Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Rectum Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1PK0F3V
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 78 arm-level events and 12 clinical features across 165 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 78 arm-level events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features
Time
to
Death
AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE
PATHOLOGY
T
STAGE
PATHOLOGY
N
STAGE
PATHOLOGY
M
STAGE
GENDER HISTOLOGICAL
TYPE
RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
COMPLETENESS
OF
RESECTION
NUMBER
OF
LYMPH
NODES
RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
1p gain 12 (7%) 153 0.0892
(1.00)
0.564
(1.00)
0.171
(1.00)
0.0268
(1.00)
0.444
(1.00)
0.113
(1.00)
0.774
(1.00)
0.0483
(1.00)
1
(1.00)
0.219
(1.00)
0.601
(1.00)
1
(1.00)
1q gain 34 (21%) 131 0.728
(1.00)
0.501
(1.00)
0.619
(1.00)
0.0049
(1.00)
0.282
(1.00)
0.443
(1.00)
0.441
(1.00)
0.298
(1.00)
0.604
(1.00)
0.575
(1.00)
0.096
(1.00)
0.485
(1.00)
2p gain 41 (25%) 124 0.905
(1.00)
0.78
(1.00)
0.411
(1.00)
0.375
(1.00)
0.216
(1.00)
0.532
(1.00)
0.0311
(1.00)
0.0222
(1.00)
0.639
(1.00)
0.103
(1.00)
0.869
(1.00)
0.11
(1.00)
2q gain 43 (26%) 122 0.915
(1.00)
0.964
(1.00)
0.299
(1.00)
0.259
(1.00)
0.14
(1.00)
0.623
(1.00)
0.0332
(1.00)
0.0206
(1.00)
0.183
(1.00)
0.146
(1.00)
0.546
(1.00)
0.0118
(1.00)
3p gain 27 (16%) 138 0.55
(1.00)
0.819
(1.00)
0.183
(1.00)
0.836
(1.00)
0.395
(1.00)
0.0364
(1.00)
0.533
(1.00)
0.698
(1.00)
0.255
(1.00)
0.886
(1.00)
0.209
(1.00)
1
(1.00)
3q gain 34 (21%) 131 0.899
(1.00)
0.992
(1.00)
0.271
(1.00)
0.687
(1.00)
0.489
(1.00)
0.0489
(1.00)
0.441
(1.00)
0.302
(1.00)
0.604
(1.00)
0.725
(1.00)
0.29
(1.00)
0.703
(1.00)
4p gain 9 (5%) 156 0.819
(1.00)
0.914
(1.00)
0.22
(1.00)
0.65
(1.00)
0.245
(1.00)
0.338
(1.00)
0.18
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.0445
(1.00)
1
(1.00)
4q gain 5 (3%) 160 0.989
(1.00)
0.857
(1.00)
0.898
(1.00)
1
(1.00)
0.708
(1.00)
0.729
(1.00)
0.0626
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.439
(1.00)
5p gain 36 (22%) 129 0.509
(1.00)
0.699
(1.00)
0.774
(1.00)
0.157
(1.00)
0.715
(1.00)
0.662
(1.00)
0.092
(1.00)
0.0412
(1.00)
0.119
(1.00)
0.401
(1.00)
0.532
(1.00)
0.242
(1.00)
5q gain 24 (15%) 141 0.752
(1.00)
0.936
(1.00)
0.231
(1.00)
0.58
(1.00)
0.283
(1.00)
0.892
(1.00)
0.386
(1.00)
0.22
(1.00)
1
(1.00)
0.536
(1.00)
0.211
(1.00)
0.334
(1.00)
6p gain 41 (25%) 124 0.286
(1.00)
0.774
(1.00)
0.209
(1.00)
0.279
(1.00)
0.0233
(1.00)
0.0464
(1.00)
0.588
(1.00)
0.187
(1.00)
0.034
(1.00)
0.441
(1.00)
0.0285
(1.00)
0.0447
(1.00)
6q gain 36 (22%) 129 0.516
