Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p31.3	96 (33%)	199	0.00081999	0.344	0.46709	1	0.058459	1	0.02186	1	0.34134	1	0.0011	0.453	0.54575	1	0.28445	1
amp_1q21.3	158 (54%)	137	9.9999e-06	0.00504	0.27743	1	0.053049	1	0.23008	1	0.98867	1	0.00084999	0.354	0.79399	1	0.054659	1
amp_1q44	152 (52%)	143	9.9999e-06	0.00504	0.10846	1	0.02211	1	0.079959	1	0.85274	1	0.00146	0.596	0.43359	1	0.02029	1
amp_2p24.3	79 (27%)	216	2e-05	0.00958	0.085859	1	0.059449	1	0.04624	1	0.070429	1	5.9999e-05	0.0275	0.11263	1	0.11443	1
amp_2q33.1	41 (14%)	254	4e-05	0.0186	0.052889	1	0.00284	1	0.093889	1	0.30383	1	0.0073999	1	0.3271	1	0.82128	1
amp_3q26.31	227 (77%)	68	9.9999e-06	0.00504	2e-05	0.00958	4e-05	0.0186	9.9999e-06	0.00504	0.31269	1	9.9999e-06	0.00504	0.053009	1	0.00021	0.0932
amp_3q28	224 (76%)	71	9.9999e-06	0.00504	2e-05	0.00958	5e-05	0.0231	9.9999e-06	0.00504	0.3006	1	9.9999e-06	0.00504	0.03461	1	0.00013	0.0589
amp_4q12	21 (7%)	274	0.87854	1	0.062649	1	0.70871	1	0.58871	1	1	1	0.37045	1	0.3997	1	0.11171	1
amp_5p15.33	138 (47%)	157	9.9999e-06	0.00504	0.0151	1	0.00229	0.921	0.00063999	0.273	0.0054299	1	0.00081999	0.344	0.19225	1	0.01561	1
amp_6p21.33	82 (28%)	213	0.00026	0.115	0.02469	1	0.00352	1	0.03951	1	0.72187	1	0.01552	1	0.41346	1	0.68844	1
amp_7p11.2	52 (18%)	243	0.00017	0.0763	0.01885	1	0.00185	0.753	0.064399	1	3e-04	0.132	0.088579	1	0.02805	1	0.01436	1
amp_8q24.21	127 (43%)	168	0.25231	1	0.31334	1	0.54699	1	0.1931	1	0.088419	1	0.098509	1	0.02004	1	0.00078999	0.333
amp_9p24.1	63 (21%)	232	0.34411	1	0.46685	1	0.63664	1	0.10786	1	0.6463	1	0.068369	1	0.1188	1	0.17845	1
amp_11p12	23 (8%)	272	0.52823	1	0.22005	1	0.15995	1	0.38708	1	0.45442	1	0.067779	1	0.56221	1	0.70757	1
amp_11q13.3	41 (14%)	254	0.00037	0.161	0.04627	1	0.00137	0.56	0.00090999	0.378	0.01643	1	2e-05	0.00958	0.37116	1	0.32131	1
amp_11q22.1	47 (16%)	248	0.00035	0.153	9.9999e-06	0.00504	9.9999e-06	0.00504	9.9999e-06	0.00504	0.00053999	0.233	9.9999e-06	0.00504	0.072079	1	0.00331	1
amp_13q22.1	65 (22%)	230	0.1962	1	0.0085499	1	0.98144	1	0.92506	1	0.75892	1	0.42786	1	0.35538	1	0.64097	1
amp_13q34	69 (23%)	226	0.03355	1	0.26941	1	0.83456	1	0.82138	1	0.76267	1	0.77242	1	0.58431	1	0.46747	1
amp_15q26.1	76 (26%)	219	0.088379	1	0.58882	1	0.64006	1	0.21866	1	0.54993	1	0.60552	1	0.47183	1	0.38513	1
amp_16p13.13	65 (22%)	230	0.2419	1	0.26827	1	0.39339	1	0.085709	1	0.29928	1	0.22394	1	0.61344	1	0.45722	1
amp_17q12	55 (19%)	240	0.00493	1	0.02512	1	0.01866	1	0.0087599	1	0.02872	1	0.03249	1	0.01877	1	0.04381	1
