Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C19P30J2
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C19P30J2
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 74 focal events and 14 clinical features across 476 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • del_13q12.11 cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

  • del_22q13.32 cnv correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 74 focal events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
del 13q12 11 271 (57%) 205 0.64
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.00539
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.00016
(0.166) 		0.985
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.462
(1.00)
del 22q13 32 232 (49%) 244 0.903
(1.00) 		0.000197
(0.204) 		0.774
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.0058
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1p34 3 131 (28%) 345 0.657
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.0915
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1p22 3 129 (27%) 347 0.557
(1.00) 		0.000775
(0.799) 		0.492
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.08
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.684
(1.00)
amp 1q21 3 344 (72%) 132 0.703
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.0461
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 3q26 2 160 (34%) 316 0.63
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.224
(1.00)
amp 4q12 93 (20%) 383 0.885
(1.00) 		0.00425
(1.00) 		0.0343
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.134
(1.00)
amp 5p15 33 312 (66%) 164 0.288
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.0351
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5p13 1 287 (60%) 189 0.438
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.215
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0064
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.261
(1.00)
amp 6p21 1 178 (37%) 298 0.0787
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.444
(1.00)
amp 7p11 2 259 (54%) 217 0.501
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.00117
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.272
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7q31 2 205 (43%) 271 0.738
(1.00) 		0.00356
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.138
(1.00)
amp 8p11 23 127 (27%) 349 0.905
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.0978
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.038
(1.00) 		0.378
(1.00)
amp 8p11 21 163 (34%) 313 0.65
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.00665
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.688
(1.00)
amp 8q11 1 219 (46%) 257 0.174
(1.00) 		0.00288
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.162
(1.00) 		1
(1.00)
amp 8q24 21 303 (64%) 173 0.0174
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.00437
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.71
(1.00)
amp 10p15 1 134 (28%) 342 0.17
(1.00) 		0.0657
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.0447
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.000727
(0.75) 		0.754
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		0.375
(1.00)
amp 11q13 3 165 (35%) 311 0.809
(1.00) 		0.00103
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.699
(1.00)
amp 12p12 1 171 (36%) 305 0.894
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.0786
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00)
amp 12q14 1 159 (33%) 317 0.722
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.682
(1.00)
amp 12q15 162 (34%) 314 0.44
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.683
(1.00)
amp 13q33 3 76 (16%) 400 0.679
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0834
(1.00)
amp 14q13 3 211 (44%) 265 0.317
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.00566
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.0657
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.464
(1.00)
amp 16p11 2 153 (32%) 323 0.866
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00)
amp 17q12 217 (46%) 259 0.556
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.00423
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00)
amp 17q23 1 234 (49%) 242 0.932
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.0455
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.267
(1.00)
amp 18q11 2 98 (21%) 378 0.88
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00)
amp 19q12 131 (28%) 345 0.39
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.0504
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00)
amp 20q13 33 232 (49%) 244 0.555
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00)
amp 22q11 22 87 (18%) 389 0.511
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq28 147 (31%) 329 0.0785
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.678
(1.00)
del 1p36 13 111 (23%) 365 0.373
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.0943
(1.00) 		0.0189
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.0818
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00)
del 1p13 1 144 (30%) 332 0.809
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.535
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.679
(1.00)
del 2q22 1 44 (9%) 432 0.253
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.479
(1.00)
del 3p26 2 214 (45%) 262 0.626
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.708
(1.00)
del 3p21 31 228 (48%) 248 0.774
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.00455
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00)
del 3q11 1 132 (28%) 344 0.469
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.096
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.678
(1.00)
del 3q29 128 (27%) 348 0.383
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.679
(1.00)
del 4p16 3 119 (25%) 357 0.326
(1.00) 		0.0515
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.0197
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.68
(1.00)
del 4q34 3 172 (36%) 304 0.469
