Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 88 (18%) 402 0.086879 1 0.088459 1 0.32563 1 0.43691 1 0.48937 1 0.91453 1 0.72653 1 0.47641 1 0.79449 1 0.74816 1 1 1 0.11183 1 1q gain 199 (41%) 291 0.68139 1 0.54811 1 0.00022 0.186 6.9999e-05 0.0609 0.55658 1 0.56115 1 0.0066799 1 0.00015 0.128 0.02019 1 0.00068999 0.561 0.063979 1 0.00166 1 2p gain 218 (44%) 272 0.077599 1 0.02153 1 9.9999e-06 0.0096 2e-05 0.0179 0.41853 1 0.75781 1 9.9999e-06 0.0096 2e-05 0.0179 0.00103 0.818 0.01073 1 0.00056999 0.469 0.0114 1 2q gain 136 (28%) 354 0.34403 1 0.29855 1 7.9999e-05 0.0694 0.03079 1 0.45185 1 0.65148 1 0.00077999 0.63 0.03438 1 0.10101 1 0.26235 1 0.0051899 1 0.23718 1 3p gain 107 (22%) 383 0.97833 1 0.8273 1 0.15335 1 0.0393 1 0.84629 1 0.45733 1 0.36006 1 0.23073 1 0.77935 1 0.47329 1 0.6869 1 0.52776 1 3q gain 307 (63%) 183 0.59646 1 0.73682 1 0.00244 1 0.3167 1 1 1 0.14086 1 0.25163 1 0.36336 1 0.10929 1 0.02406 1 0.9887 1 0.24149 1 4p gain 30 (6%) 460 0.32431 1 0.10207 1 4e-05 0.0353 0.15276 1 0.27424 1 0.11493 1 0.01009 1 0.01832 1 0.25468 1 0.1318 1 0.21404 1 0.10681 1 4q gain 22 (4%) 468 0.58514 1 0.46198 1 0.0059599 1 0.10945 1 0.67748 1 0.13718 1 0.49132 1 0.75059 1 0.7487 1 0.22298 1 0.43558 1 0.12252 1 5p gain 304 (62%) 186 0.74869 1 0.61958 1 0.00080999 0.652 0.80099 1 0.36992 1 0.24014 1 0.33036 1 0.62399 1 0.93714 1 0.0042 1 0.34518 1 0.11468 1 5q gain 93 (19%) 397 0.11766 1 0.21755 1 0.03219 1 0.18597 1 0.47748 1 0.11678 1 0.30104 1 0.095129 1 0.0397 1 0.04959 1 0.16945 1 0.20603 1 6p gain 106 (22%) 384 0.054089 1 0.17917 1 0.00159 1 0.94322 1 0.93532 1 0.19293 1 0.00431 1 0.0080299 1 0.74728 1 0.079369 1 0.73022 1 0.67338 1 6q gain 91 (19%) 399 0.068159 1 0.12042 1 0.00074999 0.607 0.51833 1 0.94926 1 0.95746 1 0.02069 1 0.01776 1 0.64382 1 0.13625 1 0.96699 1 0.25235 1 7p gain 234 (48%) 256 0.03683 1 0.0064399 1 4e-05 0.0353 0.00013 0.111 0.66457 1 0.46206 1 6.9999e-05 0.0609 9.9999e-06 0.0096 0.00475 1 0.00071999 0.584 0.00333 1 3e-05 0.0266 7q gain 214 (44%) 276 0.00109 0.862 0.00016 0.136 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.96619 1 0.15623 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.00092999 0.743 4e-05 0.0353 0.00466 1 9.9999e-06 0.0096 8p gain 123 (25%) 367 0.59824 1 0.49169 1 0.22512 1 0.1018 1 0.56585 1 0.94184 1 0.072889 1 0.0244 1 0.50524 1 0.21769 1 1 1 0.83767 1 8q gain 247 (50%) 243 0.04864 1 0.03691 1 0.04184 1 0.0075099 1 0.21846 1 0.78496 1 0.0060799 1 0.0064699 1 0.02691 1 0.02463 1 0.22373 1 0.91428 1 9p gain 60 (12%) 430 0.086899 1 0.02099 1 0.00012 0.103 8.9999e-05 0.0779 0.17751 1 0.04816 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.084649 1 0.02692 1 0.0072499 1 0.01573 1 9q gain 91 (19%) 399 0.01481 1 0.00178 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.059079 1 0.02844 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 4e-05 0.0353 0.00057999 0.477 0.00115 0.908 0.00022 0.186 10p gain 76 (16%) 414 0.32487 1 0.70063 1 0.068639 1 0.16055 1 0.065529 1 0.085629 1 0.085839 1 0.2988 1 0.02658 1 0.00357 1 0.51104 1 0.1091 1 10q gain 43 (9%) 447 0.11111 1 0.14241 1 0.082819 1 0.5706 1 0.02702 1 0.20808 1 0.13409 1 0.03485 1 0.28152 1 0.27429 1 0.59081 1 0.45946 1 11p gain 72 (15%) 418 0.67626 1 0.47833 1 0.04209 1 0.23052 1 0.34121 1 0.0084599 1 0.65037 1 0.82619 1 0.01056 1 0.56812 1 0.12049 1 0.9287 1 11q gain 89 (18%) 401 0.01784 1 0.21246 1 0.00063999 0.524 0.43152 1 0.39595 1 0.051069 1 0.25263 1 0.17331 1 0.057099 1 0.43233 1 0.14591 1 0.92509 1 12p gain 224 (46%) 266 0.0185 1 0.03365 1 9.9999e-06 0.0096 0.00142 1 0.21831 1 0.80346 1 3e-05 0.0266 0.02223 1 0.02383 1 0.04035 1 0.071989 1 0.10064 1 12q gain 151 (31%) 339 0.02402 1 0.30879 1 9.9999e-06 0.0096 0.00206 1 0.53641 1 0.61452 1 0.0043 1 0.00074999 0.607 0.28438 1 0.01085 1 4e-04 0.332 8.9999e-05 0.0779 13q gain 39 (8%) 451 0.70263 1 0.66228 1 0.454 1 0.8778 1 0.41384 1 0.66427 1 0.74393 1 1 1 0.23148 1 0.42436 1 0.40882 1 0.13338 1 14q gain 124 (25%) 366 0.14244 1 0.02325 1 0.23106 1 0.11554 1 0.25145 1 0.33077 1 0.11337 1 0.02762 1 0.0025 1 0.02097 1 0.20954 1 0.00185 1 15q gain 104 (21%) 386 0.83766 1 0.42857 1 0.00187 1 0.00175 1 0.22312 1 0.65963 1 0.00080999 0.652 0.00116 0.915 0.01226 1 0.0065099 1 0.0255 1 0.10236 1 16p gain 86 (18%) 404 0.35278 1 0.55558 1 0.04197 1 0.50301 1 0.61086 1 0.7815 1 0.38341 1 0.69937 1 0.04909 1 0.46833 1 0.00178 1 0.12666 1 16q gain 85 (17%) 405 0.91716 1 0.93654 1 0.01826 1 0.33104 1 0.69133 1 0.43714 1 0.093309 1 0.41021 1 0.14842 1 0.70036 1 0.093529 1 0.10342 1 17p gain 65 (13%) 425 0.00371 1 0.10341 1 9.9999e-06 0.0096 0.00085999 0.69 0.83971 1 0.13807 1 0.00021 0.178 0.00023 0.194 0.01924 1 0.00132 1 0.00376 1 0.02666 1 17q gain 156 (32%) 334 0.00096999 0.772 0.00046 0.381 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.23596 1 0.92051 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 5e-05 0.0439 0.00082999 0.666 9.9999e-06 0.0096 0.00031 0.259 18p gain 147 (30%) 343 0.0076899 1 0.00136 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.48813 1 0.71376 1 0.00050999 0.422 0.00067999 0.554 0.00206 1 0.067649 1 0.00235 1 0.04696 1 18q gain 105 (21%) 385 0.0085299 1 0.0076199 1 9.9999e-06 0.0096 0.0018 1 0.40465 1 0.25215 1 0.00015 0.128 0.00356 1 0.04894 1 0.0091699 1 0.084009 1 0.060259 1 19p gain 109 (22%) 381 0.03518 1 0.081059 1 9.9999e-06 0.0096 0.00025 0.21 0.01862 1 0.082679 1 0.00034 0.283 0.00214 1 0.02195 1 0.00398 1 0.03793 1 0.00019 0.161 19q gain 155 (32%) 335 0.11448 1 0.17807 1 0.00012 0.103 0.0099099 1 0.22956 1 0.1198 1 0.02517 1 0.34308 1 0.59499 1 0.51606 1 0.076559 1 0.099489 1 20p gain 254 (52%) 236 0.01908 1 0.0215 1 9.9999e-06 0.0096 0.00054999 0.453 0.88777 1 0.31336 1 0.093589 1 0.078249 1 0.065419 1 0.8042 1 0.40436 1 0.72946 1 20q gain 243 (50%) 247 0.67489 1 0.31376 1 0.00012 0.103 0.14894 1 0.47339 1 0.59094 1 0.35083 1 0.19594 1 0.059629 1 0.04367 1 0.45789 1 0.63627 1 21q gain 56 (11%) 434 0.89394 1 0.81735 1 0.76422 1 0.061459 1 0.37786 1 1 1 0.41431 1 0.98279 1 0.21454 1 0.5425 1 0.30509 1 0.1782 1 22q gain 218 (44%) 272 0.0072599 1 0.02876 1 0.00482 1 0.03894 1 0.96537 1 0.068239 1 0.00174 1 0.00021 0.178 0.073729 1 0.085949 1 0.087889 1 0.24621 1 xq gain 77 (16%) 413 0.36585 1 0.12419 1 5.9999e-05 0.0525 0.0052699 1 0.67722 1 0.62121 1 0.00465 1 0.0421 1 0.00151 1 0.28861 1 0.02096 1 0.088329 1 1p loss 147 (30%) 343 9.9999e-06 0.0096 3e-05 0.0266 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.88403 1 0.17272 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.00014 0.12 9.9999e-06 0.0096 0.01045 1 0.00022 0.186 1q loss 57 (12%) 433 0.55355 1 0.66981 1 0.00050999 0.422 0.084599 1 1 1 0.67852 1 0.01859 1 0.01121 1 0.29739 1 0.27616 1 0.67476 1 0.25195 1 2p loss 21 (4%) 469 0.046 1 0.31505 1 0.03344 1 0.15295 1 0.14132 1 0.10093 1 0.49109 1 0.14382 1 0.00359 1 0.82627 1 0.02646 1 0.02357 1 2q loss 41 (8%) 449 0.49618 1 0.7178 1 0.10226 1 0.35542 1 0.88154 1 0.14323 1 0.1013 1 0.01855 1 0.00037 0.307 0.64702 1 0.0077099 1 0.03271 1 3p loss 303 (62%) 187 0.61163 1 0.13294 1 0.12823 1 0.00093999 0.75 0.94728 1 0.16057 1 0.29114 1 0.30528 1 0.079809 1 0.24569 1 0.052869 1 0.03169 1 3q loss 71 (14%) 419 0.94198 1 0.96073 1 0.48468 1 0.66301 1 0.49877 1 0.51744 1 0.8761 1 0.87067 1 0.93345 1 0.77859 1 0.050769 1 0.46407 1 4p loss 307 (63%) 183 0.00066999 0.547 3e-05 0.0266 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.21147 1 0.37759 1 2e-05 0.0179 2e-05 0.0179 0.00014 0.12 0.34515 1 0.00011 0.0949 6.9999e-05 0.0609 4q loss 290 (59%) 200 0.00107 0.847 0.00098999 0.787 9.9999e-06 0.0096 5.9999e-05 0.0525 0.25101 1 0.49708 1 2e-05 0.0179 5.9999e-05 