Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Uterine Corpus Endometrioid Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
Maintainer Information
Citation Information
doi:10.7908/C12N513W
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C12N513W
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 197 genes and 7 clinical features across 248 patients, 6 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • PTEN mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • PIK3R1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • TP53 mutation correlated to 'AGE' and 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • ARID1A mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • CTNNB1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 197 genes and 7 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 6 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
TP53 69 (28%) 179 0.0212
(1.00) 		5.85e-06
(0.00805) 		1e-05
(0.0138) 		0.237
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.00743
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 161 (65%) 87 0.00704
(1.00) 		0.00753
(1.00) 		1e-05
(0.0138) 		0.0359
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.0007
(0.957) 		1
(1.00)
PIK3R1 83 (33%) 165 0.956
(1.00) 		0.398
(1.00) 		1e-05
(0.0138) 		0.324
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.136
(1.00)
ARID1A 83 (33%) 165 0.00596
(1.00) 		0.00633
(1.00) 		9e-05
(0.124) 		0.573
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 74 (30%) 174 0.666
(1.00) 		0.000515
(0.706) 		1e-05
(0.0138) 		0.31
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00)
CTCF 44 (18%) 204 0.163
(1.00) 		0.0368
(1.00) 		0.00019
(0.261) 		1
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00)
FBXW7 39 (16%) 209 0.784
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.00369
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.528
(1.00)
KRAS 53 (21%) 195 0.0829
(1.00) 		0.000544
(0.744) 		0.00032
(0.439) 		0.257
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.583
(1.00)
ARHGAP35 36 (15%) 212 0.656
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.457
(1.00)
PIK3CA 132 (53%) 116 0.0319
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.721
(1.00) 		1
(1.00)
FGFR2 31 (12%) 217 0.535
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
ZFHX3 44 (18%) 204 0.668
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.126
(1.00)
TCP11L2 14 (6%) 234 0.162
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.235
(1.00)
SPOP 21 (8%) 227 0.387
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.31
(1.00)
RBMX 13 (5%) 235 0.487
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00)
SOX17 7 (3%) 241 0.431
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		1
(1.00)
NFE2L2 15 (6%) 233 0.644
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00)
CCND1 14 (6%) 234 0.582
(1.00) 		0.0652
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.235
(1.00)
GNPTAB 20 (8%) 228 0.135
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.273
(1.00)
ARID5B 29 (12%) 219 0.754
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.00274
(1.00) 		0.411
(1.00)
DNER 18 (7%) 230 0.514
(1.00) 		0.0325
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.235
(1.00)
EP300 21 (8%) 227 0.143
(1.00) 		0.0984
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0442
(1.00)
MAX 11 (4%) 237 0.834
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00)
SGK1 15 (6%) 233 0.849
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 9 (4%) 239 0.25
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.155
(1.00)
KLHL8 12 (5%) 236 0.257
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.176
(1.00)
MORC4 20 (8%) 228 0.116
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.273
(1.00)
ZNF781 10 (4%) 238 0.322
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.134
(1.00)
MKI67 29 (12%) 219 0.179
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.395
(1.00)
ING1 13 (5%) 235 0.292
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.908
(1.00) 		1
(1.00)
INTS7 8 (3%) 240 0.268
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.113
(1.00)
CCDC6 6 (2%) 242 0.532
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.359
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00)
EIF2S2 9 (4%) 239 0.309
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.155
(1.00)
RBBP6 22 (9%) 226 0.387
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
SOS1 12 (5%) 236 0.236
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.893
(1.00) 		1
(1.00)
NAT1 7 (3%) 241 0.698
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.2
(1.00) 		1
(1.00)
ADNP 14 (6%) 234 0.775
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.155
(1.00)
VPS11 12 (5%) 236 0.81
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00)
L1TD1 16 (6%) 232 0.185
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.235
(1.00)
MARK3 11 (4%) 237 0.818
(1.00) 		0.0516
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.134
(1.00)
CTNND1 19 (8%) 229 0.844
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00)
GFAP 9 (4%) 239 0.398
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.456
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.113
(1.00)
PPP2R1A 27 (11%) 221 0.821
(1.00) 		0.007
(1.00) 		0.00038
(0.521) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.31
(1.00)
C9ORF102 16 (6%) 232 0.161
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.235
(1.00)
EIF4A2 7 (3%) 241 0.372
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF471 15 (6%) 233 0.808
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.235
(1.00)
CDK17 14 (6%) 234 0.632
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.216
(1.00)
SIN3A 21 (8%) 227 0.394
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF485 9 (4%) 239 0.9
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.176
(1.00)
RSBN1L 12 (5%) 236 0.18
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.00308
(1.00) 		0.196
(1.00)
CUX1 23 (9%) 225 0.387
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00)
BCOR 30 (12%) 218 0.0542
(1.00) 		0.0735
(1.00) 		0.00838
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		1
(1.00)
WDR45 11 (4%) 237 0.955
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.0429
(1.00) 		1
(1.00)
CAB39L 8 (3%) 240 0.287
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.00932
(1.00) 		1
(1.00)
TAB3 18 (7%) 230 0.125
(1.00) 		0.0402
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0314
(1.00) 		0.31
(1.00)
OAZ3 8 (3%) 240 0.296
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.113
(1.00)
AHCYL1 6 (2%) 242 0.415
