This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 138 genes and 12 clinical features across 35 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No gene mutations related to clinical features.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
NUMBERPACKYEARSSMOKED |
COMPLETENESS OF RESECTION |
NUMBER OF LYMPH NODES |
RACE | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | NULL | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | |
KRAS | 24 (69%) | 11 |
0.981 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.301 (1.00) |
|
TP53 | 19 (54%) | 16 |
0.339 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.679 (1.00) |
1 (1.00) |
0.719 (1.00) |
1 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.0827 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.623 (1.00) |
1 (1.00) |
|
C19ORF55 | 7 (20%) | 28 |
0.79 (1.00) |
0.0722 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.126 (1.00) |
|
B4GALT2 | 5 (14%) | 30 |
0.391 (1.00) |
0.508 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.308 (1.00) |
||
CDKN2A | 6 (17%) | 29 |
0.527 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.636 (1.00) |
|
NFIL3 | 6 (17%) | 29 |
0.339 (1.00) |
0.335 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.152 (1.00) |
1 (1.00) |
0.384 (1.00) |
1 (1.00) |
||
OTOF | 8 (23%) | 27 |
0.529 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.316 (1.00) |
1 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.741 (1.00) |
|
IRS1 | 6 (17%) | 29 |
0.127 (1.00) |
0.645 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.636 (1.00) |
||
GAS2L2 | 5 (14%) | 30 |
0.912 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.0132 (1.00) |
|
RBM10 | 5 (14%) | 30 |
0.649 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.336 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.309 (1.00) |
||
APP | 6 (17%) | 29 |
0.649 (1.00) |
0.167 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.633 (1.00) |
|
IPP | 5 (14%) | 30 |
0.615 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.0459 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.571 (1.00) |
1 (1.00) |
0.863 (1.00) |
1 (1.00) |
|
MAMLD1 | 7 (20%) | 28 |
0.82 (1.00) |
0.0755 (1.00) |
0.0432 (1.00) |
0.0857 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.256 (1.00) |
|
ARHGAP18 | 3 (9%) | 32 |
0.318 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.0864 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.19 (1.00) |
1 (1.00) |
0.378 (1.00) |
||
PHF8 | 4 (11%) | 31 |
0.64 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.0581 (1.00) |
0.0211 (1.00) |
1 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.268 (1.00) |
1 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.475 (1.00) |
||
THBS4 | 6 (17%) | 29 |
0.649 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.0406 (1.00) |
0.0857 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.252 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SMAD4 | 7 (20%) | 28 |
0.0933 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.447 (1.00) |
1 (1.00) |
0.278 (1.00) |
1 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.0891 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.931 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PTPRF | 7 (20%) | 28 |
0.354 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.0123 (1.00) |
0.699 (1.00) |
|
MED12 | 6 (17%) | 29 |
0.0596 (1.00) |
0.554 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.37 (1.00) |
||
BMP2K | 4 (11%) | 31 |
0.553 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.498 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZMYM5 | 4 (11%) | 31 |
0.649 (1.00) |
0.55 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.548 (1.00) |
1 (1.00) |
0.481 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SYT15 | 4 (11%) | 31 |
0.571 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.126 (1.00) |
1 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.476 (1.00) |
||
PLAU | 4 (11%) | 31 |
0.571 (1.00) |
0.0773 (1.00) |
0.494 (1.00) |
1 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.479 (1.00) |
||
MEPCE | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZMIZ1 | 5 (14%) | 30 |
0.649 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.559 (1.00) |
|
SLC39A5 | 4 (11%) | 31 |
0.948 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.516 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GUCY2F | 5 (14%) | 30 |
0.399 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.139 (1.00) |
1 (1.00) |
|
EDC4 | 5 (14%) | 30 |
0.821 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.095 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.571 (1.00) |
1 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.561 (1.00) |
|
SEH1L | 3 (9%) | 32 |
0.963 (1.00) |
0.745 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SLC4A3 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.181 (1.00) |
||
CD99L2 | 4 (11%) | 31 |
0.593 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.267 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SBNO1 | 4 (11%) | 31 |
0.163 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.18 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0661 (1.00) |
1 (1.00) |
0.957 (1.00) |
1 (1.00) |
||
NPNT | 3 (9%) | 32 |
0.679 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TMEM175 | 5 (14%) | 30 |
0.615 (1.00) |
0.981 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.925 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
1 (1.00) |
|
IRX4 | 3 (9%) | 32 |
0.0335 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.926 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CLCC1 | 3 (9%) | 32 |
0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.38 (1.00) |
|||
BTNL8 | 4 (11%) | 31 |
0.75 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0298 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.705 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SYNGAP1 | 5 (14%) | 30 |
0.571 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.106 (1.00) |
1 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.561 (1.00) |
||
F8 | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SORBS2 | 5 (14%) | 30 |
0.75 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.496 (1.00) |
1 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.307 (1.00) |
|
NR4A3 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.592 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZNF337 | 4 (11%) | 31 |
0.649 (1.00) |
0.0353 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
