Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Rectum Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C1JM28DP
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1JM28DP
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 78 arm-level events and 12 clinical features across 162 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 78 arm-level events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
1p gain 12 (7%) 150 0.104
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.0507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 32 (20%) 130 0.684
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.00264
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00)
2p gain 39 (24%) 123 0.805
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.461
(1.00)
2q gain 41 (25%) 121 0.604
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.0294
(1.00) 		0.0213
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.0261
(1.00)
3p gain 27 (17%) 135 0.487
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0429
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.549
(1.00)
3q gain 34 (21%) 128 0.813
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.233
(1.00)
4p gain 9 (6%) 153 0.773
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.182
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0433
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 5 (3%) 157 0.938
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00)
5p gain 34 (21%) 128 0.133
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.621
(1.00)
5q gain 22 (14%) 140 0.855
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.434
(1.00)
6p gain 40 (25%) 122 0.382
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0332
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.0186
(1.00)
6q gain 35 (22%) 127 0.701
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.045
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0137
(1.00)
7p gain 100 (62%) 62 0.207
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.00465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.686
(1.00)
7q gain 83 (51%) 79 0.287
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.00549
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.00764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.248
(1.00)
8p gain 39 (24%) 123 0.471
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.581
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.674
(1.00)
8q gain 88 (54%) 74 0.137
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.755
(1.00)
9p gain 42 (26%) 120 0.22
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.382
(1.00)
9q gain 33 (20%) 129 0.192
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.197
(1.00)
10p gain 12 (7%) 150 0.932
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.375
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 6 (4%) 156 0.841
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.743
(1.00) 		1
(1.00)
11p gain 30 (19%) 132 0.765
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.0747
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.00943
(1.00)
11q gain 25 (15%) 137 0.56
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.00571
(1.00)
12p gain 33 (20%) 129 0.926
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.262
(1.00)
12q gain 23 (14%) 139 0.178
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00)
13q gain 110 (68%) 52 0.36
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0313
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.000708
(0.658) 		1
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.359
(1.00)
14q gain 8 (5%) 154 0.223
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.702
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00)
15q gain 3 (2%) 159 0.909
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.0523
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00)
16p gain 39 (24%) 123 0.912
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.355
(1.00) 		1
(1.00)
16q gain 39 (24%) 123 0.495
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.425
(1.00)
17p gain 8 (5%) 154 0.282
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.0472
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.824
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.86
(1.00) 		1
(1.00)
17q gain 30 (19%) 132 0.32
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.969
(1.00) 		1
(1.00)
18p gain 8 (5%) 154 0.643
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.0385
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0524
(1.00)
18q gain 6 (4%) 156 0.0295
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.0837
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.00404
(1.00) 		0.0518
(1.00)
19p gain 31 (19%) 131 0.739
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.549
(1.00)
19q gain 30 (19%) 132 0.422
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.0747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.491
(1.00)
20p gain 104 (64%) 58 0.338
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0251
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.205
(1.00)
20q gain 142 (88%) 20 0.0879
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.00106
(0.985) 		0.552
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.115
(1.00)
21q gain 10 (6%) 152 0.386
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 9 (6%) 153 0.0353
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00)
xq gain 32 (20%) 130 0.627
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.622
(1.00)
1p loss 44 (27%) 118 0.648
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.441
(1.00)
1q loss 25 (15%) 137 0.341
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.124
(1.00)
2p loss 11 (7%) 151 0.725
(1.00) 		0.00771
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
2q loss 6 (4%) 156 0.324
(1.00) 		0.0294
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0271
(1.00)
3p loss 15 (9%) 147 0.00314
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.0545
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		0.0967
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.133
(1.00)
3q loss 10 (6%) 152 0.071
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.00297
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.0797
(1.00) 		0.0824
(1.00)
4p loss 58 (36%) 104 0.174
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.542
(1.00)
4q loss 65 (40%) 97 0.082
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.771
(1.00)
5p loss 26 (16%) 136 0.154
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.52
(1.00)
5q loss 40 (25%) 122 0.943
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.00368
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.667
(1.00)
6p loss 13 (8%) 149 0.112
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.098
(1.00)
6q loss 22 (14%) 140 0.598
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0722
(1.00) 		1
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.15
(1.00)
7q loss 3 (2%) 159 0.203
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.431
(1.00) 		1
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.123
(1.00)
8p loss 75 (46%) 87 0.111
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.0331
(1.00)
8q loss 11 (7%) 151 0.719
(1.00) 		0.675
(1.00) 		1
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.219
(1.00)
9p loss 22 (14%) 140 0.0662
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0469
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.00927
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00)
9q loss 22 (14%) 140 0.0346
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00)
10p loss 32 (20%) 130 0.0938
(1.00) 		0.00211
(1.00) 		0.493
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(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.092
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(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00)
10q loss 37 (23%) 125 0.265
(1.00) 		0.0488
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.0773
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.889
(1.00) 		1
(1.00)
11p loss 24 (15%) 138 0.42
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0898
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.205
(1.00)
11q loss 30 (19%) 132 0.614
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.963
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.0778
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.263
(1.00)
12p loss 22 (14%) 140 0.375
(1.00) 		0.635
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(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.736
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.523
(1.00)
12q loss 20 (12%) 142 0.451
(1.00) 		0.157
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(1.00) 		0.942
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 8 (5%) 154 0.894
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.349
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.604
(1.00)
14q loss 65 (40%) 97 0.888
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.754
(1.00)
15q loss 72 (44%) 90 0.356
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.77
(1.00)
16p loss 9 (6%) 153 0.594
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0762
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.0912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00)
16q loss 14 (9%) 148 0.966
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.981
(1.00) 		1
(1.00)
17p loss 104 (64%) 58 0.904
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.929
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.0425
(1.00)
17q loss 25 (15%) 137 0.0991
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.663
(1.00) 		1
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.225
(1.00)
18p loss 125 (77%) 37 0.564
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.28
(1.00)
18q loss 135 (83%) 27 0.561
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.205
(1.00)
19p loss 22 (14%) 140 0.454
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.547
(1.00)
19q loss 21 (13%) 141 0.825
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.522
(1.00)
20p loss 25 (15%) 137 0.784
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.591
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(1.00) 		1
(1.00)
21q loss 66 (41%) 96 0.61
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.388
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(1.00) 		0.264
(1.00)
22q loss 57 (35%) 105 0.0907
(1.00) 		0.0942
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.208
(1.00) 		1
(1.00)
xq loss 25 (15%) 137 0.254
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.322
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.151
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = READ-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 162

  • Number of significantly arm-level cnvs = 78

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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