Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q21.2	253 (52%)	237	0.03928	1	0.10195	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.18007	1	0.073219	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00152	1	2e-05	0.0171	0.01393	1	9.9999e-06	0.0096
amp_2p16.1	271 (55%)	219	0.00121	0.865	0.00024	0.187	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.94909	1	0.67084	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0171	0.0016	1	0.00167	1	0.00255	1
amp_2q31.2	168 (34%)	322	0.01883	1	0.02215	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.72584	1	0.63786	1	9.9999e-06	0.0096	0.00012	0.0966	0.01489	1	0.37448	1	0.00022	0.172	0.0197	1
amp_3p11.1	96 (20%)	394	0.10443	1	0.23827	1	0.57894	1	0.84239	1	0.326	1	0.00044	0.33	0.21554	1	0.57409	1	0.13909	1	0.80359	1	0.75175	1	0.11776	1
amp_3q26.33	442 (90%)	48	0.00039	0.295	5e-04	0.373	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.26519	1	0.03331	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00406	1	9.9999e-06	0.0096
amp_4q12	114 (23%)	376	0.87891	1	0.88132	1	0.00027	0.209	0.068849	1	0.29139	1	0.13695	1	0.083179	1	0.79968	1	0.00227	1	0.24279	1	0.04656	1	0.41941	1
amp_5p15.33	378 (77%)	112	0.85078	1	0.8002	1	9.9999e-06	0.0096	0.03284	1	0.4055	1	0.37207	1	0.54693	1	0.26895	1	0.64614	1	0.00101	0.731	0.35004	1	0.15326	1
amp_5p12	346 (71%)	144	0.95944	1	0.75848	1	9.9999e-06	0.0096	0.01076	1	0.21651	1	0.93389	1	0.30279	1	0.86839	1	0.94751	1	0.03663	1	0.68334	1	0.53932	1
amp_6p12.1	162 (33%)	328	0.654	1	0.49649	1	2e-05	0.0171	0.051609	1	0.92671	1	0.54429	1	0.00179	1	0.01645	1	0.55427	1	0.10586	1	0.02293	1	0.13907	1
amp_6q12	147 (30%)	343	0.82971	1	0.81977	1	0.00028	0.216	0.0011	0.791	0.49825	1	0.60398	1	0.0014	0.986	0.00152	1	0.27893	1	0.02179	1	0.24995	1	0.063549	1
amp_7p11.2	249 (51%)	241	0.11508	1	0.03055	1	9.9999e-06	0.0096	0.00209	1	0.70154	1	0.59909	1	0.0019	1	0.00013	0.104	0.03661	1	0.01881	1	0.01117	1	0.00406	1
amp_7q21.2	258 (53%)	232	0.10056	1	0.01572	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.075859	1	0.55519	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00089999	0.657	0.0065199	1	0.0045	1	0.00026	0.202
amp_8p11.23	232 (47%)	258	0.01369	1	0.093039	1	0.00059999	0.446	0.01943	1	0.19305	1	0.25002	1	0.03797	1	0.19951	1	0.70138	1	0.18332	1	0.77501	1	0.26877	1
amp_8q24.21	342 (70%)	148	0.91989	1	0.77885	1	0.0062299	1	0.33833	1	0.82578	1	0.56978	1	0.83137	1	0.98425	1	0.51078	1	0.28057	1	0.34716	1	0.62484	1
amp_9p13.3	134 (27%)	356	0.12424	1	0.71963	1	0.00264	1	0.00225	1	0.071129	1	0.00288	1	0.00053999	0.402	0.00063999	0.474	0.03222	1	0.13901	1	0.099669	1	0.053469	1
