Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p22.3	89 (24%)	281	9.9999e-06	0.00496	0.01018	1	0.0054099	1	0.0098899	1	0.52297	1	0.94492	1	0.0081199	1	0.15009	1
amp_1q22	283 (76%)	87	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-05	0.0413	0.82803	1	0.01228	1	0.20817	1	0.30337	1
amp_1q42.3	270 (73%)	100	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	5e-05	0.021	0.49244	1	0.03816	1	0.39187	1	0.55853	1
amp_2p24.1	65 (18%)	305	0.00489	1	0.30287	1	0.39008	1	0.00458	1	0.48089	1	0.0431	1	0.1437	1	0.091889	1
amp_2q33.1	64 (17%)	306	0.00319	1	0.25715	1	0.38421	1	0.02247	1	0.27769	1	0.11893	1	0.00016	0.0654	0.17106	1
amp_3q26.31	77 (21%)	293	0.00028	0.111	0.0096899	1	0.096829	1	0.64248	1	0.074459	1	0.00481	1	0.0385	1	0.02218	1
amp_4p14	54 (15%)	316	0.00326	1	0.091359	1	0.00277	0.92	0.00078999	0.294	0.18367	1	0.054459	1	0.01009	1	0.01634	1
amp_5p15.33	163 (44%)	207	9.9999e-06	0.00496	0.00476	1	0.45318	1	0.21697	1	0.077479	1	0.01723	1	0.092639	1	0.16359	1
amp_5q35.3	135 (36%)	235	5e-05	0.021	0.02468	1	0.057499	1	0.51261	1	0.9376	1	0.99932	1	0.85188	1	0.63679	1
amp_6p25.2	159 (43%)	211	9.9999e-06	0.00496	2e-05	0.0089	0.0065199	1	0.00301	0.996	0.66767	1	0.061969	1	0.20989	1	0.39948	1
amp_6p21.1	158 (43%)	212	9.9999e-06	0.00496	2e-05	0.0089	0.00081999	0.304	0.17521	1	0.11652	1	0.063419	1	0.27647	1	0.50516	1
amp_6q12	109 (29%)	261	9.9999e-06	0.00496	0.01138	1	0.00361	1	0.00349	1	0.45821	1	0.61777	1	0.0103	1	0.15231	1
amp_6q12	83 (22%)	287	9.9999e-06	0.00496	0.00158	0.562	0.00025	0.0992	0.00107	0.395	0.87773	1	0.54793	1	0.00411	1	0.073049	1
amp_7q31.2	120 (32%)	250	0.19315	1	0.18793	1	0.69771	1	0.01657	1	0.52148	1	0.4354	1	0.69406	1	0.4213	1
amp_8q13.3	207 (56%)	163	9.9999e-06	0.00496	0.612	1	9.9999e-06	0.00496	0.0086399	1	0.097819	1	0.00251	0.838	0.0388	1	2e-05	0.0089
amp_8q24.21	231 (62%)	139	9.9999e-06	0.00496	0.12175	1	9.9999e-06	0.00496	0.004	1	0.01487	1	0.0071499	1	0.081049	1	3e-05	0.0129
amp_9q34.2	47 (13%)	323	0.03005	1	0.089509	1	0.066179	1	0.04971	1	0.058969	1	0.01241	1	0.32668	1	0.01262	1
amp_11q13.3	57 (15%)	313	0.31163	1	0.42979	1	0.02561	1	0.1193	1	0.0087099	1	0.00332	1	0.21632	1	0.00019	0.0769
amp_13q32.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	0.00496	0.00221	0.749	0.00351	1	0.03548	1	0.16444	1	0.19985	1	0.01224	1	0.01886	1
amp_13q33.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	0.00496	0.00037	0.142	0.00233	0.785	0.03871	1	0.15109	1	0.18036	1	0.073689	1	0.04949	1
amp_15q26.3	54 (15%)	316	0.02445	1	0.12665	1	0.10846	1	0.02412	1	0.83919	1	0.18387	1	0.30101	1	0.41764	1
