 1 175 (38%) 287 0.093
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.449
(1.00)
amp 7p21 1 256 (55%) 206 0.793
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.00244
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.472
(1.00)
amp 7p11 2 250 (54%) 212 0.615
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.00078
(0.892) 		0.352
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7q31 2 199 (43%) 263 0.554
(1.00) 		0.00166
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.0511
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.139
(1.00)
amp 8p11 23 125 (27%) 337 0.932
(1.00) 		0.0173
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.0594
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.385
(1.00)
amp 8p11 21 161 (35%) 301 0.66
(1.00) 		0.0446
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.00326
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.0515
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.693
(1.00)
amp 8q11 1 212 (46%) 250 0.219
(1.00) 		0.00336
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.0248
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00)
amp 8q24 21 294 (64%) 168 0.0244
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.0493
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.00686
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.71
(1.00)
amp 10p15 1 130 (28%) 332 0.115
(1.00) 		0.08
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.0006
(0.687) 		0.58
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.376
(1.00)
amp 11q13 3 158 (34%) 304 0.666
(1.00) 		0.00137
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.695
(1.00)
amp 12p12 1 164 (35%) 298 0.366
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00)
amp 12q14 1 152 (33%) 310 0.841
(1.00) 		0.0561
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.443
(1.00)
amp 12q15 155 (34%) 307 0.516
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.681
(1.00)
amp 13q33 3 76 (16%) 386 0.725
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.0916
(1.00)
amp 14q13 3 206 (45%) 256 0.121
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.00554
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.0617
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.46
(1.00)
amp 16p11 2 148 (32%) 314 0.708
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00)
amp 17q12 209 (45%) 253 0.247
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.00978
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.413
(1.00) 		1
(1.00)
amp 17q23 1 227 (49%) 235 0.919
(1.00) 		0.0651
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0348
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.266
(1.00)
amp 18q11 2 95 (21%) 367 1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
amp 19q12 128 (28%) 334 0.436
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.0518
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.916
(1.00) 		1
(1.00)
amp 20p11 21 179 (39%) 283 0.0737
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.0904
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.709
(1.00)
amp 20q13 33 223 (48%) 239 0.962
(1.00) 		0.0767
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.722
(1.00)
amp 22q11 22 84 (18%) 378 0.498
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.967
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq28 141 (31%) 321 0.213
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.679
(1.00)
del 1p36 13 107 (23%) 355 0.427
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0781
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0275
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00)
del 1p13 1 137 (30%) 325 0.987
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.678
(1.00)
del 2q22 1 44 (10%) 418 0.261
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.353
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0942
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.492
(1.00)
del 2q37 3 61 (13%) 401 0.0649
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.0914
(1.00) 		1
(1.00)
del 3p26 3 209 (45%) 253 0.385
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		0.0398
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.709
(1.00)
del 3p21 31 222 (48%) 240 0.527
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.00273
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00)
del 3q11 1 130 (28%) 332 0.36
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.678
(1.00)
del 3q29 126 (27%) 336 0.48
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.678
(1.00)
del 4p16 3 117 (25%) 345 0.33
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.021
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.685
(1.00)
del 4q22 1 142 (31%) 320 0.843
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.0583
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00)
del 4q35 1 169 (37%) 293 0.429
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.105
(1.00)
del 5q11 2 166 (36%) 296 0.167
(1.00) 		0.0153
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.0162
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.00896
(1.00)
del 5q31 1 192 (42%) 270 0.031
(1.00) 		0.00369
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.124
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00816
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.124
(1.00)
del 6q12 166 (36%) 296 0.946
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.00806
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0473
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.25
(1.00)
del 6q22 31 231 (50%) 231 0.42
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0656
(1.00)
del 6q26 233 (50%) 229 0.364
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.121
(1.00)
del 8p23 2 227 (49%) 235 0.27
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.449
(1.00)
del 8p12 202 (44%) 260 0.856
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0748
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.247
(1.00)
del 8p11 21 105 (23%) 357 0.702
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.00536
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.685
(1.00)
del 8q11 21 59 (13%) 403 0.939
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.0921
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.588
(1.00)
del 9p23 253 (55%) 209 0.295
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00)
del 9p21 3 261 (56%) 201 0.838
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00)
del 9q21 11 233 (50%) 229 0.704
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0732
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00)
del 10p15 3 114 (25%) 348 0.109
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.00164
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.388
(1.00)
del 10q26 3 137 (30%) 325 0.695
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.413
(1.00)
del 11p15 5 129 (28%) 333 0.936
(1.00) 		0.00664
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.438
(1.00)
del 11q23 2 108 (23%) 354 0.633
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00)
del 11q25 103 (22%) 359 0.937
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.0136
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.275
(1.00) 		1
(1.00)
del 12p13 2 125 (27%) 337 0.368
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.00447
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00)
del 12q12 89 (19%) 373 0.469
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.0947
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.66
(1.00)
del 12q24 33 116 (25%) 346 0.881
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.68
(1.00)
del 13q12 13 261 (56%) 201 0.35
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.0407
(1.00) 		0.00413
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.467
(1.00)
del 13q14 2 251 (54%) 211 0.998
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00)
del 13q34 213 (46%) 249 0.551
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		1
(1.00)
del 14q32 33 137 (30%) 325 0.832
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.00189
(1.00) 		0.681
(1.00)
del 15q11 2 237 (51%) 225 0.743
(1.00) 		0.00144
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.722
(1.00)
del 16q23 1 155 (34%) 307 0.139
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.047
(1.00)
del 17p13 3 248 (54%) 214 0.316
(1.00) 		0.0359
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.00907
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.451
(1.00)
del 17p11 2 205 (44%) 257 0.487
(1.00) 		0.0504
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.132
(1.00)
del 18q21 32 228 (49%) 234 0.425
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0433
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		0.087
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0515
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.275
(1.00)
del 18q23 224 (48%) 238 0.404
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.0313
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.27
(1.00)
del 19p13 3 250 (54%) 212 0.444
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.00879
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.456
(1.00)
del 19p13 2 245 (53%) 217 0.618
(1.00) 		0.0662
(1.00) 		0.0328
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.00864
(1.00) 		0.000273
(0.313) 		0.218
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.45
(1.00)
del 19q13 33 176 (38%) 286 0.0686
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0721
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00)
del 20p13 120 (26%) 342 0.25
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.0927
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.681
(1.00)
del 20q13 12 79 (17%) 383 0.925
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.00689
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00) 		0.309
(1.00)
del 21q11 2 158 (34%) 304 0.384
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		1
(1.00)
del xp22 2 126 (27%) 336 0.385
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.681
(1.00)
'del_13q12.11' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 0.000139 (Wilcoxon-test), Q value = 0.16

Table S1.  Gene #64: 'del_13q12.11' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 317 42.2 (27.2)
DEL PEAK 32(13Q12.11) MUTATED 171 47.2 (28.4)
DEL PEAK 32(13Q12.11) WILD-TYPE 146 36.3 (24.6)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #64: 'del_13q12.11' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

'del_22q13.32' versus 'AGE'

P value = 7.54e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.087

Table S2.  Gene #81: 'del_22q13.32' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 431 65.6 (9.7)
DEL PEAK 49(22Q13.32) MUTATED 211 63.7 (9.7)
DEL PEAK 49(22Q13.32) WILD-TYPE 220 67.4 (9.4)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #81: 'del_22q13.32' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 462

  • Number of significantly focal cnvs = 82

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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