Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
Maintainer Information
Citation Information
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C14J0CZX
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 63 focal events and 44 clinical features across 238 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • del_18q21.2 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 63 focal events and 44 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
HISTOLOGICAL
TYPE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES
RACE ETHNICITY WEIGHT
KG
AT
DIAGNOSIS
TUMOR
STATUS
TUMOR
SAMPLE
PROCUREMENT
COUNTRY
NEOPLASMHISTOLOGICGRADE TOBACCO
SMOKING
YEAR
STOPPED
TOBACCO
SMOKING
PACK
YEARS
SMOKED
TOBACCO
SMOKING
HISTORY
PATIENT
AGEBEGANSMOKINGINYEARS
RADIATION
TOTAL
DOSE
RADIATION
THERAPY
TYPE
RADIATION
THERAPY
STATUS
RADIATION
THERAPY
SITE
RADIATION
ADJUVANT
UNITS
PREGNANCIES
COUNT
TOTAL
PREGNANCIES
COUNT
STILLBIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYSPONTANEOUSABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
LIVE
BIRTH
PATIENT
PATIENTPREGNANCYTHERAPEUTICABORTIONCOUNT
PREGNANCIES
COUNT
ECTOPIC
POS
LYMPH
NODE
LOCATION
MENOPAUSE
STATUS
LYMPHOVASCULAR
INVOLVEMENT
LYMPH
NODES
EXAMINED
HE
COUNT
LYMPH
NODES
EXAMINED
KERATINIZATION
SQUAMOUS
CELL
INITIAL
PATHOLOGIC
DX
YEAR
HISTORY
HORMONAL
CONTRACEPTIVES
USE
HEIGHT
CM
AT
DIAGNOSIS
CORPUS
INVOLVEMENT
CERVIX
SUV
RESULTS
AJCC
TUMOR
PATHOLOGIC
PT
AGE
AT
DIAGNOSIS
STAGE
EVENT
CLINICAL
STAGE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
del 18q21 2 66 (28%) 172 0.31
(1.00)
0.636
(1.00)
0.842
(1.00)
0.418
(1.00)
0.47
(1.00)
7e-05
(0.192)
0.514
(1.00)
0.789
(1.00)
0.125
(1.00)
0.806
(1.00)
0.763
(1.00)
0.515
(1.00)
0.46
(1.00)
0.865
(1.00)
0.242
(1.00)
0.874
(1.00)
0.789
(1.00)
0.374
(1.00)
0.637
(1.00)
0.263
(1.00)
0.611
(1.00)
1
(1.00)
0.329
(1.00)
1
(1.00)
0.152
(1.00)
0.118
(1.00)
0.323
(1.00)
0.212
(1.00)
0.956
(1.00)
0.882
(1.00)
0.774
(1.00)
0.698
(1.00)
0.0281
(1.00)
0.125
(1.00)
0.986
(1.00)
0.499
(1.00)
0.0121
(1.00)
0.447
(1.00)
0.782
(1.00)
0.0633
(1.00)
0.78
(1.00)
0.549
(1.00)
0.151
(1.00)
amp 1p31 3 81 (34%) 157 0.322
(1.00)
0.043
(1.00)
0.426
(1.00)
0.853
(1.00)
0.719
(1.00)
0.408
(1.00)
0.685
(1.00)
0.335
(1.00)
0.531
(1.00)
0.606
(1.00)
0.268
(1.00)
0.819
(1.00)
0.203
(1.00)
0.499
(1.00)
0.88
(1.00)
0.97
(1.00)
0.335
(1.00)
0.75
(1.00)
0.706
(1.00)
0.124
(1.00)
0.716
(1.00)
1
(1.00)
0.836
(1.00)
1
(1.00)
0.077
(1.00)
0.386
(1.00)
0.684
(1.00)
0.543
(1.00)
0.144
(1.00)
0.616
(1.00)
0.435
(1.00)
0.114
(1.00)
0.719
(1.00)
0.531
(1.00)
0.797
(1.00)
0.563
(1.00)
0.689
(1.00)
0.118
(1.00)
0.369
(1.00)
0.56
(1.00)
0.52
(1.00)
0.518
(1.00)
0.042
(1.00)
0.718
(1.00)
amp 1q21 3 128 (54%) 110 0.553
(1.00)
0.236
(1.00)
0.0161
(1.00)
0.728
(1.00)
0.551
(1.00)
0.544
(1.00)
0.845
(1.00)
0.569
(1.00)
0.875
(1.00)
0.0201
(1.00)
0.123
(1.00)
0.0584
(1.00)
0.641
(1.00)
0.311
(1.00)
0.719
(1.00)
0.959
(1.00)
0.569
(1.00)
0.899
(1.00)
0.406
(1.00)
0.415
(1.00)
0.0501
(1.00)
0.56
(1.00)
0.535
(1.00)
1
(1.00)
0.355
(1.00)
0.469
(1.00)
0.503
(1.00)
0.342
(1.00)
0.908
(1.00)
0.0127
(1.00)
0.458
(1.00)
0.498
(1.00)
0.733
(1.00)
0.875
(1.00)
0.73
(1.00)
1
(1.00)
0.647
(1.00)
0.619
(1.00)
0.0242
(1.00)
0.592
(1.00)
0.51
(1.00)
0.00055
(1.00)
0.219
(1.00)
0.356
(1.00)
amp 1q44 128 (54%) 110 0.607
(1.00)
0.365
(1.00)
0.026
(1.00)
0.227
(1.00)
0.408
(1.00)
0.394
(1.00)
0.17
(1.00)
0.491
(1.00)
0.336
(1.00)
0.0313
(1.00)
0.119
(1.00)
0.232
(1.00)
0.638
(1.00)
0.485
(1.00)
0.356
(1.00)
0.782
(1.00)
0.491
(1.00)
0.804
(1.00)
0.66
(1.00)
0.958
(1.00)
0.0094
(1.00)
1
(1.00)
0.4
(1.00)
1
(1.00)
0.793
(1.00)
0.469
(1.00)
0.382
(1.00)
0.441
(1.00)
0.504
(1.00)
0.238
(1.00)
0.82
(1.00)
0.226
(1.00)
0.0882
(1.00)
0.336
(1.00)
0.432
(1.00)
0.714
(1.00)
0.693
(1.00)
0.961
(1.00)
0.09
(1.00)
0.592
(1.00)
0.51
(1.00)
0.00415
(1.00)
0.336
(1.00)
0.596
(1.00)
amp 2p24 3 65 (27%) 173 0.478
(1.00)
0.853
(1.00)
0.581
(1.00)
0.431
(1.00)
0.379
(1.00)
0.2
(1.00)
0.193
(1.00)
0.124
(1.00)
0.546
(1.00)
0.456
(1.00)
0.763
(1.00)
0.093
(1.00)
0.796
(1.00)
0.47
(1.00)
0.546
(1.00)
0.0813
(1.00)
0.124
(1.00)
0.783
(1.00)
0.802
(1.00)
0.0534
(1.00)
0.352
(1.00)
1
(1.00)
0.672
(1.00)
1
(1.00)
0.657
(1.00)
0.169
(1.00)
0.159
(1.00)
0.674
(1.00)
0.676
(1.00)
0.0302
(1.00)
0.938
(1.00)
1
(1.00)
0.704
(1.00)
0.546
(1.00)
0.635
(1.00)
0.529
(1.00)
0.942
(1.00)
0.122
(1.00)
0.908
(1.00)
0.358
(1.00)
0.513
(1.00)
0.783
(1.00)
0.379
(1.00)
amp 2q33 1 38 (16%) 200 0.636
(1.00)
0.434
(1.00)
0.705
(1.00)
0.0305
(1.00)
0.865
(1.00)
0.569
(1.00)
1
(1.00)
0.764
(1.00)
0.0208
(1.00)
0.379
(1.00)
1
(1.00)
0.0293
(1.00)
0.51
(1.00)
0.334
(1.00)
0.81
(1.00)
0.38
(1.00)
0.764
(1.00)
0.495
(1.00)
0.144
(1.00)
0.536
(1.00)
0.776
(1.00)
0.459
(1.00)
0.799
(1.00)
1
(1.00)
0.861
(1.00)
0.325
(1.00)
0.513
(1.00)
0.276
(1.00)
0.504
(1.00)
0.00827
(1.00)
0.825
(1.00)
0.364
(1.00)
0.0464
(1.00)
0.0208
(1.00)
0.382
(1.00)
1
(1.00)
0.362
(1.00)
0.253
(1.00)
