Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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Citation Information
doi:10.7908/C1N29VQT
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1N29VQT
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 147 genes and 14 clinical features across 268 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • NF1 mutation correlated to 'AGE'.

  • DIRC2 mutation correlated to 'Time from Specimen Diagnosis to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 147 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
from
Specimen
Diagnosis
to
Death 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		MELANOMA
ULCERATION 		MELANOMA
PRIMARY
KNOWN 		BRESLOW
THICKNESS 		GENDER RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
NF1 38 (14%) 230 0.134
(1.00) 		0.107
(1.00) 		1.57e-05
(0.0324) 		0.0381
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00)
DIRC2 4 (1%) 264 8.71e-05
(0.179) 		0.000547
(1.00) 		0.154
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 82 (31%) 186 0.217
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 46 (17%) 222 0.177
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 38 (14%) 230 0.795
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RPS27 21 (8%) 247 0.26
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.816
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MRPS31 19 (7%) 249 0.636
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.00136
(1.00) 		0.0868
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.197
(1.00) 		1
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAC1 20 (7%) 248 0.963
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.024
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 35 (13%) 233 0.407
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00)
C15ORF23 18 (7%) 250 0.901
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 22 (8%) 246 0.79
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.114
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NOTCH2NL 15 (6%) 253 0.811
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP2K1 11 (4%) 257 0.398
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPP6C 20 (7%) 248 0.0692
(1.00) 		0.00156
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.924
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IDH1 13 (5%) 255 0.913
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PDE1A 38 (14%) 230 0.828
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HMGCR 11 (4%) 257 0.0194
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.812
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PHGDH 10 (4%) 258 0.773
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC38A4 32 (12%) 236 0.838
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.0519
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00)
CDK4 7 (3%) 261 0.0102
(1.00) 		0.00509
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00)
FAM58A 5 (2%) 263 0.227
(1.00) 		0.0584
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		0.257
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EMG1 8 (3%) 260 0.126
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.537
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RQCD1 8 (3%) 260 0.451
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.00068
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.0578
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HSD11B1 14 (5%) 254 0.285
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.866
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DMC1 12 (4%) 256 0.594
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.317
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRK 41 (15%) 227 0.561
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.924
(1.00) 		1
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TAF1A 13 (5%) 255 0.352
(1.00) 		0.0645
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0882
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OXA1L 8 (3%) 260 0.508
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COL3A1 53 (20%) 215 0.528
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.00281
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00)
TCHHL1 38 (14%) 230 0.0225
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.00829
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IL5RA 17 (6%) 251 0.585
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.0474
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF7 13 (5%) 255 0.248
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.0749
(1.00) 		0.00732
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.087
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0907
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KEL 35 (13%) 233 0.428
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00)
C7ORF58 32 (12%) 236 0.731
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF1 38 (14%) 230 0.42
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.0313
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM216 8 (3%) 260 0.955
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.114
(1.00) 		1
(1.00)
DOM3Z 7 (3%) 261 0.283
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BCLAF1 46 (17%) 222 0.847
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFX 13 (5%) 255 0.487
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		0.141
(1.00)
BRAF 136 (51%) 132 0.137
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.00122
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.00116
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.618
(1.00)
SAG 11 (4%) 257 0.851
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00)
OR51S1 29 (11%) 239 0.375
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
USP17L2 21 (8%) 247 0.724
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.907
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LRPPRC 14 (5%) 254 0.753
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.26
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BTK 15 (6%) 253 0.0318
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSG3 46 (17%) 222 0.633
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.438
(1.00)
C1QTNF9 16 (6%) 252 0.55
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BLM 15 (6%) 253 0.46
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACSM2B 42 (16%) 226 0.743
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.000435
(0.894) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PARM1 18 (7%) 250 0.185
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.197
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TP63 46 (17%) 222 0.656
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00)
NGF 9 (3%) 259 0.389
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.905
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0992
(1.00)
ANO4 41 (15%) 227 0.65
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.971
(1.00) 		1
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.39
(1.00)
PCDH18 47 (18%) 221 0.348
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.021
(1.00) 		1
(1.00) 		0.446
(1.00)
NMS 13 (5%) 255 0.154
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C12ORF43 5 (2%) 263 0.774
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
XIRP2 89 (33%) 179 0.857
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00)
USH2A 89 (33%) 179 0.985
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0511
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.701
(1.00) 		1
(1.00)
DDX3X 19 (7%) 249 0.343
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		1
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTPN22 21 (8%) 247 0.0641
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0075
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C3ORF71 4 (1%) 264 0.909
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CEACAM6 15 (6%) 253 0.285
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MUC7 16 (6%) 252 0.525
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.000604
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SELP 33 (12%) 235 0.593
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.00394
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.0553
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.322
(1.00)
LIPH 13 (5%) 255 0.597
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.0262
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MMP1 14 (5%) 254 0.799
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0404
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		1
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KLF11 9 (3%) 259 0.616
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
USP9X 14 (5%) 254 0.49
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.781
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTK7 16 (6%) 252 0.594
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.154
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00)
SLC14A1 17 (6%) 251 0.52
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PROX2 13 (5%) 255 0.393
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DNMBP 19 (7%) 249 0.664
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.259
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MPP7 30 (11%) 238 0.768
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.00247
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.055
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IFNGR2 4 (1%) 264 0.727
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.302
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ASNSD1 7 (3%) 261 0.496
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0483
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(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.413
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RB1 9 (3%) 259 0.374
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.168
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(1.00) 		0.854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.737
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCK 5 (2%) 263 0.0543
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.093
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF780B 9 (3%) 259 0.205
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATP5F1 7 (3%) 261 0.796
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.811
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LOC728819 7 (3%) 261 0.368
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.49
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(1.00) 		0.00691
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LACRT 9 (3%) 259 0.348
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.853
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.737
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RPGRIP1 23 (9%) 245 0.341
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.8
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(1.00) 		0.0994
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.398
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
THEMIS 32 (12%) 236 0.48
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.223
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(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRT 76 (28%) 192 0.0464
