Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Stomach Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C1H70DNM
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1H70DNM
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 81 focal events and 12 clinical features across 346 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • amp_17q12 cnv correlated to 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 81 focal events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
amp 17q12 108 (31%) 238 0.666
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.001
(0.966) 		0.193
(1.00) 		0.00257
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.0001
(0.0972) 		0.785
(1.00) 		0.211
(1.00)
amp 1p36 22 48 (14%) 298 0.826
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.22
(1.00)
amp 1q21 3 126 (36%) 220 0.791
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.0822
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.277
(1.00)
amp 1q42 3 116 (34%) 230 0.787
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.00649
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.544
(1.00)
amp 3q26 2 116 (34%) 230 0.744
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.0858
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.896
(1.00) 		1
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.323
(1.00)
amp 5p15 33 98 (28%) 248 0.707
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.0504
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.13
(1.00)
amp 5p13 1 97 (28%) 249 0.517
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.502
(1.00)
amp 6p21 1 93 (27%) 253 0.862
(1.00) 		0.0292
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.00033
(0.32) 		0.0871
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0175
(1.00)
amp 6q12 69 (20%) 277 0.532
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.00143
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0801
(1.00)
amp 6q21 62 (18%) 284 0.202
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.274
(1.00)
amp 7p22 1 178 (51%) 168 0.62
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.363
(1.00)
amp 7p11 2 161 (47%) 185 0.159
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.0646
(1.00) 		0.0364
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00) 		0.19
(1.00)
amp 7q21 2 158 (46%) 188 0.532
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.0822
(1.00) 		0.0617
(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.143
(1.00)
amp 8p23 1 135 (39%) 211 0.26
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.57
(1.00)
amp 8q24 21 235 (68%) 111 0.823
(1.00) 		0.00854
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0175
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.602
(1.00)
amp 9p24 1 54 (16%) 292 0.631
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.243
(1.00)
amp 9p13 3 64 (18%) 282 0.538
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.00092
(0.89) 		0.0241
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00)
amp 9q34 3 90 (26%) 256 0.501
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.604
(1.00)
amp 10p11 22 91 (26%) 255 0.765
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.0228
(1.00)
amp 10q22 2 66 (19%) 280 0.627
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.21
(1.00)
amp 10q26 13 69 (20%) 277 0.861
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.252
(1.00)
amp 11p13 65 (19%) 281 0.00821
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.335
(1.00)
amp 11q13 3 83 (24%) 263 0.47
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.29
(1.00)
amp 12p12 1 99 (29%) 247 0.922
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.899
(1.00)
amp 12q15 88 (25%) 258 0.655
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.057
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.275
(1.00)
amp 13q12 3 133 (38%) 213 0.104
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.404
(1.00)
amp 13q22 1 137 (40%) 209 0.151
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.706
(1.00)
amp 15q26 1 81 (23%) 265 0.886
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.315
(1.00)
amp 18q11 2 108 (31%) 238 0.0592
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.724
(1.00)
amp 19p13 2 39 (11%) 307 0.216
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.194
(1.00)
amp 19q12 103 (30%) 243 0.791
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.0948
(1.00)
amp 20q13 2 227 (66%) 119 0.422
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.00375
(1.00) 		0.00037
(0.359) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.856
(1.00)
amp xq27 3 64 (18%) 282 0.857
(1.00) 		0.0667
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.209
(1.00) 		1
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.182
(1.00)
del 1p36 11 96 (28%) 250 0.851
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.0924
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.187
(1.00)
del 1p13 2 66 (19%) 280 0.447
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.3
(1.00)
del 1q25 1 12 (3%) 334 0.568
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.132
(1.00)
del 1q44 21 (6%) 325 0.422
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.761
(1.00) 		1
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.965
(1.00) 		1
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.379
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q32 1 47 (14%) 299 0.0766
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q37 2 51 (15%) 295 0.575
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.0435
(1.00) 		0.328
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.556
(1.00)
del 3p26 1 104 (30%) 242 0.536
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.4
(1.00)
del 3p14 2 120 (35%) 226 0.296
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.0603
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.385
(1.00)
del 3q26 31 41 (12%) 305 0.593
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00)
del 4p16 3 131 (38%) 215 0.66
