Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.3 287 (50%) 282 0.43082 1 0.081539 1 0.12459 1 0.088869 1 9.9999e-06 0.00884 0.11203 1 0.38619 1 0.55858 1 0.18585 1 0.086869 1 0.1656 1 0.066429 1 0.41315 1 amp_1q21.3 361 (63%) 208 0.26843 1 0.16175 1 0.64172 1 0.39687 1 9.9999e-06 0.00884 0.076579 1 0.070899 1 0.66018 1 0.37151 1 0.84436 1 0.0058399 1 0.74361 1 0.35028 1 amp_1q42.2 314 (55%) 255 0.02329 1 0.02695 1 0.88544 1 0.0075099 1 9.9999e-06 0.00884 0.2558 1 0.1238 1 0.50312 1 0.32257 1 0.26686 1 0.00291 1 0.36409 1 0.32666 1 amp_2p23.2 245 (43%) 324 0.33027 1 0.01318 1 0.75801 1 0.17108 1 9.9999e-06 0.00884 0.14348 1 0.2147 1 0.03303 1 0.02032 1 0.91874 1 0.20003 1 0.9391 1 0.62819 1 amp_2q31.2 259 (46%) 310 0.11195 1 0.17257 1 0.03253 1 0.03023 1 9.9999e-06 0.00884 0.04939 1 0.32421 1 0.15187 1 0.27123 1 0.28859 1 0.084809 1 0.081959 1 0.44915 1 amp_3q26.2 476 (84%) 93 0.0090499 1 0.02685 1 0.81683 1 0.27862 1 9.9999e-06 0.00884 0.40685 1 0.27817 1 0.0066399 1 0.01146 1 0.12554 1 0.068019 1 0.47792 1 0.76427 1 amp_4p16.3 157 (28%) 412 1 1 0.32052 1 0.02987 1 0.4793 1 0.00028 0.233 0.27295 1 0.69147 1 0.69121 1 0.98334 1 0.6271 1 0.01934 1 0.7534 1 0.96339 1 amp_4q13.3 110 (19%) 459 0.9517 1 0.42892 1 0.34529 1 0.9872 1 0.00038 0.314 0.55413 1 0.42349 1 0.1247 1 0.478 1 1 1 0.72333 1 0.87569 1 0.83545 1 amp_5p15.33 304 (53%) 265 1 1 0.054309 1 0.6271 1 0.24891 1 9.9999e-06 0.00884 0.9822 1 0.23795 1 0.24413 1 0.38934 1 0.02516 1 0.1456 1 0.10461 1 0.26353 1 amp_6p22.3 300 (53%) 269 0.17332 1 0.03099 1 0.2753 1 0.074499 1 9.9999e-06 0.00884 0.073539 1 0.056039 1 0.86611 1 0.21314 1 0.37786 1 0.61564 1 0.16849 1 0.51428 1 amp_7q36.3 311 (55%) 258 0.10704 1 0.17697 1 0.35845 1 0.98833 1 3e-05 0.0254 0.03183 1 0.20411 1 0.84528 1 0.97085 1 0.21043 1 0.50107 1 0.02368 1 0.44208 1 amp_8p11.21 207 (36%) 362 0.10953 1 0.35408 1 0.10136 1 0.53336 1 4e-05 0.0337 0.01086 1 0.42458 1 0.27624 1 0.17297 1 0.76904 1 0.32487 1 0.6734 1 0.97502 1 amp_8q24.21 451 (79%) 118 9.9999e-06 0.00884 9.9999e-06 0.00884 0.24972 1 0.00232 1 9.9999e-06 0.00884 0.98561 1 0.32665 1 9.9999e-06 0.00884 0.00031 0.257 0.1617 1 0.099819 1 0.063449 1 0.066679 1 amp_10p15.3 246 (43%) 323 0.82444 1 0.10006 1 0.053179 1 0.16772 1 9.9999e-06 0.00884 0.48581 1 0.50411 1 0.24134 1 0.1214 1 0.37584 1 0.066499 1 0.60069 1 0.5811 1 amp_10q22.3 181 (32%) 388 0.47073 1 0.29849 1 0.54211 1 0.9642 1 0.21867 1 0.6557 1 0.84533 1 0.19449 1 0.7654 1 0.26819 1 0.51729 1 0.90655 1 0.41156 1 amp_11q14.1 253 (44%) 316 0.0052999 1 0.004 1 0.77209 1 0.30841 1 9.9999e-06 0.00884 0.38278 1 0.22598 1 0.00434 1 0.02793 1 0.13191 1 0.92165 1 0.21436 1 0.91233 1 amp_12p13.33 323 (57%) 246 0.02361 1 0.00349 1 0.26526 1 0.054579 1 9.9999e-06 0.00884 0.19311 1 0.15695 