Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1542MC4
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 79 arm-level events and 14 clinical features across 281 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 79 arm-level events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features
Time
from
Specimen
Diagnosis
to
Death
Time
to
Death
AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE
NEOPLASM
DISEASESTAGE
PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
MELANOMA
ULCERATION
MELANOMA
PRIMARY
KNOWN
BRESLOW
THICKNESS
GENDER RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
1p gain 65 (23%) 216 0.772
(1.00)
0.534
(1.00)
0.385
(1.00)
0.0101
(1.00)
0.122
(1.00)
0.496
(1.00)
0.551
(1.00)
0.163
(1.00)
0.376
(1.00)
0.519
(1.00)
0.22
(1.00)
0.773
(1.00)
1
(1.00)
0.547
(1.00)
1q gain 127 (45%) 154 0.963
(1.00)
0.598
(1.00)
0.915
(1.00)
0.102
(1.00)
0.466
(1.00)
0.978
(1.00)
0.202
(1.00)
0.333
(1.00)
0.54
(1.00)
1
(1.00)
0.674
(1.00)
0.712
(1.00)
1
(1.00)
0.0929
(1.00)
2p gain 55 (20%) 226 0.206
(1.00)
0.0932
(1.00)
0.493
(1.00)
0.407
(1.00)
0.915
(1.00)
0.204
(1.00)
0.975
(1.00)
0.557
(1.00)
0.567
(1.00)
0.258
(1.00)
0.118
(1.00)
0.759
(1.00)
0.667
(1.00)
1
(1.00)
2q gain 53 (19%) 228 0.0394
(1.00)
0.0352
(1.00)
0.675
(1.00)
0.484
(1.00)
0.747
(1.00)
0.0693
(1.00)
0.852
(1.00)
0.859
(1.00)
0.847
(1.00)
0.643
(1.00)
0.0713
(1.00)
0.876
(1.00)
0.662
(1.00)
1
(1.00)
3p gain 45 (16%) 236 0.382
(1.00)
0.0157
(1.00)
0.0872
(1.00)
0.444
(1.00)
0.0842
(1.00)
0.067
(1.00)
0.127
(1.00)
0.644
(1.00)
0.524
(1.00)
0.621
(1.00)
0.0698
(1.00)
0.617
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
3q gain 55 (20%) 226 0.209
(1.00)
0.0138
(1.00)
0.0072
(1.00)
0.304
(1.00)
0.0299
(1.00)
0.00807
(1.00)
0.0138
(1.00)
0.491
(1.00)
0.0325
(1.00)
0.644
(1.00)
0.00297
(1.00)
0.643
(1.00)
0.667
(1.00)
1
(1.00)
4p gain 43 (15%) 238 0.86
(1.00)
0.423
(1.00)
0.411
(1.00)
0.136
(1.00)
0.0918
(1.00)
0.119
(1.00)
0.795
(1.00)
0.533
(1.00)
1
(1.00)
0.444
(1.00)
0.657
(1.00)
0.4
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
4q gain 36 (13%) 245 0.826
(1.00)
0.474
(1.00)
0.43
(1.00)
0.406
(1.00)
0.271
(1.00)
0.0847
(1.00)
0.633
(1.00)
0.527
(1.00)
1
(1.00)
0.784
(1.00)
0.951
(1.00)
0.855
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
5p gain 57 (20%) 224 0.0773
(1.00)
0.0115
(1.00)
0.196
(1.00)
0.0424
(1.00)
0.0749
(1.00)
0.551
(1.00)
0.279
(1.00)
0.169
(1.00)
0.0408
(1.00)
0.364
(1.00)
0.0676
(1.00)
0.544
(1.00)
0.672
(1.00)
1
(1.00)
5q gain 35 (12%) 246 0.197
(1.00)
0.0867
(1.00)
0.826
(1.00)
0.266
(1.00)
0.557
(1.00)
0.247
(1.00)
0.971
(1.00)
0.121
(1.00)
0.22
(1.00)
0.402
(1.00)
0.0143
(1.00)
0.711
(1.00)
1
(1.00)
0.334
(1.00)
6p gain 112 (40%) 169 0.147
(1.00)
0.667
(1.00)
0.635
(1.00)
0.392
(1.00)
0.208
(1.00)
0.0725
(1.00)
0.0919
(1.00)
0.0375
(1.00)
0.757
(1.00)
0.358
(1.00)
0.899
(1.00)
0.381
(1.00)
0.789
(1.00)
1
(1.00)
6q gain 38 (14%) 243 0.524
(1.00)
0.672
(1.00)
0.989
(1.00)
0.339
(1.00)
0.0581
(1.00)
0.00656
(1.00)
0.00311
(1.00)
0.329
(1.00)
0.211
(1.00)
0.592
(1.00)
0.661
(1.00)
0.474
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
7p gain 153 (54%) 128 0.757
(1.00)
0.743
(1.00)
0.649
(1.00)
0.24
(1.00)
0.0147
(1.00)
0.394
(1.00)
0.129
(1.00)
0.517
(1.00)
0.645
(1.00)
0.27