0.335
(1.00)
0.388
(1.00)
0.598
(1.00)
0.43
(1.00)
0.682
(1.00)
amp 3q26 31 184 (77%) 54 0.995
(1.00)
0.796
(1.00)
0.474
(1.00)
0.0083
(1.00)
0.621
(1.00)
0.0185
(1.00)
0.247
(1.00)
0.933
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.0193
(1.00)
0.531
(1.00)
0.0381
(1.00)
1
(1.00)
0.546
(1.00)
0.605
(1.00)
0.248
(1.00)
0.933
(1.00)
0.719
(1.00)
0.121
(1.00)
0.36
(1.00)
0.754
(1.00)
0.382
(1.00)
0.0823
(1.00)
1
(1.00)
0.338
(1.00)
0.122
(1.00)
0.377
(1.00)
0.276
(1.00)
0.598
(1.00)
0.0812
(1.00)
0.381
(1.00)
0.535
(1.00)
0.423
(1.00)
0.0152
(1.00)
0.358
(1.00)
0.658
(1.00)
0.962
(1.00)
0.951
(1.00)
0.204
(1.00)
0.757
(1.00)
0.781
(1.00)
0.706
(1.00)
0.862
(1.00)
amp 3q28 183 (77%) 55 0.532
(1.00)
0.675
(1.00)
0.498
(1.00)
0.0266
(1.00)
0.136
(1.00)
0.0118
(1.00)
0.489
(1.00)
0.727
(1.00)
0.0409
(1.00)
0.232
(1.00)
0.764
(1.00)
0.0462
(1.00)
1
(1.00)
0.681
(1.00)
0.583
(1.00)
0.248
(1.00)
0.727
(1.00)
0.809
(1.00)
0.227
(1.00)
0.459
(1.00)
0.62
(1.00)
0.459
(1.00)
0.0537
(1.00)
1
(1.00)
0.359
(1.00)
0.103
(1.00)
0.424
(1.00)
0.394
(1.00)
0.859
(1.00)
0.0901
(1.00)
0.381
(1.00)
0.466
(1.00)
0.843
(1.00)
0.0409
(1.00)
0.435
(1.00)
0.661
(1.00)
0.99
(1.00)
0.818
(1.00)
0.102
(1.00)
0.757
(1.00)
0.778
(1.00)
0.589
(1.00)
0.942
(1.00)
amp 4q12 16 (7%) 222 0.455
(1.00)
0.621
(1.00)
0.0496
(1.00)
0.734
(1.00)
0.861
(1.00)
0.408
(1.00)
0.126
(1.00)
0.264
(1.00)
0.664
(1.00)
0.289
(1.00)
0.602
(1.00)
0.486
(1.00)
1
(1.00)
0.917
(1.00)
0.152
(1.00)
0.26
(1.00)
0.264
(1.00)
0.496
(1.00)
0.403
(1.00)
0.476
(1.00)
0.368
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.442
(1.00)
0.508
(1.00)
0.414
(1.00)
0.245
(1.00)
0.411
(1.00)
0.677
(1.00)
0.879
(1.00)
0.921
(1.00)
0.326
(1.00)
0.664
(1.00)
0.837
(1.00)
1
(1.00)
0.583
(1.00)
0.035
(1.00)
0.62
(1.00)
0.587
(1.00)
0.673
(1.00)
0.0857
(1.00)
0.665
(1.00)
0.223
(1.00)
amp 5p15 33 106 (45%) 132 0.943
(1.00)
0.592
(1.00)
0.441
(1.00)
1
(1.00)
0.288
(1.00)
0.0263
(1.00)
0.696
(1.00)
0.987
(1.00)
0.98
(1.00)
0.95
(1.00)
1
(1.00)
0.777
(1.00)
0.817
(1.00)
0.829
(1.00)
0.0948
(1.00)
0.324
(1.00)
0.987
(1.00)
0.424
(1.00)
0.929
(1.00)
0.102
(1.00)
0.261
(1.00)
0.56
(1.00)
0.256
(1.00)
0.554
(1.00)
0.635
(1.00)
0.589
(1.00)
0.54
(1.00)
0.114
(1.00)
0.0841
(1.00)
0.985
(1.00)
0.532
(1.00)
0.505
(1.00)
0.488
(1.00)
0.98
(1.00)
0.126
(1.00)
0.141
(1.00)
0.286
(1.00)
0.634
(1.00)
0.967
(1.00)
1
(1.00)
0.714
(1.00)
0.0661
(1.00)
0.698
(1.00)
0.0125
(1.00)
amp 6p21 33 64 (27%) 174 0.439
(1.00)
0.895
(1.00)
0.845
(1.00)
0.694
(1.00)
0.193
(1.00)
0.177
(1.00)
0.386
(1.00)
0.464
(1.00)
0.751
(1.00)
0.572
(1.00)
0.763
(1.00)
0.838
(1.00)
0.127
(1.00)
0.555
(1.00)
0.0332
(1.00)
0.935
(1.00)
0.464
(1.00)
0.731
(1.00)
0.605
(1.00)
0.414
(1.00)
0.503
(1.00)
1
(1.00)
0.544
(1.00)
1
(1.00)
0.808
(1.00)
0.839
(1.00)
0.909
(1.00)
0.843
(1.00)
0.988
(1.00)
0.0322
(1.00)
1
(1.00)
0.902
(1.00)
0.556
(1.00)
0.751
(1.00)
0.912
(1.00)
0.834
(1.00)
0.0649
(1.00)
0.16
(1.00)
0.769
(1.00)
0.0666
(1.00)
0.272
(1.00)
0.89
(1.00)
0.945
(1.00)
0.396
(1.00)
amp 7p11 2 44 (18%) 194 0.184
(1.00)
0.957
(1.00)
0.07
(1.00)
0.224
(1.00)
0.793
(1.00)
0.455
(1.00)
0.216
(1.00)
0.0471
(1.00)
0.0508
(1.00)
0.634
(1.00)
1
(1.00)
0.37
(1.00)
0.0441
(1.00)
0.469
(1.00)
0.0684
(1.00)
0.141
(1.00)
0.0471
(1.00)
0.27
(1.00)
0.768
(1.00)
0.929
(1.00)
0.466
(1.00)
0.188
(1.00)
0.164
(1.00)
0.544
(1.00)
0.799
(1.00)
0.908
(1.00)
0.104
(1.00)
0.669
(1.00)
0.529
(1.00)
0.889
(1.00)
0.136
(1.00)
0.95
(1.00)
0.0351
(1.00)
0.0508
(1.00)
0.847
(1.00)
0.494
(1.00)
0.162
(1.00)
0.805
(1.00)
0.621
(1.00)
1
(1.00)
0.0095
(1.00)
0.94
(1.00)
0.116
(1.00)
amp 8q24 21 97 (41%) 141 0.429
(1.00)
0.173
(1.00)
0.248
(1.00)
0.595
(1.00)
0.816
(1.00)
0.281
(1.00)
0.694
(1.00)
0.424
(1.00)
0.314
(1.00)
0.736
(1.00)
0.433
(1.00)
0.745
(1.00)
0.64
(1.00)
0.848
(1.00)
0.0657
(1.00)
0.483
(1.00)
0.424
(1.00)
0.475
(1.00)
0.578
(1.00)
0.0565
(1.00)
0.568
(1.00)
0.543
(1.00)
0.836
(1.00)
0.172
(1.00)
0.361
(1.00)
0.624
(1.00)
0.688
(1.00)
0.313
(1.00)
0.793
(1.00)
0.569
(1.00)
0.243
(1.00)
0.851
(1.00)
0.294
(1.00)
0.314
(1.00)
0.117
(1.00)
1
(1.00)
0.957
(1.00)
0.186
(1.00)
0.995
(1.00)
0.403
(1.00)
0.721
(1.00)
0.243
(1.00)
0.171
(1.00)
0.116
(1.00)
amp 9p24 1 51 (21%) 187 0.157
(1.00)
0.219
(1.00)
0.295
(1.00)
0.0107
(1.00)
1
(1.00)
0.948
(1.00)
0.342
(1.00)
0.0416
(1.00)
0.0064
(1.00)
0.11
(1.00)
1
(1.00)
0.197
(1.00)
0.00133
(1.00)
0.275
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0331
(1.00)
0.0416
(1.00)
0.117
(1.00)
0.491
(1.00)
0.447
(1.00)
0.237
(1.00)
1
(1.00)
0.89
(1.00)
0.241
(1.00)
0.543
(1.00)
0.708
(1.00)
0.255
(1.00)
0.0395
(1.00)
0.188
(1.00)
0.77
(1.00)
0.465
(1.00)
0.932
(1.00)
0.223
(1.00)
0.0064
(1.00)
0.328
(1.00)
0.24
(1.00)
0.0439
(1.00)
0.0592
(1.00)
0.734
(1.00)
0.731
(1.00)
0.933
(1.00)
0.289
(1.00)
0.183
(1.00)
0.435
(1.00)
amp 11p12 19 (8%) 219 0.998
(1.00)
0.0411
(1.00)
0.004
(1.00)
0.239
(1.00)
0.68
(1.00)
0.73
(1.00)
0.0729
(1.00)
0.113
(1.00)
0.0265