amp_11q13.3	181 (37%)	309	0.04777	1	0.03412	1	9.9999e-06	0.0096	0.00026	0.202	0.25962	1	0.33904	1	0.01456	1	0.062129	1	0.00174	1	0.080419	1	0.02504	1	0.0070999	1
amp_12p13.33	249 (51%)	241	0.0077799	1	0.02126	1	9.9999e-06	0.0096	0.00087999	0.644	0.35155	1	0.63555	1	9.9999e-06	0.0096	0.0094199	1	0.02633	1	0.0079099	1	0.20413	1	0.050649	1
amp_12q15	178 (36%)	312	0.13224	1	0.34583	1	9.9999e-05	0.0809	0.01493	1	0.76633	1	0.43568	1	0.01098	1	0.00108	0.779	0.64493	1	0.16461	1	0.083399	1	0.03835	1
amp_13q34	88 (18%)	402	0.98104	1	0.83302	1	0.35203	1	0.71479	1	0.87002	1	0.21402	1	0.84243	1	0.19865	1	0.38179	1	0.04482	1	0.63958	1	0.17161	1
amp_14q13.3	154 (31%)	336	0.31498	1	0.03639	1	0.1469	1	0.13778	1	0.70317	1	0.098029	1	0.15564	1	0.03588	1	0.0088599	1	0.10621	1	0.291	1	0.00203	1
amp_15q26.3	176 (36%)	314	0.36308	1	0.050129	1	2e-05	0.0171	5e-04	0.373	0.46155	1	0.02811	1	2e-05	0.0171	0.00032	0.244	0.0087499	1	0.0052399	1	0.0076099	1	0.077619	1
amp_17q25.1	233 (48%)	257	0.0080799	1	0.13727	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.4024	1	0.52085	1	2e-05	0.0171	3e-05	0.0251	0.00023	0.18	0.00416	1	2e-05	0.0171	0.00444	1
amp_18p11.32	175 (36%)	315	0.0419	1	0.00404	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.50229	1	0.97908	1	0.03126	1	0.01916	1	0.00223	1	0.04184	1	0.0055299	1	0.16443	1
amp_18q11.2	148 (30%)	342	0.00049	0.367	0.01545	1	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0171	0.25404	1	0.74827	1	9.9999e-06	0.0096	0.00021	0.165	0.00087999	0.644	0.0032	1	0.00019	0.15	0.01559	1
amp_19q12	218 (44%)	272	0.36922	1	0.64865	1	9.9999e-06	0.0096	0.00168	1	0.2331	1	0.35662	1	0.0021	1	0.00204	1	0.1409	1	0.62979	1	0.02252	1	0.075189	1
amp_19q13.2	229 (47%)	261	0.33924	1	0.25728	1	9.9999e-06	0.0096	0.00294	1	0.3695	1	0.48839	1	0.00248	1	0.00298	1	0.34347	1	0.43288	1	0.061629	1	0.52972	1
amp_20p12.2	273 (56%)	217	0.00103	0.744	0.00228	1	9.9999e-06	0.0096	0.00026	0.202	0.90224	1	0.32912	1	0.00359	1	0.00443	1	0.0096699	1	0.29716	1	0.03884	1	0.52721	1
amp_20q11.21	298 (61%)	192	0.81047	1	0.505	1	9.9999e-06	0.0096	0.0053699	1	0.78268	1	0.73645	1	0.57488	1	0.96329	1	0.12546	1	0.41814	1	0.050779	1	0.53135	1
amp_22q11.21	253 (52%)	237	0.11288	1	0.16096	1	7.9999e-05	0.0652	0.00121	0.865	0.85871	1	0.61588	1	0.00014	0.112	0.00015	0.119	0.04169	1	0.03953	1	0.0050099	1	0.0405	1
amp_xq28	122 (25%)	368	0.88703	1	0.87127	1	0.02012	1	0.04884	1	0.03576	1	0.076279	1	0.086899	1	0.0311	1	0.0060399	1	0.19414	1	0.079659	1	0.12135	1
del_1p36.32	213 (43%)	277	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.37095	1	0.0079399	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00218	1	9.9999e-06	0.0096
del_1p13.1	212 (43%)	278	0.00021	0.165	8.9999e-05	0.073	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.04053	1	0.21647	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.0095799	1	6.9999e-05	0.0572