amp_17q25.1	74 (25%)	221	0.00104	0.43	0.23333	1	0.41147	1	0.12463	1	0.15741	1	0.94209	1	0.26326	1	0.77427	1
amp_19p13.3	39 (13%)	256	0.35396	1	0.00245	0.98	0.4374	1	0.0064099	1	0.51419	1	0.018	1	0.443	1	0.15662	1
amp_19p13.2	43 (15%)	252	0.79313	1	0.10542	1	0.57247	1	0.45494	1	0.69697	1	0.096209	1	0.92866	1	0.27846	1
amp_19q13.13	93 (32%)	202	9.9999e-06	0.00504	0.18775	1	0.56232	1	0.46041	1	0.65609	1	0.27072	1	0.88049	1	0.84824	1
amp_20q11.21	135 (46%)	160	0.00047	0.204	0.082819	1	0.24503	1	0.04517	1	0.18232	1	0.03496	1	0.67638	1	0.18647	1
amp_21q22.13	48 (16%)	247	0.22301	1	0.97882	1	0.54035	1	0.843	1	0.88436	1	0.83375	1	0.80184	1	0.46508	1
amp_xq28	75 (25%)	220	0.62366	1	0.28137	1	0.36541	1	0.42592	1	0.00098999	0.41	0.16722	1	0.02323	1	0.071629	1
del_1p36.23	40 (14%)	255	0.00057999	0.249	0.03533	1	0.00323	1	5e-05	0.0231	0.17296	1	0.00015	0.0678	0.12842	1	0.02328	1
del_1p13.2	34 (12%)	261	0.057989	1	0.0096099	1	0.00086999	0.362	0.28602	1	0.01155	1	0.17749	1	0.63384	1	0.02715	1
del_2q22.1	65 (22%)	230	0.58379	1	0.85791	1	0.23064	1	0.063699	1	0.96715	1	0.18026	1	0.60131	1	0.075619	1
del_2q37.1	129 (44%)	166	0.00384	1	2e-04	0.089	9.9999e-06	0.00504	3e-05	0.0141	0.01538	1	0.00128	0.525	0.088889	1	9.9999e-06	0.00504
del_3p14.2	134 (45%)	161	2e-05	0.00958	0.00016	0.072	0.0060299	1	5e-05	0.0231	0.0085699	1	0.00033	0.145	0.00226	0.911	0.00012	0.0545
del_4q21.3	103 (35%)	192	9.9999e-06	0.00504	0.12816	1	0.03541	1	0.00015	0.0678	0.48736	1	0.23462	1	0.56304	1	0.32858	1
del_4q22.1	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.00504	0.2453	1	0.052559	1	0.00035	0.153	0.63192	1	0.04464	1	0.22946	1	0.4143	1
del_4q35.2	114 (39%)	181	9.9999e-06	0.00504	0.11488	1	0.01514	1	3e-05	0.0141	0.3814	1	0.12419	1	0.41383	1	0.085529	1
del_5q12.1	76 (26%)	219	2e-05	0.00958	0.72643	1	0.14267	1	0.53215	1	0.02041	1	0.34424	1	0.81649	1	0.0301	1
del_5q35.2	71 (24%)	224	0.00017	0.0763	0.99346	1	0.30044	1	0.78223	1	0.02934	1	0.55745	1	0.48406	1	0.12762	1
del_6p24.2	46 (16%)	249	0.28587	1	0.061119	1	0.074629	1	0.22722	1	0.28694	1	0.02559	1	0.17234	1	0.089829	1
del_6q26	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.00504	0.054159	1	0.33009	1	0.12776	1	0.31694	1	0.31865	1	0.1788	1	0.22946	1
del_7q34	60 (20%)	235	0.00061999	0.265	0.36833	1	0.49514	1	0.89408	1	0.69256	1	0.46587	1	0.74037	1	0.5993	1
del_8p23.3	104 (35%)	191	2e-05	0.00958	0.068729	1	0.00059999	0.257	0.10612	1	0.071999	1	0.01775	1	0.03288	1	0.19349	1