(1.00)
0.276
(1.00)
0.0592
(1.00)
0.0301
(1.00)
0.0265
(1.00)
0.0572
(1.00)
0.258
(1.00)
0.113
(1.00)
0.266
(1.00)
0.82
(1.00)
0.633
(1.00)
0.355
(1.00)
0.459
(1.00)
1
(1.00)
0.362
(1.00)
0.148
(1.00)
0.508
(1.00)
0.423
(1.00)
0.75
(1.00)
0.294
(1.00)
0.677
(1.00)
0.304
(1.00)
0.322
(1.00)
0.0265
(1.00)
0.525
(1.00)
0.433
(1.00)
0.282
(1.00)
0.169
(1.00)
0.525
(1.00)
0.587
(1.00)
0.00772
(1.00)
0.0354
(1.00)
0.431
(1.00)
amp 11q13 3 32 (13%) 206 0.757
(1.00)
0.363
(1.00)
0.792
(1.00)
0.593
(1.00)
0.358
(1.00)
0.626
(1.00)
0.146
(1.00)
0.268
(1.00)
0.145
(1.00)
0.659
(1.00)
1
(1.00)
0.306
(1.00)
0.207
(1.00)
0.745
(1.00)
0.01
(1.00)
0.789
(1.00)
0.268
(1.00)
0.123
(1.00)
0.9
(1.00)
0.463
(1.00)
0.605
(1.00)
1
(1.00)
0.301
(1.00)
0.477
(1.00)
0.879
(1.00)
0.369
(1.00)
0.661
(1.00)
0.701
(1.00)
0.425
(1.00)
0.882
(1.00)
1
(1.00)
0.554
(1.00)
0.427
(1.00)
0.145
(1.00)
0.219
(1.00)
0.775
(1.00)
0.179
(1.00)
0.528
(1.00)
0.567
(1.00)
0.687
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.367
(1.00)
0.339
(1.00)
amp 11q22 1 42 (18%) 196 0.852
(1.00)
0.000832
(1.00)
0.592
(1.00)
1
(1.00)
0.219
(1.00)
0.632
(1.00)
0.441
(1.00)
0.135
(1.00)
0.85
(1.00)
0.0691
(1.00)
1
(1.00)
0.273
(1.00)
0.764
(1.00)
0.85
(1.00)
0.0365
(1.00)
0.321
(1.00)
0.135
(1.00)
0.384
(1.00)
0.372
(1.00)
0.587
(1.00)
0.299
(1.00)
1
(1.00)
0.0363
(1.00)
0.53
(1.00)
0.911
(1.00)
0.236
(1.00)
0.95
(1.00)
0.827
(1.00)
0.388
(1.00)
0.487
(1.00)
0.834
(1.00)
0.00588
(1.00)
0.66
(1.00)
0.85
(1.00)
0.678
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0114
(1.00)
0.665
(1.00)
0.395
(1.00)
0.296
(1.00)
0.0519
(1.00)
0.181
(1.00)
0.000887
(1.00)
0.708
(1.00)
amp 13q22 1 54 (23%) 184 0.356
(1.00)
0.918
(1.00)
0.15
(1.00)
0.525
(1.00)
0.3
(1.00)
0.447
(1.00)
0.819
(1.00)
0.0891
(1.00)
0.021
(1.00)
0.824
(1.00)
0.122
(1.00)
0.81
(1.00)
0.0965
(1.00)
0.432
(1.00)
0.773
(1.00)
0.402
(1.00)
0.0891
(1.00)
0.353
(1.00)
0.0911
(1.00)
0.377
(1.00)
0.661
(1.00)
0.53
(1.00)
0.444
(1.00)
1
(1.00)
0.931
(1.00)
0.694
(1.00)
0.66
(1.00)
0.468
(1.00)
0.155
(1.00)
0.652
(1.00)
0.549
(1.00)
0.941
(1.00)
0.103
(1.00)
0.021
(1.00)
0.344
(1.00)
0.822
(1.00)
0.369
(1.00)
0.153
(1.00)
0.418
(1.00)
0.731
(1.00)
0.457
(1.00)
0.868
(1.00)
0.64
(1.00)
amp 13q34 58 (24%) 180 0.279
(1.00)
0.179
(1.00)
0.365
(1.00)
1
(1.00)
0.914
(1.00)
0.522
(1.00)
0.173
(1.00)
0.502
(1.00)
0.337
(1.00)
0.926
(1.00)
0.367
(1.00)
0.682
(1.00)
0.269
(1.00)
0.811
(1.00)
0.196
(1.00)
0.586
(1.00)
0.502
(1.00)
0.0864
(1.00)
0.764
(1.00)
0.645
(1.00)
0.088
(1.00)
0.0452
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.956
(1.00)
0.526
(1.00)
0.322
(1.00)
0.999
(1.00)
0.7
(1.00)
0.00808
(1.00)
0.857
(1.00)
0.513
(1.00)
0.211
(1.00)
0.337
(1.00)
0.461
(1.00)
0.135
(1.00)
0.501
(1.00)
0.607
(1.00)
0.401
(1.00)
0.293
(1.00)
0.61
(1.00)
0.165
(1.00)
0.782
(1.00)
amp 15q26 1 61 (26%) 177 0.809
(1.00)
0.237
(1.00)
0.0379
(1.00)
0.543
(1.00)
0.316
(1.00)
0.11
(1.00)
1
(1.00)
0.281
(1.00)
0.574
(1.00)
0.412
(1.00)
0.565
(1.00)
0.603
(1.00)
0.614
(1.00)
0.943
(1.00)
0.761
(1.00)
0.695
(1.00)
0.281
(1.00)
0.416
(1.00)
0.278
(1.00)
0.866
(1.00)
0.712
(1.00)
1
(1.00)
0.72
(1.00)
1
(1.00)
0.222
(1.00)
0.795
(1.00)
0.524
(1.00)
0.191
(1.00)
0.157
(1.00)
0.468
(1.00)
0.251
(1.00)
0.665
(1.00)
0.844
(1.00)
0.574
(1.00)
0.774
(1.00)
0.828
(1.00)
0.863
(1.00)
0.211
(1.00)
0.117
(1.00)
0.748
(1.00)
0.933
(1.00)
0.112
(1.00)
0.194
(1.00)
0.441
(1.00)
amp 16p13 13 49 (21%) 189 0.694
(1.00)
0.64
(1.00)
0.262
(1.00)
0.213
(1.00)
0.779
(1.00)
0.509
(1.00)
1
(1.00)
0.0921
(1.00)
0.127
(1.00)
0.151
(1.00)
0.74
(1.00)
0.45
(1.00)
0.269
(1.00)
0.155
(1.00)
0.951
(1.00)
0.262
(1.00)
0.0921
(1.00)
0.794
(1.00)
0.621
(1.00)
0.619
(1.00)
0.878
(1.00)
1
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.092
(1.00)
0.656
(1.00)
0.572
(1.00)
0.0749
(1.00)
0.627
(1.00)
0.0391
(1.00)
0.581
(1.00)
0.402
(1.00)
0.432
(1.00)
0.127
(1.00)
0.509
(1.00)
1
(1.00)
0.402
(1.00)
0.267
(1.00)
0.341
(1.00)
0.305
(1.00)
0.426
(1.00)
0.67
(1.00)
0.859
(1.00)
amp 17q12 47 (20%) 191 0.471
(1.00)
0.964
(1.00)
0.171
(1.00)
0.364
(1.00)
0.809
(1.00)
0.136
(1.00)
0.464
(1.00)
0.186
(1.00)
0.239
(1.00)
0.879
(1.00)
0.2
(1.00)
0.463
(1.00)
0.391
(1.00)
0.62
(1.00)
0.128
(1.00)
0.668
(1.00)
0.186
(1.00)
0.145
(1.00)
0.719
(1.00)
0.222
(1.00)
0.25
(1.00)
1
(1.00)
0.937
(1.00)
1
(1.00)
0.219
(1.00)
0.269
(1.00)
0.169
(1.00)
0.371
(1.00)
0.232
(1.00)
0.239
(1.00)
0.775
(1.00)
0.83
(1.00)
0.823
(1.00)
0.239
(1.00)
0.966
(1.00)
0.181
(1.00)
0.881
(1.00)
0.832
(1.00)
0.0497
(1.00)
1
(1.00)
0.396
(1.00)
0.0468
(1.00)
0.984
(1.00)
0.639
(1.00)
amp 17q25 1 65 (27%) 173 0.947
(1.00)
0.595
(1.00)
0.205
(1.00)
0.234
(1.00)
0.749
(1.00)
0.304
(1.00)
0.193
(1.00)
0.113
(1.00)
0.0408
(1.00)
0.718
(1.00)
0.378
(1.00)
0.0872
(1.00)
1
(1.00)
0.925
(1.00)
0.157
(1.00)
0.147
(1.00)
0.113
(1.00)
0.226
(1.00)
0.477
(1.00)
0.293
(1.00)
0.553
(1.00)
1
(1.00)
0.272
(1.00)
1
(1.00)
0.655
(1.00)
0.158
(1.00)
0.944
(1.00)
0.383
