This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 197 genes and 7 clinical features across 248 patients, 6 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
PTEN mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
-
PIK3R1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
-
TP53 mutation correlated to 'AGE' and 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
-
ARID1A mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
-
CTNNB1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
COMPLETENESS OF RESECTION |
RACE | ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
TP53 | 69 (28%) | 179 |
0.0212 (1.00) |
5.85e-06 (0.00805) |
1e-05 (0.0138) |
0.237 (1.00) |
0.0859 (1.00) |
0.00743 (1.00) |
1 (1.00) |
PTEN | 161 (65%) | 87 |
0.00704 (1.00) |
0.00753 (1.00) |
1e-05 (0.0138) |
0.0359 (1.00) |
0.047 (1.00) |
0.0007 (0.957) |
1 (1.00) |
PIK3R1 | 83 (33%) | 165 |
0.956 (1.00) |
0.398 (1.00) |
1e-05 (0.0138) |
0.324 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.136 (1.00) |
ARID1A | 83 (33%) | 165 |
0.00596 (1.00) |
0.00633 (1.00) |
9e-05 (0.124) |
0.573 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.243 (1.00) |
1 (1.00) |
CTNNB1 | 74 (30%) | 174 |
0.666 (1.00) |
0.000515 (0.706) |
1e-05 (0.0138) |
0.31 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
CTCF | 44 (18%) | 204 |
0.163 (1.00) |
0.0368 (1.00) |
0.00019 (0.261) |
1 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.778 (1.00) |
1 (1.00) |
FBXW7 | 39 (16%) | 209 |
0.784 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.00369 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.528 (1.00) |
KRAS | 53 (21%) | 195 |
0.0829 (1.00) |
0.000544 (0.744) |
0.00032 (0.439) |
0.257 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.583 (1.00) |
ARHGAP35 | 36 (15%) | 212 |
0.656 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.727 (1.00) |
1 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.457 (1.00) |
PIK3CA | 132 (53%) | 116 |
0.0319 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.721 (1.00) |
1 (1.00) |
FGFR2 | 31 (12%) | 217 |
0.535 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.778 (1.00) |
1 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.628 (1.00) |
1 (1.00) |
ZFHX3 | 44 (18%) | 204 |
0.668 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.0671 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.126 (1.00) |
TCP11L2 | 14 (6%) | 234 |
0.162 (1.00) |
0.988 (1.00) |
0.171 (1.00) |
1 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.0889 (1.00) |
0.235 (1.00) |
SPOP | 21 (8%) | 227 |
0.387 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.31 (1.00) |
RBMX | 13 (5%) | 235 |
0.487 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.211 (1.00) |
1 (1.00) |
SOX17 | 7 (3%) | 241 |
0.431 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.0655 (1.00) |
1 (1.00) |
NFE2L2 | 15 (6%) | 233 |
0.644 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.512 (1.00) |
1 (1.00) |
CCND1 | 14 (6%) | 234 |
0.582 (1.00) |
0.0652 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.235 (1.00) |
GNPTAB | 20 (8%) | 228 |
0.135 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.273 (1.00) |
ARID5B | 29 (12%) | 219 |
0.754 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.0103 (1.00) |
1 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.00274 (1.00) |
0.411 (1.00) |
DNER | 18 (7%) | 230 |
0.514 (1.00) |
0.0325 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.235 (1.00) |
EP300 | 21 (8%) | 227 |
0.143 (1.00) |
0.0984 (1.00) |
0.0648 (1.00) |
0.637 (1.00) |
1 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.0442 (1.00) |
MAX | 11 (4%) | 237 |
0.834 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.106 (1.00) |
1 (1.00) |
SGK1 | 15 (6%) | 233 |
0.849 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.364 (1.00) |
1 (1.00) |
NRAS | 9 (4%) | 239 |
0.25 (1.00) |
0.785 (1.00) |
1 (1.00) |
0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0431 (1.00) |
0.155 (1.00) |
KLHL8 | 12 (5%) | 236 |
0.257 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.29 (1.00) |
1 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.176 (1.00) |
MORC4 | 20 (8%) | 228 |
0.116 (1.00) |
0.0146 (1.00) |
0.265 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.273 (1.00) |
ZNF781 | 10 (4%) | 238 |
0.322 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.134 (1.00) |
MKI67 | 29 (12%) | 219 |
0.179 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.0107 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.395 (1.00) |
ING1 | 13 (5%) | 235 |
0.292 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.908 (1.00) |
1 (1.00) |
INTS7 | 8 (3%) | 240 |