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0857
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.103
(1.00)
del 5q12 1 169 (36%) 307 0.255
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.00835
(1.00)
del 5q31 1 198 (42%) 278 0.0225
(1.00) 		0.00429
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.123
(1.00)
del 6q11 1 131 (28%) 345 0.234
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.00928
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.00979
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00)
del 6q22 31 237 (50%) 239 0.181
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0636
(1.00)
del 6q26 239 (50%) 237 0.152
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.121
(1.00)
del 8p23 2 236 (50%) 240 0.325
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0059
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.451
(1.00)
del 8p11 21 118 (25%) 358 0.423
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		1
(1.00)
del 9p23 262 (55%) 214 0.0891
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.00784
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.954
(1.00) 		1
(1.00)
del 9p21 3 270 (57%) 206 0.362
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.00526
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.887
(1.00) 		1
(1.00)
del 9q21 11 239 (50%) 237 0.596
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00)
del 10p15 3 117 (25%) 359 0.325
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.00272
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.195
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.387
(1.00)
del 10q26 3 140 (29%) 336 0.387
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.41
(1.00)
del 11p15 5 134 (28%) 342 0.934
(1.00) 		0.00787
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.00575
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.443
(1.00)
del 11q23 2 111 (23%) 365 0.535
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.825
(1.00) 		1
(1.00)
del 11q25 107 (22%) 369 0.877
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0153
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00)
del 12p13 2 126 (26%) 350 0.318
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.00501
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.197
(1.00) 		1
(1.00)
del 12q12 91 (19%) 385 0.436
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.656
(1.00)
del 12q24 33 120 (25%) 356 0.525
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.0096
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.0877
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.68
(1.00)
del 13q12 13 269 (57%) 207 0.432
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.0264
(1.00) 		0.064
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.0408
(1.00) 		0.00749
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.468
(1.00)
del 13q14 2 259 (54%) 217 0.937
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00)
del 13q34 221 (46%) 255 0.503
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		1
(1.00)
del 14q32 33 142 (30%) 334 0.898
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.081
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.00525
(1.00) 		0.681
(1.00)
del 15q11 2 246 (52%) 230 0.265
(1.00) 		0.000554
(0.573) 		0.32
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.72
(1.00)
del 16q23 1 159 (33%) 317 0.2
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0464
(1.00)
del 17p13 3 259 (54%) 217 0.222
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.00537
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.454
(1.00)
del 18q21 32 235 (49%) 241 0.324
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.0323
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.277
(1.00)
del 18q23 231 (49%) 245 0.308
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.00658
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.021
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.272
(1.00)
del 19p13 3 256 (54%) 220 0.504
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.00994
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.0984
(1.00) 		0.455
(1.00)
del 19p13 2 248 (52%) 228 0.572
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.0758
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.00973
(1.00) 		0.000652
(0.674) 		0.245
(1.00) 		0.503
(1.00) 		1
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.449
(1.00)
del 19q13 33 179 (38%) 297 0.115
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.0479
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.257
(1.00) 		1
(1.00)
del 20p13 124 (26%) 352 0.0785
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.0812
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.681
(1.00)
del 20q13 12 79 (17%) 397 0.996
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.008
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.293
(1.00)
del 21q11 2 164 (34%) 312 0.333
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		1
(1.00)
del xp22 2 134 (28%) 342 0.211
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.679
(1.00)
'del_13q12.11' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 0.00016 (Wilcoxon-test), Q value = 0.17

Table S1.  Gene #57: 'del_13q12.11' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 328 42.1 (27.3)
DEL PEAK 28(13Q12.11) MUTATED 178 47.1 (28.7)
DEL PEAK 28(13Q12.11) WILD-TYPE 150 36.2 (24.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #57: 'del_13q12.11' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

'del_22q13.32' versus 'AGE'

P value = 0.000197 (Wilcoxon-test), Q value = 0.2

Table S2.  Gene #73: 'del_22q13.32' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 445 65.5 (9.8)
DEL PEAK 44(22Q13.32) MUTATED 220 63.8 (9.7)
DEL PEAK 44(22Q13.32) WILD-TYPE 225 67.1 (9.7)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #73: 'del_22q13.32' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 476

  • Number of significantly focal cnvs = 74

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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