1 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.243 (1.00) |
||
TAOK2 | 4 (11%) | 31 |
0.508 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.497 (1.00) |
1 (1.00) |
0.668 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.357 (1.00) |
1 (1.00) |
||
UNC5A | 3 (9%) | 32 |
0.883 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TNFSF9 | 4 (11%) | 31 |
0.571 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.0384 (1.00) |
||
TEX2 | 4 (11%) | 31 |
0.281 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.0261 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.725 (1.00) |
1 (1.00) |
||
RBM43 | 3 (9%) | 32 |
0.14 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CIR1 | 3 (9%) | 32 |
0.639 (1.00) |
0.976 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.538 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TOX4 | 4 (11%) | 31 |
0.38 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.498 (1.00) |
1 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HIBCH | 3 (9%) | 32 |
0.36 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CRAT | 3 (9%) | 32 |
0.238 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SRP14 | 3 (9%) | 32 |
0.733 (1.00) |
0.813 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.806 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PDZD7 | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.226 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.207 (1.00) |
1 (1.00) |
||
POP5 | 3 (9%) | 32 |
0.593 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.0108 (1.00) |
0.101 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.34 (1.00) |
1 (1.00) |
||
UNC5D | 3 (9%) | 32 |
0.963 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.377 (1.00) |
|
FAM47C | 5 (14%) | 30 |
0.491 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.561 (1.00) |
|
TMEM184A | 4 (11%) | 31 |
0.79 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.0347 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
||
BEGAIN | 4 (11%) | 31 |
0.75 (1.00) |
0.377 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.243 (1.00) |
||
PASD1 | 5 (14%) | 30 |
0.571 (1.00) |
0.357 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.365 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.56 (1.00) |
||
RBM45 | 4 (11%) | 31 |
0.571 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.496 (1.00) |
1 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.477 (1.00) |
||
POM121 | 4 (11%) | 31 |
0.649 (1.00) |
0.0377 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.18 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
||
EME2 | 3 (9%) | 32 |
0.508 (1.00) |
0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CUL4B | 3 (9%) | 32 |
0.392 (1.00) |
0.224 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
IFT46 | 4 (11%) | 31 |
0.917 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.548 (1.00) |
1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
OTUD4 | 5 (14%) | 30 |
0.5 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.341 (1.00) |
1 (1.00) |
0.312 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GABBR1 | 4 (11%) | 31 |
0.79 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.163 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.828 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MYH10 | 4 (11%) | 31 |
0.0668 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.477 (1.00) |
||
ERF | 4 (11%) | 31 |
0.403 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.477 (1.00) |
|
OR10A7 | 4 (11%) | 31 |
0.127 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.544 (1.00) |
1 (1.00) |
0.57 (1.00) |
1 (1.00) |
||
BRDT | 4 (11%) | 31 |
0.697 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.476 (1.00) |
|||
CDHR5 | 4 (11%) | 31 |
1 (1.00) |
0.0346 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.291 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GPR25 | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PPARGC1B | 3 (9%) | 32 |
0.859 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SALL1 | 4 (11%) | 31 |
0.79 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
|
VEPH1 | 4 (11%) | 31 |
0.529 (1.00) |
0.716 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.957 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ATRX | 3 (9%) | 32 |
0.403 (1.00) |
0.929 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.379 (1.00) |
||
ST6GALNAC5 | 4 (11%) | 31 |
0.649 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GNL3L | 3 (9%) | 32 |
0.33 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0344 (1.00) |
1 (1.00) |
0.712 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
MST1 | 5 (14%) | 30 |
0.325 (1.00) |
0.832 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.344 (1.00) |
1 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.307 (1.00) |
||
GRB7 | 4 (11%) | 31 |
0.1 (1.00) |
0.311 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.0891 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.705 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TMC4 | 4 (11%) | 31 |
0.75 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.165 (1.00) |
1 (1.00) |
0.67 (1.00) |
1 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.131 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.244 (1.00) |
|
MED9 | 3 (9%) | 32 |
0.679 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
WASF3 | 3 (9%) | 32 |
0.194 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.101 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0338 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GIT1 | 3 (9%) | 32 |
0.963 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.223 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.378 (1.00) |
|
UGP2 | 4 (11%) | 31 |
0.856 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.473 (1.00) |
|||
ERCC3 | 3 (9%) | 32 |
0.403 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.222 (1.00) |
1 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.384 (1.00) |
||
ARMCX3 | 3 (9%) | 32 |
0.836 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.0704 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.46 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TMCO1 | 3 (9%) | 32 |
0.912 (1.00) |
0.906 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0744 (1.00) |
1 (1.00) |
||
HMX2 | 3 (9%) | 32 |
0.392 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
AARS2 | 4 (11%) | 31 |