0.268 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.113 (1.00) |
CCDC6 | 6 (2%) | 242 |
0.532 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.359 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.533 (1.00) |
1 (1.00) |
EIF2S2 | 9 (4%) | 239 |
0.309 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.155 (1.00) |
RBBP6 | 22 (9%) | 226 |
0.387 (1.00) |
0.988 (1.00) |
0.0427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.283 (1.00) |
1 (1.00) |
SOS1 | 12 (5%) | 236 |
0.236 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.893 (1.00) |
1 (1.00) |
NAT1 | 7 (3%) | 241 |
0.698 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.2 (1.00) |
1 (1.00) |
ADNP | 14 (6%) | 234 |
0.775 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.171 (1.00) |
1 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.908 (1.00) |
0.155 (1.00) |
VPS11 | 12 (5%) | 236 |
0.81 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.364 (1.00) |
1 (1.00) |
L1TD1 | 16 (6%) | 232 |
0.185 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.235 (1.00) |
MARK3 | 11 (4%) | 237 |
0.818 (1.00) |
0.0516 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.134 (1.00) |
CTNND1 | 19 (8%) | 229 |
0.844 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
GFAP | 9 (4%) | 239 |
0.398 (1.00) |
0.0727 (1.00) |
0.456 (1.00) |
1 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.113 (1.00) |
PPP2R1A | 27 (11%) | 221 |
0.821 (1.00) |
0.007 (1.00) |
0.00038 (0.521) |
0.523 (1.00) |
1 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.31 (1.00) |
C9ORF102 | 16 (6%) | 232 |
0.161 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.235 (1.00) |
EIF4A2 | 7 (3%) | 241 |
0.372 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.175 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF471 | 15 (6%) | 233 |
0.808 (1.00) |
0.0355 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
0.235 (1.00) |
CDK17 | 14 (6%) | 234 |
0.632 (1.00) |
0.0852 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.216 (1.00) |
SIN3A | 21 (8%) | 227 |
0.394 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.0982 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF485 | 9 (4%) | 239 |
0.9 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.0879 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.176 (1.00) |
RSBN1L | 12 (5%) | 236 |
0.18 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.00308 (1.00) |
0.196 (1.00) |
CUX1 | 23 (9%) | 225 |
0.387 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.608 (1.00) |
1 (1.00) |
BCOR | 30 (12%) | 218 |
0.0542 (1.00) |
0.0735 (1.00) |
0.00838 (1.00) |
1 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.0282 (1.00) |
1 (1.00) |
WDR45 | 11 (4%) | 237 |
0.955 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.0429 (1.00) |
1 (1.00) |
CAB39L | 8 (3%) | 240 |
0.287 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.00932 (1.00) |
1 (1.00) |
TAB3 | 18 (7%) | 230 |
0.125 (1.00) |
0.0402 (1.00) |
0.0866 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.0314 (1.00) |
0.31 (1.00) |
OAZ3 | 8 (3%) | 240 |
0.296 (1.00) |
0.165 (1.00) |
1 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.113 (1.00) |
AHCYL1 | 6 (2%) | 242 |
0.415 (1.00) |
0.0311 (1.00) |
0.631 (1.00) |
1 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
ATM | 29 (12%) | 219 |
0.0461 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.075 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.378 (1.00) |
MSH4 | 15 (6%) | 233 |
0.174 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.142 (1.00) |
1 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.0704 (1.00) |
0.216 (1.00) |
FAM65B | 16 (6%) | 232 |
0.169 (1.00) |
0.049 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.216 (1.00) |
FN1 | 24 (10%) | 224 |
0.337 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.021 (1.00) |
1 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.345 (1.00) |
JAKMIP2 | 12 (5%) | 236 |
0.698 (1.00) |
0.0301 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.0297 (1.00) |
0.155 (1.00) |
WBP4 | 8 (3%) | 240 |
0.44 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RASA1 | 22 (9%) | 226 |
0.0868 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0919 (1.00) |
0.0442 (1.00) |
ALPK2 | 19 (8%) | 229 |
0.1 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.255 (1.00) |
POLE | 27 (11%) | 221 |
0.539 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.362 (1.00) |
KIF20B | 21 (8%) | 227 |
0.128 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.066 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.255 (1.00) |
C14ORF166B | 10 (4%) | 238 |
0.278 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.172 (1.00) |
1 (1.00) |