del_2p25.3	50 (10%)	440	0.11976	1	0.45474	1	0.1351	1	0.39355	1	0.25971	1	0.36619	1	0.44688	1	0.54085	1	0.02149	1	0.40551	1	0.068299	1	0.27579	1
del_2q22.1	124 (25%)	366	0.31972	1	0.33581	1	9.9999e-06	0.0096	0.00027	0.209	0.38331	1	0.42425	1	0.00218	1	0.0229	1	0.00013	0.104	0.04075	1	0.00024	0.187	0.0070499	1
del_2q37.1	155 (32%)	335	0.00297	1	0.00072999	0.539	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.38766	1	0.18784	1	9.9999e-06	0.0096	0.00013	0.104	2e-05	0.0171	0.50365	1	3e-05	0.0251	5e-05	0.0413
del_3p25.3	389 (79%)	101	0.38767	1	0.19971	1	0.0090599	1	0.00082999	0.609	0.88161	1	0.22695	1	0.0089399	1	0.0089799	1	0.00069999	0.517	0.00381	1	0.10154	1	0.00015	0.119
del_3p13	424 (87%)	66	0.24993	1	0.35559	1	9.9999e-06	0.0096	0.00032	0.244	0.78384	1	0.00128	0.911	0.00213	1	0.00473	1	3e-05	0.0251	5e-05	0.0413	0.00136	0.96	3e-05	0.0251
del_3p12.3	413 (84%)	77	0.16417	1	0.30084	1	9.9999e-06	0.0096	3e-04	0.23	1	1	0.00274	1	0.00481	1	0.02284	1	0.00036	0.273	0.00154	1	0.01194	1	2e-04	0.158
del_3q11.1	77 (16%)	413	0.7627	1	0.78101	1	0.2095	1	0.94926	1	0.76653	1	0.60469	1	0.70391	1	1	1	0.76617	1	0.47093	1	0.40684	1	0.40602	1
del_4p15.2	307 (63%)	183	0.00013	0.104	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.77585	1	0.063209	1	0.00023	0.18	2e-05	0.0171	0.00168	1	0.68042	1	0.00109	0.785	0.00097999	0.71
del_4q22.1	278 (57%)	212	0.00339	1	0.00455	1	9.9999e-06	0.0096	0.00154	1	0.11758	1	0.51531	1	0.00011	0.0888	0.0054199	1	0.02708	1	0.01829	1	0.10456	1	0.0083299	1
del_4q32.3	322 (66%)	168	0.0065699	1	0.01825	1	9.9999e-06	0.0096	0.00019	0.15	0.068979	1	0.77588	1	3e-05	0.0251	0.00011	0.0888	0.00072999	0.539	0.0079499	1	0.00163	1	3e-04	0.23
del_4q35.2	323 (66%)	167	0.068309	1	0.20608	1	9.9999e-06	0.0096	5.9999e-05	0.0494	0.36037	1	0.86189	1	9.9999e-06	0.0096	3e-04	0.23	0.00317	1	0.00466	1	0.04059	1	0.00145	1
del_5q11.2	360 (73%)	130	0.48684	1	0.43229	1	9.9999e-06	0.0096	4e-05	0.0332	1	1	0.58484	1	0.00148	1	0.00131	0.929	0.02062	1	2e-05	0.0171	0.00147	1	0.00344	1
del_6p25.3	128 (26%)	362	0.31894	1	0.16491	1	2e-05	0.0171	5.9999e-05	0.0494	0.39291	1	0.0087599	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.063649	1	0.00437	1	0.072089	1	0.0069299	1
del_6q22.31	118 (24%)	372	0.03903	1	0.00344	1	4e-05	0.0332	0.00166	1	0.47832	1	0.50744	1	0.00060999	0.453	0.0012	0.859	0.082359	1	0.03514	1	0.075649	1	0.071269	1
del_6q26	130 (27%)	360	0.04219	1	0.00445	1	4e-05	0.0332	0.00015	0.119	0.92105	1	0.657	1	4e-04	0.302	5e-05	0.0413	0.03198	1	0.0193	1	0.02703	1	0.02621	1
del_7q11.22	47 (10%)	443	0.80157	1	0.70085	1	0.00038	0.288	0.79062	1	0.84753	1	0.31982	1	0.00163	1	0.00060999	0.453	0.6483	1	0.25289	1	0.7488	1	0.081649	1