(1.00)
0.871
(1.00)
0.219
(1.00)
0.275
(1.00)
1
(1.00)
7q gain 152 (54%) 129 0.674
(1.00)
0.78
(1.00)
0.357
(1.00)
0.367
(1.00)
0.0287
(1.00)
0.738
(1.00)
0.609
(1.00)
0.796
(1.00)
0.645
(1.00)
0.364
(1.00)
0.965
(1.00)
0.111
(1.00)
0.82
(1.00)
1
(1.00)
8p gain 91 (32%) 190 0.955
(1.00)
0.95
(1.00)
0.103
(1.00)
0.00784
(1.00)
0.46
(1.00)
0.741
(1.00)
0.57
(1.00)
0.788
(1.00)
0.142
(1.00)
0.44
(1.00)
0.445
(1.00)
0.513
(1.00)
0.039
(1.00)
0.554
(1.00)
8q gain 132 (47%) 149 0.613
(1.00)
0.362
(1.00)
0.0085
(1.00)
0.0241
(1.00)
0.438
(1.00)
0.143
(1.00)
0.456
(1.00)
0.88
(1.00)
0.76
(1.00)
0.0698
(1.00)
0.0555
(1.00)
0.902
(1.00)
0.19
(1.00)
1
(1.00)
9p gain 15 (5%) 266 0.782
(1.00)
0.412
(1.00)
0.966
(1.00)
0.208
(1.00)
0.262
(1.00)
0.305
(1.00)
0.821
(1.00)
0.54
(1.00)
0.364
(1.00)
0.23
(1.00)
0.148
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
9q gain 20 (7%) 261 0.259
(1.00)
0.935
(1.00)
0.288
(1.00)
0.277
(1.00)
0.282
(1.00)
0.266
(1.00)
0.871
(1.00)
0.649
(1.00)
0.104
(1.00)
0.146
(1.00)
0.0194
(1.00)
0.635
(1.00)
0.111
(1.00)
1
(1.00)
10p gain 9 (3%) 272 0.889
(1.00)
0.799
(1.00)
0.97
(1.00)
0.186
(1.00)
0.715
(1.00)
0.607
(1.00)
0.288
(1.00)
0.0659
(1.00)
1
(1.00)
0.0817
(1.00)
0.416
(1.00)
0.737
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
11p gain 27 (10%) 254 0.925
(1.00)
0.515
(1.00)
0.715
(1.00)
0.472
(1.00)
0.0514
(1.00)
0.225
(1.00)
0.347
(1.00)
1
(1.00)
0.782
(1.00)
0.114
(1.00)
0.357
(1.00)
0.679
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
11q gain 24 (9%) 257 0.825
(1.00)
0.446
(1.00)
0.645
(1.00)
0.295
(1.00)
0.0289
(1.00)
0.198
(1.00)
0.374
(1.00)
1
(1.00)
0.364
(1.00)
0.0533
(1.00)
0.0448
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
12p gain 49 (17%) 232 0.398
(1.00)
0.468
(1.00)
0.567
(1.00)
0.169
(1.00)
0.00334
(1.00)
0.207
(1.00)
0.00304
(1.00)
0.434
(1.00)
0.434
(1.00)
1
(1.00)
0.149
(1.00)
1
(1.00)
0.0671
(1.00)
1
(1.00)
12q gain 32 (11%) 249 0.972
(1.00)
0.929
(1.00)
0.623
(1.00)
0.519
(1.00)
0.461
(1.00)
0.588
(1.00)
0.0411
(1.00)
0.809
(1.00)
1
(1.00)
0.147
(1.00)
0.446
(1.00)
0.443
(1.00)
0.205
(1.00)
1
(1.00)
13q gain 71 (25%) 210 0.124
(1.00)
0.755
(1.00)
0.222
(1.00)
0.0603
(1.00)
0.269
(1.00)
0.104
(1.00)
0.242
(1.00)
0.559
(1.00)
0.476
(1.00)
0.534
(1.00)
0.706
(1.00)
0.779
(1.00)
0.704
(1.00)
0.576
(1.00)
14q gain 31 (11%) 250 0.76
(1.00)
0.418
(1.00)
0.318
(1.00)
0.596
(1.00)
0.821
(1.00)
0.534
(1.00)
0.525
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.708
(1.00)
0.558
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
15q gain 62 (22%) 219 0.315
(1.00)
0.184
(1.00)
0.671
(1.00)
0.541
(1.00)
0.427
(1.00)
0.348
(1.00)
0.606
(1.00)
0.88
(1.00)
0.444
(1.00)
0.275
(1.00)
0.223
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
16p gain 40 (14%) 241 0.931
(1.00)
0.329
(1.00)
0.0764
(1.00)
0.0421
(1.00)
0.0791
(1.00)
0.00488
(1.00)
0.00281
(1.00)
0.579
(1.00)
0.65
(1.00)
0.798
(1.00)
0.00922
(1.00)
0.862
(1.00)
0.604
(1.00)
1
(1.00)
16q gain 34 (12%) 247 0.448
(1.00)
0.745
(1.00)
0.219
(1.00)
0.0752
(1.00)
0.111
(1.00)
0.00526
(1.00)
0.00651
(1.00)
0.513
(1.00)
0.81
(1.00)
0.779
(1.00)
0.012
(1.00)
0.46
(1.00)
0.539
(1.00)
1
(1.00)
17p gain 32 (11%) 249 0.968
(1.00)
0.937
(1.00)
0.408
(1.00)
0.634
(1.00)
0.894
(1.00)
0.58
(1.00)