0.118 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC26A8 | 12 (5%) | 236 |
0.28 (1.00) |
0.0329 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.196 (1.00) |
ZNF334 | 17 (7%) | 231 |
0.719 (1.00) |
0.00468 (1.00) |
0.808 (1.00) |
1 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.255 (1.00) |
RRAS2 | 4 (2%) | 244 |
0.611 (1.00) |
0.0213 (1.00) |
1 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.436 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PPM1N | 7 (3%) | 241 |
0.337 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.113 (1.00) |
FCN1 | 8 (3%) | 240 |
0.897 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
0.168 (1.00) |
1 (1.00) |
TIAL1 | 10 (4%) | 238 |
0.31 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.336 (1.00) |
1 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.158 (1.00) |
1 (1.00) |
PSMC4 | 11 (4%) | 237 |
0.238 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.15 (1.00) |
1 (1.00) |
MFAP5 | 9 (4%) | 239 |
0.337 (1.00) |
0.0104 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.134 (1.00) |
RAB3GAP1 | 16 (6%) | 232 |
0.697 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.121 (1.00) |
1 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.011 (1.00) |
MSH6 | 17 (7%) | 231 |
0.511 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.216 (1.00) |
BMP2K | 13 (5%) | 235 |
0.29 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.196 (1.00) |
ZNF606 | 16 (6%) | 232 |
0.177 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0211 (1.00) |
ZNF263 | 7 (3%) | 241 |
0.436 (1.00) |
0.0566 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
CHEK2 | 13 (5%) | 235 |
0.658 (1.00) |
0.0191 (1.00) |
0.576 (1.00) |
1 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.176 (1.00) |
MGA | 26 (10%) | 222 |
0.741 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.292 (1.00) |
RHBDD3 | 4 (2%) | 244 |
0.536 (1.00) |
0.128 (1.00) |
1 (1.00) |
0.611 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
TAP1 | 8 (3%) | 240 |
0.881 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.437 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.402 (1.00) |
1 (1.00) |
RB1 | 20 (8%) | 228 |
0.346 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.069 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.0788 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC1A3 | 12 (5%) | 236 |
0.749 (1.00) |
0.755 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.00766 (1.00) |
1 (1.00) |
ATAD5 | 17 (7%) | 231 |
0.147 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.102 (1.00) |
1 (1.00) |
ALG8 | 10 (4%) | 238 |
0.282 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.0141 (1.00) |
TIGD4 | 13 (5%) | 235 |
0.209 (1.00) |
0.0517 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.216 (1.00) |
PARG | 9 (4%) | 239 |
0.292 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
FAT1 | 40 (16%) | 208 |
0.0251 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.0456 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.118 (1.00) |
DYM | 10 (4%) | 238 |
0.339 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.742 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
1 (1.00) |
PSMD3 | 11 (4%) | 237 |
0.253 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.402 (1.00) |
1 (1.00) |
PPM1D | 11 (4%) | 237 |
0.231 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.155 (1.00) |
ZMYM2 | 17 (7%) | 231 |
0.157 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
0.0987 (1.00) |
1 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.28 (1.00) |
1 (1.00) |
INPP4B | 12 (5%) | 236 |
0.574 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.0621 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.196 (1.00) |
USP28 | 10 (4%) | 238 |
0.276 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.349 (1.00) |
1 (1.00) |
EMR1 | 13 (5%) | 235 |
0.215 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.176 (1.00) |
ZNF385B | 7 (3%) | 241 |
0.404 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.425 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
RAE1 | 11 (4%) | 237 |
0.22 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.339 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
TRIM59 | 9 (4%) | 239 |
0.269 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.459 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0405 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF721 | 13 (5%) | 235 |
0.239 (1.00) |
0.0494 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.196 (1.00) |
MCTP1 | 13 (5%) | 235 |
0.231 (1.00) |
0.0153 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.196 (1.00) |
ZNF774 | 10 (4%) | 238 |
0.341 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.745 (1.00) |
1 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.134 (1.00) |
FAM9A | 14 (6%) | 234 |
0.286 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
CFP | 8 (3%) | 240 |
0.0272 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.35 (1.00) |
1 (1.00) |
PER3 | 12 (5%) | 236 |
0.254 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.291 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.557 (1.00) |
1 (1.00) |
ZRANB3 | 8 (3%) | 240 |
0.265 (1.00) |
0.918 (1.00) |
1 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
0.273 (1.00) |
1 (1.00) |
OMA1 | 10 (4%) | 238 |
0.326 (1.00) |
0.09 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.134 (1.00) |
CLDN15 | 5 (2%) | 243 |
0.528 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.113 (1.00) |
TTC39C | 7 (3%) | 241 |
0.34 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
1 (1.00) |
TXNRD1 | 8 (3%) | 240 |
0.356 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.824 (1.00) |
1 (1.00) |
MECOM | 12 (5%) | 236 |
0.225 (1.00) |
0.0117 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.81 (1.00) |
1 (1.00) |
CCDC147 | 15 (6%) | 233 |
0.18 (1.00) |
0.0312 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.196 (1.00) |
SACS | 26 (10%) | 222 |
0.062 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.118 (1.00) |
1 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.05 (1.00) |
0.00311 (1.00) |
MUTED | 7 (3%) | 241 |
0.356 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0957 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC44A3 | 6 (2%) | 242 |
0.457 (1.00) |
0.0571 (1.00) |
0.633 (1.00) |
1 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.424 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF674 | 14 (6%) | 234 |
0.164 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
CCDC144A | 18 (7%) | 230 |
0.473 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
0.255 (1.00) |
OR8B8 | 7 (3%) | 241 |
0.409 (1.00) |
0.0145 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.113 (1.00) |
LNX2 | 14 (6%) | 234 |
0.206 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.235 (1.00) |
TMEM62 | 9 (4%) | 239 |
0.321 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.155 (1.00) |
ATF7IP | 17 (7%) | 231 |
0.163 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.255 (1.00) |
IL20 | 7 (3%) | 241 |
0.337 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
0.0911 (1.00) |
C3AR1 | 8 (3%) | 240 |
0.259 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.439 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.134 (1.00) |
PKD2 | 8 (3%) | 240 |
0.358 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.134 (1.00) |
BMP5 | 13 (5%) | 235 |
0.168 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.216 (1.00) |
OR52I2 | 8 (3%) | 240 |
0.989 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
C1ORF100 | 9 (4%) | 239 |
0.272 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.0911 (1.00) |
CCDC160 | 11 (4%) | 237 |
0.225 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.349 (1.00) |
1 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.401 (1.00) |
1 (1.00) |
NAA15 | 14 (6%) | 234 |
0.575 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.196 (1.00) |
RNF31 | 17 (7%) | 231 |
0.193 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.216 (1.00) |
NFE2L3 | 12 (5%) | 236 |
0.254 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
ZKSCAN1 | 7 (3%) | 241 |
0.401 (1.00) |
0.968 (1.00) |
1 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
CDKL1 | 7 (3%) | 241 |
0.412 (1.00) |
0.0112 (1.00) |
0.425 (1.00) |
1 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.0735 (1.00) |
0.113 (1.00) |
ERBB3 | 17 (7%) | 231 |
0.172 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.0894 (1.00) |
1 (1.00) |
SELP | 9 (4%) | 239 |
0.963 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.457 (1.00) |
1 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.0611 (1.00) |
0.134 (1.00) |
PPIG | 16 (6%) | 232 |
0.235 (1.00) |
0.0726 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.235 (1.00) |
GPRASP1 | 21 (8%) | 227 |
0.142 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.273 (1.00) |
REV3L | 20 (8%) | 228 |
0.115 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.0681 (1.00) |
0.464 (1.00) |
1 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.273 (1.00) |
CTNNA1 | 13 (5%) | 235 |
0.197 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.0312 (1.00) |
1 (1.00) |
MRPL47 | 6 (2%) | 242 |
0.464 (1.00) |
0.92 (1.00) |
1 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0911 (1.00) |
DEPDC1B | 11 (4%) | 237 |
0.975 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.0491 (1.00) |
1 (1.00) |
CASP8 | 17 (7%) | 231 |
0.512 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.489 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.028 (1.00) |
0.0295 (1.00) |
CACNB4 | 10 (4%) | 238 |
0.332 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.113 (1.00) |
1 (1.00) |
BHLHB9 | 8 (3%) | 240 |
0.37 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.435 (1.00) |
1 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.403 (1.00) |
1 (1.00) |
C22ORF25 | 6 (2%) | 242 |
0.472 (1.00) |
0.984 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.0201 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
|
GALNT7 | 11 (4%) | 237 |
0.658 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.0251 (1.00) |
0.0164 (1.00) |
0.176 (1.00) |
LGMN | 7 (3%) | 241 |
0.0758 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
EPS8 | 12 (5%) | 236 |
0.871 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.196 (1.00) |
TGOLN2 | 3 (1%) | 245 |
0.572 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
1 (1.00) |
0.553 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
TPX2 | 6 (2%) | 242 |
0.52 (1.00) |
0.0114 (1.00) |
0.631 (1.00) |
1 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
C14ORF118 | 15 (6%) | 233 |
0.211 (1.00) |
0.0161 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.196 (1.00) |
SLC34A3 | 6 (2%) | 242 |
0.443 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.421 (1.00) |
1 (1.00) |
0.23 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF662 | 13 (5%) | 235 |
0.205 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.176 (1.00) |
ZDBF2 | 18 (7%) | 230 |
0.148 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.0866 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.255 (1.00) |
SFRP4 | 8 (3%) | 240 |
0.331 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.436 (1.00) |
1 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.113 (1.00) |
CCDC146 | 14 (6%) | 234 |
0.199 (1.00) |
0.033 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.196 (1.00) |
C7ORF60 | 10 (4%) | 238 |
0.284 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.603 (1.00) |
1 (1.00) |
0.155 (1.00) |
ZNF649 | 14 (6%) | 234 |
0.221 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.196 (1.00) |
RASSF9 | 9 (4%) | 239 |
0.262 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.134 (1.00) |
NIPA2 | 8 (3%) | 240 |
0.342 (1.00) |
0.986 (1.00) |
1 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0335 (1.00) |
1 (1.00) |
FILIP1 | 16 (6%) | 232 |
0.136 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.176 (1.00) |
PHKA2 | 16 (6%) | 232 |
0.142 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.0789 (1.00) |
1 (1.00) |
COBLL1 | 15 (6%) | 233 |
0.197 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.216 (1.00) |
AGPAT9 | 8 (3%) | 240 |
0.294 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.0535 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.134 (1.00) |
NOP56 | 11 (4%) | 237 |
0.288 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.399 (1.00) |
1 (1.00) |
RBL2 | 12 (5%) | 236 |
0.744 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.289 (1.00) |
1 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.196 (1.00) |
ABCC6 | 12 (5%) | 236 |
0.549 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.0574 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.176 (1.00) |
CCDC104 | 10 (4%) | 238 |
0.278 (1.00) |
0.0971 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.501 (1.00) |
1 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
MLL2 | 33 (13%) | 215 |
0.092 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.147 (1.00) |
1 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.0953 (1.00) |
0.442 (1.00) |
SSH2 | 12 (5%) | 236 |
0.226 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.0079 (1.00) |
0.0174 (1.00) |
ZNF709 | 12 (5%) | 236 |
0.195 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.29 (1.00) |
1 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.155 (1.00) |
BRDT | 14 (6%) | 234 |
0.199 (1.00) |
0.0842 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.196 (1.00) |
SH3BGRL | 6 (2%) | 242 |
0.382 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.668 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
1 (1.00) |
MLH3 | 17 (7%) | 231 |
0.61 (1.00) |
0.00875 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.255 (1.00) |
CCDC150 | 12 (5%) | 236 |
0.268 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.754 (1.00) |
1 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.894 (1.00) |
1 (1.00) |
NT5C3 | 7 (3%) | 241 |
0.306 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.113 (1.00) |
APAF1 | 13 (5%) | 235 |
0.615 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.176 (1.00) |
KANK4 | 11 (4%) | 237 |
0.975 (1.00) |
0.043 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.521 (1.00) |
1 (1.00) |
0.513 (1.00) |
1 (1.00) |
NRIP1 | 13 (5%) | 235 |
0.234 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.578 (1.00) |
1 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.36 (1.00) |
1 (1.00) |
GTF2H1 | 8 (3%) | 240 |
0.342 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.134 (1.00) |
ASXL2 | 14 (6%) | 234 |
0.201 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.583 (1.00) |
1 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.176 (1.00) |
ZNF611 | 12 (5%) | 236 |
0.822 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.289 (1.00) |
1 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.196 (1.00) |
SUN3 | 6 (2%) | 242 |
0.407 (1.00) |
0.0127 (1.00) |
0.632 (1.00) |
1 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.00244 (1.00) |
ZNF195 | 11 (4%) | 237 |
0.27 (1.00) |
0.023 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.176 (1.00) |
EXOSC9 | 10 (4%) | 238 |
0.273 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.335 (1.00) |
1 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.155 (1.00) |
MFN2 | 9 (4%) | 239 |
0.38 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.502 (1.00) |
1 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.134 (1.00) |
LIMA1 | 8 (3%) | 240 |
0.393 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
PTPN12 | 10 (4%) | 238 |
0.972 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.155 (1.00) |
MTF2 | 9 (4%) | 239 |
0.346 (1.00) |
0.0734 (1.00) |
0.457 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
MLL4 | 30 (12%) | 218 |
0.0604 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.0428 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.427 (1.00) |
C1ORF101 | 12 (5%) | 236 |
0.237 (1.00) |
0.0191 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.196 (1.00) |
MBOAT2 | 7 (3%) | 241 |
0.383 (1.00) |
0.0885 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.291 (1.00) |
1 (1.00) |
CHD4 | 35 (14%) | 213 |
0.491 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.45 (1.00) |
1 (1.00) |
0.738 (1.00) |
1 (1.00) |
SESN3 | 13 (5%) | 235 |
0.245 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.196 (1.00) |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014
nPatients | ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA | MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID | SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA |
---|---|---|---|
ALL | 200 | 4 | 44 |
PTEN MUTATED | 159 | 1 | 1 |
PTEN WILD-TYPE | 41 | 3 | 43 |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014
nPatients | ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA | MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID | SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA |
---|---|---|---|
ALL | 200 | 4 | 44 |
PIK3R1 MUTATED | 80 | 1 | 2 |
PIK3R1 WILD-TYPE | 120 | 3 | 42 |
P value = 5.85e-06 (Wilcoxon-test), Q value = 0.0081
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 248 | 63.1 (11.1) |
TP53 MUTATED | 69 | 67.9 (9.4) |
TP53 WILD-TYPE | 179 | 61.3 (11.2) |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014
nPatients | ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA | MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID | SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA |
---|---|---|---|
ALL | 200 | 4 | 44 |
TP53 MUTATED | 27 | 3 | 39 |
TP53 WILD-TYPE | 173 | 1 | 5 |
P value = 9e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.12
nPatients | ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA | MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID | SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA |
---|---|---|---|
ALL | 200 | 4 | 44 |
ARID1A MUTATED | 78 | 1 | 4 |
ARID1A WILD-TYPE | 122 | 3 | 40 |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.014
nPatients | ENDOMETRIOID ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA | MIXED SEROUS AND ENDOMETRIOID | SEROUS ENDOMETRIAL ADENOCARCINOMA |
---|---|---|---|
ALL | 200 | 4 | 44 |
CTNNB1 MUTATED | 74 | 0 | 0 |
CTNNB1 WILD-TYPE | 126 | 4 | 44 |
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Mutation data file = transformed.cor.cli.txt
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Clinical data file = UCEC-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 248
-
Number of significantly mutated genes = 197
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Number of selected clinical features = 7
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Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.