Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Lung Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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Citation Information
doi:10.7908/C1MS3RPS
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1MS3RPS
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 83 focal events and 14 clinical features across 420 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No focal cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 83 focal events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
amp 1q21 2 223 (53%) 197 0.233
(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.00916
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.729
(1.00)
amp 2p16 1 227 (54%) 193 0.594
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0277
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.027
(1.00)
amp 2q31 2 143 (34%) 277 0.443
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.0871
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.0141
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00)
amp 3q26 33 383 (91%) 37 0.0437
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.523
(1.00)
amp 4q12 103 (25%) 317 0.755
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00)
amp 5p15 33 332 (79%) 88 0.467
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0181
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5p12 305 (73%) 115 0.791
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6p12 1 138 (33%) 282 0.781
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0979
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.72
(1.00)
amp 6q12 126 (30%) 294 0.658
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7p11 2 216 (51%) 204 0.185
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.00205
(1.00) 		0.00092
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.025
(1.00) 		0.282
(1.00)
amp 7q21 2 227 (54%) 193 0.87
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.0714
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.494
(1.00)
amp 8p11 23 201 (48%) 219 0.764
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0136
(1.00) 		0.052
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.00077
(0.894) 		0.626
(1.00) 		0.293
(1.00)
amp 8q24 21 302 (72%) 118 0.558
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		0.0204
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.447
(1.00)
amp 9p13 3 112 (27%) 308 0.166
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		1
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.593
(1.00) 		1
(1.00)
amp 11q13 3 158 (38%) 262 0.875
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.46
(1.00) 		1
(1.00)
amp 12p13 33 216 (51%) 204 0.636
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.014
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.144
(1.00) 		1
(1.00)
amp 12q15 155 (37%) 265 0.205
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.717
(1.00)
amp 13q34 75 (18%) 345 0.647
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00)
amp 14q13 3 130 (31%) 290 0.0851
(1.00) 		0.00144
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.00807
(1.00)
amp 14q32 33 131 (31%) 289 0.0584
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0139
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.827
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0512
(1.00)
amp 15q26 3 147 (35%) 273 0.689
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.717
(1.00)
amp 17q25 1 201 (48%) 219 0.935
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0136
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.728
(1.00)
amp 18p11 32 153 (36%) 267 0.638
(1.00) 		0.0806
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		0.715
(1.00)
amp 18q11 2 135 (32%) 285 0.589
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
amp 19q12 186 (44%) 234 0.237
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00) 		0.767
(1.00) 		1
(1.00)
amp 19q13 2 196 (47%) 224 0.0644
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.0493
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.732
(1.00)
amp 20p12 2 234 (56%) 186 0.122
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.074
(1.00)
amp 20q11 21 256 (61%) 164 0.0132
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0435
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.000572
(0.665) 		0.522
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.154
(1.00)
amp 22q11 21 218 (52%) 202 0.633
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.0799
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq28 103 (25%) 317 0.185
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.00154
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.0649
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.205
(1.00)
del 1p36 11 189 (45%) 231 0.764
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.00689
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00) 		0.473
(1.00)
del 1p13 1 187 (45%) 233 0.937
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.398
(1.00) 		1
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0827
(1.00)
del 2p25 3 41 (10%) 379 0.261
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.553
(1.00)
del 2q22 1 107 (25%) 313 0.878
(1.00) 		0.00181
(1.00) 		0.0937
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.684
(1.00)
del 2q37 1 132 (31%) 288 0.299
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.714
(1.00)
del 3p25 3 334 (80%) 86 0.788
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.951
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0318
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.644
(1.00) 		1
(1.00)
del 3p13 364 (87%) 56 0.838
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0763
(1.00) 		1
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.606
(1.00)
del 3p12 3 358 (85%) 62 0.912
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.363
(1.00)
del 3p12 3 353 (84%) 67 0.961
(1.00) 		0.0916
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.361
(1.00)
del 3q11 1 63 (15%) 357 0.549
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0312
(1.00)
del 4p15 2 262 (62%) 158 0.464
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00)
del 4q22 1 238 (57%) 182 0.282
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0364
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.0468
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.736
(1.00)
del 4q32 3 271 (65%) 149 0.652
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00)
del 4q35 2 275 (65%) 145 0.99
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.024
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.398
(1.00) 		1
(1.00)
del 5q12 1 313 (75%) 107 0.349
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		1
(1.00)
del 5q31 1 326 (78%) 94 0.214
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		1
(1.00)
del 6p25 3 113 (27%) 307 0.565
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.029
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.22
(1.00)
del 6q22 31 103 (25%) 317 0.694
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.873
(1.00) 		1
(1.00)
del 6q26 113 (27%) 307 0.856
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00)
del 7q11 22 38 (9%) 382 0.976
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00)
del 7q36 3 87 (21%) 333 0.493
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.687
(1.00)
del 8p23 2 291 (69%) 129 0.56
(1.00) 		0.00638
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.714
(1.00)
del 9p23 277 (66%) 143 0.604
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.0843
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.461
(1.00)
del 9p21 3 323 (77%) 97 0.997
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.418
(1.00)
del 9p21 1 275 (65%) 145 0.301
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.448
(1.00)
del 9q21 11 210 (50%) 210 0.891
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.0336
(1.00)
del 10p15 2 186 (44%) 234 0.788
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00)
del 10q23 31 222 (53%) 198 0.988
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.949
(1.00) 		1
(1.00)
del 11p15 5 205 (49%) 215 0.532
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.291
(1.00)
del 11q22 1 136 (32%) 284 0.796
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.0669
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.722
(1.00)
del 11q25 155 (37%) 265 0.586
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.714
(1.00)
del 12q24 31 71 (17%) 349 0.282
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.0408
(1.00) 		0.612
(1.00)
del 13q12 11 275 (65%) 145 0.351
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.158
(1.00)
del 13q14 2 284 (68%) 136 0.889
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0933
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0538
(1.00)
del 14q11 2 148 (35%) 272 0.0765
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.782
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.717
(1.00)
del 15q11 2 131 (31%) 289 0.166
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.00762
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00)
del 15q21 1 133 (32%) 287 0.281
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.00189
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.711
(1.00)
del 16p13 3 155 (37%) 265 0.233
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		1
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.674
(1.00) 		1
(1.00)
del 16q23 1 170 (40%) 250 0.281
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.479
(1.00)
del 17p11 2 221 (53%) 199 0.497
(1.00) 		0.0984
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.093
(1.00) 		0.00207
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00)
del 17q11 2 113 (27%) 307 0.634
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.00687
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.69
(1.00)
del 17q25 3 86 (20%) 334 0.299
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.378
(1.00)
del 18q23 191 (45%) 229 0.653
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.00969
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.477
(1.00)
del 19p13 3 193 (46%) 227 0.0654
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.725
(1.00)
del 19q13 32 121 (29%) 299 0.714
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0634
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 21q11 2 201 (48%) 219 0.392
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0438
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.151
(1.00)
del 21q22 3 235 (56%) 185 0.305
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.00103
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.298
(1.00)
del 22q11 21 74 (18%) 346 0.85
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00)
del 22q13 32 98 (23%) 322 0.32
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.689
(1.00)
del xp22 2 124 (30%) 296 0.509
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.0806
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.447
(1.00)
del xp21 1 124 (30%) 296 0.712
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.688
(1.00)
del xp11 3 119 (28%) 301 0.811
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.684
(1.00)
del xq22 3 87 (21%) 333 0.989
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.36
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUSC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 420

  • Number of significantly focal cnvs = 83

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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