Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Breast Invasive Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1F47N00
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1F47N00
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 150 genes and 12 clinical features across 959 patients, 7 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • TP53 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE' and 'RACE'.

  • CDH1 mutation correlated to 'PATHOLOGY.T.STAGE' and 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • MLL3 mutation correlated to 'AGE'.

  • RAB42 mutation correlated to 'Time to Death'.

  • SP3 mutation correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 150 genes and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 7 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
TP53 287 (30%) 672 0.093
(1.00) 		0.00413
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.0645
(1.00) 		1e-05
(0.0179) 		0.0615
(1.00) 		0.31
(1.00) 		2e-05
(0.0357) 		0.254
(1.00)
CDH1 102 (11%) 857 0.122
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		1e-05
(0.0179) 		0.00331
(1.00) 		0.00148
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1e-05
(0.0179) 		0.0037
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00)
MLL3 68 (7%) 891 0.15
(1.00) 		5.52e-05
(0.0985) 		0.44
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.504
(1.00)
RAB42 4 (0%) 955 4.16e-07
(0.000745) 		0.867
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00)
SP3 7 (1%) 952 5.86e-07
(0.00105) 		0.315
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 309 (32%) 650 0.332
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00051
(0.909) 		0.819
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.074
(1.00) 		0.575
(1.00)
GATA3 96 (10%) 863 0.285
(1.00) 		0.00898
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.77
(1.00)
MAP3K1 69 (7%) 890 0.951
(1.00) 		0.00903
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.287
(1.00)
RUNX1 29 (3%) 930 0.708
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.864
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00553
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.589
(1.00)
PTEN 35 (4%) 924 0.811
(1.00) 		0.0998
(1.00) 		0.0301
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1A 27 (3%) 932 0.548
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.53
(1.00)
CBFB 23 (2%) 936 0.873
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.551
(1.00)
FOXA1 22 (2%) 937 0.00308
(1.00) 		0.000197
(0.351) 		0.462
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.508
(1.00)
MAP2K4 32 (3%) 927 0.726
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.587
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00)
RBMX 14 (1%) 945 0.697
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.775
(1.00) 		1
(1.00)
TBX3 27 (3%) 932 0.31
(1.00) 		0.0719
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00)
THEM5 11 (1%) 948 0.503
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.0356
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.328
(1.00)
RB1 19 (2%) 940 0.567
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		0.53
(1.00)
NF1 25 (3%) 934 0.24
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0725
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00)
ACTL6B 10 (1%) 949 0.933
(1.00) 		0.0749
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.798
(1.00) 		1
(1.00)
SPEN 32 (3%) 927 0.404
(1.00) 		0.000988
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN1B 9 (1%) 950 0.916
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.0713
(1.00) 		0.0344
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		1
(1.00) 		0.868
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NCOR1 41 (4%) 918 0.931
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.392
(1.00)
SF3B1 16 (2%) 943 0.326
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00)
ZFP36L1 9 (1%) 950 0.0168
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.893
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.178
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 6 (1%) 953 0.363
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.909
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.0915
(1.00) 		1
(1.00)
TCP11 6 (1%) 953 0.1
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00)
AQP12A 6 (1%) 953 0.506
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00)
DLG1 13 (1%) 946 0.596
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00)
MYB 12 (1%) 947 0.179
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.284
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RPGR 18 (2%) 941 0.749
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.568
(1.00) 		1
(1.00)
TBL1XR1 10 (1%) 949 0.845
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.775
(1.00) 		1
(1.00)
KDM6A 16 (2%) 943 0.798
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.782
(1.00) 		1
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00)
MYH9 18 (2%) 941 0.636
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.614
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-C 9 (1%) 950 0.59
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.398
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.775
(1.00) 		1
(1.00)
FGFR2 10 (1%) 949 0.247
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0136
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.0904
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB2 21 (2%) 938 0.0553
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.462
(1.00)
CTCF 17 (2%) 942 0.124
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.486
(1.00)
ZMYM3 13 (1%) 946 0.632
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.732
(1.00) 		1
(1.00)
FRMPD2 11 (1%) 948 0.648
(1.00) 		0.655
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(1.00) 		0.0178
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.745
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.796
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(1.00)
TFE3 7 (1%) 952 0.272
(1.00) 		0.427
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPS2 11 (1%) 948 0.431
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.894
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.484
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(1.00)
DOCK11 20 (2%) 939 0.157
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.886
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.808
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(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
HRNR 31 (3%) 928 0.142
(1.00) 		0.247
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
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(1.00)
CASZ1 14 (1%) 945 0.67
