This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 79 arm-level events and 14 clinical features across 281 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No arm-level cnvs related to clinical features.
Clinical Features |
Time from Specimen Diagnosis to Death |
Time to Death |
AGE |
PRIMARY SITE OF DISEASE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
MELANOMA ULCERATION |
MELANOMA PRIMARY KNOWN |
BRESLOW THICKNESS |
GENDER | RACE | ETHNICITY | ||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
1p gain | 65 (23%) | 216 |
0.772 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.0101 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.773 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
1q gain | 127 (45%) | 154 |
0.963 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.54 (1.00) |
1 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.712 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0929 (1.00) |
2p gain | 55 (20%) | 226 |
0.206 (1.00) |
0.0932 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
2q gain | 53 (19%) | 228 |
0.0394 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.0693 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.0713 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.662 (1.00) |
1 (1.00) |
3p gain | 45 (16%) | 236 |
0.382 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
0.0872 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.0842 (1.00) |
0.067 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.617 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
3q gain | 55 (20%) | 226 |
0.209 (1.00) |
0.0138 (1.00) |
0.0072 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
0.00807 (1.00) |
0.0138 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.0325 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.00297 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
4p gain | 43 (15%) | 238 |
0.86 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.0918 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.533 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
4q gain | 36 (13%) | 245 |
0.826 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.0847 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.527 (1.00) |
1 (1.00) |
0.784 (1.00) |
0.951 (1.00) |
0.855 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
5p gain | 57 (20%) | 224 |
0.0773 (1.00) |
0.0115 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.0424 (1.00) |
0.0749 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.0408 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0676 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.672 (1.00) |
1 (1.00) |
5q gain | 35 (12%) | 246 |
0.197 (1.00) |
0.0867 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.334 (1.00) |
6p gain | 112 (40%) | 169 |
0.147 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.0725 (1.00) |
0.0919 (1.00) |
0.0375 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.789 (1.00) |
1 (1.00) |
6q gain | 38 (14%) | 243 |
0.524 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.0581 (1.00) |
0.00656 (1.00) |
0.00311 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.474 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
7p gain | 153 (54%) | 128 |
0.757 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.0147 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.275 (1.00) |
1 (1.00) |
7q gain | 152 (54%) | 129 |
0.674 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.82 (1.00) |
1 (1.00) |
8p gain | 91 (32%) | 190 |
0.955 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.00784 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.039 (1.00) |
0.554 (1.00) |
8q gain | 132 (47%) | 149 |
0.613 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.0085 (1.00) |
0.0241 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.0555 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.19 (1.00) |
1 (1.00) |
9p gain | 15 (5%) | 266 |
0.782 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.148 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
9q gain | 20 (7%) | 261 |
0.259 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.111 (1.00) |
1 (1.00) |
10p gain | 9 (3%) | 272 |
0.889 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0817 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.737 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
11p gain | 27 (10%) | 254 |
0.925 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.347 (1.00) |
1 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.679 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
11q gain | 24 (9%) | 257 |
0.825 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.0289 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.374 (1.00) |
1 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0533 (1.00) |
0.0448 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
12p gain | 49 (17%) | 232 |
0.398 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.00334 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.00304 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
0.149 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0671 (1.00) |
1 (1.00) |
12q gain | 32 (11%) | 249 |
0.972 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.0411 (1.00) |
0.809 (1.00) |
1 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
13q gain | 71 (25%) | 210 |
0.124 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.0603 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.576 (1.00) |
14q gain | 31 (11%) | 250 |
0.76 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.558 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
15q gain | 62 (22%) | 219 |
0.315 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.223 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
16p gain | 40 (14%) | 241 |
0.931 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.0764 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.0791 (1.00) |
0.00488 (1.00) |
0.00281 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.00922 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.604 (1.00) |
1 (1.00) |
16q gain | 34 (12%) | 247 |
0.448 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.0752 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.00526 (1.00) |
0.00651 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.012 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.539 (1.00) |
1 (1.00) |
17p gain | 32 (11%) | 249 |
0.968 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.344 (1.00) |
1 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.301 (1.00) |
17q gain | 56 (20%) | 225 |
0.92 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.00372 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.715 (1.00) |
1 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.487 (1.00) |
18p gain | 48 (17%) | 233 |
0.791 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.00778 (1.00) |
0.0301 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.0945 (1.00) |
0.543 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.258 (1.00) |
1 (1.00) |
0.436 (1.00) |
18q gain | 39 (14%) | 242 |
0.416 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.00676 (1.00) |
0.0234 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
0.367 (1.00) |
19p gain | 42 (15%) | 239 |
0.774 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.625 (1.00) |
1 (1.00) |
19q gain | 43 (15%) | 238 |
0.924 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.0621 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.0875 (1.00) |
0.635 (1.00) |
1 (1.00) |
20p gain | 119 (42%) | 162 |
0.84 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.0377 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.0869 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.00539 (1.00) |
0.902 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
20q gain | 142 (51%) | 139 |
0.623 (1.00) |
0.0877 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.0291 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.088 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.0108 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.62 (1.00) |
