Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
Maintainer Information
Citation Information
doi:10.7908/C1RB73F2
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1RB73F2
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 38 genes and 44 clinical features across 194 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 38 genes and 44 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY WEIGHT
KG
AT
DIAGNOSIS 		TUMOR
STATUS 		TUMOR
SAMPLE
PROCUREMENT
COUNTRY 		NEOPLASMHISTOLOGICGRADE TOBACCO
SMOKING
YEAR
STOPPED 		TOBACCO
SMOKING
PACK
YEARS
SMOKED 		TOBACCO
SMOKING
HISTORY 		PATIENT
AGEBEGANSMOKINGINYEARS 		RADIATION
TOTAL
DOSE 		RADIATION
THERAPY
TYPE 		RADIATION
THERAPY
STATUS 		RADIATION
THERAPY
SITE 		PREGNANCIES
COUNT
TOTAL 		PREGNANCIES
COUNT
STILLBIRTH 		PATIENT
PATIENTPREGNANCYSPONTANEOUSABORTIONCOUNT 		PREGNANCIES
COUNT
LIVE
BIRTH 		PATIENT
PATIENTPREGNANCYTHERAPEUTICABORTIONCOUNT 		PREGNANCIES
COUNT
ECTOPIC 		POS
LYMPH
NODE
LOCATION 		MENOPAUSE
STATUS 		LYMPHOVASCULAR
INVOLVEMENT 		LYMPH
NODES
EXAMINED
HE
COUNT 		LYMPH
NODES
EXAMINED 		KERATINIZATION
SQUAMOUS
CELL 		INITIAL
PATHOLOGIC
DX
YEAR 		HISTORY
HORMONAL
CONTRACEPTIVES
USE 		HEIGHT
CM
AT
DIAGNOSIS 		CORPUS
INVOLVEMENT 		CHEMO
CONCURRENT
TYPE 		CERVIX
SUV
RESULTS 		AJCC
TUMOR
PATHOLOGIC
PT 		AGE
AT
DIAGNOSIS 		STAGE
EVENT
CLINICAL
STAGE
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
KRAS 11 (6%) 183 0.266
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.00149
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.099
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.691
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.829
(1.00)
HLA-A 16 (8%) 178 0.306
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.0527
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.0527
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.488
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0799
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.254
(1.00)
FBXW7 19 (10%) 175 0.893
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.0924
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.0589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.0924
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.476
(1.00)
HLA-B 11 (6%) 183 0.456
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		1
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.043
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.0647
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.0747
(1.00)
PTEN 15 (8%) 179 0.0798
(1.00) 		0.0054
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.00904
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.0062
(1.00) 		0.193
(1.00)
ARID1A 14 (7%) 180 0.423
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.00208
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0383
(1.00) 		0.00557
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.319
(1.00) 		1
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0688
(1.00)
MAPK1 9 (5%) 185 0.174
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00) 		0.043
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.205
(1.00) 		1
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.365
(1.00)
EP300 21 (11%) 173 0.459
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0278
(1.00) 		0.0231
(1.00)
PIK3CA 53 (27%) 141 0.714
(1.00) 		0.000493
(0.657) 		0.155
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.0798
(1.00) 		0.00156
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.00665
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.000334
(0.446) 		0.339
(1.00)
NFE2L2 12 (6%) 182 0.443
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.377
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.104
(1.00)
FAT2 11 (6%) 183 0.512
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0703
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.065
(1.00) 		0.0703
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.00847
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.509
(1.00)
ZNF750 10 (5%) 184 0.501
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00236
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0264
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0978
(1.00)
BAP1 4 (2%) 190 0.675
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.675
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.00207
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.596
(1.00)
RAB35 4 (2%) 190 0.467
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.0735
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.0294
(1.00) 		0.845
(1.00)
ERBB3 11 (6%) 183 0.348
(1.00) 		0.119
(1.00) 		1
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.00203
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.000775
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.248
(1.00)
SMAD4 7 (4%) 187 0.761
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0131
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.0504
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.425
(1.00)
TCTE1 5 (3%) 189 0.78
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.248
(1.00)
NHS 12 (6%) 182 0.413
(1.00) 		0.0565
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.0456
(1.00)
LIN9 7 (4%) 187 0.851
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.396
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.272
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.494
(1.00) 		1
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.812
(1.00)
C12ORF43 4 (2%) 190 0.176
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.147
(1.00)
MED1 11 (6%) 183 0.0905
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.491
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.691
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.94
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.227
(1.00)
USP28 4 (2%) 190 0.905
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0209
(1.00) 		1
(1.00)
IDS 7 (4%) 187 0.379
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.663
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.126
(1.00)
TRIM9 8 (4%) 186 0.608
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.337
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.332
(1.00)
SEMA4B 7 (4%) 187 0.00833
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		1
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.056
(1.00) 		1
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.0565
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0315
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.848
(1.00)
ARHGAP4 6 (3%) 188 0.401
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.701
(1.00) 		1
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.378
(1.00)
POU2F1 3 (2%) 191 0.735
(1.00) 		0.377
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0712
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.657
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.619
(1.00)
IFNGR1 6 (3%) 188 0.739
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0758
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00861
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.0646
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.775
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.506
(1.00)
IGFN1 11 (6%) 183 0.606
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.0675
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.00425
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.909
(1.00)
RPGR 9 (5%) 185 0.753
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.671
(1.00)
CASP8 9 (5%) 185 0.678
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.933
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.891
(1.00) 		1
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.241
(1.00)
GAS6 4 (2%) 190 0.275
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.058
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.168
(1.00)
ABCD1 7 (4%) 187 0.0526
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.726
(1.00) 		1
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		1
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.0138
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.354
(1.00)
RPAP1 4 (2%) 190 0.357
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.26
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.00259
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00935
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.527
(1.00)
HIST1H4E 4 (2%) 190 0.844
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00) 		1
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.313
(1.00)
NLRC5 7 (4%) 187 0.56
(1.00) 		0.812
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.569
(1.00)
DDX41 5 (3%) 189 0.821
(1.00) 		0.00668
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.954
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0999
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00676
(1.00) 		0.215
(1.00)
MCM7 3 (2%) 191 0.355
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0951
(1.00) 		0.473
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = CESC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 194

  • Number of significantly mutated genes = 38

  • Number of selected clinical features = 44

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2015 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
Made with Nozzle