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.0689
(1.00)
ATM 29 (12%) 219 0.0461
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.378
(1.00)
MSH4 15 (6%) 233 0.174
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.0704
(1.00) 		0.216
(1.00)
FAM65B 16 (6%) 232 0.169
(1.00) 		0.049
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.216
(1.00)
FN1 24 (10%) 224 0.337
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.021
(1.00) 		1
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.345
(1.00)
JAKMIP2 12 (5%) 236 0.698
(1.00) 		0.0301
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.155
(1.00)
WBP4 8 (3%) 240 0.44
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RASA1 22 (9%) 226 0.0868
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.0442
(1.00)
ALPK2 19 (8%) 229 0.1
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.255
(1.00)
POLE 27 (11%) 221 0.539
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.362
(1.00)
KIF20B 21 (8%) 227 0.128
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.255
(1.00)
C14ORF166B 10 (4%) 238 0.278
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		1
(1.00)
SLC26A8 12 (5%) 236 0.28
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.196
(1.00)
ZNF334 17 (7%) 231 0.719
(1.00) 		0.00468
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.255
(1.00)
RRAS2 4 (2%) 244 0.611
(1.00) 		0.0213
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPM1N 7 (3%) 241 0.337
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.113
(1.00)
FCN1 8 (3%) 240 0.897
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00)
TIAL1 10 (4%) 238 0.31
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00)
PSMC4 11 (4%) 237 0.238
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.15
(1.00) 		1
(1.00)
MFAP5 9 (4%) 239 0.337
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.134
(1.00)
RAB3GAP1 16 (6%) 232 0.697
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.011
(1.00)
MSH6 17 (7%) 231 0.511
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.216
(1.00)
BMP2K 13 (5%) 235 0.29
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.196
(1.00)
ZNF606 16 (6%) 232 0.177
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0211
(1.00)
ZNF263 7 (3%) 241 0.436
(1.00) 		0.0566
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.0689
(1.00)
CHEK2 13 (5%) 235 0.658
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.176
(1.00)
MGA 26 (10%) 222 0.741
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.292
(1.00)
RHBDD3 4 (2%) 244 0.536
(1.00) 		0.128
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TAP1 8 (3%) 240 0.881
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00)
RB1 20 (8%) 228 0.346
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		1
(1.00)
SLC1A3 12 (5%) 236 0.749
(1.00) 		0.755
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.00766
(1.00) 		1
(1.00)
ATAD5 17 (7%) 231 0.147
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00)
ALG8 10 (4%) 238 0.282
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.0141
(1.00)
TIGD4 13 (5%) 235 0.209
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.216
(1.00)
PARG 9 (4%) 239 0.292
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00)
FAT1 40 (16%) 208 0.0251
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.118
(1.00)
DYM 10 (4%) 238 0.339
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00)
PSMD3 11 (4%) 237 0.253
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00)
PPM1D 11 (4%) 237 0.231
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.155
(1.00)
ZMYM2 17 (7%) 231 0.157
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.0987
(1.00) 		1
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00)
INPP4B 12 (5%) 236 0.574
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.196
(1.00)
USP28 10 (4%) 238 0.276
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00)
EMR1 13 (5%) 235 0.215
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.176
(1.00)
ZNF385B 7 (3%) 241 0.404
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.425
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00)
RAE1 11 (4%) 237 0.22
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
TRIM59 9 (4%) 239 0.269
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0405
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF721 13 (5%) 235 0.239
(1.00) 		0.0494
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.196
(1.00)
MCTP1 13 (5%) 235 0.231
(1.00) 		0.0153
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.196
(1.00)
ZNF774 10 (4%) 238 0.341
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.745
(1.00) 		1
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.134
(1.00)
FAM9A 14 (6%) 234 0.286
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00)
CFP 8 (3%) 240 0.0272
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00)
PER3 12 (5%) 236 0.254
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00)
ZRANB3 8 (3%) 240 0.265
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00)
OMA1 10 (4%) 238 0.326
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.134
(1.00)
CLDN15 5 (2%) 243 0.528
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.113
(1.00)
TTC39C 7 (3%) 241 0.34
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		1
(1.00)
TXNRD1 8 (3%) 240 0.356
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.824
(1.00) 		1
(1.00)
MECOM 12 (5%) 236 0.225
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC147 15 (6%) 233 0.18
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.473
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.196
(1.00)
SACS 26 (10%) 222 0.062
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.118
(1.00) 		1
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.00311
(1.00)
MUTED 7 (3%) 241 0.356
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		1
(1.00)
SLC44A3 6 (2%) 242 0.457
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF674 14 (6%) 234 0.164
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC144A 18 (7%) 230 0.473
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.255
(1.00)
OR8B8 7 (3%) 241 0.409
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.113
(1.00)
LNX2 14 (6%) 234 0.206
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.235
(1.00)
TMEM62 9 (4%) 239 0.321
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.155
(1.00)
ATF7IP 17 (7%) 231 0.163
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.255
(1.00)
IL20 7 (3%) 241 0.337
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.0911
(1.00)
C3AR1 8 (3%) 240 0.259
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.134