(1.00)
0.418
(1.00)
0.264
(1.00)
1
(1.00)
0.668
(1.00)
0.0759
(1.00)
0.0408
(1.00)
0.41
(1.00)
0.394
(1.00)
0.604
(1.00)
0.357
(1.00)
0.132
(1.00)
0.76
(1.00)
0.396
(1.00)
0.0516
(1.00)
0.647
(1.00)
0.159
(1.00)
amp 19p13 3 30 (13%) 208 0.0126
(1.00)
0.438
(1.00)
0.159
(1.00)
0.0722
(1.00)
0.439
(1.00)
0.935
(1.00)
0.777
(1.00)
0.726
(1.00)
0.0266
(1.00)
0.838
(1.00)
0.672
(1.00)
0.415
(1.00)
1
(1.00)
0.328
(1.00)
0.583
(1.00)
0.437
(1.00)
0.726
(1.00)
0.457
(1.00)
0.0593
(1.00)
0.156
(1.00)
0.697
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.931
(1.00)
0.84
(1.00)
0.169
(1.00)
0.143
(1.00)
0.0687
(1.00)
0.817
(1.00)
0.744
(1.00)
0.679
(1.00)
0.0989
(1.00)
0.0266
(1.00)
0.524
(1.00)
0.149
(1.00)
0.805
(1.00)
0.253
(1.00)
0.0485
(1.00)
1
(1.00)
0.933
(1.00)
0.122
(1.00)
0.332
(1.00)
0.24
(1.00)
amp 19p13 2 37 (16%) 201 0.0214
(1.00)
0.536
(1.00)
0.139
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.663
(1.00)
0.43
(1.00)
0.88
(1.00)
0.551
(1.00)
0.593
(1.00)
1
(1.00)
0.771
(1.00)
0.752
(1.00)
0.0673
(1.00)
0.883
(1.00)
0.751
(1.00)
0.88
(1.00)
0.229
(1.00)
0.0431
(1.00)
0.549
(1.00)
0.883
(1.00)
1
(1.00)
0.554
(1.00)
0.477
(1.00)
0.954
(1.00)
0.84
(1.00)
0.333
(1.00)
0.217
(1.00)
0.588
(1.00)
0.198
(1.00)
0.881
(1.00)
0.667
(1.00)
0.81
(1.00)
0.551
(1.00)
0.306
(1.00)
0.0074
(1.00)
0.69
(1.00)
0.147
(1.00)
0.0671
(1.00)
0.121
(1.00)
0.353
(1.00)
0.158
(1.00)
0.429
(1.00)
0.714
(1.00)
amp 19q13 13 76 (32%) 162 0.463
(1.00)
0.195
(1.00)
0.0123
(1.00)
0.251
(1.00)
0.648
(1.00)
0.351
(1.00)
0.208
(1.00)
0.657
(1.00)
0.157
(1.00)
0.829
(1.00)
1
(1.00)
0.34
(1.00)
0.016
(1.00)
0.284
(1.00)
0.786
(1.00)
0.876
(1.00)
0.657
(1.00)
0.0246
(1.00)
0.447
(1.00)
0.627
(1.00)
0.763
(1.00)
0.56
(1.00)
0.284
(1.00)
0.257
(1.00)
0.29
(1.00)
0.793
(1.00)
0.0541
(1.00)
0.0954
(1.00)
0.803
(1.00)
0.192
(1.00)
0.312
(1.00)
0.688
(1.00)
0.198
(1.00)
0.157
(1.00)
0.404
(1.00)
0.557
(1.00)
0.832
(1.00)
0.641
(1.00)
0.771
(1.00)
0.227
(1.00)
0.447
(1.00)
0.416
(1.00)
0.183
(1.00)
0.282
(1.00)
amp 20q11 21 110 (46%) 128 0.282
(1.00)
0.0965
(1.00)
0.222
(1.00)
0.163
(1.00)
0.389
(1.00)
0.818
(1.00)
0.845
(1.00)
0.9
(1.00)
0.192
(1.00)
0.0333
(1.00)
0.303
(1.00)
0.163
(1.00)
1
(1.00)
0.0954
(1.00)
0.442
(1.00)
0.638
(1.00)
0.9
(1.00)
0.196
(1.00)
0.614
(1.00)
0.355
(1.00)
0.695
(1.00)
0.56
(1.00)
0.794
(1.00)
0.604
(1.00)
0.176
(1.00)
0.775
(1.00)
0.917
(1.00)
0.535
(1.00)
0.934
(1.00)
0.272
(1.00)
0.196
(1.00)
0.493
(1.00)
0.613
(1.00)
0.192
(1.00)
0.664
(1.00)
0.351
(1.00)
0.431
(1.00)
0.782
(1.00)
0.595
(1.00)
0.42
(1.00)
0.213
(1.00)
0.141
(1.00)
0.0608
(1.00)
0.694
(1.00)
amp 21q22 13 40 (17%) 198 0.0271
(1.00)
0.336
(1.00)
0.0856
(1.00)
0.807
(1.00)
0.697
(1.00)
0.525
(1.00)
0.605
(1.00)
0.936
(1.00)
0.58
(1.00)
1
(1.00)
0.707
(1.00)
0.431
(1.00)
0.0634
(1.00)
0.176
(1.00)
0.15
(1.00)
0.564
(1.00)
0.936
(1.00)
0.499
(1.00)
0.717
(1.00)
0.314
(1.00)
0.573
(1.00)
0.459
(1.00)
1
(1.00)
0.421
(1.00)
0.925
(1.00)
0.351
(1.00)
0.803
(1.00)
0.939
(1.00)
0.46
(1.00)
0.889
(1.00)
0.523
(1.00)
0.168
(1.00)
0.816
(1.00)
0.58
(1.00)
0.528
(1.00)
0.0411
(1.00)
0.576
(1.00)
0.278
(1.00)
0.148
(1.00)
0.687
(1.00)
0.617
(1.00)
0.123
(1.00)
0.377
(1.00)
0.206
(1.00)
amp xq28 59 (25%) 179 0.0248
(1.00)
0.827
(1.00)
0.0659
(1.00)
0.224
(1.00)
0.802
(1.00)
0.0589
(1.00)
0.367
(1.00)
0.478
(1.00)
0.511
(1.00)
0.305
(1.00)
1
(1.00)
0.327
(1.00)
0.0316
(1.00)
0.897
(1.00)
0.548
(1.00)
0.0874
(1.00)
0.478
(1.00)
0.932
(1.00)
0.37
(1.00)
0.394
(1.00)
0.856
(1.00)
0.459
(1.00)
0.194
(1.00)
1
(1.00)
0.602
(1.00)
0.774
(1.00)
0.477
(1.00)
0.767
(1.00)
0.98
(1.00)
0.932
(1.00)
0.547
(1.00)
0.902
(1.00)
1
(1.00)
0.511
(1.00)
0.768
(1.00)
0.661
(1.00)
0.339
(1.00)
0.724
(1.00)
0.243
(1.00)
0.757
(1.00)
0.353
(1.00)
0.12
(1.00)
0.923
(1.00)
0.593
(1.00)
del 1p36 23 32 (13%) 206 0.572
(1.00)
0.0389
(1.00)
0.765
(1.00)
0.78
(1.00)
0.0741
(1.00)
0.0575
(1.00)
0.258
(1.00)
0.0181
(1.00)
0.97
(1.00)
0.833
(1.00)
0.707
(1.00)
0.729
(1.00)
0.55
(1.00)
0.912
(1.00)
0.976
(1.00)
0.296
(1.00)
0.0181
(1.00)
0.491
(1.00)
0.392
(1.00)
0.661
(1.00)
0.498
(1.00)
0.53
(1.00)
0.216
(1.00)
0.477
(1.00)
0.494
(1.00)
0.899
(1.00)
0.417
(1.00)
0.91
(1.00)
0.481
(1.00)
0.535
(1.00)
0.646
(1.00)
0.334
(1.00)
0.8
(1.00)
0.97
(1.00)
0.342
(1.00)
0.517
(1.00)
0.178
(1.00)
0.831
(1.00)
0.897
(1.00)
0.456
(1.00)
0.592
(1.00)
0.0459
(1.00)
0.823
(1.00)
del 1p13 2 30 (13%) 208 0.13
(1.00)
0.662
(1.00)
0.503
(1.00)
0.234
(1.00)
0.0838
(1.00)
0.669
(1.00)
0.554
(1.00)
0.571
(1.00)
0.577
(1.00)
0.646
(1.00)
1
(1.00)
0.805
(1.00)
0.692
(1.00)
0.183
(1.00)
0.396
(1.00)
0.571
(1.00)
0.0515
(1.00)
0.309
(1.00)
0.629
(1.00)
0.843
(1.00)
1
(1.00)
0.726
(1.00)
0.477
(1.00)
0.0402
(1.00)
0.476
(1.00)
0.0249
(1.00)
0.286
(1.00)
0.0841
(1.00)
0.785
(1.00)
1
(1.00)
0.321
(1.00)
0.529
(1.00)
0.577
(1.00)
0.952
(1.00)
0.149
(1.00)
0.217
(1.00)
0.287
(1.00)
0.0709
(1.00)
1
(1.00)
0.153
(1.00)
0.725
(1.00)
0.246
(1.00)
del 2q22 1 48 (20%) 190 0.407