0.383
(1.00)
0.497
(1.00)
0.344
(1.00)
1
(1.00)
0.352
(1.00)
0.336
(1.00)
0.519
(1.00)
0.301
(1.00)
17q gain 56 (20%) 225 0.92
(1.00)
0.839
(1.00)
0.00372
(1.00)
0.173
(1.00)
0.656
(1.00)
0.996
(1.00)
0.514
(1.00)
0.348
(1.00)
0.715
(1.00)
1
(1.00)
0.681
(1.00)
0.649
(1.00)
0.246
(1.00)
0.487
(1.00)
18p gain 48 (17%) 233 0.791
(1.00)
0.752
(1.00)
0.437
(1.00)
0.263
(1.00)
0.00778
(1.00)
0.0301
(1.00)
0.229
(1.00)
0.0945
(1.00)
0.543
(1.00)
1
(1.00)
0.155
(1.00)
0.258
(1.00)
1
(1.00)
0.436
(1.00)
18q gain 39 (14%) 242 0.416
(1.00)
0.165
(1.00)
0.669
(1.00)
0.56
(1.00)
0.00676
(1.00)
0.0234
(1.00)
0.223
(1.00)
0.473
(1.00)
0.501
(1.00)
0.44
(1.00)
0.588
(1.00)
0.483
(1.00)
1
(1.00)
0.367
(1.00)
19p gain 42 (15%) 239 0.774
(1.00)
0.592
(1.00)
0.803
(1.00)
0.105
(1.00)
0.67
(1.00)
0.882
(1.00)
0.804
(1.00)
0.144
(1.00)
0.836
(1.00)
0.612
(1.00)
0.814
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
19q gain 43 (15%) 238 0.924
(1.00)
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(1.00)
0.3
(1.00)
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(1.00)
0.741
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
20p gain 119 (42%) 162 0.84
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.5
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.18
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1p loss 36 (13%) 245 0.272
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1q loss 20 (7%) 261 0.658
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
2p loss 36 (13%) 245 0.874
(1.00)
0.182
(1.00)
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(1.00)
0.744
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
2q loss 36 (13%) 245 0.337
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
3p loss 45 (16%) 236 0.451
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
3q loss 36 (13%) 245 0.806
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
4p loss 58 (21%) 223 0.908
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
4q loss 60 (21%) 221 0.781
(1.00)
0.872
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.13
(1.00)
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(1.00)
0.503
(1.00)
0.304
(1.00)
0.0511
(1.00)
0.114
(1.00)
1
(1.00)
5p loss 64 (23%) 217 0.926
(1.00)
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(1.00)
0.85
(1.00)
0.865
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
5q loss 81 (29%) 200 0.719
(1.00)
0.919
(1.00)
0.341
(1.00)
0.868
(1.00)
0.922
(1.00)
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(1.00)
0.865
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
6p loss 53 (19%) 228 0.208
(1.00)
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(1.00)
0.96
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.562
(1.00)
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(1.00)
0.955
(1.00)
0.348
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
6q loss 136 (48%) 145 0.289
(1.00)
0.592
(1.00)
0.275
(1.00)
0.321
(1.00)
0.952
(1.00)
0.257
(1.00)
0.701
(1.00)
0.92
(1.00)
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(1.00)
0.588
(1.00)
0.839
(1.00)
0.903
(1.00)
0.282
(1.00)
1
(1.00)
7p loss 15 (5%) 266 0.99
(1.00)
0.8
(1.00)
0.113
(1.00)
0.443
(1.00)
0.354
(1.00)
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(0.575)
