Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Lung Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C11N7ZWT
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C11N7ZWT
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 14 clinical features across 420 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • 21q loss cnv correlated to 'GENDER'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
21q loss 222 (53%) 198 0.306
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.000215
(0.241) 		0.681
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.285
(1.00)
1p gain 80 (19%) 340 0.653
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.00519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 177 (42%) 243 0.694
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.00072
(0.805) 		0.0508
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.73
(1.00)
2p gain 183 (44%) 237 0.634
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.00941
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.0071
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.0802
(1.00)
2q gain 119 (28%) 301 0.49
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.0817
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.00533
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.442
(1.00)
3p gain 92 (22%) 328 0.188
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00)
3q gain 267 (64%) 153 0.706
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.00139
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00)
4p gain 28 (7%) 392 0.0658
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 19 (5%) 401 0.00982
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 268 (64%) 152 0.395
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.00918
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.141
(1.00)
5q gain 82 (20%) 338 0.06
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.766
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00)
6p gain 91 (22%) 329 0.948
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.204
(1.00) 		1
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00)
6q gain 76 (18%) 344 0.485
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.201
(1.00)
7p gain 204 (49%) 216 0.331
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.0258
(1.00) 		0.00055
(0.615) 		0.31
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.0281
(1.00) 		0.291
(1.00)
7q gain 190 (45%) 230 0.62
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.473
(1.00)
8p gain 107 (25%) 313 0.0754
(1.00) 		0.0398
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.0175
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.418
(1.00)
8q gain 215 (51%) 205 0.737
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.00826
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.723
(1.00)
9p gain 47 (11%) 373 0.842
(1.00) 		0.088
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.346
(1.00) 		1
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.224
(1.00)
9q gain 78 (19%) 342 0.438
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.00978
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.64
(1.00)
10p gain 63 (15%) 357 0.887
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0937
(1.00) 		0.796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 36 (9%) 384 0.335
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.581
(1.00)
11p gain 63 (15%) 357 0.516
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 78 (19%) 342 0.74
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.0936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.494
(1.00) 		1
(1.00)
12p gain 193 (46%) 227 0.184
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.00344
(1.00) 		0.0344
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
12q gain 131 (31%) 289 0.175
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.00252
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.893
(1.00) 		1
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.719
(1.00)
13q gain 33 (8%) 387 0.259
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.026
(1.00) 		1
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0797
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0198
(1.00) 		1
(1.00)
14q gain 106 (25%) 314 0.0454
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.0601
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.0173
(1.00)
15q gain 92 (22%) 328 0.98
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.685
(1.00)
16p gain 72 (17%) 348 0.666
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.271
(1.00) 		1
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.835
(1.00) 		1
(1.00)
16q gain 73 (17%) 347 0.636
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.128
(1.00) 		1
(1.00)
17p gain 56 (13%) 364 0.806
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.352
(1.00)
17q gain 134 (32%) 286 0.636
(1.00) 		0.0593
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0017
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.258
(1.00)
18p gain 133 (32%) 287 0.569
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.00204
(1.00) 		1
(1.00)
18q gain 99 (24%) 321 0.956
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.029
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00)
19p gain 97 (23%) 323 0.181
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00)
19q gain 136 (32%) 284 0.0803
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.055
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.706
(1.00)
20p gain 216 (51%) 204 0.41
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0256
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.0675
(1.00)
20q gain 206 (49%) 214 0.179
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.282
(1.00)
21q gain 48 (11%) 372 0.806
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.0541
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.603
(1.00)
22q gain 191 (45%) 229 0.345
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0536
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.735
(1.00)
xq gain 67 (16%) 353 0.814
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.36
(1.00)
1p loss 123 (29%) 297 0.464
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.0404
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0437
(1.00)
1q loss 48 (11%) 372 0.547
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.0495
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.236
(1.00)
2p loss 16 (4%) 404 0.187
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.0408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.303
(1.00)
2q loss 31 (7%) 389 0.977
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.0531
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.916
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00)
3p loss 259 (62%) 161 0.369
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.477
(1.00)
3q loss 61 (15%) 359 0.755
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 261 (62%) 159 0.386
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 244 (58%) 176 0.363
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0828
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.732
(1.00)
5p loss 63 (15%) 357 0.121
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.101
(1.00)
5q loss 243 (58%) 177 0.0306
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.205
(1.00) 		1
(1.00)
6p loss 95 (23%) 325 0.906
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.643
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 98 (23%) 322 0.782
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.394
(1.00)
7p loss 50 (12%) 370 0.0277
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0258
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 45 (11%) 375 0.16
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.968
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 206 (49%) 214 0.122
(1.00) 		0.00237
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.98
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00)
8q loss 38 (9%) 382 0.641
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.538
(1.00)
9p loss 265 (63%) 155 0.764
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.478
(1.00)
9q loss 203 (48%) 217 0.673
(1.00) 		0.00474
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.0825
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0665
(1.00)
10p loss 179 (43%) 241 0.66
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.726
(1.00)
10q loss 188 (45%) 232 0.952
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.73
(1.00)
11p loss 147 (35%) 273 0.797
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0903
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.078
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.717
(1.00)
11q loss 121 (29%) 299 0.982
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00)
12p loss 33 (8%) 387 0.366
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00)
12q loss 40 (10%) 380 0.999
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		1
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 253 (60%) 167 0.411
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.00799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.0757
(1.00) 		0.0226
(1.00)
14q loss 141 (34%) 279 0.344
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.077
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.267
(1.00)
15q loss 111 (26%) 309 0.492
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00)
16p loss 130 (31%) 290 0.185
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00)
16q loss 148 (35%) 272 0.309
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.0607
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.721
(1.00)
17p loss 241 (57%) 179 0.63
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0445
(1.00) 		0.975
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.00689
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00)
17q loss 79 (19%) 341 0.896
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.0283
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.682
(1.00)
18p loss 112 (27%) 308 0.771
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.441
(1.00)
18q loss 148 (35%) 272 0.694
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.065
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.482
(1.00)
19p loss 137 (33%) 283 0.37
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00)
19q loss 90 (21%) 330 0.509
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 37 (9%) 383 0.898
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00)
20q loss 41 (10%) 379 0.233
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.538
(1.00)
22q loss 77 (18%) 343 0.554
(1.00) 		0.00652
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.00782
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.632
(1.00)
xq loss 87 (21%) 333 0.621
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.361
(1.00)
'21q loss' versus 'GENDER'

P value = 0.000215 (Fisher's exact test), Q value = 0.24

Table S1.  Gene #78: '21q loss' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 107 313
21Q LOSS MUTATED 40 182
21Q LOSS WILD-TYPE 67 131

Figure S1.  Get High-res Image Gene #78: '21q loss' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUSC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 420

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2014 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
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