Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Stomach Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C1N015CB
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1N015CB
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 79 arm-level events and 12 clinical features across 346 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • 16p gain cnv correlated to 'PATHOLOGY.M.STAGE'.

  • 16q gain cnv correlated to 'PATHOLOGY.M.STAGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 79 arm-level events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
16p gain 49 (14%) 297 0.393
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.00431
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.00019
(0.18) 		1
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.11
(1.00)
16q gain 38 (11%) 308 0.0731
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.00101
(0.955) 		0.271
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1e-05
(0.00948) 		0.861
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.059
(1.00)
1p gain 40 (12%) 306 0.329
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.75
(1.00)
1q gain 83 (24%) 263 0.418
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.0147
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.354
(1.00)
2p gain 57 (16%) 289 0.497
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.449
(1.00)
2q gain 49 (14%) 297 0.724
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.566
(1.00)
3p gain 38 (11%) 308 0.113
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.865
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.403
(1.00)
3q gain 67 (19%) 279 0.073
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.892
(1.00)
4p gain 13 (4%) 333 0.161
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.87
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.753
(1.00)
4q gain 9 (3%) 337 0.877
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.702
(1.00)
5p gain 78 (23%) 268 0.288
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.00194
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.697
(1.00)
5q gain 33 (10%) 313 0.851
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.868
(1.00)
6p gain 64 (18%) 282 0.707
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.00272
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0344
(1.00)
6q gain 51 (15%) 295 0.21
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.00301
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0196
(1.00)
7p gain 151 (44%) 195 0.542
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.126
(1.00)
7q gain 129 (37%) 217 0.705
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.00622
(1.00) 		0.0414
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0476
(1.00)
8p gain 143 (41%) 203 0.164
(1.00) 		0.0102
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.269
(1.00)
8q gain 190 (55%) 156 0.741
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.386
(1.00)
9p gain 45 (13%) 301 0.19
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.854
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.573
(1.00)
9q gain 56 (16%) 290 0.458
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.703
(1.00)
10p gain 82 (24%) 264 0.701
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.0186
(1.00)
10q gain 57 (16%) 289 0.587
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.0253
(1.00)
11p gain 42 (12%) 304 0.15
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.207
(1.00)
11q gain 48 (14%) 298 0.694
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.134
(1.00)
12p gain 69 (20%) 277 0.156
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.625
(1.00)
12q gain 61 (18%) 285 0.708
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0263
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.0602
(1.00)
13q gain 118 (34%) 228 0.047
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.114
(1.00) 		1
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.682
(1.00)
14q gain 20 (6%) 326 0.0257
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.689
(1.00)
15q gain 29 (8%) 317 0.608
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0426
(1.00)
17p gain 19 (5%) 327 0.986
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.00323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.807
(1.00)
17q gain 43 (12%) 303 0.813
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.361
(1.00)
18p gain 61 (18%) 285 0.106
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.00987
(1.00) 		0.00232
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.822
(1.00)
18q gain 43 (12%) 303 0.105
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.0439
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00)
19p gain 44 (13%) 302 0.167
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0284
(1.00) 		0.0842
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.816
(1.00)
19q gain 57 (16%) 289 0.239
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.00454
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.091
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.00823
(1.00) 		0.0915
(1.00)
20p gain 188 (54%) 158 0.644
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.00799
(1.00) 		0.032
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.777
(1.00)
20q gain 217 (63%) 129 0.482
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.039
(1.00) 		0.00209
(1.00) 		0.00102
(0.964) 		0.715
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.886
(1.00)
21q gain 21 (6%) 325 0.224
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.856
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.127
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 28 (8%) 318 0.722
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.0566
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.252
(1.00)
xq gain 42 (12%) 304 0.299