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.507
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
CDC42EP1 5 (1%) 954 0.389
(1.00) 		0.318
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C1QTNF5 6 (1%) 953 0.478
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.00879
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.679
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(1.00) 		1
(1.00)
TGS1 13 (1%) 946 0.976
(1.00) 		0.000686
(1.00) 		0.823
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
USP36 8 (1%) 951 0.526
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0355
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(1.00) 		0.569
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00)
ASB10 8 (1%) 951 0.121
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0223
(1.00) 		0.266
(1.00)
EIF4A2 9 (1%) 950 0.878
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.00308
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.886
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(1.00) 		1
(1.00)
DNAH12 18 (2%) 941 0.609
(1.00) 		0.684
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.0425
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(1.00) 		1
(1.00)
RHBG 4 (0%) 955 0.0364
(1.00) 		0.0492
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PAX2 4 (0%) 955 0.249
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FXYD5 4 (0%) 955 0.764
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.842
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BCORL1 14 (1%) 945 0.205
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.305
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(1.00) 		0.398
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(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.315
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(1.00)
ZNF362 5 (1%) 954 0.398
(1.00) 		0.255
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(1.00) 		0.376
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTHLH 7 (1%) 952 0.518
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.127
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00)
GPRIN2 11 (1%) 948 0.986
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.343
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD12 18 (2%) 941 0.257
(1.00) 		0.0427
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.0609
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(1.00) 		1
(1.00)
ZNF687 11 (1%) 948 0.965
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00)
KCNN3 9 (1%) 950 0.171
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.162
(1.00) 		1
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.297
(1.00)
ICOSLG 5 (1%) 954 0.222
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3R1 15 (2%) 944 0.0314
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00)
MR1 7 (1%) 952 0.627
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CABYR 6 (1%) 953 0.47
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00)
AKT2 5 (1%) 954 0.681
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.737
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.314
(1.00) 		1
(1.00)
ZBTB7C 5 (1%) 954 0.466
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.173
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RIBC1 4 (0%) 955 0.784
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.521
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00)
CEP57 6 (1%) 953 0.176
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00)
TARBP2 6 (1%) 953 0.501
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OXCT2 4 (0%) 955 0.121
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0792
(1.00) 		0.69
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD20A4 7 (1%) 952 0.568
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.232
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.734
(1.00) 		1
(1.00)
HIST1H3B 11 (1%) 948 0.842
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00)
MED23 13 (1%) 946 0.338
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00)
MUC6 13 (1%) 946 0.366
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0944
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.129
(1.00) 		1
(1.00)
PSIP1 8 (1%) 951 0.157
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00)
PCNXL2 21 (2%) 938 0.139
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.408
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.808
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(1.00) 		1
(1.00)
SLC35B2 6 (1%) 953 0.697
(1.00) 		0.696
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.657
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(1.00) 		1
(1.00)
ANGPT4 9 (1%) 950 0.131
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.0214
(1.00) 		0.732
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		1
(1.00)
MKL1 5 (1%) 954 0.867
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF9 5 (1%) 954 0.47
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.00622
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.00513
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00)
PRICKLE3 11 (1%) 948 0.933
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0584
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC82 6 (1%) 953 0.117
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		1
(1.00)
CXCR3 6 (1%) 953 0.0909
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.397
(1.00) 		1
(1.00)
TPP2 8 (1%) 951 0.418
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.0407
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00)
C15ORF39 9 (1%) 950 0.491
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00)
CASP8 11 (1%) 948 0.709
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.883
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(1.00) 		0.698
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0418
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00)
TNRC6B 17 (2%) 942 0.985
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.282
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(1.00)
IRS4 11 (1%) 948 0.715
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.783
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
RHOA 5 (1%) 954 0.82
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.0842
(1.00) 		0.00339
(1.00) 		0.031
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TTPAL 4 (0%) 955 0.553
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MLL4 13 (1%) 946 0.0486
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00)
ATHL1 10 (1%) 949 0.91
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.895
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM120B 5 (1%) 954 0.544
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00)