(1.00)
0.917
(1.00)
0.0419
(1.00)
0.297
(1.00)
0.052
(1.00)
0.0234
(1.00)
0.576
(1.00)
0.0734
(1.00)
0.021
(1.00)
0.256
(1.00)
0.0709
(1.00)
0.0329
(1.00)
7p gain 102 (62%) 63 0.289
(1.00)
0.628
(1.00)
0.0268
(1.00)
0.436
(1.00)
0.15
(1.00)
0.797
(1.00)
0.63
(1.00)
0.00466
(1.00)
1
(1.00)
0.381
(1.00)
0.0454
(1.00)
0.766
(1.00)
7q gain 85 (52%) 80 0.451
(1.00)
0.504
(1.00)
0.00502
(1.00)
0.547
(1.00)
0.0658
(1.00)
0.419
(1.00)
0.534
(1.00)
0.00748
(1.00)
1
(1.00)
0.171
(1.00)
0.085
(1.00)
0.224
(1.00)
8p gain 42 (25%) 123 0.326
(1.00)
0.786
(1.00)
0.182
(1.00)
0.206
(1.00)
0.697
(1.00)
0.593
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.15
(1.00)
0.521
(1.00)
1
(1.00)
8q gain 89 (54%) 76 0.108
(1.00)
0.702
(1.00)
0.00827
(1.00)
0.114
(1.00)
0.11
(1.00)
0.206
(1.00)
1
(1.00)
0.0896
(1.00)
0.219
(1.00)
0.0813
(1.00)
0.189
(1.00)
0.517
(1.00)
9p gain 42 (25%) 123 0.146
(1.00)
0.338
(1.00)
0.282
(1.00)
0.842
(1.00)
0.717
(1.00)
0.79
(1.00)
1
(1.00)
0.322
(1.00)
1
(1.00)
0.462
(1.00)
0.898
(1.00)
0.731
(1.00)
9q gain 33 (20%) 132 0.136
(1.00)
0.199
(1.00)
0.026
(1.00)
0.936
(1.00)
0.933
(1.00)
1
(1.00)
0.439
(1.00)
0.298
(1.00)
1
(1.00)
0.86
(1.00)
0.889
(1.00)
0.681
(1.00)
10p gain 13 (8%) 152 0.762
(1.00)
0.88
(1.00)
0.875
(1.00)
0.42
(1.00)
0.932
(1.00)
0.692
(1.00)
1
(1.00)
0.603
(1.00)
0.394
(1.00)
1
(1.00)
0.575
(1.00)
0.453
(1.00)
10q gain 7 (4%) 158 0.532
(1.00)
0.51
(1.00)
0.698
(1.00)
0.679
(1.00)
0.876
(1.00)
1
(1.00)
0.25
(1.00)
1
(1.00)
0.232
(1.00)
1
(1.00)
0.981
(1.00)
0.284
(1.00)
11p gain 32 (19%) 133 0.555
(1.00)
0.326
(1.00)
0.868
(1.00)
0.631
(1.00)
0.458
(1.00)
0.755
(1.00)
0.845
(1.00)
0.0724
(1.00)
0.329
(1.00)
1
(1.00)
0.587
(1.00)
0.0267
(1.00)
11q gain 26 (16%) 139 0.398
(1.00)
0.13
(1.00)
0.838
(1.00)
0.439
(1.00)
0.258
(1.00)
0.119
(1.00)
1
(1.00)
0.129
(1.00)
0.591
(1.00)
0.792
(1.00)
0.297
(1.00)
0.0104
(1.00)
12p gain 33 (20%) 132 0.758
(1.00)
0.421
(1.00)
0.801
(1.00)
0.438
(1.00)
0.39
(1.00)
0.639
(1.00)
0.699
(1.00)
0.298
(1.00)
0.0951
(1.00)
0.392
(1.00)
0.503
(1.00)
0.166
(1.00)
12q gain 24 (15%) 141 0.171
(1.00)
0.21
(1.00)
0.863
(1.00)
0.708
(1.00)
0.558
(1.00)
0.943
(1.00)
0.507
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.265
(1.00)
0.648
(1.00)
13q gain 113 (68%) 52 0.451
(1.00)
0.67
(1.00)
0.37
(1.00)
0.325
(1.00)
0.0328
(1.00)
0.0403
(1.00)
0.506
(1.00)
0.000593
(0.552)
1
(1.00)
0.955
(1.00)
0.0199
(1.00)
0.102
(1.00)
14q gain 8 (5%) 157 0.246
(1.00)
0.894
(1.00)
0.683
(1.00)
1
(1.00)
0.394
(1.00)
0.821
(1.00)
0.472
(1.00)
1
(1.00)
0.261
(1.00)
1
(1.00)
0.642
(1.00)
1
(1.00)
15q gain 3 (2%) 162 0.812
(1.00)
0.922