amp_17p11.2	46 (12%)	324	0.20135	1	0.03322	1	0.12783	1	0.098999	1	0.02449	1	0.24912	1	0.079099	1	0.086479	1
amp_17q25.3	145 (39%)	225	2e-05	0.0089	0.00245	0.823	0.051329	1	0.19585	1	0.00111	0.408	0.00155	0.556	0.02472	1	0.0149	1
amp_19p13.12	69 (19%)	301	0.081639	1	2e-05	0.0089	9.9999e-06	0.00496	0.00018	0.0733	0.00012	0.0494	0.00219	0.747	0.00059999	0.226	0.00142	0.514
amp_19q12	78 (21%)	292	0.055539	1	0.00033	0.129	2e-05	0.0089	0.00021	0.0848	0.00121	0.443	0.01117	1	0.00032	0.125	0.00214	0.732
amp_19q13.11	91 (25%)	279	0.03205	1	0.051459	1	0.00203	0.698	0.00034	0.133	0.0075999	1	0.00188	0.65	2e-05	0.0089	0.00046	0.175
amp_20q13.13	124 (34%)	246	9.9999e-06	0.00496	0.058959	1	0.00147	0.529	2e-05	0.0089	0.10897	1	0.01139	1	9.9999e-06	0.00496	0.060499	1
amp_20q13.33	128 (35%)	242	9.9999e-06	0.00496	0.00351	1	2e-05	0.0089	9.9999e-06	0.00496	0.19117	1	0.061759	1	2e-05	0.0089	0.12388	1
amp_xq28	85 (23%)	285	4e-05	0.017	0.075089	1	0.01276	1	0.075199	1	0.0094499	1	0.00492	1	0.04641	1	0.00036	0.139
del_1p36.31	162 (44%)	208	0.00155	0.556	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	0.00077999	0.291	0.053559	1	0.00122	0.445	0.01252	1	0.0099199	1
del_1p36.11	142 (38%)	228	2e-05	0.0089	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	2e-05	0.0089	0.00166	0.586	5e-05	0.021	0.00017	0.0694	0.00035	0.135
del_2q22.1	52 (14%)	318	0.067349	1	0.63039	1	0.36325	1	0.14856	1	0.20702	1	0.16693	1	0.63412	1	0.11743	1
del_2q37.3	62 (17%)	308	0.1028	1	0.75104	1	0.01228	1	0.0098499	1	0.03927	1	0.0096799	1	0.23821	1	0.00171	0.602
del_3p13	73 (20%)	297	0.0055599	1	0.04938	1	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	0.00163	0.579	0.03375	1	0.00038	0.146	0.00204	0.7
del_4p16.3	85 (23%)	285	9.9999e-06	0.00496	0.0094799	1	0.25711	1	0.091359	1	0.70639	1	0.02764	1	0.04465	1	0.0066799	1
del_4q21.3	171 (46%)	199	9.9999e-06	0.00496	0.00487	1	8.9999e-05	0.0373	0.00144	0.52	0.18687	1	0.00175	0.612	4e-05	0.017	0.00041	0.157
del_4q22.3	172 (46%)	198	9.9999e-06	0.00496	0.0050899	1	0.00021	0.0848	0.00126	0.459	0.21044	1	0.00132	0.479	0.00012	0.0494	0.00055999	0.212
del_4q35.1	172 (46%)	198	9.9999e-06	0.00496	4e-05	0.017	0.00059999	0.226	0.00034	0.133	0.15495	1	0.0061399	1	0.00022	0.0882	0.00488	1
del_6q27	136 (37%)	234	0.0091799	1	0.066559	1	0.20738	1	0.47032	1	0.64943	1	0.03915	1	0.35001	1	0.15819	1
del_8p23.2	247 (67%)	123	9.9999e-06	0.00496	0.01291	1	0.00172	0.604	0.3994	1	0.25139	1	0.16829	1	0.33554	1	0.14614	1
del_8p12	242 (65%)	128	9.9999e-06	0.00496	0.03533	1	0.00099999	0.37	0.36214	1	0.18964	1	0.099839	1	0.27794	1	0.096089	1
