Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Pancreatic Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1WQ02QM
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1WQ02QM
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 77 arm-level events and 12 clinical features across 132 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 77 arm-level events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
1p gain 14 (11%) 118 0.724
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0826
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.979
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 36 (27%) 96 0.181
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.825
(1.00)
2p gain 9 (7%) 123 0.462
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00)
2q gain 11 (8%) 121 0.408
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.98
(1.00) 		1
(1.00)
3p gain 7 (5%) 125 0.923
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00)
3q gain 13 (10%) 119 0.953
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.343
(1.00) 		1
(1.00)
4p gain 6 (5%) 126 0.62
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 3 (2%) 129 0.785
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.226
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.0172
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.969
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 17 (13%) 115 0.944
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.906
(1.00) 		1
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.669
(1.00)
5q gain 11 (8%) 121 0.711
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.489
(1.00)
6p gain 4 (3%) 128 0.66
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.23
(1.00)
6q gain 3 (2%) 129 0.258
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.178
(1.00)
7p gain 37 (28%) 95 0.615
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.234
(1.00)
7q gain 34 (26%) 98 0.775
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.0739
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.143
(1.00)
8p gain 17 (13%) 115 0.932
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00)
8q gain 31 (23%) 101 0.533
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.466
(1.00)
9p gain 4 (3%) 128 0.083
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00)
9q gain 5 (4%) 127 0.25
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00)
10p gain 6 (5%) 126 0.646
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.00141
(1.00)
10q gain 10 (8%) 122 0.919
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.0124
(1.00)
11p gain 12 (9%) 120 0.643
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 12 (9%) 120 0.942
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
12p gain 13 (10%) 119 0.659
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.643
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.0488
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00)
12q gain 9 (7%) 123 0.869
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0121
(1.00) 		0.0239
(1.00) 		1
(1.00)
13q gain 16 (12%) 116 0.0937
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.761
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.088
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00)
14q gain 17 (13%) 115 0.674
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.358
(1.00) 		1
(1.00)
15q gain 9 (7%) 123 0.749
(1.00) 		0.378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.129
(1.00) 		1
(1.00)
16p gain 16 (12%) 116 0.921
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.615
(1.00)
16q gain 17 (13%) 115 0.856
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.641
(1.00)
17p gain 3 (2%) 129 0.268
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.179
(1.00)
17q gain 9 (7%) 123 0.349
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.411
(1.00)
18p gain 18 (14%) 114 0.688
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.698
(1.00)
18q gain 5 (4%) 127 0.755
(1.00) 		0.374
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.00984
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00)
19p gain 8 (6%) 124 0.634
(1.00) 		0.951
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0555
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		1
(1.00)
19q gain 16 (12%) 116 0.863
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.0786
(1.00) 		0.668
(1.00)
20p gain 23 (17%) 109 0.624
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.522
(1.00) 		1
(1.00)
20q gain 30 (23%) 102 0.459
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 7 (5%) 125 0.517
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.372
(1.00)
xq gain 7 (5%) 125 0.568
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0622
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.371
(1.00)
1p loss 24 (18%) 108 0.198
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.0635
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.181
(1.00)
1q loss 4 (3%) 128 0.0023
(1.00) 		0.736
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.978
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 8 (6%) 124 0.37
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.0415
(1.00)
2q loss 3 (2%) 129 0.164
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00)
3p loss 22 (17%) 110 0.325
(1.00) 		0.355
(1.00) 		1
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.508
(1.00)
3q loss 13 (10%) 119 0.451
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.0947
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.022
(1.00)
4p loss 15 (11%) 117 0.566
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.958
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.137
(1.00)
4q loss 16 (12%) 116 0.555
(1.00) 		0.989
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.00609
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.152
(1.00)
5p loss 5 (4%) 127 0.444
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00)
5q loss 9 (7%) 123 0.654
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.114
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00)
6p loss 42 (32%) 90 0.444
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.386
(1.00) 		1
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 56 (42%) 76 0.451
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0943
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.606
(1.00)
8p loss 27 (20%) 105 0.306
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.092
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.431
(1.00)
8q loss 11 (8%) 121 0.625
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.0776
(1.00)
9p loss 49 (37%) 83 0.896
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.712
(1.00)
9q loss 27 (20%) 105 0.162
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.575
(1.00)
10p loss 24 (18%) 108 0.322
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.727
(1.00)
10q loss 19 (14%) 113 0.234
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.845
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.375
(1.00) 		1
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.697
(1.00)
11p loss 7 (5%) 125 0.734
(1.00) 		0.119
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.701
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0307
(1.00)
11q loss 7 (5%) 125 0.407
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.372
(1.00)
12p loss 13 (10%) 119 0.611
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.0391
(1.00)
12q loss 16 (12%) 116 0.532
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0035
(1.00)
13q loss 14 (11%) 118 0.336
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0783
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.213
(1.00)
14q loss 9 (7%) 123 0.495
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.0147
(1.00)
15q loss 19 (14%) 113 0.656
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.00719
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.00603
(1.00) 		0.272
(1.00)
16p loss 5 (4%) 127 0.544
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00)
16q loss 4 (3%) 128 0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0213
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00)
17p loss 50 (38%) 82 0.554
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00)
17q loss 17 (13%) 115 0.431
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.0951
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.171
(1.00)
18p loss 40 (30%) 92 0.801
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.451
(1.00) 		1
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.548
(1.00)
18q loss 76 (58%) 56 0.955
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.353
(1.00)
19p loss 14 (11%) 118 0.537
(1.00) 		0.079
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.616
(1.00)
19q loss 9 (7%) 123 0.374
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 13 (10%) 119 0.171
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.166
(1.00)
20q loss 3 (2%) 129 0.0634
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.177
(1.00)
21q loss 42 (32%) 90 0.374
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.699
(1.00)
22q loss 32 (24%) 100 0.828
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.957
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.0263
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.629
(1.00)
xq loss 12 (9%) 120 0.573
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.264
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = PAAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 132

  • Number of significantly arm-level cnvs = 77

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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