(1.00)
0.0863
(1.00)
0.0489
(1.00)
0.172
(1.00)
1
(1.00)
0.0956
(1.00)
0.227
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.218
(1.00)
16p gain 41 (25%) 124 0.498
(1.00)
0.777
(1.00)
0.122
(1.00)
0.78
(1.00)
0.323
(1.00)
0.84
(1.00)
1
(1.00)
0.0222
(1.00)
0.163
(1.00)
0.393
(1.00)
0.294
(1.00)
0.401
(1.00)
16q gain 41 (25%) 124 0.926
(1.00)
0.853
(1.00)
0.463
(1.00)
0.933
(1.00)
0.161
(1.00)
0.392
(1.00)
0.857
(1.00)
0.0222
(1.00)
0.163
(1.00)
0.626
(1.00)
0.215
(1.00)
0.0954
(1.00)
17p gain 8 (5%) 157 0.292
(1.00)
0.544
(1.00)
0.638
(1.00)
0.0398
(1.00)
0.704
(1.00)
0.823
(1.00)
1
(1.00)
0.503
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.859
(1.00)
1
(1.00)
17q gain 32 (19%) 133 0.216
(1.00)
0.581
(1.00)
0.81
(1.00)
0.949
(1.00)
0.604
(1.00)
0.417
(1.00)
0.556
(1.00)
0.469
(1.00)
0.598
(1.00)
0.463
(1.00)
0.748
(1.00)
0.692
(1.00)
18p gain 8 (5%) 157 0.552
(1.00)
0.425
(1.00)
0.0398
(1.00)
0.372
(1.00)
0.496
(1.00)
0.278
(1.00)
0.727
(1.00)
0.131
(1.00)
0.261
(1.00)
0.152
(1.00)
0.104
(1.00)
0.0686
(1.00)
18q gain 6 (4%) 159 0.0244
(1.00)
0.391
(1.00)
0.0278
(1.00)
0.165
(1.00)
0.083
(1.00)
0.141
(1.00)
0.219
(1.00)
0.406
(1.00)
0.202
(1.00)
0.047
(1.00)
0.00409
(1.00)
0.0674
(1.00)
19p gain 33 (20%) 132 0.742
(1.00)
0.441
(1.00)
0.847
(1.00)
0.266
(1.00)
1
(1.00)
0.349
(1.00)
0.559
(1.00)
0.0718
(1.00)
0.601
(1.00)
0.498
(1.00)
0.788
(1.00)
0.183
(1.00)
19q gain 32 (19%) 133 0.179
(1.00)
0.491
(1.00)
0.931
(1.00)
0.182
(1.00)
1
(1.00)
0.349
(1.00)
0.694
(1.00)
0.0724
(1.00)
0.598
(1.00)
0.249
(1.00)
0.639
(1.00)
0.0922
(1.00)
20p gain 109 (66%) 56 0.423
(1.00)
0.183
(1.00)
0.0103
(1.00)
0.776
(1.00)
0.332
(1.00)
0.904
(1.00)
0.1
(1.00)
0.0328
(1.00)
1
(1.00)
0.302
(1.00)
0.335
(1.00)
0.415
(1.00)
20q gain 145 (88%) 20 0.123
(1.00)
0.14
(1.00)
0.117
(1.00)
0.566
(1.00)
0.0304
(1.00)
0.705
(1.00)
0.812
(1.00)
0.000953
(0.886)
0.545
(1.00)
0.181
(1.00)
0.108
(1.00)
0.0991
(1.00)
21q gain 10 (6%) 155 0.395
(1.00)
0.482
(1.00)
0.528
(1.00)
0.742
(1.00)
0.905
(1.00)
0.63
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.676
(1.00)
0.899
(1.00)
1
(1.00)
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(1.00)
19p loss 21 (13%) 144 0.342
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
20p loss 23 (14%) 142 0.774
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(1.00)
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(1.00)
Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = READ-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 165

  • Number of significantly arm-level cnvs = 78

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)