This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 130 genes and 12 clinical features across 33 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No gene mutations related to clinical features.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
NUMBERPACKYEARSSMOKED |
COMPLETENESS OF RESECTION |
NUMBER OF LYMPH NODES |
RACE | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | NULL | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | |
KRAS | 22 (67%) | 11 |
0.378 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.52 (1.00) |
1 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.459 (1.00) |
1 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.337 (1.00) |
|
TP53 | 18 (55%) | 15 |
0.206 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.676 (1.00) |
1 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.121 (1.00) |
1 (1.00) |
0.657 (1.00) |
1 (1.00) |
|
C19ORF55 | 7 (21%) | 26 |
0.863 (1.00) |
0.0812 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.145 (1.00) |
|
B4GALT2 | 5 (15%) | 28 |
0.266 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.326 (1.00) |
||
CDKN2A | 6 (18%) | 27 |
0.575 (1.00) |
0.575 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.346 (1.00) |
1 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.661 (1.00) |
|
NFIL3 | 6 (18%) | 27 |
0.944 (1.00) |
0.303 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.106 (1.00) |
1 (1.00) |
0.524 (1.00) |
1 (1.00) |
||
OTOF | 7 (21%) | 26 |
0.737 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.632 (1.00) |
1 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
|
IRS1 | 6 (18%) | 27 |
0.0814 (1.00) |
0.591 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.342 (1.00) |
1 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.66 (1.00) |
||
GAS2L2 | 5 (15%) | 28 |
0.944 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.0727 (1.00) |
0.0156 (1.00) |
|
RBM10 | 5 (15%) | 28 |
0.737 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.326 (1.00) |
||
APP | 6 (18%) | 27 |
0.737 (1.00) |
0.147 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.659 (1.00) |
|
IPP | 4 (12%) | 29 |
0.737 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0267 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.674 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.469 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MAMLD1 | 7 (21%) | 26 |
0.678 (1.00) |
0.0852 (1.00) |
0.0545 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.771 (1.00) |
1 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.282 (1.00) |
|
ARHGAP18 | 3 (9%) | 30 |
0.183 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.0984 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.4 (1.00) |
||
PHF8 | 4 (12%) | 29 |
0.679 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.0676 (1.00) |
0.0253 (1.00) |
1 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.258 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.5 (1.00) |
||
THBS4 | 6 (18%) | 27 |
0.737 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.0498 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SMAD4 | 7 (21%) | 26 |
0.124 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.526 (1.00) |
1 (1.00) |
0.284 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.853 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PTPRF | 6 (18%) | 27 |
0.43 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.296 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0616 (1.00) |
1 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.0174 (1.00) |
0.661 (1.00) |
|
MED12 | 5 (15%) | 28 |
0.35 (1.00) |
0.98 (1.00) |
1 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.328 (1.00) |
1 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.33 (1.00) |
||
BMP2K | 3 (9%) | 30 |
0.808 (1.00) |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.87 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZMYM5 | 4 (12%) | 29 |
0.737 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.502 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SYT15 | 3 (9%) | 30 |
0.446 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.4 (1.00) |
||
PLAU | 4 (12%) | 29 |
0.321 (1.00) |
0.0769 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.499 (1.00) |
||
MEPCE | 3 (9%) | 30 |
0.737 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.693 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZMIZ1 | 5 (15%) | 28 |
0.737 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.56 (1.00) |
1 (1.00) |
0.138 (1.00) |
1 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.586 (1.00) |
|
SLC39A5 | 4 (12%) | 29 |
0.799 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.62 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.418 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GUCY2F | 5 (15%) | 28 |
0.887 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.917 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0818 (1.00) |
1 (1.00) |
|
EDC4 | 5 (15%) | 28 |
0.546 (1.00) |
0.279 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0967 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.346 (1.00) |
1 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.588 (1.00) |
|
SEH1L | 3 (9%) | 30 |
0.991 (1.00) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SLC4A3 | 3 (9%) | 30 |
0.737 (1.00) |
0.0383 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.192 (1.00) |
||
CD99L2 | 3 (9%) | 30 |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SBNO1 | 3 (9%) | 30 |
0.169 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.113 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.397 (1.00) |
1 (1.00) |
0.412 (1.00) |
1 (1.00) |
||
NPNT | 3 (9%) | 30 |
0.754 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TMEM175 | 4 (12%) | 29 |
0.737 (1.00) |
0.678 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.908 (1.00) |
1 (1.00) |
||
IRX4 | 3 (9%) | 30 |
0.0259 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.768 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CLCC1 | 3 (9%) | 30 |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.403 (1.00) |
|||
BTNL8 | 4 (12%) | 29 |
0.944 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.524 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SYNGAP1 | 4 (12%) | 29 |
0.446 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.671 (1.00) |
1 (1.00) |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.501 (1.00) |
||
F8 | 3 (9%) | 30 |
