Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Lung Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1RJ4HC2
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1RJ4HC2
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 14 clinical features across 420 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • 21q loss cnv correlated to 'GENDER'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
21q loss 222 (53%) 198 0.306
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.000215
(0.241) 		0.681
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.285
(1.00)
1p gain 81 (19%) 339 0.806
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.00635
(1.00) 		1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.689
(1.00)
1q gain 178 (42%) 242 0.867
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.0877
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0008
(0.894) 		0.253
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.73
(1.00)
2p gain 184 (44%) 236 0.743
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.00926
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.00669
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.0785
(1.00)
2q gain 120 (29%) 300 0.593
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.00608
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.442
(1.00)
3p gain 91 (22%) 329 0.238
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.0487
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.258
(1.00) 		1
(1.00)
3q gain 269 (64%) 151 0.828
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.0016
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00)
4p gain 30 (7%) 390 0.0579
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.94
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.284
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 20 (5%) 400 0.00674
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.421
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 265 (63%) 155 0.265
(1.00) 		0.0188
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.0075
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.148
(1.00)
5q gain 79 (19%) 341 0.0441
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.358
(1.00)
6p gain 90 (21%) 330 0.95
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00)
6q gain 77 (18%) 343 0.63
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.201
(1.00)
7p gain 206 (49%) 214 0.276
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.00043
(0.481) 		0.259
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.288
(1.00)
7q gain 191 (45%) 229 0.503
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.0921
(1.00) 		0.0398
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.472
(1.00)
8p gain 108 (26%) 312 0.122
(1.00) 		0.0246
(1.00) 		0.038
(1.00) 		0.0799
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.424
(1.00)
8q gain 217 (52%) 203 0.739
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.724
(1.00)
9p gain 47 (11%) 373 0.842
(1.00) 		0.088
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.224
(1.00)
9q gain 77 (18%) 343 0.533
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.636
(1.00)
10p gain 63 (15%) 357 0.887
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0937
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 36 (9%) 384 0.335
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.581
(1.00)
11p gain 64 (15%) 356 0.52
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 78 (19%) 342 0.74
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.095
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.494
(1.00) 		1
(1.00)
12p gain 194 (46%) 226 0.184
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.00339
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00)
12q gain 132 (31%) 288 0.175
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.0649
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.00246
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.722
(1.00)
13q gain 32 (8%) 388 0.353
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.0246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0195
(1.00) 		1
(1.00)
14q gain 107 (25%) 313 0.0438
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0572
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.0185
(1.00)
15q gain 92 (22%) 328 0.98
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.043
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.685
(1.00)
16p gain 72 (17%) 348 0.666
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00)
16q gain 73 (17%) 347 0.636
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00)
17p gain 58 (14%) 362 0.818
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.618
(1.00)
17q gain 134 (32%) 286 0.688
(1.00) 		0.0609
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.00382
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.273
(1.00)
18p gain 133 (32%) 287 0.569
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.00251
(1.00) 		1
(1.00)
18q gain 98 (23%) 322 0.718
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.029
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0867
(1.00) 		0.0197
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.209
(1.00) 		1
(1.00)
19p gain 97 (23%) 323 0.182
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00)
19q gain 136 (32%) 284 0.0803
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.706
(1.00)
20p gain 216 (51%) 204 0.41
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0256
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.0675
(1.00)
20q gain 208 (50%) 212 0.121
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.00981
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.282
(1.00)
21q gain 48 (11%) 372 0.806
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.0546
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.0305
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.603
(1.00)
22q gain 191 (45%) 229 0.345
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0541
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.735
(1.00)
xq gain 67 (16%) 353 0.814
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.36
(1.00)
1p loss 122 (29%) 298 0.581
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.00653
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.491
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0414
(1.00)
1q loss 47 (11%) 373 0.316
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0951
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.236
(1.00)
2p loss 16 (4%) 404 0.216
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.051
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.282
(1.00)
2q loss 31 (7%) 389 0.943
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.76
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0284
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00)
3p loss 262 (62%) 158 0.395
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.479
(1.00)
3q loss 60 (14%) 360 0.928
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.0746
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.643
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 260 (62%) 160 0.407
(1.00) 		0.0647
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.0946
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 245 (58%) 175 0.345
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.0828
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.732
(1.00)
5p loss 65 (15%) 355 0.12
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.107
(1.00)
5q loss 244 (58%) 176 0.0256
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.479
(1.00)
6p loss 95 (23%) 325 0.9
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.643
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 97 (23%) 323 0.927
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.394
(1.00)
7p loss 49 (12%) 371 0.0578
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.996
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 44 (10%) 376 0.264
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.645
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 208 (50%) 212 0.107
(1.00) 		0.00312
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00)
8q loss 37 (9%) 383 0.641
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.523
(1.00)
9p loss 265 (63%) 155 0.764
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0512
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.478
(1.00)
9q loss 204 (49%) 216 0.76
(1.00) 		0.00318
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.0821
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0664
(1.00)
10p loss 178 (42%) 242 0.66
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.726
(1.00)
10q loss 187 (45%) 233 0.926
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.73
(1.00)
11p loss 146 (35%) 274 0.793
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.717
(1.00)
11q loss 121 (29%) 299 0.982
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00)
12p loss 33 (8%) 387 0.366
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.23
(1.00) 		1
(1.00)
12q loss 40 (10%) 380 0.999
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.052
(1.00) 		1
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 254 (60%) 166 0.474
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.00754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.0765
(1.00) 		0.0226
(1.00)
14q loss 140 (33%) 280 0.423
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.267
(1.00)
15q loss 111 (26%) 309 0.492
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00)
16p loss 131 (31%) 289 0.184
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00)
16q loss 148 (35%) 272 0.309
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.0607
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.721
(1.00)
17p loss 240 (57%) 180 0.63
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.00463
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.456
(1.00) 		1
(1.00)
17q loss 81 (19%) 339 0.887
(1.00) 		0.064
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0228
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.0172
(1.00) 		0.672
(1.00)
18p loss 112 (27%) 308 0.771
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.441
(1.00)
18q loss 150 (36%) 270 0.512
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.482
(1.00)
19p loss 137 (33%) 283 0.344
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.00959
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
19q loss 90 (21%) 330 0.509
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 37 (9%) 383 0.898
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.449
(1.00) 		1
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.724
(1.00) 		1
(1.00)
20q loss 39 (9%) 381 0.404
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.523
(1.00)
22q loss 77 (18%) 343 0.554
(1.00) 		0.00652
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.00724
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.632
(1.00)
xq loss 87 (21%) 333 0.621
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0545
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.361
(1.00)
'21q loss' versus 'GENDER'

P value = 0.000215 (Fisher's exact test), Q value = 0.24

Table S1.  Gene #78: '21q loss' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 107 313
21Q LOSS MUTATED 40 182
21Q LOSS WILD-TYPE 67 131

Figure S1.  Get High-res Image Gene #78: '21q loss' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUSC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 420

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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