(1.00)
0.521
(1.00)
0.363
(1.00)
0.305
(1.00)
0.425
(1.00)
0.643
(1.00)
0.337
(1.00)
0.584
(1.00)
0.378
(1.00)
0.196
(1.00)
0.199
(1.00)
0.707
(1.00)
0.772
(1.00)
0.828
(1.00)
0.159
(1.00)
0.287
(1.00)
0.584
(1.00)
0.726
(1.00)
0.121
(1.00)
0.571
(1.00)
0.411
(1.00)
0.551
(1.00)
0.545
(1.00)
0.241
(1.00)
0.989
(1.00)
0.861
(1.00)
0.893
(1.00)
0.194
(1.00)
0.0766
(1.00)
0.446
(1.00)
0.715
(1.00)
0.25
(1.00)
0.3
(1.00)
0.378
(1.00)
0.112
(1.00)
1
(1.00)
0.784
(1.00)
0.664
(1.00)
0.235
(1.00)
0.0376
(1.00)
0.487
(1.00)
0.644
(1.00)
0.455
(1.00)
0.597
(1.00)
del 2q37 1 104 (44%) 134 0.845
(1.00)
0.0676
(1.00)
0.324
(1.00)
0.861
(1.00)
0.374
(1.00)
0.116
(1.00)
1
(1.00)
0.572
(1.00)
0.586
(1.00)
0.326
(1.00)
0.188
(1.00)
0.263
(1.00)
0.237
(1.00)
0.559
(1.00)
0.895
(1.00)
0.0169
(1.00)
0.572
(1.00)
0.0922
(1.00)
0.216
(1.00)
0.617
(1.00)
0.869
(1.00)
0.56
(1.00)
0.834
(1.00)
1
(1.00)
0.83
(1.00)
0.186
(1.00)
0.547
(1.00)
0.933
(1.00)
0.373
(1.00)
0.455
(1.00)
0.338
(1.00)
0.316
(1.00)
1
(1.00)
0.586
(1.00)
0.00127
(1.00)
1
(1.00)
0.999
(1.00)
0.616
(1.00)
0.791
(1.00)
0.272
(1.00)
0.487
(1.00)
0.612
(1.00)
0.0868
(1.00)
0.159
(1.00)
del 3p14 2 106 (45%) 132 0.885
(1.00)
0.92
(1.00)
0.439
(1.00)
0.0125
(1.00)
0.968
(1.00)
0.00031
(0.851)
0.0312
(1.00)
0.411
(1.00)
0.00523
(1.00)
0.778
(1.00)
0.284
(1.00)
0.0131
(1.00)
0.354
(1.00)
0.219
(1.00)
0.216
(1.00)
0.261
(1.00)
0.411
(1.00)
0.00136
(1.00)
0.582
(1.00)
0.12
(1.00)
0.65
(1.00)
1
(1.00)
0.535
(1.00)
1
(1.00)
0.783
(1.00)
0.145
(1.00)
0.538
(1.00)
0.975
(1.00)
0.771
(1.00)
0.135
(1.00)
0.094
(1.00)
0.586
(1.00)
0.00809
(1.00)
0.00523
(1.00)
0.717
(1.00)
0.269
(1.00)
0.0896
(1.00)
0.104
(1.00)
0.857
(1.00)
0.271
(1.00)
0.0481
(1.00)
0.53
(1.00)
0.911
(1.00)
0.0164
(1.00)
del 4q21 3 81 (34%) 157 0.0295
(1.00)
0.766
(1.00)
0.596
(1.00)
0.0127
(1.00)
0.352
(1.00)
0.00983
(1.00)
0.537
(1.00)
0.931
(1.00)
0.0101
(1.00)
0.259
(1.00)
0.585
(1.00)
0.0144
(1.00)
0.319
(1.00)
0.311
(1.00)
0.015
(1.00)
0.919
(1.00)
0.931
(1.00)
0.117
(1.00)
0.401
(1.00)
0.0258
(1.00)
0.0716
(1.00)
1
(1.00)
0.0807
(1.00)
0.584
(1.00)
0.369
(1.00)
0.624
(1.00)
0.361
(1.00)
0.086
(1.00)
0.347
(1.00)
0.825
(1.00)
0.346
(1.00)
0.986
(1.00)
0.459
(1.00)
0.0101
(1.00)
0.462
(1.00)
0.708
(1.00)
0.118
(1.00)
0.871
(1.00)
0.903
(1.00)
0.124
(1.00)
0.0372
(1.00)
0.383
(1.00)
0.736
(1.00)
0.59
(1.00)
del 4q22 1 79 (33%) 159 0.109
(1.00)
0.859
(1.00)
0.538
(1.00)
0.0319
(1.00)
0.329
(1.00)
0.0142
(1.00)
0.682
(1.00)
0.658
(1.00)
0.0518
(1.00)
0.437
(1.00)
0.778
(1.00)
0.0964
(1.00)
0.446
(1.00)
0.176
(1.00)
0.00133
(1.00)
0.667
(1.00)
0.658
(1.00)
0.379
(1.00)
0.682
(1.00)
0.0793
(1.00)
0.23
(1.00)
0.543
(1.00)
0.0271
(1.00)
0.604
(1.00)
0.562
(1.00)
0.698
(1.00)
0.407
(1.00)
0.155
(1.00)
0.628
(1.00)
0.71
(1.00)
0.246
(1.00)
0.86
(1.00)
0.445
(1.00)
0.0518
(1.00)
0.461
(1.00)
1
(1.00)
0.177
(1.00)
0.693
(1.00)
0.727
(1.00)
0.525
(1.00)
0.0372
(1.00)
0.435
(1.00)
0.821
(1.00)
0.448
(1.00)
del 4q35 2 92 (39%) 146 0.183
(1.00)
0.743
(1.00)
0.411
(1.00)
0.204
(1.00)
0.0771
(1.00)
0.0346
(1.00)
1
(1.00)
0.688
(1.00)
0.31
(1.00)
0.873
(1.00)
0.288
(1.00)
0.285
(1.00)
1
(1.00)
0.889
(1.00)
0.0236
(1.00)
0.544
(1.00)
0.688
(1.00)
0.144
(1.00)
0.928
(1.00)
0.177
(1.00)
0.675
(1.00)
0.56
(1.00)
0.372
(1.00)
0.105
(1.00)
0.767
(1.00)
0.0669
(1.00)
0.402
(1.00)
0.546
(1.00)
0.693
(1.00)
0.707
(1.00)
0.611
(1.00)
0.286
(1.00)
0.598
(1.00)
0.31
(1.00)
0.674
(1.00)
0.355
(1.00)
0.476
(1.00)
1
(1.00)
0.442
(1.00)
0.38
(1.00)
0.0104
(1.00)
0.393
(1.00)
0.762
(1.00)
0.73
(1.00)
del 5q12 1 61 (26%) 177 0.12
(1.00)
0.997
(1.00)
0.73
(1.00)
0.418
(1.00)
0.915
(1.00)
0.259
(1.00)
0.072
(1.00)
0.157
(1.00)
0.107
(1.00)
0.867
(1.00)
0.244
(1.00)
0.11
(1.00)
0.00919
(1.00)
0.517
(1.00)
0.269
(1.00)
0.147
(1.00)
0.157
(1.00)
0.797
(1.00)
0.994
(1.00)
0.312
(1.00)
0.151
(1.00)
1
(1.00)
0.134
(1.00)
1
(1.00)
0.872
(1.00)
0.158
(1.00)
0.255
(1.00)
0.874
(1.00)
0.082
(1.00)
0.71
(1.00)
0.9
(1.00)
0.383
(1.00)
0.233
(1.00)
0.107
(1.00)
0.618
(1.00)
0.419
(1.00)
0.183
(1.00)
0.953
(1.00)
0.718
(1.00)
0.757
(1.00)
0.0538
(1.00)
0.695
(1.00)
0.946
(1.00)
0.254
(1.00)
del 5q35 2 58 (24%) 180 0.731
(1.00)
0.544
(1.00)
0.562
(1.00)
0.543
(1.00)
0.528
(1.00)
0.301
(1.00)
0.111
(1.00)
0.219
(1.00)
0.0522
(1.00)
0.971
(1.00)
0.364
(1.00)
0.265
(1.00)
0.0368
(1.00)
0.564
(1.00)
0.102
(1.00)
0.511
(1.00)
0.219
(1.00)
0.768
(1.00)
0.757
(1.00)
0.731
(1.00)
0.208
(1.00)
1
(1.00)
0.0806
(1.00)
1
(1.00)
0.592
(1.00)
0.169
(1.00)
0.158
(1.00)
0.272
(1.00)
0.0411
(1.00)
0.762
(1.00)
0.838
(1.00)
0.601
(1.00)
0.168
(1.00)
0.0522
(1.00)
0.944
(1.00)
0.0631
(1.00)
0.724
(1.00)
0.953
(1.00)
0.313
(1.00)
0.757
(1.00)
0.0538
(1.00)
0.477
(1.00)
0.605
(1.00)
0.192
(1.00)
del 6p24 2 36 (15%) 202 0.796
(1.00)
0.793
(1.00)
0.617
(1.00)
0.0996
(1.00)
0.0664
(1.00)
0.369
(1.00)
0.587
(1.00)
0.187
(1.00)
0.0636
(1.00)
0.631
(1.00)
0.696
(1.00)
0.595
(1.00)
0.344
(1.00)
0.0318
(1.00)
0.98
(1.00)
0.0935