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00)
SELPLG 9 (3%) 259 0.678
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.662
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(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.811
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CSN3 4 (1%) 264 0.0586
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC7A11 11 (4%) 257 0.376
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.29
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(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SYNE1 69 (26%) 199 0.401
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.353
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.164
(1.00)
NFASC 22 (8%) 246 0.982
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.0279
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(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00) 		0.01
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.361
(1.00) 		1
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(1.00)
CCDC11 17 (6%) 251 0.994
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0576
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.89
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IL31RA 17 (6%) 251 0.181
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.615
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MLL 37 (14%) 231 0.377
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00)
ADAM22 19 (7%) 249 0.809
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0112
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.192
(1.00)
PLCXD2 9 (3%) 259 0.568
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.458
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EDN1 9 (3%) 259 0.417
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HTR7 9 (3%) 259 0.531
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.984
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.0887
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TLR9 18 (7%) 250 0.181
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.563
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(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MYH1 63 (24%) 205 0.134
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.495
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(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.00289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00)
EPHA3 28 (10%) 240 0.583
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.277
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(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARL16 7 (3%) 261 0.541
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0987
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DDX17 11 (4%) 257 0.481
(1.00) 		0.34
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(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.702
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(1.00) 		0.107
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAN1A1 12 (4%) 256 0.269
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.331
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(1.00) 		0.591
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.268
(1.00)
NBEAL1 30 (11%) 238 0.4
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.0431
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		0.48
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
WDR65 21 (8%) 247 0.0134
(1.00) 		0.0315
(1.00) 		0.241
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(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C6ORF165 16 (6%) 252 0.337
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.694
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.607
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00)
RNF133 8 (3%) 260 0.564
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GTPBP4 8 (3%) 260 0.272
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.0252
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACSBG1 10 (4%) 258 0.281
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TPTE 58 (22%) 210 0.675
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0987
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.447
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00)
CLCC1 13 (5%) 255 0.631
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPAP2B 9 (3%) 259 0.708
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.024
(1.00) 		0.697
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CD300E 8 (3%) 260 0.573
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.763
(1.00) 		1
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.439
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(1.00) 		0.0575
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(1.00) 		0.894
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ALDH5A1 10 (4%) 258 0.196
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SPRYD3 7 (3%) 261 0.611
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.671
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP3K5 17 (6%) 251 0.425
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.533
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(1.00) 		0.523
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(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0907
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CASP8 8 (3%) 260 0.204
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0752
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.236
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(1.00) 		0.062
(1.00) 		0.0875
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SNCAIP 46 (17%) 222 0.063
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.168
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-DRA 11 (4%) 257 0.2
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.901
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
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(1.00) 		0.521
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00)
ACTC1 15 (6%) 253 0.424
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.588
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(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ELOVL3 5 (2%) 263 0.631
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
THSD7B 83 (31%) 185 0.137
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0374
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.692
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(1.00)
SLC27A5 8 (3%) 260 0.632
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.062
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PDE4DIP 42 (16%) 226 0.26
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.293
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KANK3 7 (3%) 261 0.461
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.764
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RUNX1T1 33 (12%) 235 0.432
(1.00) 		0.0928
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.112
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(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.394
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(1.00) 		0.0352
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
WDR12 11 (4%) 257 0.611
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
POTEG 29 (11%) 239 0.624
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00)
ITPR2 15 (6%) 253 0.5
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		0.366
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CRNKL1 12 (4%) 256 0.446
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.716
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.48
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(1.00) 		0.0565
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.893
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(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.537
(1.00) 		1
(1.00) 		0.505
(1.00)
SF3B1 13 (5%) 255 0.613
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.278
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0635
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.029
(1.00) 		0.74
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CYP3A7 23 (9%) 245 0.878
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.824
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00)
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(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GML 10 (4%) 258 0.563
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.755
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(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.291
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(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.755
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GZMA 11 (4%) 257 0.228
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.969
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NPTX1 8 (3%) 260 0.386
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.135
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.491
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.352
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.25
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(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
STK31 34 (13%) 234 0.121
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.247
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(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00)
ROS1 54 (20%) 214 0.653
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00)
KCNB2 57 (21%) 211 0.283
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.505
(1.00)
ART3 12 (4%) 256 0.73
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00)
CLDN4 10 (4%) 258 0.855
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.012
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAG2 18 (7%) 250 0.548
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.209
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'NF1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 1.57e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.032

Table S1.  Gene #6: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 264 55.7 (15.7)
NF1 MUTATED 38 65.9 (12.9)
NF1 WILD-TYPE 226 54.0 (15.5)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #6: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'AGE'

'DIRC2 MUTATION STATUS' versus 'Time from Specimen Diagnosis to Death'

P value = 8.71e-05 (logrank test), Q value = 0.18

Table S2.  Gene #92: 'DIRC2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time from Specimen Diagnosis to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 258 130 0.0 - 124.3 (14.8)
DIRC2 MUTATED 4 3 1.0 - 8.5 (5.8)
DIRC2 WILD-TYPE 254 127 0.0 - 124.3 (15.2)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #92: 'DIRC2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time from Specimen Diagnosis to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = SKCM-TM.merged_data.txt

  • Number of patients = 268

  • Number of significantly mutated genes = 147

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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