0.661
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.7
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.285
(1.00)
1
(1.00)
7q loss 14 (5%) 267 0.805
(1.00)
0.788
(1.00)
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(1.00)
0.532
(1.00)
0.313
(1.00)
0.095
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.692
(1.00)
1
(1.00)
0.266
(1.00)
1
(1.00)
8p loss 51 (18%) 230 0.6
(1.00)
0.22
(1.00)
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(1.00)
0.0369
(1.00)
0.338
(1.00)
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(1.00)
0.894
(1.00)
0.327
(1.00)
0.0408
(1.00)
1
(1.00)
0.014
(1.00)
0.875
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
8q loss 20 (7%) 261 0.225
(1.00)
0.358
(1.00)
0.266
(1.00)
0.0401
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.363
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
9p loss 183 (65%) 98 0.315
(1.00)
0.758
(1.00)
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(1.00)
0.149
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.725
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.758
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.0421
(1.00)
9q loss 142 (51%) 139 0.932
(1.00)
0.275
(1.00)
0.33
(1.00)
0.246
(1.00)
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(1.00)
0.971
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.523
(1.00)
0.617
(1.00)
10p loss 157 (56%) 124 0.385
(1.00)
0.814
(1.00)
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(1.00)
0.0741
(1.00)
0.771
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.612
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.114
(1.00)
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(1.00)
10q loss 173 (62%) 108 0.515
(1.00)
0.278
(1.00)
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(0.299)
0.0914
(1.00)
0.808
(1.00)
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(1.00)
0.28
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.104
(1.00)
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(1.00)
0.559
(1.00)
11p loss 97 (35%) 184 0.54
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.782
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
11q loss 111 (40%) 170 0.984
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.23
(1.00)
0.653
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
0.547
(1.00)
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(1.00)
0.632
(1.00)
1
(1.00)
12p loss 40 (14%) 241 0.928
(1.00)
0.26
(1.00)
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(1.00)
0.209
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.842
(1.00)
0.0974
(1.00)
0.512
(1.00)
0.191
(1.00)
0.877
(1.00)
0.383
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
12q loss 48 (17%) 233 0.713
(1.00)
0.617
(1.00)
0.723
(1.00)
0.0952
(1.00)
0.862
(1.00)
0.844
(1.00)
0.667
(1.00)
0.316
(1.00)
1
(1.00)
0.812
(1.00)
0.727
(1.00)
0.258
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
13q loss 61 (22%) 220 0.419
(1.00)
0.386
(1.00)
0.398
(1.00)
0.316
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.695
(1.00)
0.0195
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
0.552
(1.00)
0.677
(1.00)
1
(1.00)
14q loss 88 (31%) 193 0.818
(1.00)
0.598
(1.00)
0.324
(1.00)
0.271
(1.00)
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(1.00)