(1.00)
0.187
(1.00)
0.762
(1.00)
0.874
(1.00)
0.714
(1.00)
0.0589
(1.00)
1
(1.00)
0.764
(1.00)
1
(1.00)
0.599
(1.00)
0.394
(1.00)
0.154
(1.00)
0.904
(1.00)
0.448
(1.00)
0.892
(1.00)
0.729
(1.00)
0.484
(1.00)
0.363
(1.00)
0.0636
(1.00)
0.333
(1.00)
0.306
(1.00)
0.00951
(1.00)
0.443
(1.00)
0.56
(1.00)
0.731
(1.00)
0.77
(1.00)
0.794
(1.00)
0.851
(1.00)
del 6q26 83 (35%) 155 0.301
(1.00)
0.685
(1.00)
0.965
(1.00)
0.707
(1.00)
0.258
(1.00)
0.592
(1.00)
0.683
(1.00)
0.905
(1.00)
0.352
(1.00)
0.427
(1.00)
0.396
(1.00)
0.561
(1.00)
0.637
(1.00)
0.516
(1.00)
0.367
(1.00)
0.0337
(1.00)
0.905
(1.00)
0.991
(1.00)
0.408
(1.00)
0.508
(1.00)
0.975
(1.00)
0.536
(1.00)
0.499
(1.00)
0.554
(1.00)
0.576
(1.00)
0.418
(1.00)
0.285
(1.00)
0.405
(1.00)
0.464
(1.00)
0.805
(1.00)
0.853
(1.00)
0.279
(1.00)
0.856
(1.00)
0.352
(1.00)
0.107
(1.00)
1
(1.00)
0.000939
(1.00)
0.839
(1.00)
0.145
(1.00)
1
(1.00)
0.0126
(1.00)
0.755
(1.00)
0.119
(1.00)
del 7q34 51 (21%) 187 0.0921
(1.00)
0.161
(1.00)
0.726
(1.00)
0.176
(1.00)
0.47
(1.00)
0.685
(1.00)
0.00363
(1.00)
0.308
(1.00)
0.0479
(1.00)
0.834
(1.00)
0.765
(1.00)
0.934
(1.00)
0.0184
(1.00)
0.981
(1.00)
0.82
(1.00)
0.402
(1.00)
0.308
(1.00)
0.724
(1.00)
0.389
(1.00)
0.97
(1.00)
0.0249
(1.00)
0.583
(1.00)
0.172
(1.00)
0.172
(1.00)
0.765
(1.00)
0.194
(1.00)
0.591
(1.00)
0.76
(1.00)
0.119
(1.00)
0.488
(1.00)
0.838
(1.00)
0.482
(1.00)
0.211
(1.00)
0.0479
(1.00)
0.487
(1.00)
0.285
(1.00)
0.791
(1.00)
0.62
(1.00)
0.573
(1.00)
1
(1.00)
0.617
(1.00)
0.156
(1.00)
0.161
(1.00)
0.932
(1.00)
del 8p23 3 85 (36%) 153 0.0653
(1.00)
0.308
(1.00)
0.965
(1.00)
0.718
(1.00)
0.866
(1.00)
0.875
(1.00)
0.103
(1.00)
0.0713
(1.00)
0.471
(1.00)
0.557
(1.00)
0.789
(1.00)
0.832
(1.00)
0.336
(1.00)
0.911
(1.00)
0.317
(1.00)
0.334
(1.00)
0.0713
(1.00)
0.154
(1.00)
0.147
(1.00)
0.222
(1.00)
0.297
(1.00)
1
(1.00)
0.169
(1.00)
0.278
(1.00)
0.61
(1.00)
1
(1.00)
0.313
(1.00)
0.407
(1.00)
0.576
(1.00)
0.715
(1.00)
0.639
(1.00)
0.366
(1.00)
0.204
(1.00)
0.471
(1.00)
0.502
(1.00)
0.699
(1.00)
0.351
(1.00)
0.336
(1.00)
0.603
(1.00)
0.784
(1.00)
0.0481
(1.00)
0.592
(1.00)
0.264
(1.00)
0.318
(1.00)
del 8p23 1 78 (33%) 160 0.16
(1.00)
0.163
(1.00)
0.895
(1.00)
0.852
(1.00)
0.826
(1.00)
0.696
(1.00)
0.214
(1.00)
0.0322
(1.00)
0.383
(1.00)
0.187
(1.00)
1
(1.00)
0.697
(1.00)
0.319
(1.00)
0.78
(1.00)
0.134
(1.00)
0.0314
(1.00)
0.0322
(1.00)
0.365
(1.00)
0.483
(1.00)
0.355
(1.00)
0.231
(1.00)
0.56
(1.00)
0.187
(1.00)
0.241
(1.00)
0.636
(1.00)
0.793
(1.00)
0.44
(1.00)
0.346
(1.00)
0.901
(1.00)
0.468
(1.00)
0.769
(1.00)
0.316
(1.00)
0.139
(1.00)
0.383
(1.00)
0.432
(1.00)
0.847
(1.00)
0.803
(1.00)
0.912
(1.00)
0.583
(1.00)
1
(1.00)
0.0741
(1.00)
0.608
(1.00)
0.14
(1.00)
0.278
(1.00)
del 10q23 31 71 (30%) 167 0.229
(1.00)
0.0144
(1.00)
0.544
(1.00)
0.0808
(1.00)
0.49
(1.00)
0.993
(1.00)
0.0913
(1.00)
0.676
(1.00)
0.049
(1.00)
0.00696
(1.00)
1
(1.00)
0.569
(1.00)
0.631
(1.00)
0.069
(1.00)
0.0705
(1.00)
0.0716
(1.00)
0.676
(1.00)
0.0489
(1.00)
0.244
(1.00)
0.583
(1.00)
0.468
(1.00)
1
(1.00)
0.148
(1.00)
0.278
(1.00)
0.447
(1.00)
0.88
(1.00)
0.802
(1.00)
0.0929
(1.00)
0.705
(1.00)
0.468
(1.00)
0.071
(1.00)
0.0277
(1.00)
0.259
(1.00)
0.049
(1.00)
0.168
(1.00)
0.162
(1.00)
0.00942
(1.00)
1
(1.00)
0.335
(1.00)
0.551
(1.00)
0.52
(1.00)
0.359
(1.00)
0.0178
(1.00)
0.885
(1.00)
del 11p15 1 82 (34%) 156 0.23
(1.00)
0.0126
(1.00)
0.516
(1.00)
0.572
(1.00)
0.898
(1.00)
0.102
(1.00)
0.414
(1.00)
0.328
(1.00)
0.231
(1.00)
0.0905
(1.00)
0.424
(1.00)
0.358
(1.00)
0.0287
(1.00)
0.0529
(1.00)
0.0766
(1.00)
0.155
(1.00)
0.328
(1.00)
0.747
(1.00)
0.394
(1.00)
0.423
(1.00)
0.521
(1.00)
0.551
(1.00)
0.89
(1.00)
0.241
(1.00)
0.143
(1.00)
0.0523
(1.00)
0.523
(1.00)
0.162
(1.00)
0.927
(1.00)
0.0568
(1.00)
0.53
(1.00)
0.0483
(1.00)
0.359
(1.00)
0.231
(1.00)
0.626
(1.00)
0.847
(1.00)
0.42
(1.00)
0.0767
(1.00)
0.178
(1.00)
1
(1.00)
0.353
(1.00)
0.556
(1.00)
0.00897
(1.00)
0.17
(1.00)
del 11q23 3 132 (55%) 106 0.503
(1.00)
0.0151
(1.00)
0.796
(1.00)
0.863
(1.00)
0.436
(1.00)
0.0493
(1.00)
0.239
(1.00)
0.912
(1.00)
0.991
(1.00)
0.173
(1.00)
0.292
(1.00)
0.959
(1.00)
0.235
(1.00)
0.315
(1.00)
0.745
(1.00)
0.871
(1.00)
0.912
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0591
(1.00)
0.538
(1.00)
0.212
(1.00)
1
(1.00)
0.889
(1.00)
0.538
(1.00)
0.0532
(1.00)
0.469
(1.00)
0.975
(1.00)
0.0942
(1.00)
0.613
(1.00)
0.076
(1.00)
1
(1.00)
0.0304
(1.00)
0.171
(1.00)
0.991
(1.00)
0.506
(1.00)
0.579
(1.00)
0.0136
(1.00)
0.128
(1.00)
0.932
(1.00)
0.284
(1.00)
0.714
(1.00)
0.0875
(1.00)
0.0245
(1.00)
0.0113
(1.00)
del 11q25 131 (55%) 107 0.251
(1.00)
0.0893
(1.00)
0.853
(1.00)
0.861
(1.00)
0.304
(1.00)
0.0596
(1.00)
0.115
(1.00)
0.987
(1.00)
0.9
(1.00)
0.188
(1.00)
0.0706
(1.00)
0.934
(1.00)
0.15
(1.00)
0.511
(1.00)
0.705
(1.00)
0.871
(1.00)
0.987
(1.00)
0.365
(1.00)
0.11
(1.00)
0.933
(1.00)
0.0678
(1.00)
1
(1.00)
0.65
(1.00)
0.257
(1.00)
0.242
(1.00)
0.499
(1.00)
0.873
(1.00)
0.4
(1.00)
0.508
(1.00)
0.0866
(1.00)
1
(1.00)