0.79 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.166 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.45 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ALS2CR11 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.18 (1.00) |
||
ARFGAP3 | 3 (9%) | 32 |
0.0143 (1.00) |
0.649 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.194 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0471 (1.00) |
||||
SMG7 | 3 (9%) | 32 |
0.912 (1.00) |
0.906 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.442 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0744 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CHGA | 3 (9%) | 32 |
0.963 (1.00) |
0.745 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.124 (1.00) |
1 (1.00) |
||
FAM63B | 3 (9%) | 32 |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.538 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
VPS36 | 3 (9%) | 32 |
0.156 (1.00) |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MAP3K7 | 3 (9%) | 32 |
0.165 (1.00) |
0.223 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.207 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
OTX1 | 4 (11%) | 31 |
0.79 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.476 (1.00) |
|
NFAT5 | 3 (9%) | 32 |
0.449 (1.00) |
0.25 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
||
WHSC1L1 | 3 (9%) | 32 |
0.701 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0183 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.181 (1.00) |
|||
KIAA1211 | 3 (9%) | 32 |
0.376 (1.00) |
0.648 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.18 (1.00) |
||||
PPIG | 3 (9%) | 32 |
0.929 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.316 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.38 (1.00) |
|||
SLITRK5 | 3 (9%) | 32 |
0.281 (1.00) |
0.315 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
||
MBD3 | 3 (9%) | 32 |
0.0871 (1.00) |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.317 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.377 (1.00) |
||
FOXP2 | 5 (14%) | 30 |
0.616 (1.00) |
0.017 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.365 (1.00) |
1 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.063 (1.00) |
||
NAPSA | 3 (9%) | 32 |
0.637 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
EIF3C | 3 (9%) | 32 |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GTF2F1 | 3 (9%) | 32 |
0.883 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CCKAR | 3 (9%) | 32 |
0.953 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0837 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.406 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
MMP14 | 3 (9%) | 32 |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.926 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
ATM | 3 (9%) | 32 |
0.408 (1.00) |
0.0887 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.0851 (1.00) |
1 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
CCDC28B | 3 (9%) | 32 |
0.194 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
0.951 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
IFFO1 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.0982 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0688 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.132 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TWISTNB | 3 (9%) | 32 |
0.325 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.646 (1.00) |
1 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.195 (1.00) |
1 (1.00) |
0.179 (1.00) |
|||
RASGRF2 | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.768 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
0.442 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.181 (1.00) |
||
SPAG9 | 3 (9%) | 32 |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SMCR7 | 3 (9%) | 32 |
0.46 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
PSAT1 | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
PDILT | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.883 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.378 (1.00) |
||
CCDC8 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.226 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
||
HIST1H2BK | 3 (9%) | 32 |
0.813 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.142 (1.00) |
1 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
METAP1 | 3 (9%) | 32 |
0.125 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
SCRIB | 3 (9%) | 32 |
0.836 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
STAU1 | 3 (9%) | 32 |
0.384 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.318 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
||
GOLGA6B | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
||
IRS4 | 3 (9%) | 32 |
0.836 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
PDZD2 | 4 (11%) | 31 |
0.79 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.292 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0783 (1.00) |
0.243 (1.00) |
||
CCDC135 | 3 (9%) | 32 |
0.79 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.592 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0693 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CEP72 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.591 (1.00) |
1 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SMARCA2 | 3 (9%) | 32 |
0.392 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
UBXN6 | 3 (9%) | 32 |
0.315 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
YIPF2 | 3 (9%) | 32 |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
GNAS | 6 (17%) | 29 |
0.105 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0642 (1.00) |
1 (1.00) |
0.909 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TGFBR2 | 3 (9%) | 32 |
0.508 (1.00) |
0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PTPN21 | 3 (9%) | 32 |
0.691 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.315 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TSC22D1 | 3 (9%) | 32 |
0.649 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZNF184 | 4 (11%) | 31 |
0.568 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.386 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
ANK3 | 4 (11%) | 31 |
0.75 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0476 (1.00) |
1 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.245 (1.00) |
-
Mutation data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = PAAD-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 35
-
Number of significantly mutated genes = 138
-
Number of selected clinical features = 12
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.