0.778 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.693 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SORBS2 | 4 (12%) | 29 |
0.808 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.259 (1.00) |
|
NR4A3 | 3 (9%) | 30 |
0.737 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.591 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.431 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZNF337 | 4 (12%) | 29 |
0.737 (1.00) |
0.0333 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.26 (1.00) |
||
TAOK2 | 4 (12%) | 29 |
0.808 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.431 (1.00) |
1 (1.00) |
0.674 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.452 (1.00) |
1 (1.00) |
||
UNC5A | 3 (9%) | 30 |
0.925 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TNFSF9 | 4 (12%) | 29 |
0.446 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.0442 (1.00) |
||
TEX2 | 4 (12%) | 29 |
0.25 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.0245 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.543 (1.00) |
1 (1.00) |
||
RBM43 | 3 (9%) | 30 |
0.124 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CIR1 | 3 (9%) | 30 |
0.546 (1.00) |
0.975 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
1 (1.00) |
0.47 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TOX4 | 4 (12%) | 29 |
0.43 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.917 (1.00) |
1 (1.00) |
0.311 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HIBCH | 3 (9%) | 30 |
0.346 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.591 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CRAT | 3 (9%) | 30 |
0.209 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SRP14 | 3 (9%) | 30 |
0.614 (1.00) |
0.802 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
0.743 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PDZD7 | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
||
POP5 | 3 (9%) | 30 |
0.614 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.0128 (1.00) |
0.113 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.412 (1.00) |
1 (1.00) |
||
UNC5D | 3 (9%) | 30 |
0.991 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
0.399 (1.00) |
|
FAM47C | 5 (15%) | 28 |
0.679 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.138 (1.00) |
1 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.587 (1.00) |
|
TMEM184A | 4 (12%) | 29 |
0.863 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.0271 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.469 (1.00) |
1 (1.00) |
||
BEGAIN | 4 (12%) | 29 |
0.808 (1.00) |
0.376 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.258 (1.00) |
||
PASD1 | 5 (15%) | 28 |
0.446 (1.00) |
0.378 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.366 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.586 (1.00) |
||
RBM45 | 4 (12%) | 29 |
0.446 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.43 (1.00) |
1 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.499 (1.00) |
||
POM121 | 4 (12%) | 29 |
0.737 (1.00) |
0.0408 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.201 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.469 (1.00) |
1 (1.00) |
||
EME2 | 3 (9%) | 30 |
0.808 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CUL4B | 3 (9%) | 30 |
0.363 (1.00) |
0.19 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
IFT46 | 4 (12%) | 29 |
0.912 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
0.839 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
OTUD4 | 5 (15%) | 28 |
0.582 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.327 (1.00) |
1 (1.00) |
0.414 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GABBR1 | 4 (12%) | 29 |
0.863 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.185 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0984 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MYH10 | 4 (12%) | 29 |
0.0434 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.5 (1.00) |
||
ERF | 4 (12%) | 29 |
0.321 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.186 (1.00) |
1 (1.00) |
0.234 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.502 (1.00) |
|
OR10A7 | 3 (9%) | 30 |
0.0736 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
BRDT | 4 (12%) | 29 |
0.719 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.501 (1.00) |
|||
CDHR5 | 4 (12%) | 29 |
0.956 (1.00) |
0.0393 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.37 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GPR25 | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.545 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PPARGC1B | 3 (9%) | 30 |
0.851 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SALL1 | 4 (12%) | 29 |
0.863 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.235 (1.00) |
1 (1.00) |
|
VEPH1 | 4 (12%) | 29 |
0.737 (1.00) |
0.74 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.908 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ST6GALNAC5 | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.433 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.87 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MST1 | 5 (15%) | 28 |
0.3 (1.00) |
0.86 (1.00) |
1 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.325 (1.00) |
1 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.325 (1.00) |
||
GRB7 | 4 (12%) | 29 |
0.135 (1.00) |
0.306 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.524 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TMC4 | 4 (12%) | 29 |
0.808 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.182 (1.00) |
1 (1.00) |
0.676 (1.00) |
1 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.173 (1.00) |
1 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.256 (1.00) |
|
MED9 | 3 (9%) | 30 |
0.66 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.293 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
WASF3 | 3 (9%) | 30 |
0.167 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.113 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0385 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GIT1 | 3 (9%) | 30 |
0.991 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
0.401 (1.00) |
|
UGP2 | 4 (12%) | 29 |
0.89 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.497 (1.00) |
|||
ERCC3 | 3 (9%) | 30 |
0.321 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.398 (1.00) |
||
HMX2 | 3 (9%) | 30 |
0.363 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
AARS2 | 4 (12%) | 29 |