(1.00)
PKD2 8 (3%) 240 0.358
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.134
(1.00)
BMP5 13 (5%) 235 0.168
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.216
(1.00)
OR52I2 8 (3%) 240 0.989
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00)
C1ORF100 9 (4%) 239 0.272
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0911
(1.00)
CCDC160 11 (4%) 237 0.225
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00)
NAA15 14 (6%) 234 0.575
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.196
(1.00)
RNF31 17 (7%) 231 0.193
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.216
(1.00)
NFE2L3 12 (5%) 236 0.254
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00)
ZKSCAN1 7 (3%) 241 0.401
(1.00) 		0.968
(1.00) 		1
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00)
CDKL1 7 (3%) 241 0.412
(1.00) 		0.0112
(1.00) 		0.425
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.0735
(1.00) 		0.113
(1.00)
ERBB3 17 (7%) 231 0.172
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		1
(1.00)
SELP 9 (4%) 239 0.963
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.134
(1.00)
PPIG 16 (6%) 232 0.235
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.235
(1.00)
GPRASP1 21 (8%) 227 0.142
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.273
(1.00)
REV3L 20 (8%) 228 0.115
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.273
(1.00)
CTNNA1 13 (5%) 235 0.197
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		1
(1.00)
MRPL47 6 (2%) 242 0.464
(1.00) 		0.92
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0911
(1.00)
DEPDC1B 11 (4%) 237 0.975
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		1
(1.00)
CASP8 17 (7%) 231 0.512
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.0295
(1.00)
CACNB4 10 (4%) 238 0.332
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00)
BHLHB9 8 (3%) 240 0.37
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
C22ORF25 6 (2%) 242 0.472
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.0689
(1.00)
GALNT7 11 (4%) 237 0.658
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.0251
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.176
(1.00)
LGMN 7 (3%) 241 0.0758
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EPS8 12 (5%) 236 0.871
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.196
(1.00)
TGOLN2 3 (1%) 245 0.572
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TPX2 6 (2%) 242 0.52
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.0689
(1.00)
C14ORF118 15 (6%) 233 0.211
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.196
(1.00)
SLC34A3 6 (2%) 242 0.443
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.421
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF662 13 (5%) 235 0.205
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.176
(1.00)
ZDBF2 18 (7%) 230 0.148
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.255
(1.00)
SFRP4 8 (3%) 240 0.331
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.113
(1.00)
CCDC146 14 (6%) 234 0.199
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.196
(1.00)
C7ORF60 10 (4%) 238 0.284
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		0.155
(1.00)
ZNF649 14 (6%) 234 0.221
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.196
(1.00)
RASSF9 9 (4%) 239 0.262
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.134
(1.00)
NIPA2 8 (3%) 240 0.342
(1.00) 		0.986
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0335
(1.00) 		1
(1.00)
FILIP1 16 (6%) 232 0.136
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.176
(1.00)
PHKA2 16 (6%) 232 0.142
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		1
(1.00)
COBLL1 15 (6%) 233 0.197
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.216
(1.00)
AGPAT9 8 (3%) 240 0.294
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.134
(1.00)
NOP56 11 (4%) 237 0.288
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00)
RBL2 12 (5%) 236 0.744
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.196
(1.00)
ABCC6 12 (5%) 236 0.549
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.176
(1.00)
CCDC104 10 (4%) 238 0.278
(1.00) 		0.0971
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		0.585
(1.00) 		1
(1.00)
MLL2 33 (13%) 215 0.092
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.0953
(1.00) 		0.442
(1.00)
SSH2 12 (5%) 236 0.226
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.0079
(1.00) 		0.0174
(1.00)
ZNF709 12 (5%) 236 0.195
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.155
(1.00)
BRDT 14 (6%) 234 0.199
(1.00) 		0.0842
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.196
(1.00)
SH3BGRL 6 (2%) 242 0.382
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		1
(1.00)
MLH3 17 (7%) 231 0.61
(1.00) 		0.00875
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.255
(1.00)
CCDC150 12 (5%) 236 0.268
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00)
NT5C3 7 (3%) 241 0.306
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.113
(1.00)
APAF1 13 (5%) 235 0.615
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.176
(1.00)
KANK4 11 (4%) 237 0.975
(1.00) 		0.043
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00)
NRIP1 13 (5%) 235 0.234
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.36
(1.00) 		1
(1.00)
GTF2H1 8 (3%) 240 0.342
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.134
(1.00)
ASXL2 14 (6%) 234 0.201
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.176
(1.00)
ZNF611 12 (5%) 236 0.822
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.196
(1.00)
SUN3 6 (2%) 242 0.407
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.00244
(1.00)
ZNF195 11 (4%) 237 0.27
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.176
(1.00)
EXOSC9 10 (4%) 238 0.273
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.155
(1.00)
MFN2 9 (4%) 239 0.38
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.134
(1.00)
LIMA1 8 (3%) 240 0.393
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00)
PTPN12 10 (4%) 238 0.972
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.155
(1.00)
MTF2 9 (4%) 239 0.346
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00)
MLL4 30 (12%) 218 0.0604
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.427
(1.00)
C1ORF101 12 (5%) 236 0.237
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.196
(1.00)
MBOAT2 7 (3%) 241 0.383
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00)
CHD4 35 (14%) 213 0.491
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00)
SESN3 13 (5%) 235 0.245
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.196
(1.00)
'PTEN MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014