0.0525 0.0071899 1 0.056049 1 0.0081999 1 0.01022 1 5p loss 76 (16%) 414 0.65579 1 0.71421 1 0.064569 1 0.00165 1 0.46847 1 0.0146 1 0.26309 1 0.1939 1 0.18359 1 0.95334 1 0.34814 1 0.069979 1 5q loss 284 (58%) 206 0.16798 1 0.056219 1 0.00124 0.972 0.0066699 1 0.10633 1 0.097439 1 0.0091699 1 0.00162 1 0.0091499 1 0.15483 1 0.15413 1 0.21542 1 6p loss 109 (22%) 381 0.03538 1 0.01392 1 0.00025 0.21 0.00012 0.103 0.15074 1 0.14864 1 2e-05 0.0179 9.9999e-06 0.0096 0.29517 1 0.095809 1 0.0050099 1 0.29359 1 6q loss 109 (22%) 381 0.0052299 1 0.00103 0.818 0.00127 0.994 0.00086999 0.697 0.56883 1 0.3132 1 0.00093999 0.75 0.0012 0.944 0.12156 1 0.30935 1 0.14343 1 0.59021 1 7p loss 58 (12%) 432 0.56525 1 1 1 0.00077999 0.63 0.27552 1 0.68687 1 0.087809 1 0.30373 1 0.022 1 0.42086 1 0.0078199 1 0.83873 1 0.9524 1 7q loss 51 (10%) 439 0.15927 1 0.064929 1 0.02977 1 0.21578 1 0.91445 1 0.03113 1 5.9999e-05 0.0525 9.9999e-06 0.0096 0.052699 1 0.10088 1 0.82935 1 0.1411 1 8p loss 237 (48%) 253 0.90971 1 0.93782 1 0.071159 1 0.00197 1 0.13401 1 0.55925 1 0.20294 1 0.0081699 1 0.04136 1 0.95254 1 0.3754 1 0.0062199 1 8q loss 49 (10%) 441 0.34765 1 0.35854 1 0.27046 1 0.00301 1 0.0405 1 0.94385 1 0.14294 1 0.00079999 0.645 0.43894 1 0.093589 1 0.81825 1 0.55078 1 9p loss 304 (62%) 186 0.0075099 1 0.00123 0.966 5e-05 0.0439 0.0184 1 0.20679 1 0.075959 1 9.9999e-06 0.0096 2e-05 0.0179 0.051469 1 0.00089999 0.72 0.16045 1 0.090689 1 9q loss 239 (49%) 251 3e-05 0.0266 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.17325 1 0.01471 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.00063999 0.524 9.9999e-06 0.0096 10p loss 210 (43%) 280 0.20422 1 0.21782 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.48391 1 0.18392 1 9.9999e-06 0.0096 2e-05 0.0179 0.00011 0.0949 9.9999e-06 0.0096 0.00069999 0.568 0.00253 1 10q loss 223 (46%) 267 0.00116 0.915 0.00024 0.202 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.095619 1 0.077779 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.00015 0.128 9.9999e-06 0.0096 0.00063999 0.524 0.0059499 1 11p loss 168 (34%) 322 0.25231 1 0.25189 1 0.00297 1 0.00336 1 0.13276 1 0.00273 1 0.15575 1 0.39371 1 0.38469 1 0.78326 1 0.11057 1 0.062769 1 11q loss 139 (28%) 351 0.98713 1 0.7596 1 0.0024 1 0.00148 1 0.53961 1 0.86616 1 0.18212 1 0.67138 1 0.01857 1 0.54026 1 0.21923 1 0.41135 1 12p loss 38 (8%) 452 0.02365 1 0.0050399 1 0.31338 1 0.88067 1 0.099199 1 0.88506 1 0.9488 1 0.057989 1 0.13274 1 0.1782 1 0.58652 1 0.17134 1 12q loss 48 (10%) 442 0.36754 1 0.1412 