0.863 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.185 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.601 (1.00) |
1 (1.00) |
0.817 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ALS2CR11 | 3 (9%) | 30 |
0.737 (1.00) |
0.616 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.191 (1.00) |
||
ARFGAP3 | 3 (9%) | 30 |
0.0157 (1.00) |
0.673 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0533 (1.00) |
||||
CHGA | 3 (9%) | 30 |
0.991 (1.00) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.0877 (1.00) |
1 (1.00) |
||
FAM63B | 3 (9%) | 30 |
0.95 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.47 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
VPS36 | 3 (9%) | 30 |
0.159 (1.00) |
0.95 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MAP3K7 | 3 (9%) | 30 |
0.149 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
OTX1 | 4 (12%) | 29 |
0.991 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.502 (1.00) |
|
NFAT5 | 3 (9%) | 30 |
0.374 (1.00) |
0.221 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
||
WHSC1L1 | 3 (9%) | 30 |
0.638 (1.00) |
0.19 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0154 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.192 (1.00) |
|||
KIAA1211 | 3 (9%) | 30 |
0.38 (1.00) |
0.675 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.189 (1.00) |
||||
PPIG | 3 (9%) | 30 |
0.95 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.321 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.399 (1.00) |
|||
SLITRK5 | 3 (9%) | 30 |
0.25 (1.00) |
0.286 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.398 (1.00) |
1 (1.00) |
0.974 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MBD3 | 3 (9%) | 30 |
0.374 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.398 (1.00) |
||
FOXP2 | 4 (12%) | 29 |
0.446 (1.00) |
0.029 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.62 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.0447 (1.00) |
||
NAPSA | 3 (9%) | 30 |
0.638 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.431 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
EIF3C | 3 (9%) | 30 |
0.638 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.401 (1.00) |
1 (1.00) |
0.87 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GTF2F1 | 3 (9%) | 30 |
0.925 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CCKAR | 3 (9%) | 30 |
0.95 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0904 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
MMP14 | 3 (9%) | 30 |
0.95 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.768 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
ATM | 3 (9%) | 30 |
0.414 (1.00) |
0.0978 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.0911 (1.00) |
1 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.293 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
IFFO1 | 3 (9%) | 30 |
0.737 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.59 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0527 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.158 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TWISTNB | 3 (9%) | 30 |
0.3 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.674 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
|||
SPAG9 | 3 (9%) | 30 |
0.95 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.87 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SMCR7 | 3 (9%) | 30 |
0.433 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.87 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
PSAT1 | 3 (9%) | 30 |
0.802 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.895 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
PDILT | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.875 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.399 (1.00) |
||
CCDC8 | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.221 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
||
HIST1H2BK | 3 (9%) | 30 |
0.802 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.143 (1.00) |
1 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
0.669 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SCRIB | 3 (9%) | 30 |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.974 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
STAU1 | 3 (9%) | 30 |
0.883 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.322 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GOLGA6B | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.545 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
IRS4 | 3 (9%) | 30 |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.974 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
PDZD2 | 4 (12%) | 29 |
0.863 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0989 (1.00) |
0.259 (1.00) |
||
CCDC135 | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.593 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0532 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.293 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CEP72 | 3 (9%) | 30 |
0.737 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.431 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SMARCA2 | 3 (9%) | 30 |
0.38 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
UBXN6 | 3 (9%) | 30 |
0.286 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
YIPF2 | 3 (9%) | 30 |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0667 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GNAS | 5 (15%) | 28 |
0.427 (1.00) |
0.9 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TGFBR2 | 3 (9%) | 30 |
0.808 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PTPN21 | 3 (9%) | 30 |
0.609 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.319 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TSC22D1 | 3 (9%) | 30 |
0.863 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.545 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZNF184 | 4 (12%) | 29 |
0.58 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.297 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
ANK3 | 4 (12%) | 29 |
0.808 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.184 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0495 (1.00) |
1 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.259 (1.00) |
-
Mutation data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = PAAD-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 33
-
Number of significantly mutated genes = 130
-
Number of selected clinical features = 12
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.