1 0.01472 1 0.03205 1 0.53512 1 0.0077999 1 0.83303 1 0.81671 1 amp_12p12.1 306 (54%) 263 0.13114 1 0.30837 1 0.90161 1 0.04152 1 9.9999e-06 0.00884 0.61623 1 0.091159 1 0.01265 1 0.30291 1 0.44161 1 0.00475 1 0.73379 1 0.18002 1 amp_14q11.2 146 (26%) 423 0.01657 1 0.058879 1 0.2932 1 0.0068699 1 0.04004 1 0.53612 1 0.46652 1 0.34297 1 0.40808 1 0.30082 1 0.8222 1 0.21667 1 0.2977 1 amp_14q32.33 153 (27%) 416 0.43722 1 0.64904 1 0.19711 1 0.01699 1 0.00028 0.233 1 1 0.2029 1 0.16621 1 0.24195 1 0.37318 1 0.42147 1 0.47633 1 0.56062 1 amp_15q26.3 161 (28%) 408 0.085399 1 0.42179 1 0.50891 1 0.42447 1 9.9999e-06 0.00884 0.97917 1 0.18473 1 0.20479 1 0.54571 1 0.1535 1 0.065999 1 0.16377 1 0.4284 1 amp_17q25.3 212 (37%) 357 0.47034 1 0.057699 1 0.98079 1 0.66646 1 0.00219 1 0.072009 1 0.1306 1 0.01161 1 0.0261 1 0.32331 1 0.12737 1 0.2974 1 0.050649 1 amp_18q11.2 142 (25%) 427 0.82255 1 0.7792 1 0.95297 1 0.22021 1 6.9999e-05 0.0587 0.15647 1 0.41762 1 0.04217 1 0.076889 1 0.14767 1 0.51419 1 0.1713 1 0.277 1 amp_19p13.12 308 (54%) 261 0.00027 0.225 0.00024 0.2 0.03751 1 0.25145 1 9.9999e-06 0.00884 0.00028 0.233 0.00011 0.0922 0.24001 1 0.46116 1 0.58474 1 0.095229 1 0.98466 1 0.28707 1 amp_19q12 319 (56%) 250 0.12462 1 0.0065399 1 0.02832 1 0.51613 1 9.9999e-06 0.00884 0.04764 1 0.21349 1 0.5526 1 0.37563 1 0.34943 1 0.059999 1 0.83026 1 0.10641 1 amp_19q13.2 241 (42%) 328 0.94636 1 0.53993 1 0.66085 1 0.3899 1 9.9999e-06 0.00884 0.4453 1 0.14826 1 0.38064 1 0.087339 1 0.97728 1 0.55091 1 0.71127 1 0.35793 1 amp_20p13 313 (55%) 256 0.4703 1 0.01656 1 0.14157 1 0.03996 1 9.9999e-06 0.00884 0.19808 1 0.41863 1 0.081759 1 0.70245 1 0.18929 1 0.0085199 1 0.66281 1 0.9401 1 amp_20q11.21 340 (60%) 229 0.00283 1 0.0035 1 0.1118 1 0.00286 1 9.9999e-06 0.00884 0.13299 1 0.019 1 0.00037 0.306 0.04799 1 0.28914 1 0.00056999 0.469 0.73572 1 0.86468 1 amp_20q13.33 393 (69%) 176 0.0099599 1 0.00083999 0.689 0.68344 1 0.00142 1 9.9999e-06 0.00884 0.85137 1 0.28238 1 0.0076799 1 0.00468 1 0.47686 1 0.0497 1 0.69076 1 0.65024 1 amp_22q12.2 89 (16%) 480 0.6239 1 0.15521 1 0.071729 1 0.03419 1 0.00128 1 0.98356 1 0.087849 1 0.059579 1 0.059729 1 0.10903 1 0.01451 1 0.03737 1 0.01655 1 amp_xp11.23 154 (27%) 415 0.66547 1 0.86522 1 0.41909 1 0.6336 1 5e-05 0.042 0.71861 1 0.90428 1 0.44477 1 0.92939 1 0.27554 1 0.03104 1 0.45439 1 0.90975 1 amp_xq28 217 (38%) 352 0.24197 1 0.84615 1 0.55778 1 0.12259 1 0.00131 1 0.45383 1 0.44487 1 0.62452 1 0.9382 1 0.8805 1 0.80621 1 0.86836 1 0.99128 1 del_1p36.11 267 (47%) 302 0.73915 1 0.067699 1 0.02876 1 0.11665 1 2e-05 0.017 0.12261 1 0.39115 1 0.85353 1 0.41913 1 0.22002 1 0.17007 1 0.34694 1 0.058489 1 del_1q41 95 (17%) 474 0.088189 1 0.62417 1 0.29651 1 0.83622 1 9.9999e-06 0.00884 0.48567 1 0.01912 1 0.27983 1 0.24676 1 0.92127 1 0.96971 1 0.76019 1 0.67155 1 del_2p25.3 120 (21%) 449 0.8802 1 0.26931 1 0.42067 1 0.15682 1 0.24401 1 0.26029 1 0.54081 1 0.062529 1 0.237 1 0.87532 1 0.9505 1 0.89225 1 1 1 del_2q22.1 136 (24%) 433 0.10685 1 0.27226 1 0.56583 1 0.00356 1 0.085129 1 0.60191 1 0.72058 1 0.92094 1 0.30128 1 0.48066 1 0.59897 1 0.41777 1 0.41375 1 del_2q37.3 173 (30%) 396 0.01612 1 0.52618 1 0.76744 1 0.01723 1 3e-05 0.0254 0.81536 1 0.69004 1 0.01628 1 0.00424 1 0.01369 1 0.01501 1 0.053979 1 0.02592 1 del_3p26.2 209 (37%) 360 0.15395 1 0.00051999 0.429 0.0056199 1 0.0045 1 2e-05 0.017 0.96967 1 0.23948 1 0.00326 1 0.0095299 1 0.63431 1 0.12277 1 0.97469 1 0.82739 1 del_4q22.1 388 (68%) 181 0.052209 1 0.02278 1 1 1 0.16599 1 0.02029 1 0.18971 1 0.060899 1 0.070339 1 0.38933 1 0.30635 1 0.25346 1 0.02957 1 0.22411 1 del_4q34.3 415 (73%) 154 0.053169 1 0.00061999 0.509 0.062729 1 0.02772 1 0.15123 1 0.66911 1 0.19867 1 0.083449 1 0.0179 1 0.42292 1 0.52918 1 0.16075 1 0.27939 1 del_5q11.2 347 (61%) 222 0.92253 1 0.82771 1 0.63847 1 0.04207 1 9.9999e-06 0.00884 0.74481 1 0.87023 1 0.20865 1 0.04075 1 0.092369 1 0.18187 1 0.065939 1 0.056149 1 del_5q13.2 412 (72%) 157 0.74732 1 0.6228 1 0.89815 1 0.25941 1 9.9999e-06 0.00884 0.79139 1 0.83084 1 0.51714 1 0.092519 1 0.15672 1 0.10802 1 0.2122 1 0.17486 1 del_6q27 381 (67%) 188 0.1689 1 0.04604 1 0.26454 1 0.14471 1 9.9999e-06 0.00884 0.45239 1 0.24721 1 3e-05 0.0254 0.00093999 0.77 0.37127 1 0.02874 1 0.33969 1 0.49067 1 del_7p22.1 248 (44%) 321 0.39664 1 0.51669 1 0.77181 1 0.062949 1 9.9999e-06 0.00884 0.81756 1 0.60481 1 0.34598 1 0.1263 1 0.34625 1 0.9055 1 0.69806 1 0.2926 1 del_8p23.3 382 (67%) 187 0.04435 1 0.15222 1 0.57316 1 0.01144 1 9.9999e-06 0.00884 0.89253 1 0.45105 1 0.89278 1 0.91212 1 0.24379 1 0.24564 1 0.17062 1 0.33204 1 del_8p21.2 400 (70%) 169 0.04345 1 0.090409 1 0.18128 1 0.0055399 1 9.9999e-06 0.00884 0.87577 1 0.99374 1 0.45738 1 0.7014 1 0.581 1 0.51268 1 0.91857 1 0.075249 1 del_9p24.3 257 (45%) 312 0.00028 0.233 5e-05 0.042 0.61982 1 0.01318 1 0.03946 1 0.3246 1 0.9545 1 0.072959 1 0.051869 1 0.087839 1 0.12519 1 0.063249 1 0.1585 1 del_9q34.13 337 (59%) 232 0.02865 1 0.00122 0.997 0.96294 1 0.45441 1 2e-05 0.017 0.41784 1 0.088099 1 0.20689 1 0.14386 1 0.03494 1 0.1979 1 0.13206 1 0.078039 1 del_10p15.3 120 (21%) 449 0.17739 1 0.70766 1 0.088739 1 0.32173 1 0.14825 1 0.28947 1 0.0397 1 0.01441 1 0.088749 1 0.25232 1 0.26363 1 0.11292 1 0.40959 1 del_10q24.2 246 (43%) 323 0.00181 1 0.00279 1 0.0063299 1 0.21435 1 4e-05 0.0337 0.01083 1 0.00203 1 0.44375 1 0.29478 1 0.00187 1 0.45251 1 0.01035 1 0.0057799 1 del_11p15.5 338 (59%) 231 0.11137 1 0.971 1 0.6181 1 0.084809 1 9.9999e-06 0.00884 0.94521 1 0.71172 1 0.69752 