1 0.98053 1 0.67494 1 0.02829 1 0.7521 1 0.73852 1 0.54269 1 0.18138 1 0.01747 1 0.5585 1 0.64969 1 13q loss 305 (62%) 185 0.61833 1 0.70846 1 0.01681 1 0.054359 1 0.70336 1 0.36972 1 0.4017 1 0.37488 1 0.31067 1 0.02642 1 0.00169 1 0.01727 1 14q loss 165 (34%) 325 5e-05 0.0439 0.00029 0.243 0.060519 1 0.11327 1 0.054549 1 0.15296 1 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 9.9999e-06 0.0096 0.01017 1 9.9999e-06 0.0096 15q loss 137 (28%) 353 0.721 1 0.74434 1 0.24654 1 0.051359 1 0.32614 1 0.002 1 0.057229 1 0.14086 1 0.04852 1 0.03109 1 0.01136 1 0.0148 1 16p loss 155 (32%) 335 0.91652 1 0.75931 1 0.00122 0.959 0.11785 1 0.1195 1 0.27295 1 0.45559 1 0.27853 1 0.090049 1 0.77619 1 0.092629 1 0.19637 1 16q loss 177 (36%) 313 0.7757 1 0.12768 1 0.0053199 1 0.16101 1 0.1327 1 0.85167 1 0.063389 1 0.11417 1 0.01189 1 0.17816 1 0.00378 1 0.0060599 1 17p loss 285 (58%) 205 0.0051699 1 0.17053 1 0.00154 1 0.0112 1 0.43515 1 0.0062099 1 3e-04 0.251 0.0058699 1 0.02823 1 0.00066999 0.547 0.70892 1 0.093989 1 17q loss 90 (18%) 400 0.00463 1 0.0052999 1 0.00061999 0.508 0.00011 0.0949 0.31977 1 0.76225 1 8.9999e-05 0.0779 2e-05 0.0179 0.17571 1 0.0094399 1 0.052079 1 0.15632 1 18p loss 139 (28%) 351 0.85845 1 0.656 1 0.01953 1 0.087369 1 0.62432 1 0.91875 1 0.17823 1 0.04348 1 0.3895 1 0.03004 1 0.0082899 1 0.76722 1 18q loss 182 (37%) 308 0.17819 1 0.25001 1 0.080169 1 0.32435 1 0.64834 1 0.29985 1 0.38984 1 0.17942 1 0.20426 1 0.13827 1 0.061309 1 0.40004 1 19p loss 164 (33%) 326 0.052729 1 0.060739 1 3e-05 0.0266 0.57941 1 0.8589 1 0.26498 1 0.11859 1 0.01723 1 0.03216 1 5e-04 0.414 0.7602 1 0.24022 1 19q loss 110 (22%) 380 0.6172 1 0.50872 1 0.0095899 1 0.04588 1 0.34137 1 0.69221 1 0.7211 1 0.91604 1 0.28007 1 0.63616 1 0.6076 1 0.41694 1 20p loss 41 (8%) 449 0.14363 1 0.13929 1 0.00242 1 0.0074399 1 0.11257 1 0.14224 1 0.16574 1 0.1934 1 0.04867 1 0.73994 1 0.20138 1 0.01841 1 20q loss 46 (9%) 444 0.055299 1 0.075799 1 0.0060399 1 0.054509 1 0.26565 1 0.29471 1 0.00024 0.202 0.00057999 0.477 0.12668 1 0.5181 1 0.18056 1 0.27672 1 21q loss 260 (53%) 230 0.90028 1 0.32092 1 9.9999e-06 0.0096 0.03662 1 0.52605 1 0.44976 1 0.065189 1 0.26834 1 0.00186 1 0.01044 1 0.18909 1 0.093249 1 22q loss 95 (19%) 395 0.0088099 1 0.10045 1 0.10628 1 0.03845 1 0.25342 1 0.056889 1 0.00026 0.218 9.9999e-06 0.0096 0.29965 1 0.080299 1 0.6931 1 0.14531 1 xq loss 110 (22%) 380 0.20179 1 0.55745 1 0.00033 0.275 0.00052999 0.437 0.77234 1 0.82357 1 0.02063 1 0.86847 1 3e-04 0.251 0.31466 1 5.9999e-05 0.0525 0.03207 1