LILRA6 6 (1%) 953 0.409
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.355
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.63
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(1.00) 		1
(1.00)
MLH1 6 (1%) 953 0.607
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00)
NUP93 4 (0%) 955 0.844
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.471
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0118
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(1.00) 		1
(1.00)
ALDH1L1 8 (1%) 951 0.831
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.268
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(1.00) 		0.63
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LRIG2 7 (1%) 952 0.000249
(0.443) 		0.391
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.417
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC78 5 (1%) 954 0.00639
(1.00) 		0.711
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00)
GAL3ST1 5 (1%) 954 0.952
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.781
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00)
FAM20C 4 (0%) 955 0.377
(1.00) 		0.658
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.734
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(1.00) 		1
(1.00)
RCC1 3 (0%) 956 0.445
(1.00) 		0.379
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(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SPTAN1 11 (1%) 948 0.0417
(1.00) 		0.174
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.523
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(1.00) 		1
(1.00)
CHD4 19 (2%) 940 0.77
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.0215
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.121
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(1.00) 		1
(1.00)
ZFP36L2 7 (1%) 952 0.43
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.428
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(1.00) 		0.03
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(1.00)
HIST1H2BC 6 (1%) 953 0.408
(1.00) 		0.88
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(1.00)
BPHL 5 (1%) 954 0.75
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.0812
(1.00) 		0.312
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00)
ATP2A1 11 (1%) 948 0.00675
(1.00) 		0.0949
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00)
LRRC37A3 9 (1%) 950 0.325
(1.00) 		0.734
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(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.217
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
EPDR1 5 (1%) 954 0.514
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.403
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.629
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(1.00) 		1
(1.00)
EXOC4 8 (1%) 951 0.0509
(1.00) 		0.142
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
C11ORF49 4 (0%) 955 0.151
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.00194
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.303
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.243
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(1.00) 		1
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(1.00)
PFKP 7 (1%) 952 0.82
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(1.00)
GYLTL1B 4 (0%) 955 0.428
(1.00) 		0.363
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ANGPTL6 3 (0%) 956 0.592
(1.00) 		0.308
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0828
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RUFY1 6 (1%) 953 0.039
(1.00) 		0.0147
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(1.00) 		0.291
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(1.00)
LIFR 9 (1%) 950 0.845
(1.00) 		0.0596
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(1.00) 		0.722
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(1.00) 		1
(1.00)
OR6C76 7 (1%) 952 0.341
(1.00) 		0.0813
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.232
(1.00)
HCFC2 10 (1%) 949 0.712
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.131
(1.00) 		1
(1.00)
ACOT2 5 (1%) 954 0.414
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA0430 15 (2%) 944 0.0489
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00)
GTF2IRD2 8 (1%) 951 0.137
(1.00) 		0.0213
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NPAS4 9 (1%) 950 0.91
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		1
(1.00)
JAK1 11 (1%) 948 0.169
(1.00) 		0.00321
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.75
(1.00) 		1
(1.00)
FGFR3 4 (0%) 955 0.743
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0195
(1.00) 		1
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00)
FBXW7 15 (2%) 944 0.711
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.412
(1.00)
OR2T8 5 (1%) 954 0.36
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.875
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00)
SHANK2 15 (2%) 944 0.318
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.412
(1.00)
TRMT2A 7 (1%) 952 0.00544
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00)
SHISA4 5 (1%) 954 0.461
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCNL2 7 (1%) 952 0.315
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SEC14L5 7 (1%) 952 0.773
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00)
SARM1 6 (1%) 953 0.403
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00)
CLEC18B 6 (1%) 953 0.00126
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00)
GIPC3 4 (0%) 955 0.361
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.00129
(1.00) 		0.0138
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HPS3 9 (1%) 950 0.684
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.958
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T35 4 (0%) 955 0.704
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.801
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPIL2 6 (1%) 953 0.372
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.908
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF397 7 (1%) 952 0.286
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MLL 17 (2%) 942 0.467
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00)
ACVR1B 7 (1%) 952 0.922
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0359
(1.00) 		0.734
(1.00) 		1
(1.00)
ARHGEF15 9 (1%) 950 0.385
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00)
TXNDC2 4 (0%) 955 0.688
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00357
(1.00) 		1
(1.00)
COL9A2 3 (0%) 956 0.7
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.19
(1.00) 		1
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PARP4 11 (1%) 948 0.45
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'TP53 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018

