Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Esophageal Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1G44P5T
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1G44P5T
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 85 focal events and 9 clinical features across 150 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • amp_3q26.2 cnv correlated to 'RACE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 85 focal events and 9 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER NUMBERPACKYEARSSMOKED RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
amp 3q26 2 102 (68%) 48 0.202
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.00017
(0.13)
amp 1p34 2 30 (20%) 120 0.294
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.463
(1.00)
amp 1q23 3 72 (48%) 78 0.745
(1.00) 		0.0798
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.852
(1.00)
amp 1q42 3 75 (50%) 75 0.93
(1.00) 		0.0102
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.924
(1.00)
amp 2q14 2 43 (29%) 107 0.728
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.0346
(1.00)
amp 2q31 1 44 (29%) 106 0.639
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.0528
(1.00)
amp 4q21 1 26 (17%) 124 0.0369
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.192
(1.00)
amp 5p15 33 79 (53%) 71 0.192
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.0774
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.0367
(1.00)
amp 6p21 1 60 (40%) 90 0.991
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.927
(1.00)
amp 6q23 3 35 (23%) 115 0.824
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.544
(1.00)
amp 7p11 2 102 (68%) 48 0.781
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7q21 2 93 (62%) 57 0.949
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.241
(1.00)
amp 8p23 1 45 (30%) 105 0.637
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.0214
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.161
(1.00)
amp 8p11 21 72 (48%) 78 0.99
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.338
(1.00)
amp 8q24 21 120 (80%) 30 0.66
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.0987
(1.00) 		0.00055
(0.419)
amp 9p13 3 31 (21%) 119 0.452
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.317
(1.00) 		1
(1.00)
amp 9q34 3 50 (33%) 100 0.215
(1.00) 		0.00443
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.0534
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.0289
(1.00)
amp 11p13 44 (29%) 106 0.45
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.765
(1.00)
amp 11p13 40 (27%) 110 0.413
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.167
(1.00)
amp 11q13 3 81 (54%) 69 0.933
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.106
(1.00)
amp 12p12 1 63 (42%) 87 0.164
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.00753
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0151
(1.00)
amp 12q15 38 (25%) 112 0.968
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.0819
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.414
(1.00)
amp 13q22 1 56 (37%) 94 0.606
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.925
(1.00)
amp 14q21 1 46 (31%) 104 0.272
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.000493
(0.376) 		0.896
(1.00) 		0.00993
(1.00)
amp 15q26 1 49 (33%) 101 0.406
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.22
(1.00)
amp 17q12 60 (40%) 90 0.609
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.221
(1.00)
amp 18p11 32 55 (37%) 95 0.177
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.0431
(1.00)
amp 18q11 2 48 (32%) 102 0.27
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		0.294
(1.00)
amp 19p13 2 26 (17%) 124 0.69
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0251
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.37
(1.00)
amp 19q12 43 (29%) 107 0.0986
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.268
(1.00)
amp xq28 53 (35%) 97 0.641
(1.00) 		0.0817
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.0465
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.00227
(1.00)
del 1p36 11 60 (40%) 90 0.875
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0835
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.614
(1.00)
del 1p13 2 52 (35%) 98 0.127
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.856
(1.00)
del 1q44 16 (11%) 134 0.89
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.00864
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.814
(1.00)
del 2q22 1 43 (29%) 107 0.908
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.772
(1.00)
del 2q33 3 25 (17%) 125 0.489
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00)
del 3p26 2 85 (57%) 65 0.56
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.0567
(1.00)
del 3p14 3 98 (65%) 52 0.278
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.00081
(0.616)
del 3p14 2 96 (64%) 54 0.0231
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.00201
(1.00)
del 3q11 1 26 (17%) 124 0.72
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.389
(1.00)
del 3q26 31 13 (9%) 137 0.349
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.0283
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.012
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.12
(1.00)
del 4p15 2 87 (58%) 63 0.0292
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.00842
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.624
(1.00)
del 4q22 1 87 (58%) 63 0.109
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.358
(1.00)
del 4q34 3 84 (56%) 66 0.379
(1.00) 		0.0363