del_9p21.3	150 (41%)	220	4e-05	0.017	0.00185	0.644	0.00248	0.831	0.00025	0.0992	0.26517	1	0.00178	0.621	0.01943	1	0.0080399	1
del_9q31.3	119 (32%)	251	0.0022	0.748	0.0066299	1	0.00378	1	0.00023	0.0918	0.16023	1	0.0064699	1	0.064539	1	0.00028	0.111
del_10q23.31	97 (26%)	273	0.03169	1	0.03254	1	9.9999e-06	0.00496	0.04724	1	0.03048	1	2e-05	0.0089	0.04945	1	9.9999e-06	0.00496
del_10q26.13	105 (28%)	265	0.0081799	1	0.27963	1	2e-05	0.0089	0.01392	1	0.13606	1	9.9999e-06	0.00496	0.20451	1	9.9999e-06	0.00496
del_11q14.1	77 (21%)	293	0.01073	1	0.60343	1	0.03779	1	0.01881	1	0.80263	1	0.25989	1	0.00034	0.133	0.01365	1
del_11q24.2	95 (26%)	275	0.00462	1	0.086689	1	0.00335	1	0.0108	1	0.31748	1	0.25664	1	0.00074999	0.28	0.00046	0.175
del_12p12.1	78 (21%)	292	0.00053999	0.205	0.062799	1	0.0080699	1	0.54365	1	0.2171	1	0.02899	1	0.50429	1	0.072519	1
del_12q24.33	59 (16%)	311	0.00022	0.0882	0.66565	1	0.66583	1	0.86532	1	0.81543	1	0.71449	1	0.81934	1	0.29004	1
del_13q14.2	179 (48%)	191	9.9999e-06	0.00496	0.081109	1	0.00191	0.659	5.9999e-05	0.025	0.00229	0.774	0.00072999	0.274	0.10123	1	5.9999e-05	0.025
del_14q23.3	131 (35%)	239	9.9999e-06	0.00496	0.13452	1	0.00018	0.0733	3e-05	0.0129	0.8723	1	0.097859	1	0.0065799	1	0.059769	1
del_14q32.33	132 (36%)	238	9.9999e-06	0.00496	0.04734	1	0.00021	0.0848	9.9999e-06	0.00496	0.75758	1	0.2421	1	0.01444	1	0.03085	1
del_15q26.3	79 (21%)	291	0.03517	1	0.36378	1	0.050499	1	0.00028	0.111	0.35374	1	0.12039	1	0.00185	0.644	0.069769	1
del_16q23.1	162 (44%)	208	9.9999e-06	0.00496	3e-05	0.0129	9.9999e-06	0.00496	9.9999e-06	0.00496	0.70617	1	9.9999e-06	0.00496	3e-05	0.0129	4e-05	0.017
del_17p13.1	226 (61%)	144	9.9999e-06	0.00496	0.0094999	1	0.00117	0.429	0.19332	1	0.00164	0.581	5.9999e-05	0.025	0.62846	1	9.9999e-06	0.00496
del_17p11.2	195 (53%)	175	9.9999e-06	0.00496	0.03708	1	0.03452	1	0.16236	1	0.00012	0.0494	0.00038	0.146	0.27781	1	0.00024	0.0955
del_18q21.2	94 (25%)	276	0.00157	0.56	5e-05	0.021	0.096719	1	0.46284	1	0.11357	1	0.53769	1	0.17225	1	0.24858	1
del_19p13.3	87 (24%)	283	9.9999e-06	0.00496	0.3326	1	0.0093299	1	0.01779	1	0.40393	1	0.12775	1	0.02112	1	0.00275	0.916
del_20p12.1	29 (8%)	341	0.04364	1	0.9589	1	0.98034	1	0.80356	1	0.3773	1	0.73688	1	0.92206	1	0.37979	1
del_22q12.1	79 (21%)	291	0.02924	1	0.61006	1	0.01151	1	0.30466	1	0.22907	1	0.19362	1	0.18263	1	0.50276	1
del_22q13.32	83 (22%)	287	0.0054699	1	0.49145	1	0.00407	1	0.41799	1	0.093789	1	0.26259	1	0.17988	1	0.12335	1
del_xq26.2	67 (18%)	303	2e-05	0.0089	0.28473	1	0.31341	1	0.49871	1	0.90385	1	0.69633	1	0.31495	1	0.89369	1