Table S1.  Gene #2: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients INFILTRATING CARCINOMA NOS INFILTRATING DUCTAL CARCINOMA INFILTRATING LOBULAR CARCINOMA MEDULLARY CARCINOMA MIXED HISTOLOGY (PLEASE SPECIFY) MUCINOUS CARCINOMA OTHER SPECIFY
ALL 1 708 159 5 28 14 43
TP53 MUTATED 1 254 8 3 5 1 14
TP53 WILD-TYPE 0 454 151 2 23 13 29

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'TP53 MUTATION STATUS' versus 'RACE'

P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.036

Table S2.  Gene #2: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'RACE'

nPatients AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE ASIAN BLACK OR AFRICAN AMERICAN WHITE
ALL 1 56 114 695
TP53 MUTATED 1 29 48 188
TP53 WILD-TYPE 0 27 66 507

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'RACE'

'CDH1 MUTATION STATUS' versus 'PATHOLOGY.T.STAGE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018

Table S3.  Gene #3: 'CDH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

nPatients T1 T2 T3 T4
ALL 256 553 113 35
CDH1 MUTATED 16 53 31 2
CDH1 WILD-TYPE 240 500 82 33

Figure S3.  Get High-res Image Gene #3: 'CDH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

'CDH1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018

Table S4.  Gene #3: 'CDH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients INFILTRATING CARCINOMA NOS INFILTRATING DUCTAL CARCINOMA INFILTRATING LOBULAR CARCINOMA MEDULLARY CARCINOMA MIXED HISTOLOGY (PLEASE SPECIFY) MUCINOUS CARCINOMA OTHER SPECIFY
ALL 1 708 159 5 28 14 43
CDH1 MUTATED 0 15 83 1 3 0 0
CDH1 WILD-TYPE 1 693 76 4 25 14 43

Figure S4.  Get High-res Image Gene #3: 'CDH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'MLL3 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 5.52e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.098

Table S5.  Gene #10: 'MLL3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 946 58.7 (13.1)
MLL3 MUTATED 68 65.1 (13.1)
MLL3 WILD-TYPE 878 58.2 (13.0)

Figure S5.  Get High-res Image Gene #10: 'MLL3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'RAB42 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 4.16e-07 (logrank test), Q value = 0.00075

Table S6.  Gene #34: 'RAB42 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 939 115 0.0 - 234.3 (23.9)
RAB42 MUTATED 4 2 9.6 - 24.8 (16.7)
RAB42 WILD-TYPE 935 113 0.0 - 234.3 (23.9)

Figure S6.  Get High-res Image Gene #34: 'RAB42 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'SP3 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 5.86e-07 (logrank test), Q value = 0.001

Table S7.  Gene #120: 'SP3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 939 115 0.0 - 234.3 (23.9)
SP3 MUTATED 7 4 0.8 - 84.6 (12.1)
SP3 WILD-TYPE 932 111 0.0 - 234.3 (23.9)

Figure S7.  Get High-res Image Gene #120: 'SP3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = BRCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 959

  • Number of significantly mutated genes = 150

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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