(1.00) 		0.0987
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.298
(1.00)
del 5q12 1 92 (61%) 58 0.669
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.0921
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.851
(1.00)
del 6p25 3 62 (41%) 88 0.554
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.129
(1.00)
del 6q16 3 41 (27%) 109 0.163
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		0.188
(1.00)
del 6q26 42 (28%) 108 0.194
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0795
(1.00)
del 7q31 1 48 (32%) 102 0.0625
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.0419
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.756
(1.00)
del 7q36 3 58 (39%) 92 0.129
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.0629
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.6
(1.00)
del 8p23 2 72 (48%) 78 0.45
(1.00) 		0.0413
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.255
(1.00)
del 8p12 60 (40%) 90 0.607
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.0907
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.854
(1.00)
del 9p23 86 (57%) 64 0.962
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.00752
(1.00)
del 9p21 3 112 (75%) 38 0.326
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.0592
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.00037
(0.283)
del 10p15 3 41 (27%) 109 0.0894
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.128
(1.00)
del 10p11 21 37 (25%) 113 0.118
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.00752
(1.00)
del 10q21 1 36 (24%) 114 0.602
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.00139
(1.00)
del 10q23 31 54 (36%) 96 0.418
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.0256
(1.00)
del 11p15 4 61 (41%) 89 0.915
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0287
(1.00)
del 11q25 63 (42%) 87 0.0171
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.2
(1.00)
del 12q23 1 42 (28%) 108 0.307
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.144
(1.00)
del 13q12 11 59 (39%) 91 0.819
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.012
(1.00)
del 13q14 2 60 (40%) 90 0.734
(1.00) 		0.0147
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.00728
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.00286
(1.00)
del 13q21 31 56 (37%) 94 0.991
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0268
(1.00)
del 14q23 3 44 (29%) 106 0.877
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.482
(1.00)
del 15q11 2 50 (33%) 100 0.912
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00)
del 16p13 3 52 (35%) 98 0.498
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.178
(1.00)
del 16q23 1 71 (47%) 79 0.282
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0468
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.182
(1.00)
del 17p12 69 (46%) 81 0.65
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.0495
(1.00)
del 17q25 3 35 (23%) 115 0.303
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.262
(1.00)
del 18p11 23 51 (34%) 99 0.777
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.0898
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.0561
(1.00) 		0.314
(1.00)
del 18q12 2 90 (60%) 60 0.583
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.726
(1.00)
del 18q21 2 96 (64%) 54 0.642
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0978
(1.00)
del 18q22 3 89 (59%) 61 0.884
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0956
(1.00)
del 19p13 3 75 (50%) 75 0.506
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.546
(1.00)
del 19q11 40 (27%) 110 0.559
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.315
(1.00)
del 20p12 1 30 (20%) 120 0.00759
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00)
del 21q11 2 87 (58%) 63 0.825
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.213
(1.00)
del 21q21 1 87 (58%) 63 0.786
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.989
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.442
(1.00)
del 21q22 12 87 (58%) 63 0.558
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.00752
(1.00) 		0.573
(1.00)
del 22q11 1 68 (45%) 82 0.159
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.00483
(1.00) 		0.00717
(1.00) 		0.093
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.21
(1.00)
del xp21 1 55 (37%) 95 0.409
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.00739
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.0392
(1.00)
del xp11 3 59 (39%) 91 0.587
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.0592
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.00074
(0.563)
del xq11 2 35 (23%) 115 0.882
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.221
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.31
(1.00)
del xq21 33 33 (22%) 117 0.7
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.314
(1.00)
'amp_3q26.2' versus 'RACE'

P value = 0.00017 (Fisher's exact test), Q value = 0.13

Table S1.  Gene #6: 'amp_3q26.2' versus Clinical Feature #9: 'RACE'

nPatients ASIAN BLACK OR AFRICAN AMERICAN WHITE
ALL 38 2 93
AMP PEAK 6(3Q26.2) MUTATED 35 1 55
AMP PEAK 6(3Q26.2) WILD-TYPE 3 1 38

Figure S1.  Get High-res Image Gene #6: 'amp_3q26.2' versus Clinical Feature #9: 'RACE'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = ESCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 150

  • Number of significantly focal cnvs = 85

  • Number of selected clinical features = 9

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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