del_7q36.3	103 (21%)	387	0.16863	1	0.04989	1	0.00137	0.966	0.2932	1	0.9755	1	0.10157	1	3e-04	0.23	0.0080199	1	0.35032	1	0.14289	1	0.062329	1	0.04963	1
del_8p23.2	335 (68%)	155	0.58892	1	0.7074	1	3e-05	0.0251	0.01298	1	0.24037	1	0.36095	1	0.11023	1	0.04141	1	0.14153	1	0.073629	1	0.42551	1	0.00093999	0.683
del_9p23	323 (66%)	167	0.01031	1	0.00186	1	9.9999e-06	0.0096	0.02008	1	0.19313	1	0.16788	1	7.9999e-05	0.0652	0.00028	0.216	0.0013	0.923	0.00091999	0.671	0.01076	1	0.02335	1
del_9p21.3	378 (77%)	112	0.19503	1	0.25952	1	9.9999e-06	0.0096	0.29243	1	0.81157	1	0.59539	1	0.00076999	0.566	0.00347	1	0.16617	1	0.10563	1	0.04201	1	0.04071	1
del_9q21.11	248 (51%)	242	0.00012	0.0966	3e-05	0.0251	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.559	1	0.1428	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	7.9999e-05	0.0652	9.9999e-06	0.0096	0.00191	1	0.00033	0.251
del_10p15.3	222 (45%)	268	0.32052	1	0.55702	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.17639	1	0.23612	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00469	1	0.00133	0.94
del_10p15.1	210 (43%)	280	0.13397	1	0.46831	1	2e-05	0.0171	9.9999e-06	0.0096	0.20983	1	0.22363	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.04221	1	0.00361	1
del_10q23.31	259 (53%)	231	0.00309	1	0.00112	0.804	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.14911	1	0.24672	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.00021	0.165	5.9999e-05	0.0494	9.9999e-06	0.0096	0.0050499	1
del_11p15.5	239 (49%)	251	0.00027	0.209	0.01186	1	9.9999e-06	0.0096	0.00474	1	0.00039	0.295	0.00032	0.244	0.0097199	1	0.1203	1	0.0401	1	0.39062	1	0.00179	1	0.00403	1
del_11q22.1	158 (32%)	332	0.56261	1	0.25425	1	0.00021	0.165	0.00042	0.316	0.14973	1	0.96306	1	0.02341	1	0.12333	1	0.00129	0.917	0.59515	1	0.01772	1	0.10158	1
del_11q25	182 (37%)	308	0.80008	1	0.70144	1	0.00114	0.817	0.04991	1	0.17511	1	0.69201	1	0.01488	1	0.21838	1	0.0098999	1	0.43113	1	0.051239	1	0.27958	1
del_12q24.31	85 (17%)	405	0.91616	1	0.59656	1	0.36576	1	0.25736	1	0.20066	1	0.67662	1	0.72235	1	0.86649	1	0.44965	1	0.22848	1	0.44336	1	0.14088	1
del_13q12.11	326 (67%)	164	0.10232	1	0.5714	1	0.00205	1	0.12088	1	0.90687	1	0.18222	1	0.78251	1	0.61189	1	0.76541	1	0.30837	1	0.04042	1	0.03134	1
del_13q14.2	337 (69%)	153	0.12003	1	0.10063	1	0.00086999	0.638	0.0207	1	0.70697	1	0.73073	1	0.5268	1	0.56964	1	0.17384	1	0.17591	1	0.0054699	1	0.03835	1
del_14q11.2	171 (35%)	319	0.03775	1	0.03433	1	0.57956	1	0.98984	1	0.25971	1	0.16583	1	9.9999e-06	0.0096	0.00050999	0.38	0.0064899	1	0.03278	1	0.45295	1	0.00215	1
del_15q12	169 (34%)	321	0.70656	1	0.48125	1	0.099279	1	0.16397	1	0.04012	1	0.03226	1	0.16603	1	0.13729	1	0.0091299	1	0.59137	1	0.28871	1	0.43846	1