21q gain | 52 (19%) | 229 |
0.398 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.018 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.124 (1.00) |
1 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.754 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
22q gain | 103 (37%) | 178 |
0.348 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.0303 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
1 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.3 (1.00) |
xq gain | 31 (11%) | 250 |
0.0815 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.204 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.507 (1.00) |
1 (1.00) |
1p loss | 36 (13%) | 245 |
0.272 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
0.0218 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.0519 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.563 (1.00) |
1 (1.00) |
1q loss | 20 (7%) | 261 |
0.658 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.587 (1.00) |
1 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.635 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
2p loss | 36 (13%) | 245 |
0.874 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.079 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
2q loss | 36 (13%) | 245 |
0.337 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.283 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
3p loss | 45 (16%) | 236 |
0.451 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.836 (1.00) |
1 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.654 (1.00) |
1 (1.00) |
3q loss | 36 (13%) | 245 |
0.806 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
4p loss | 58 (21%) | 223 |
0.908 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
0.425 (1.00) |
1 (1.00) |
4q loss | 60 (21%) | 221 |
0.781 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.0511 (1.00) |
0.114 (1.00) |
1 (1.00) |
5p loss | 64 (23%) | 217 |
0.926 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.132 (1.00) |
1 (1.00) |
5q loss | 81 (29%) | 200 |
0.719 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.561 (1.00) |
6p loss | 53 (19%) | 228 |
0.208 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.348 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
6q loss | 136 (48%) | 145 |
0.289 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.282 (1.00) |
1 (1.00) |
7p loss | 15 (5%) | 266 |
0.99 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.00052 (0.575) |
0.661 (1.00) |
1 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.285 (1.00) |
1 (1.00) |
7q loss | 14 (5%) | 267 |
0.805 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.095 (1.00) |
0.475 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
0.266 (1.00) |
1 (1.00) |
8p loss | 51 (18%) | 230 |
0.6 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.0631 (1.00) |
0.0369 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.0959 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.0408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.014 (1.00) |
0.875 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
8q loss | 20 (7%) | 261 |
0.225 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.0401 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
9p loss | 183 (65%) | 98 |
0.315 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.522 (1.00) |
1 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.0289 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
9q loss | 142 (51%) | 139 |
0.932 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.516 (1.00) |
1 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.0858 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.617 (1.00) |
10p loss | 157 (56%) | 124 |
0.385 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.0277 (1.00) |
0.0741 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.0512 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.0647 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.583 (1.00) |
10q loss | 173 (62%) | 108 |
0.515 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.00027 (0.299) |
0.0914 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.0908 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.0331 (1.00) |
0.559 (1.00) |
11p loss | 97 (35%) | 184 |
0.54 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.024 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.554 (1.00) |
11q loss | 111 (40%) | 170 |
0.984 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.00256 (1.00) |
0.632 (1.00) |
1 (1.00) |
12p loss | 40 (14%) | 241 |
0.928 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.0974 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
12q loss | 48 (17%) | 233 |
0.713 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.0952 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.316 (1.00) |
1 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
13q loss | 61 (22%) | 220 |
0.419 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.0195 (1.00) |
0.284 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0773 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.677 (1.00) |
1 (1.00) |
14q loss | 88 (31%) | 193 |
0.818 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.744 (1.00) |
1 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.598 (1.00) |
1 (1.00) |
0.554 (1.00) |
15q loss | 41 (15%) | 240 |
0.479 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.0758 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.278 (1.00) |
1 (1.00) |
16p loss | 55 (20%) | 226 |
0.632 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.044 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.487 (1.00) |
16q loss | 83 (30%) | 198 |
0.754 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.061 (1.00) |
0.404 (1.00) |
1 (1.00) |
17p loss | 98 (35%) | 183 |
0.847 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.554 (1.00) |
17q loss | 48 (17%) | 233 |
0.825 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.661 (1.00) |
1 (1.00) |
18p loss | 81 (29%) | 200 |
0.136 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.559 (1.00) |
18q loss | 77 (27%) | 204 |
0.286 (1.00) |
0.0899 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.564 (1.00) |
19p loss | 58 (21%) | 223 |
0.459 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.0849 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
19q loss | 56 (20%) | 225 |
0.847 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.0628 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.124 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
20p loss | 15 (5%) | 266 |
0.87 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.982 (1.00) |
1 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.936 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
20q loss | 4 (1%) | 277 |
0.783 (1.00) |
0.694 (1.00) |
1 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.209 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.302 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
21q loss | 56 (20%) | 225 |
0.507 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.0967 (1.00) |
1 (1.00) |
22q loss | 28 (10%) | 253 |
0.358 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.0477 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.193 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0468 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0473 (1.00) |
1 (1.00) |
xq loss | 70 (25%) | 211 |
0.304 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.0626 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.0461 (1.00) |
0.00418 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.0239 (1.00) |
1 (1.00) |
0.572 (1.00) |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = SKCM-TM.merged_data.txt
-
Number of patients = 281
-
Number of significantly arm-level cnvs = 79
-
Number of selected clinical features = 14
-
Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.