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		0.0013
(1.00) 		1
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.00325
(1.00) 		0.0236
(1.00)
1p loss 41 (12%) 305 0.833
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.081
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.136
(1.00)
1q loss 19 (5%) 327 0.538
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.95
(1.00) 		1
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.428
(1.00)
2p loss 19 (5%) 327 0.062
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.825
(1.00)
2q loss 22 (6%) 324 0.258
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.0698
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.142
(1.00)
3p loss 67 (19%) 279 0.64
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.942
(1.00)
3q loss 40 (12%) 306 0.873
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.0041
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.729
(1.00)
4p loss 128 (37%) 218 0.596
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.421
(1.00)
4q loss 126 (36%) 220 0.392
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.5
(1.00)
5p loss 42 (12%) 304 0.503
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.313
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.289
(1.00)
5q loss 73 (21%) 273 0.783
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.36
(1.00)
6p loss 40 (12%) 306 0.474
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.911
(1.00)
6q loss 52 (15%) 294 0.515
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0622
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.738
(1.00)
7p loss 13 (4%) 333 0.286
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 25 (7%) 321 0.219
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.627
(1.00)
8p loss 59 (17%) 287 0.348
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.00287
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		0.615
(1.00)
8q loss 19 (5%) 327 0.606
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.0635
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.537
(1.00)
9p loss 106 (31%) 240 0.537
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.488
(1.00)
9q loss 73 (21%) 273 0.796
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.918
(1.00)
10p loss 43 (12%) 303 0.131
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.38
(1.00)
10q loss 48 (14%) 298 0.614
(1.00) 		0.049
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.922
(1.00)
11p loss 49 (14%) 297 0.619
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.322
(1.00)
11q loss 46 (13%) 300 0.195
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.085
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.00745
(1.00) 		0.846
(1.00)
12p loss 45 (13%) 301 0.475
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.312
(1.00)
12q loss 35 (10%) 311 0.193
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.674
(1.00)
13q loss 30 (9%) 316 0.183
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.0827
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00)
14q loss 82 (24%) 264 0.723
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0774
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.891
(1.00)
15q loss 73 (21%) 273 0.51
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.00352
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.556
(1.00)
16p loss 71 (21%) 275 0.523
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.407
(1.00)
16q loss 81 (23%) 265 0.295
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.426
(1.00)
17p loss 123 (36%) 223 0.971
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.0353
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.379
(1.00)
17q loss 57 (16%) 289 0.767
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.287
(1.00)
18p loss 98 (28%) 248 0.675
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.108
(1.00)
18q loss 122 (35%) 224 0.739
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.514
(1.00)
19p loss 83 (24%) 263 0.153
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.00337
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.161
(1.00)
19q loss 66 (19%) 280 0.571
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.485
(1.00)
20p loss 18 (5%) 328 0.00508
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.00979
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.046
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.645
(1.00)
21q loss 128 (37%) 218 0.414
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.885
(1.00)
22q loss 104 (30%) 242 0.636
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.0277
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.315
(1.00)
xq loss 40 (12%) 306 0.832
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.0578
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.506
(1.00)
'16p gain' versus 'PATHOLOGY.M.STAGE'

P value = 0.00019 (Fisher's exact test), Q value = 0.18

Table S1.  Gene #28: '16p gain' versus Clinical Feature #6: 'PATHOLOGY.M.STAGE'

nPatients M0 M1 MX
ALL 308 21 17
16P GAIN MUTATED 35 6 8
16P GAIN WILD-TYPE 273 15 9

Figure S1.  Get High-res Image Gene #28: '16p gain' versus Clinical Feature #6: 'PATHOLOGY.M.STAGE'

'16q gain' versus 'PATHOLOGY.M.STAGE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.0095

Table S2.  Gene #29: '16q gain' versus Clinical Feature #6: 'PATHOLOGY.M.STAGE'

nPatients M0 M1 MX
ALL 308 21 17
16Q GAIN MUTATED 24 6 8
16Q GAIN WILD-TYPE 284 15 9

Figure S2.  Get High-res Image Gene #29: '16q gain' versus Clinical Feature #6: 'PATHOLOGY.M.STAGE'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = STAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 346

  • Number of significantly arm-level cnvs = 79

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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