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.825
(1.00)
del 4q22 1 149 (43%) 197 0.57
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.209
(1.00)
del 4q34 3 149 (43%) 197 0.774
(1.00) 		0.0947
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.384
(1.00)
del 5q11 2 122 (35%) 224 0.677
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.0858
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00078
(0.755) 		0.248
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.813
(1.00)
del 5q23 2 109 (32%) 237 0.172
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.00373
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.416
(1.00)
del 6p25 3 85 (25%) 261 0.181
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0811
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0589
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.637
(1.00)
del 6q14 1 67 (19%) 279 0.667
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.944
(1.00)
del 6q26 76 (22%) 270 0.291
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.037
(1.00) 		1
(1.00)
del 7q31 1 52 (15%) 294 0.407
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0639
(1.00)
del 7q36 3 70 (20%) 276 0.785
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.857
(1.00)
del 8p23 3 94 (27%) 252 0.337
(1.00) 		0.0821
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.084
(1.00) 		0.011
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.0668
(1.00)
del 9p23 144 (42%) 202 0.915
(1.00) 		0.0831
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.115
(1.00)
del 9p21 3 140 (40%) 206 0.983
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.706
(1.00)
del 9q21 11 84 (24%) 262 0.926
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0762
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.825
(1.00)
del 10p15 3 54 (16%) 292 0.0681
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		1
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00)
del 10q22 3 53 (15%) 293 0.505
(1.00) 		0.00832
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0211
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.857
(1.00)
del 10q23 31 81 (23%) 265 0.713
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.916
(1.00)
del 11p15 4 72 (21%) 274 0.502
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.00049
(0.475) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.799
(1.00)
del 11q23 2 74 (21%) 272 0.0106
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.00985
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.905
(1.00)
del 12p13 1 53 (15%) 293 0.16
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.0123
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.00109
(1.00) 		0.0757
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.592
(1.00)
del 13q12 11 49 (14%) 297 0.275
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.00906
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00)
del 14q23 3 99 (29%) 247 0.954
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.786
(1.00)
del 14q32 33 100 (29%) 246 0.595
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.0915
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.0147
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.789
(1.00)
del 15q11 2 94 (27%) 252 0.57
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.654
(1.00)
del 15q15 1 97 (28%) 249 0.686
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.0967
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.0722
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.928
(1.00)
del 16p13 3 68 (20%) 278 0.798
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.00984
(1.00) 		0.051
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.0861
(1.00)
del 16q23 1 135 (39%) 211 0.947
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.00128
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.915
(1.00)
del 17p12 131 (38%) 215 0.91
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.541
(1.00)
del 17q24 3 64 (18%) 282 0.788
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.324
(1.00)
del 18q21 2 156 (45%) 190 0.728
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.00397
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0536
(1.00) 		0.276
(1.00)
del 19p13 3 114 (33%) 232 0.762
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0316
(1.00) 		0.00596
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0561
(1.00)
del 19q13 11 52 (15%) 294 0.898
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0861
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.931
(1.00)
del 20p12 1 28 (8%) 318 0.0118
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00)
del 21q11 2 127 (37%) 219 0.372
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.886
(1.00)
del 21q22 13 136 (39%) 210 0.218
(1.00) 		0.0698
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.882
(1.00) 		1
(1.00)
del 22q13 31 117 (34%) 229 0.672
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.404
(1.00)
del xp22 2 65 (19%) 281 0.332
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00)
del xp21 1 61 (18%) 285 0.274
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.0437
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0591
(1.00)
del xq21 33 42 (12%) 304 0.389
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.678
(1.00) 		1
(1.00)
'amp_17q12' versus 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'

P value = 1e-04 (Fisher's exact test), Q value = 0.097

Table S1.  Gene #28: 'amp_17q12' versus Clinical Feature #10: 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'

nPatients R0 R1 R2 RX
ALL 277 13 13 25
AMP PEAK 28(17Q12) MUTATED 91 0 9 3
AMP PEAK 28(17Q12) WILD-TYPE 186 13 4 22

Figure S1.  Get High-res Image Gene #28: 'amp_17q12' versus Clinical Feature #10: 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = STAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 346

  • Number of significantly focal cnvs = 81

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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