del_15q21.1	162 (33%)	328	0.45704	1	0.76048	1	0.02353	1	0.19911	1	0.088039	1	0.0067699	1	0.20168	1	0.41626	1	0.00324	1	0.12548	1	0.11211	1	0.01621	1
del_16p13.3	181 (37%)	309	0.2544	1	0.44816	1	0.00126	0.898	0.050219	1	0.21141	1	0.25929	1	0.61477	1	0.53483	1	0.01602	1	0.49807	1	0.10472	1	0.26268	1
del_16q23.1	204 (42%)	286	0.92968	1	0.11215	1	0.00464	1	0.21282	1	0.35421	1	0.84877	1	0.061119	1	0.079129	1	0.02506	1	0.42474	1	0.00048	0.36	0.00016	0.127
del_17q11.2	128 (26%)	362	2e-04	0.158	5.9999e-05	0.0494	2e-05	0.0171	3e-05	0.0251	0.38881	1	0.5644	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.17698	1	0.00464	1	0.01622	1	0.11602	1
del_17q25.3	100 (20%)	390	0.00468	1	0.01172	1	0.00183	1	0.0308	1	0.62184	1	0.99449	1	0.00492	1	0.00092999	0.677	0.89809	1	0.055029	1	0.3896	1	0.26908	1
del_18q23	227 (46%)	263	0.59765	1	0.17282	1	0.0161	1	0.21013	1	0.88882	1	0.18985	1	0.90288	1	0.68601	1	0.17965	1	0.74996	1	0.063809	1	0.11217	1
del_19p13.3	229 (47%)	261	0.44536	1	0.2316	1	0.00013	0.104	0.78146	1	0.093579	1	0.16528	1	0.14649	1	0.012	1	0.04782	1	0.00094999	0.69	0.33255	1	0.21221	1
del_19q13.32	143 (29%)	347	0.82662	1	0.59147	1	9.9999e-06	0.0096	2e-05	0.0171	0.16292	1	0.53608	1	0.0060499	1	0.12599	1	0.00458	1	0.60383	1	0.2159	1	0.096209	1
del_21q11.2	241 (49%)	249	0.56192	1	0.55901	1	5.9999e-05	0.0494	0.15006	1	0.983	1	0.72851	1	0.10279	1	0.89621	1	9.9999e-05	0.0809	0.096499	1	0.01531	1	0.069189	1
del_21q22.3	276 (56%)	214	0.77549	1	0.12651	1	9.9999e-06	0.0096	0.04211	1	0.50902	1	0.061719	1	0.15358	1	0.29562	1	7.9999e-05	0.0652	0.01279	1	0.21882	1	0.04501	1
del_22q11.21	92 (19%)	398	0.02905	1	0.097219	1	0.31402	1	0.067109	1	0.13049	1	0.35557	1	0.15206	1	0.00014	0.112	0.41081	1	0.87271	1	0.56217	1	0.43649	1
del_22q13.32	125 (26%)	365	0.00028	0.216	0.01362	1	0.11648	1	0.015	1	0.40121	1	0.2159	1	0.00022	0.172	9.9999e-06	0.0096	0.053609	1	0.00365	1	0.92331	1	0.0087899	1
del_xp22.2	151 (31%)	339	0.71662	1	0.52447	1	6.9999e-05	0.0572	0.00016	0.127	0.43265	1	0.62357	1	0.02075	1	0.03291	1	0.00186	1	0.14684	1	0.00101	0.731	0.089179	1
del_xp21.1	149 (30%)	341	0.45319	1	0.48163	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.27124	1	0.7512	1	4e-04	0.302	0.00043	0.323	2e-05	0.0171	0.04968	1	0.00024	0.187	0.00291	1
del_xp11.3	145 (30%)	345	0.098859	1	0.40143	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.10751	1	0.064069	1	0.00073999	0.545	0.00274	1	2e-05	0.0171	0.052609	1	8.9999e-05	0.073	0.00421	1
del_xq22.3	110 (22%)	380	0.02153	1	0.01005	1	9.9999e-06	0.0096	9.9999e-06	0.0096	0.86724	1	0.89095	1	0.00132	0.935	0.22736	1	5.9999e-05	0.0494	0.40634	1	0.00036	0.273	0.00152	1