0.551
(1.00)
0.364
(1.00)
0.341
(1.00)
0.744
(1.00)
1
(1.00)
0.744
(1.00)
0.598
(1.00)
1
(1.00)
0.554
(1.00)
15q loss 41 (15%) 240 0.479
(1.00)
0.532
(1.00)
0.969
(1.00)
0.344
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.849
(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1
(1.00)
16p loss 55 (20%) 226 0.632
(1.00)
0.96
(1.00)
0.0894
(1.00)
0.138
(1.00)
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(1.00)
0.502
(1.00)
0.78
(1.00)
0.741
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.487
(1.00)
16q loss 83 (30%) 198 0.754
(1.00)
0.681
(1.00)
0.296
(1.00)
0.389
(1.00)
0.419
(1.00)
0.271
(1.00)
0.761
(1.00)
0.863
(1.00)
0.627
(1.00)
0.548
(1.00)
0.122
(1.00)
0.061
(1.00)
0.404
(1.00)
1
(1.00)
17p loss 98 (35%) 183 0.847
(1.00)
0.584
(1.00)
0.192
(1.00)
0.155
(1.00)
0.776
(1.00)
0.738
(1.00)
0.924
(1.00)
0.641
(1.00)
0.432
(1.00)
0.567
(1.00)
0.574
(1.00)
0.158
(1.00)
0.338
(1.00)
0.554
(1.00)
17q loss 48 (17%) 233 0.825
(1.00)
0.343
(1.00)
0.719
(1.00)
0.693
(1.00)
0.167
(1.00)
0.893
(1.00)
0.565
(1.00)
0.129
(1.00)
0.695
(1.00)
0.812
(1.00)
0.261
(1.00)
0.745
(1.00)
0.661
(1.00)
1
(1.00)
18p loss 81 (29%) 200 0.136
(1.00)
0.172
(1.00)
0.42
(1.00)
0.604
(1.00)
0.123
(1.00)
0.507
(1.00)
0.73
(1.00)
0.368
(1.00)
0.602
(1.00)
0.107
(1.00)
0.222
(1.00)
0.788
(1.00)
0.519
(1.00)
0.559
(1.00)
18q loss 77 (27%) 204 0.286
(1.00)
0.0899
(1.00)
0.471
(1.00)
0.642
(1.00)
0.135
(1.00)
0.68
(1.00)
0.379
(1.00)
0.354
(1.00)
0.596
(1.00)
0.152
(1.00)
0.391
(1.00)
0.683
(1.00)
0.512
(1.00)
0.564
(1.00)
19p loss 58 (21%) 223 0.459
(1.00)
0.231
(1.00)
0.887
(1.00)
0.559
(1.00)
0.111
(1.00)
0.193
(1.00)
0.435
(1.00)
0.0849
(1.00)
0.432
(1.00)
0.37
(1.00)
0.736
(1.00)
0.0962
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
19q loss 56 (20%) 225 0.847
(1.00)
0.554
(1.00)
0.822
(1.00)
0.71
(1.00)
0.533
(1.00)
0.216
(1.00)
0.626
(1.00)
0.0628
(1.00)
0.695
(1.00)
0.647
(1.00)
0.993
(1.00)
0.124
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
20p loss 15 (5%) 266 0.87
(1.00)
0.771
(1.00)
0.18
(1.00)
0.136
(1.00)
0.982
(1.00)
1
(1.00)
0.309
(1.00)
0.26
(1.00)
0.742
(1.00)
0.404
(1.00)
0.936
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
20q loss 4 (1%) 277 0.783
(1.00)
0.694
(1.00)
1
(1.00)
0.22
(1.00)
0.516
(1.00)
0.65
(1.00)
0.209
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.405
(1.00)
0.452
(1.00)
0.302
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
21q loss 56 (20%) 225 0.507
(1.00)
0.992
(1.00)
0.104
(1.00)
0.294
(1.00)
0.648
(1.00)
0.616
(1.00)
0.586
(1.00)
0.389
(1.00)
0.855
(1.00)
0.108
(1.00)
0.597
(1.00)
0.448
(1.00)
0.0967
(1.00)
1
(1.00)
22q loss 28 (10%) 253 0.358
(1.00)
0.393
(1.00)
0.484
(1.00)
0.865
(1.00)
0.0477
(1.00)
0.111
(1.00)
0.322
(1.00)
0.422
(1.00)
0.193
(1.00)
1
(1.00)
0.0468
(1.00)
1
(1.00)
0.0473
(1.00)
1
(1.00)
xq loss 70 (25%) 211 0.304
(1.00)
0.947
(1.00)
0.541
(1.00)
0.175
(1.00)
0.0626
(1.00)
0.51
(1.00)
0.0461
(1.00)
0.00418
(1.00)
0.295
(1.00)
0.398
(1.00)
0.105
(1.00)
0.0239
(1.00)
1
(1.00)
0.572
(1.00)
Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = SKCM-TM.merged_data.txt

  • Number of patients = 281

  • Number of significantly arm-level cnvs = 79

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)