del_8p23.1	97 (33%)	198	5.9999e-05	0.0275	0.067779	1	0.00371	1	0.4304	1	0.024	1	0.02246	1	0.0087999	1	0.081679	1
del_10q23.31	86 (29%)	209	0.0078899	1	0.48089	1	0.88965	1	0.33642	1	0.94577	1	0.23811	1	0.85384	1	0.5852	1
del_11p15.1	102 (35%)	193	0.00080999	0.341	0.054449	1	0.16137	1	0.04149	1	0.26624	1	0.076959	1	0.98739	1	0.14252	1
del_11q23.3	162 (55%)	133	9.9999e-06	0.00504	0.04735	1	0.13485	1	0.050439	1	0.81193	1	0.00242	0.97	0.11297	1	0.0063899	1
del_11q25	160 (54%)	135	9.9999e-06	0.00504	0.03081	1	0.22402	1	0.10087	1	0.53391	1	0.0060799	1	0.075859	1	0.0085299	1
del_13q12.11	98 (33%)	197	0.00265	1	0.0077099	1	0.00017	0.0763	0.00026	0.115	0.00211	0.855	0.00488	1	0.24778	1	0.00247	0.986
del_13q14.2	118 (40%)	177	0.00382	1	0.00386	1	0.00111	0.456	3e-04	0.132	0.01461	1	0.00051999	0.225	0.079719	1	0.00326	1
del_14q32.31	50 (17%)	245	0.00011	0.05	0.1439	1	0.00053999	0.233	0.00305	1	0.23656	1	0.026	1	0.089949	1	0.12983	1
del_15q21.1	70 (24%)	225	9.9999e-05	0.0456	0.14997	1	0.04624	1	0.086339	1	0.01053	1	0.03166	1	0.01902	1	0.050179	1
del_16q11.2	53 (18%)	242	0.20327	1	0.0095399	1	0.02647	1	0.082789	1	0.0113	1	0.01102	1	0.19839	1	0.01394	1
del_16q23.1	55 (19%)	240	0.01329	1	0.00212	0.856	0.00301	1	0.0066299	1	0.02663	1	0.00068999	0.293	0.04919	1	0.00333	1
del_17p12	109 (37%)	186	0.00058999	0.253	0.54726	1	0.26584	1	0.1088	1	0.19456	1	0.20237	1	0.62525	1	0.77298	1
del_17q25.3	51 (17%)	244	0.33294	1	0.00363	1	4e-05	0.0186	0.00317	1	0.00333	1	0.00080999	0.341	0.41528	1	0.0051899	1
del_18q21.2	82 (28%)	213	0.13673	1	3e-05	0.0141	9.9999e-06	0.00504	5e-05	0.0231	0.01603	1	2e-05	0.00958	0.0389	1	0.00259	1
del_19p13.3	105 (36%)	190	9.9999e-06	0.00504	9.9999e-06	0.00504	2e-05	0.00958	2e-05	0.00958	0.0139	1	5e-05	0.0231	0.04744	1	0.04702	1
del_19q13.33	38 (13%)	257	0.62841	1	0.096989	1	0.1618	1	0.19618	1	0.095089	1	0.16746	1	0.073049	1	0.15816	1
del_20p12.1	36 (12%)	259	0.58451	1	0.03155	1	0.063479	1	0.32395	1	0.077399	1	0.14316	1	0.091789	1	0.36247	1
del_21q11.2	58 (20%)	237	0.00019	0.0847	0.10116	1	0.13449	1	0.002	0.812	0.4791	1	0.23209	1	0.43227	1	1	1
del_22q13.32	88 (30%)	207	0.00475	1	0.12777	1	0.058899	1	0.0065999	1	0.97331	1	0.65514	1	1	1	0.90648	1
del_xp11.3	72 (24%)	223	0.00070999	0.3	0.00066999	0.285	0.00383	1	0.11476	1	0.00026	0.115	0.03062	1	0.00276	1	0.15766	1
del_xq21.33	60 (20%)	235	0.12856	1	0.0060699	1	0.25167	1	0.092119	1	0.24829	1	0.95216	1	0.086659	1	0.70416	1