0.0849
(1.00)
0.123
(1.00)
0.9
(1.00)
0.484
(1.00)
0.71
(1.00)
0.0127
(1.00)
0.223
(1.00)
0.565
(1.00)
0.284
(1.00)
0.284
(1.00)
0.048
(1.00)
0.127
(1.00)
0.0125
(1.00)
del 13q12 11 82 (34%) 156 0.099
(1.00)
0.819
(1.00)
0.439
(1.00)
0.137
(1.00)
0.431
(1.00)
0.013
(1.00)
0.152
(1.00)
0.463
(1.00)
0.0278
(1.00)
0.139
(1.00)
0.273
(1.00)
0.185
(1.00)
1
(1.00)
0.942
(1.00)
0.128
(1.00)
0.53
(1.00)
0.463
(1.00)
0.122
(1.00)
0.166
(1.00)
0.623
(1.00)
0.562
(1.00)
1
(1.00)
0.889
(1.00)
0.278
(1.00)
0.234
(1.00)
1
(1.00)
0.704
(1.00)
0.157
(1.00)
0.561
(1.00)
0.326
(1.00)
0.741
(1.00)
0.938
(1.00)
0.273
(1.00)
0.0278
(1.00)
0.212
(1.00)
0.568
(1.00)
0.0401
(1.00)
0.869
(1.00)
0.782
(1.00)
0.135
(1.00)
0.487
(1.00)
0.189
(1.00)
0.986
(1.00)
0.109
(1.00)
del 13q14 2 96 (40%) 142 0.0305
(1.00)
0.193
(1.00)
0.205
(1.00)
0.15
(1.00)
0.418
(1.00)
0.00255
(1.00)
0.551
(1.00)
0.57
(1.00)
0.0387
(1.00)
0.0378
(1.00)
0.42
(1.00)
0.947
(1.00)
0.482
(1.00)
0.385
(1.00)
0.0239
(1.00)
0.156
(1.00)
0.57
(1.00)
0.0372
(1.00)
0.208
(1.00)
0.992
(1.00)
0.977
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.584
(1.00)
0.103
(1.00)
0.926
(1.00)
0.746
(1.00)
0.0163
(1.00)
0.383
(1.00)
0.148
(1.00)
0.773
(1.00)
0.806
(1.00)
0.375
(1.00)
0.0387
(1.00)
0.513
(1.00)
0.712
(1.00)
0.0988
(1.00)
0.736
(1.00)
0.388
(1.00)
0.0805
(1.00)
0.939
(1.00)
0.105
(1.00)
0.145
(1.00)
0.0208
(1.00)
del 14q32 31 40 (17%) 198 0.884
(1.00)
0.071
(1.00)
0.312
(1.00)
0.488
(1.00)
0.245
(1.00)
0.228
(1.00)
0.188
(1.00)
0.464
(1.00)
0.136
(1.00)
0.661
(1.00)
0.707
(1.00)
0.58
(1.00)
0.00959
(1.00)
0.64
(1.00)
0.0829
(1.00)
0.377
(1.00)
0.464
(1.00)
0.0828
(1.00)
0.36
(1.00)
0.22
(1.00)
0.139
(1.00)
1
(1.00)
0.685
(1.00)
1
(1.00)
0.15
(1.00)
0.369
(1.00)
0.116
(1.00)
0.519
(1.00)
0.199
(1.00)
0.389
(1.00)
0.927
(1.00)
0.389
(1.00)
0.502
(1.00)
0.136
(1.00)
0.299
(1.00)
0.795
(1.00)
0.818
(1.00)
0.621
(1.00)
0.998
(1.00)
1
(1.00)
0.327
(1.00)
0.0772
(1.00)
0.64
(1.00)
del 15q21 1 51 (21%) 187 0.546
(1.00)
0.0814
(1.00)
0.599
(1.00)
0.268
(1.00)
0.298
(1.00)
0.259
(1.00)
1
(1.00)
0.337
(1.00)
0.84
(1.00)
0.124
(1.00)
1
(1.00)
0.153
(1.00)
1
(1.00)
0.345
(1.00)
0.00372
(1.00)
0.714
(1.00)
0.337
(1.00)
0.455
(1.00)
0.825
(1.00)
0.871
(1.00)
0.515
(1.00)
1
(1.00)
0.545
(1.00)
1
(1.00)
0.377
(1.00)
0.955
(1.00)
0.409
(1.00)
0.878
(1.00)
0.777
(1.00)
0.68
(1.00)
0.69
(1.00)
0.288
(1.00)
0.637
(1.00)
0.84
(1.00)
0.45
(1.00)
0.806
(1.00)
0.969
(1.00)
0.714
(1.00)
0.443
(1.00)
0.707
(1.00)
0.943
(1.00)
0.193
(1.00)
0.0881
(1.00)
0.261
(1.00)
del 16q11 2 44 (18%) 194 0.575
(1.00)
0.461
(1.00)
0.641
(1.00)
0.0621
(1.00)
0.697
(1.00)
0.00017
(0.467)
0.803
(1.00)
0.665
(1.00)
0.119
(1.00)
0.609
(1.00)
0.739
(1.00)
0.992
(1.00)
0.774
(1.00)
0.981
(1.00)
0.57
(1.00)
0.0208
(1.00)
0.665
(1.00)
0.307
(1.00)
0.391
(1.00)
0.0249
(1.00)
0.249
(1.00)
1
(1.00)
0.8
(1.00)
0.421
(1.00)
0.224
(1.00)
0.861
(1.00)
0.488
(1.00)
0.643
(1.00)
0.948
(1.00)
0.11
(1.00)
0.872
(1.00)
0.079
(1.00)
0.401
(1.00)
0.119
(1.00)
0.749
(1.00)
0.0522
(1.00)
0.595
(1.00)
0.891
(1.00)
0.604
(1.00)
0.185
(1.00)
0.251
(1.00)
0.394
(1.00)
0.29
(1.00)
del 16q23 1 45 (19%) 193 0.315
(1.00)
0.256
(1.00)
0.859
(1.00)
0.679
(1.00)
0.526
(1.00)
0.00033
(0.906)
0.466
(1.00)
0.203
(1.00)
0.542
(1.00)
0.0114
(1.00)
0.309
(1.00)
0.309
(1.00)
0.225
(1.00)
0.991
(1.00)
0.528
(1.00)
0.0188
(1.00)
0.203
(1.00)
0.629
(1.00)
0.728
(1.00)
0.0478
(1.00)
0.566
(1.00)
0.551
(1.00)
0.392
(1.00)
1
(1.00)
0.042
(1.00)
0.861
(1.00)
0.402
(1.00)
0.37
(1.00)
0.0214
(1.00)
0.408
(1.00)
1
(1.00)
0.481
(1.00)
0.667
(1.00)
0.542
(1.00)
0.907
(1.00)
0.117
(1.00)
0.308
(1.00)
0.492
(1.00)
0.308
(1.00)
0.514
(1.00)
0.736
(1.00)
0.198
(1.00)
0.963
(1.00)
del 17p12 86 (36%) 152 0.175
(1.00)
0.00667
(1.00)
0.197
(1.00)
0.702
(1.00)
0.833
(1.00)
0.336
(1.00)
0.225
(1.00)
0.637
(1.00)
0.591
(1.00)
0.398
(1.00)
0.581
(1.00)
0.395
(1.00)
0.631
(1.00)
0.0751
(1.00)
0.388
(1.00)
0.629
(1.00)
0.637
(1.00)
0.0437
(1.00)
0.612
(1.00)
0.88
(1.00)
0.671
(1.00)
1
(1.00)
0.254
(1.00)
1
(1.00)
0.977
(1.00)
0.491
(1.00)
0.884
(1.00)
0.196
(1.00)
0.0682
(1.00)
0.962
(1.00)
0.89
(1.00)
0.487
(1.00)
0.854
(1.00)
0.591
(1.00)
0.401
(1.00)
0.45
(1.00)
0.194
(1.00)
0.956
(1.00)
0.363
(1.00)
1
(1.00)
0.316
(1.00)
0.212
(1.00)
0.00912
(1.00)
0.0776
(1.00)
del 17q25 3 40 (17%) 198 0.121
(1.00)
0.55
(1.00)
0.591
(1.00)
0.364
(1.00)
0.827
(1.00)
0.121
(1.00)
1
(1.00)
0.169
(1.00)
0.51
(1.00)
0.108
(1.00)
1
(1.00)
0.47
(1.00)
0.469
(1.00)
0.958
(1.00)
0.457
(1.00)
0.738
(1.00)
0.169
(1.00)
0.249
(1.00)
1
(1.00)
0.43
(1.00)
0.74
(1.00)
1
(1.00)
0.801
(1.00)
1
(1.00)
0.86
(1.00)
0.325
(1.00)
0.608
(1.00)
0.814
(1.00)
0.493
(1.00)
0.198
(1.00)
1
(1.00)
0.967
(1.00)
0.822
(1.00)
0.51
(1.00)
0.37
(1.00)
0.494
(1.00)
0.817
(1.00)
0.863
(1.00)
0.859
(1.00)
0.69
(1.00)
0.826
(1.00)
0.481
(1.00)
0.389
(1.00)
0.104
(1.00)
del 19p13 3 82 (34%) 156 0.00824
(1.00)
0.653
(1.00)
0.511
(1.00)
0.713
(1.00)
0.711
(1.00)
0.247
(1.00)