1 0.50417 1 0.10536 1 0.0091299 1 0.15556 1 0.19541 1 del_11q25 195 (34%) 374 0.71424 1 0.63582 1 0.17302 1 0.063409 1 0.14717 1 0.31722 1 0.1972 1 0.9315 1 0.30988 1 0.6341 1 0.17976 1 0.68302 1 0.19015 1 del_12q24.33 217 (38%) 352 0.00095999 0.785 0.099759 1 0.16358 1 0.01454 1 9.9999e-06 0.00884 0.29478 1 0.22436 1 0.052049 1 0.03185 1 0.01509 1 0.0046 1 0.01894 1 0.02666 1 del_13q14.2 358 (63%) 211 0.01005 1 0.01582 1 0.61255 1 0.04267 1 9.9999e-06 0.00884 0.00174 1 0.051339 1 0.098829 1 0.68077 1 0.3767 1 0.36653 1 0.45175 1 0.38663 1 del_14q23.3 299 (53%) 270 0.065589 1 0.50463 1 0.65497 1 0.61201 1 0.00013 0.109 0.22664 1 0.51112 1 0.85627 1 0.28283 1 0.89858 1 0.59203 1 0.7113 1 0.79849 1 del_15q15.1 360 (63%) 209 0.02625 1 0.060069 1 0.0222 1 0.00285 1 9.9999e-06 0.00884 0.15734 1 0.15146 1 0.01088 1 0.49667 1 0.39594 1 0.00206 1 0.20392 1 0.02371 1 del_16p13.3 307 (54%) 262 0.60761 1 0.072749 1 0.27407 1 0.02923 1 0.053559 1 0.83959 1 0.81769 1 0.36643 1 0.43135 1 0.22073 1 0.48535 1 0.1116 1 0.45539 1 del_16q22.1 453 (80%) 116 0.4967 1 0.70359 1 0.03087 1 0.44911 1 0.00017 0.142 0.69718 1 0.14335 1 0.22257 1 0.29123 1 0.31333 1 0.04747 1 0.060059 1 0.089909 1 del_16q23.1 444 (78%) 125 0.10772 1 0.24476 1 0.10089 1 0.061069 1 3e-05 0.0254 0.81299 1 0.22242 1 0.27295 1 0.1677 1 0.056989 1 0.04816 1 0.04075 1 0.0062799 1 del_17p12 483 (85%) 86 0.14248 1 0.33316 1 0.5937 1 0.69103 1 0.73667 1 0.90676 1 0.36938 1 0.15339 1 0.19427 1 0.50798 1 0.21032 1 0.4674 1 0.41492 1 del_17q11.2 466 (82%) 103 0.91986 1 0.19265 1 0.73266 1 0.2156 1 0.00056999 0.469 0.76465 1 0.036 1 0.37253 1 0.44106 1 0.14964 1 0.16431 1 0.02512 1 0.76188 1 del_18q23 377 (66%) 192 0.98575 1 0.99199 1 0.14745 1 0.80666 1 0.01583 1 0.3352 1 0.20334 1 0.12564 1 0.36669 1 0.48394 1 0.17595 1 0.074489 1 0.74286 1 del_19p13.3 502 (88%) 67 0.1588 1 0.089579 1 0.8404 1 0.54559 1 0.00052999 0.437 0.62379 1 0.40425 1 0.33329 1 0.51975 1 0.4779 1 0.73146 1 0.44219 1 0.1898 1 del_19q13.33 295 (52%) 274 0.00026 0.217 0.00229 1 0.04582 1 0.02097 1 0.095679 1 0.02932 1 0.30101 1 0.0067499 1 0.12203 1 0.32114 1 0.12874 1 0.29226 1 0.4749 1 del_19q13.43 279 (49%) 290 0.01148 1 0.064179 1 0.096619 1 0.38751 1 0.00281 1 0.18036 1 0.41614 1 0.47507 1 0.94056 1 0.52284 1 0.13911 1 0.36901 1 0.65407 1 del_21q22.3 224 (39%) 345 0.36872 1 0.04176 1 0.69201 1 0.20441 1 0.81462 1 0.66127 1 0.71717 1 0.24397 1 0.1272 1 0.82058 1 0.73186 1 0.19845 1 0.45324 1 del_22q13.32 495 (87%) 74 0.16593 1 0.12442 1 0.02212 1 0.30965 1 0.00486 1 0.10155 1 0.04458 1 0.10583 1 0.01395 1 0.03083 1 0.59955 1 0.027 1 0.11008 1 del_xp21.1 350 (62%) 219 0.40481 1 0.646 1 0.098409 1 0.79664 1 0.12302 1 0.46102 1 0.10626 1 0.8825 1 0.24157 1 0.97635 1 0.71777 1 0.86125 1 0.10846 1