Table S1.  Gene #1: 'PTEN MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA
ALL 200 4 44
PTEN MUTATED 159 1 1
PTEN WILD-TYPE 41 3 43

Figure S1.  Get High-res Image Gene #1: 'PTEN MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'PIK3R1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014

Table S2.  Gene #2: 'PIK3R1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA
ALL 200 4 44
PIK3R1 MUTATED 80 1 2
PIK3R1 WILD-TYPE 120 3 42

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'PIK3R1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 5.85e-06 (Wilcoxon-test), Q value = 0.0081

Table S3.  Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 248 63.1 (11.1)
TP53 MUTATED 69 67.9 (9.4)
TP53 WILD-TYPE 179 61.3 (11.2)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014

Table S4.  Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA
ALL 200 4 44
TP53 MUTATED 27 3 39
TP53 WILD-TYPE 173 1 5

Figure S4.  Get High-res Image Gene #3: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'ARID1A MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 9e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.12

Table S5.  Gene #9: 'ARID1A MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA
ALL 200 4 44
ARID1A MUTATED 78 1 4
ARID1A WILD-TYPE 122 3 40

Figure S5.  Get High-res Image Gene #9: 'ARID1A MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'CTNNB1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014

Table S6.  Gene #10: 'CTNNB1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA
ALL 200 4 44
CTNNB1 MUTATED 74 0 0
CTNNB1 WILD-TYPE 126 4 44

Figure S6.  Get High-res Image Gene #10: 'CTNNB1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = UCEC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 248

  • Number of significantly mutated genes = 197

  • Number of selected clinical features = 7

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2014 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle