Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Bladder Urothelial Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1M32TMF
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1M32TMF
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 70 focal events and 12 clinical features across 278 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • del_22q13.32 cnv correlated to 'PATHOLOGY.M.STAGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 70 focal events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
del 22q13 32 121 (44%) 157 0.283
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		8e-05
(0.0672) 		1
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.0546
(1.00) 		0.655
(1.00)
amp 1p34 2 66 (24%) 212 0.9
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.789
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1q21 3 130 (47%) 148 0.0473
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.00548
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.00931
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1q23 3 140 (50%) 138 0.436
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.0252
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.00472
(1.00) 		0.062
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.093
(1.00) 		0.092
(1.00) 		1
(1.00)
amp 2p25 1 98 (35%) 180 0.855
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.00862
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.00237
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.00947
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.172
(1.00)
amp 3p25 2 124 (45%) 154 0.713
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0688
(1.00)
amp 3q26 33 141 (51%) 137 0.631
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4p16 3 56 (20%) 222 0.0399
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.00897
(1.00) 		0.0112
(1.00) 		0.0826
(1.00) 		0.0325
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.242
(1.00)
amp 4q13 3 42 (15%) 236 0.422
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.545
(1.00)
amp 5p15 33 135 (49%) 143 0.758
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.314
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6p22 3 102 (37%) 176 0.287
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6q21 21 (8%) 257 0.25
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6q23 3 29 (10%) 249 0.866
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7p21 1 136 (49%) 142 0.793
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0179
(1.00) 		0.37
(1.00)
amp 7p11 2 130 (47%) 148 0.845
(1.00) 		0.0375
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.377
(1.00)
amp 8p11 23 80 (29%) 198 0.368
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.617
(1.00)
amp 8q22 3 171 (62%) 107 0.351
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.395
(1.00)
amp 9p24 1 57 (21%) 221 0.517
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		1
(1.00)
amp 10p14 116 (42%) 162 0.28
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.651
(1.00)
amp 11p13 34 (12%) 244 0.0459
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.00799
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.491
(1.00)
amp 11q13 3 103 (37%) 175 0.316
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.0455
(1.00) 		0.655
(1.00)
amp 11q22 2 51 (18%) 227 0.394
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.0398
(1.00) 		1
(1.00)
amp 12p12 1 85 (31%) 193 0.73
(1.00) 		0.0086
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00)
amp 12q15 78 (28%) 200 0.483
(1.00) 		0.0773
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00)
amp 13q22 1 83 (30%) 195 0.756
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.326
(1.00)
amp 16p13 2 60 (22%) 218 0.327
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.587
(1.00)
amp 16p11 2 71 (26%) 207 0.268
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0353
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.00956
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.335
(1.00)
amp 16q22 1 76 (27%) 202 0.274
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0307
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.33
(1.00)
amp 17p11 2 61 (22%) 217 0.0375
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.588
(1.00)
amp 17q11 2 122 (44%) 156 0.19
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.0749
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.0198
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00)
amp 17q12 112 (40%) 166 0.0355
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00)
amp 17q23 3 132 (47%) 146 0.21
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.024
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 19q12 108 (39%) 170 0.243
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00)
amp 19q13 43 101 (36%) 177 0.547
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0363
(1.00) 		1
(1.00) 		0.66
(1.00)
amp 20q11 21 173 (62%) 105 0.598
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.387
(1.00)
amp 22q12 2 53 (19%) 225 0.473
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
del 1p36 11 56 (20%) 222 0.501
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.00979
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.587
(1.00)
del 1q32 1 50 (18%) 228 0.288
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0917
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00)
del 2q22 1 88 (32%) 190 0.494
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.652
(1.00)
del 2q34 110 (40%) 168 0.567
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q37 1 137 (49%) 141 0.294
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.00348
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.2
(1.00)
del 3p14 2 79 (28%) 199 0.453
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.0356
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.00712
(1.00) 		0.614
(1.00)
del 4q22 1 104 (37%) 174 0.78
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.0958
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.654
(1.00)
del 4q34 2 118 (42%) 160 0.4
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.653
(1.00)
del 5q12 1 136 (49%) 142 0.247
(1.00) 		0.00562
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0229
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0822
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00)
del 6p25 3 68 (24%) 210 0.47
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		0.0139
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		0.6
(1.00)
del 6q21 130 (47%) 148 0.782
(1.00) 		0.0917
(1.00) 		0.038
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.025
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.00979
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.189
(1.00)
del 6q27 128 (46%) 150 0.853
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.00365
(1.00) 		0.0657
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.00498
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.181
(1.00)
del 7q36 3 39 (14%) 239 0.631
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0755
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.534
(1.00)
del 8p23 1 156 (56%) 122 0.962
(1.00) 		0.065
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.0576
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.177
(1.00)
del 9p23 120 (43%) 158 0.426
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00)
del 9p21 3 159 (57%) 119 0.971
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.942
(1.00) 		1
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.655
(1.00)
del 9q33 2 110 (40%) 168 0.75
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.503
(1.00) 		1
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00)
del 10p11 21 47 (17%) 231 0.885
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.00319
(1.00) 		0.593
(1.00)
del 10q23 31 110 (40%) 168 0.41
(1.00) 		0.0576
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.0936
(1.00) 		1
(1.00)
del 11p15 5 133 (48%) 145 0.522
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		0.183
(1.00) 		1
(1.00)
del 11q23 3 95 (34%) 183 0.861
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.176
(1.00)
del 11q25 88 (32%) 190 0.773
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.328
(1.00)
del 12p13 1 43 (15%) 235 0.554
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.584
(1.00)
del 12q24 33 58 (21%) 220 0.227
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.00254
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.587
(1.00)
del 13q14 2 103 (37%) 175 0.632
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0494
(1.00) 		1
(1.00)
del 14q24 1 87 (31%) 191 0.705
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.0041
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.645
(1.00)
del 15q13 1 109 (39%) 169 0.363
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.00935
(1.00) 		1
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.0694
(1.00) 		0.0734
(1.00)
del 16p13 3 113 (41%) 165 0.335
(1.00) 		0.0966
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0332
(1.00) 		1
(1.00)
del 16q23 1 77 (28%) 201 0.684
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		0.072
(1.00) 		0.0321
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.622
(1.00)
del 17p12 138 (50%) 140 0.86
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.675
(1.00)
del 18q23 114 (41%) 164 0.0227
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		0.4
(1.00)
del 19p13 3 98 (35%) 180 0.273
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.0188
(1.00) 		0.00438
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.35
(1.00)
del xp11 3 63 (23%) 215 0.732
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.708
(1.00) 		1
(1.00)
del xq21 33 55 (20%) 223 0.292
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.249
(1.00)
'del_22q13.32' versus 'PATHOLOGY.M.STAGE'

P value = 8e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.067

Table S1.  Gene #68: 'del_22q13.32' versus Clinical Feature #6: 'PATHOLOGY.M.STAGE'

nPatients M0 M1 MX
ALL 129 7 141
DEL PEAK 33(22Q13.32) MUTATED 39 4 77
DEL PEAK 33(22Q13.32) WILD-TYPE 90 3 64

Figure S1.  Get High-res Image Gene #68: 'del_22q13.32' versus Clinical Feature #6: 'PATHOLOGY.M.STAGE'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = BLCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 278

  • Number of significantly focal cnvs = 70

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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