0.54
(1.00)
0.702
(1.00)
0.681
(1.00)
0.366
(1.00)
0.581
(1.00)
0.318
(1.00)
0.469
(1.00)
0.249
(1.00)
0.247
(1.00)
0.618
(1.00)
0.702
(1.00)
0.922
(1.00)
1
(1.00)
0.168
(1.00)
0.978
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.568
(1.00)
0.947
(1.00)
0.0935
(1.00)
0.598
(1.00)
0.77
(1.00)
0.167
(1.00)
0.908
(1.00)
0.472
(1.00)
0.47
(1.00)
0.465
(1.00)
0.681
(1.00)
0.899
(1.00)
0.847
(1.00)
0.746
(1.00)
0.415
(1.00)
0.176
(1.00)
1
(1.00)
0.0104
(1.00)
0.889
(1.00)
0.529
(1.00)
0.863
(1.00)
del 19q13 33 31 (13%) 207 0.892
(1.00)
0.165
(1.00)
0.704
(1.00)
1
(1.00)
0.462
(1.00)
0.227
(1.00)
1
(1.00)
0.359
(1.00)
0.95
(1.00)
0.262
(1.00)
0.217
(1.00)
0.896
(1.00)
1
(1.00)
0.202
(1.00)
0.235
(1.00)
0.359
(1.00)
0.657
(1.00)
0.107
(1.00)
0.499
(1.00)
0.192
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.728
(1.00)
0.325
(1.00)
0.885
(1.00)
0.496
(1.00)
0.165
(1.00)
0.535
(1.00)
1
(1.00)
0.0901
(1.00)
0.79
(1.00)
0.95
(1.00)
0.6
(1.00)
1
(1.00)
0.55
(1.00)
0.908
(1.00)
0.678
(1.00)
0.458
(1.00)
0.933
(1.00)
0.91
(1.00)
0.173
(1.00)
0.414
(1.00)
del 20p12 1 31 (13%) 207 0.0747
(1.00)
0.385
(1.00)
0.755
(1.00)
1
(1.00)
0.933
(1.00)
0.809
(1.00)
0.776
(1.00)
0.0502
(1.00)
0.525
(1.00)
0.563
(1.00)
1
(1.00)
0.187
(1.00)
0.148
(1.00)
0.659
(1.00)
0.987
(1.00)
0.669
(1.00)
0.0502
(1.00)
0.107
(1.00)
0.918
(1.00)
0.659
(1.00)
0.518
(1.00)
0.298
(1.00)
0.494
(1.00)
0.23
(1.00)
0.546
(1.00)
0.902
(1.00)
0.62
(1.00)
0.386
(1.00)
0.678
(1.00)
0.63
(1.00)
0.367
(1.00)
0.716
(1.00)
1
(1.00)
0.525
(1.00)
0.49
(1.00)
0.782
(1.00)
0.841
(1.00)
0.254
(1.00)
0.524
(1.00)
0.707
(1.00)
0.15
(1.00)
0.562
(1.00)
0.682
(1.00)
del 21q11 2 50 (21%) 188 0.0104
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0268
(1.00)
0.201
(1.00)
0.438
(1.00)
0.716
(1.00)
0.637
(1.00)
0.479
(1.00)
0.0624
(1.00)
0.476
(1.00)
0.197
(1.00)
0.0487
(1.00)
0.566
(1.00)
0.0774
(1.00)
0.0852
(1.00)
0.479
(1.00)
0.0617
(1.00)
0.0661
(1.00)
0.504
(1.00)
0.0251
(1.00)
0.459
(1.00)
0.127
(1.00)
0.538
(1.00)
0.0878
(1.00)
0.305
(1.00)
0.748
(1.00)
0.0815
(1.00)
0.181
(1.00)
0.608
(1.00)
0.176
(1.00)
0.977
(1.00)
0.833
(1.00)
0.0624
(1.00)
0.284
(1.00)
0.374
(1.00)
0.493
(1.00)
0.441
(1.00)
0.29
(1.00)
0.318
(1.00)
0.145
(1.00)
0.211
(1.00)
0.359
(1.00)
del 22q13 32 69 (29%) 169 0.413
(1.00)
0.642
(1.00)
0.767
(1.00)
0.452
(1.00)
0.677
(1.00)
0.116
(1.00)
0.196
(1.00)
0.392
(1.00)
0.957
(1.00)
0.593
(1.00)
0.767
(1.00)
0.825
(1.00)
0.804
(1.00)
0.308
(1.00)
0.549
(1.00)
0.0299
(1.00)
0.392
(1.00)
0.248
(1.00)
0.281
(1.00)
0.577
(1.00)
0.95
(1.00)
0.258
(1.00)
0.343
(1.00)
0.554
(1.00)
0.174
(1.00)
0.147
(1.00)
0.461
(1.00)
0.168
(1.00)
0.618
(1.00)
0.258
(1.00)
1
(1.00)
0.79
(1.00)
0.358
(1.00)
0.957
(1.00)
0.172
(1.00)
0.841
(1.00)
0.908
(1.00)
0.504
(1.00)
0.261
(1.00)
0.139
(1.00)
0.0481
(1.00)
0.771
(1.00)
0.696
(1.00)
0.133
(1.00)
del xp11 3 57 (24%) 181 0.426
(1.00)
0.555
(1.00)
0.254
(1.00)
0.403
(1.00)
0.717
(1.00)
0.0274
(1.00)
0.107
(1.00)
0.53
(1.00)
0.785
(1.00)
0.228
(1.00)
0.122
(1.00)
0.425
(1.00)
0.594
(1.00)
0.528
(1.00)
0.813
(1.00)
0.221
(1.00)
0.53
(1.00)
0.157
(1.00)
0.377
(1.00)
0.493
(1.00)
0.307
(1.00)
0.284
(1.00)
0.21
(1.00)
0.562
(1.00)
0.253
(1.00)
0.733
(1.00)
0.0461
(1.00)
0.0423
(1.00)
0.656
(1.00)
0.816
(1.00)
0.0466
(1.00)
0.252
(1.00)
0.843
(1.00)
0.785
(1.00)
0.917
(1.00)
0.201
(1.00)
0.193
(1.00)
0.217
(1.00)
0.675
(1.00)
0.11
(1.00)
0.247
(1.00)
0.576
(1.00)
0.474
(1.00)
0.529
(1.00)
del xq21 33 45 (19%) 193 0.0217
(1.00)
0.829
(1.00)
0.416
(1.00)
1
(1.00)
0.325
(1.00)
0.264
(1.00)
0.131
(1.00)
0.552
(1.00)
0.948
(1.00)
0.482
(1.00)
1
(1.00)
0.487
(1.00)
0.783
(1.00)
0.945
(1.00)
0.413
(1.00)
0.922
(1.00)
0.552
(1.00)
0.835
(1.00)
0.181
(1.00)
0.298
(1.00)
0.0974
(1.00)
0.188
(1.00)
0.131
(1.00)
1
(1.00)
0.11
(1.00)
0.571
(1.00)
0.124
(1.00)
0.0375
(1.00)
0.991
(1.00)
0.768
(1.00)
0.0315
(1.00)
0.0972
(1.00)
1
(1.00)
0.948
(1.00)
0.672
(1.00)
0.0245
(1.00)
0.157
(1.00)
0.66
(1.00)
0.336
(1.00)
0.297
(1.00)
0.817
(1.00)
0.736
(1.00)
0.753
(1.00)
0.897
(1.00)
'del_18q21.2' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 7e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.19

Table S1.  Gene #56: 'del_18q21.2' versus Clinical Feature #6: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients ADENOSQUAMOUS CERVICAL SQUAMOUS CELL CARCINOMA ENDOCERVICAL ADENOCARCINOMA OF THE USUAL TYPE ENDOCERVICAL TYPE OF ADENOCARCINOMA ENDOMETRIOID ADENOCARCINOMA OF ENDOCERVIX MUCINOUS ADENOCARCINOMA OF ENDOCERVICAL TYPE
ALL 5 197 5 22 3 6
DEL PEAK 28(18Q21.2) MUTATED 0 45 1 14 2 4
DEL PEAK 28(18Q21.2) WILD-TYPE 5 152 4 8 1 2

Figure S1.  Get High-res Image Gene #56: 'del_18q21.2' versus Clinical Feature #6: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = CESC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 238

  • Number of significantly focal cnvs = 63

  • Number of selected clinical features = 44

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)