Correlation between copy number variations of arm-level result and molecular subtypes
Rectum Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C10V8BQ8
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between copy number variation 78 arm-level events and 12 molecular subtypes across 165 patients, 8 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • 3q gain cnv correlated to 'CN_CNMF'.

  • 7p gain cnv correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

  • 7q gain cnv correlated to 'CN_CNMF'.

  • 8q gain cnv correlated to 'CN_CNMF'.

  • 13q gain cnv correlated to 'CN_CNMF'.

  • 16q gain cnv correlated to 'CN_CNMF'.

  • 18q loss cnv correlated to 'CN_CNMF'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 78 arm-level events and 12 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 8 significant findings detected.

Clinical
Features
MRNA
CNMF
MRNA
CHIERARCHICAL
CN
CNMF
METHLYATION
CNMF
RPPA
CNMF
RPPA
CHIERARCHICAL
MRNASEQ
CNMF
MRNASEQ
CHIERARCHICAL
MIRSEQ
CNMF
MIRSEQ
CHIERARCHICAL
MIRSEQ
MATURE
CNMF
MIRSEQ
MATURE
CHIERARCHICAL
nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
7p gain 102 (62%) 63 0.00235
(1.00)
0.00294
(1.00)
1e-05
(0.00899)
0.00335
(1.00)
0.484
(1.00)
0.377
(1.00)
0.0199
(1.00)
0.00022
(0.196)
0.0404
(1.00)
0.0966
(1.00)
0.597
(1.00)
0.812
(1.00)
3q gain 34 (21%) 131 0.606
(1.00)
0.614
(1.00)
0.00018
(0.161)
0.868
(1.00)
0.25
(1.00)
0.42
(1.00)
0.416
(1.00)
0.224
(1.00)
0.219
(1.00)
0.317
(1.00)
0.658
(1.00)
0.896
(1.00)
7q gain 85 (52%) 80 0.0473
(1.00)
0.00761
(1.00)
2e-05
(0.0179)
0.136
(1.00)
0.618
(1.00)
0.948
(1.00)
0.0428
(1.00)
0.00285
(1.00)
0.499
(1.00)
0.829
(1.00)
0.857
(1.00)
0.854
(1.00)
8q gain 89 (54%) 76 0.0365
(1.00)
0.275
(1.00)
2e-05
(0.0179)
0.21
(1.00)
0.546
(1.00)
0.789
(1.00)
0.57
(1.00)
0.131
(1.00)
0.243
(1.00)
0.0655
(1.00)
0.0206
(1.00)
0.374
(1.00)
13q gain 113 (68%) 52 0.284
(1.00)
0.381
(1.00)
1e-05
(0.00899)
0.071
(1.00)
0.838
(1.00)
0.32
(1.00)
0.0044
(1.00)
0.0265
(1.00)
0.00315
(1.00)
0.0651
(1.00)
0.713
(1.00)
0.473
(1.00)
16q gain 41 (25%) 124 0.0511
(1.00)
0.592
(1.00)
3e-05
(0.0268)
0.233
(1.00)
1
(1.00)
0.667
(1.00)
0.0302
(1.00)
0.0438
(1.00)
0.0211
(1.00)
0.244
(1.00)
0.23
(1.00)
0.917
(1.00)
18q loss 138 (84%) 27 0.0204
(1.00)
0.176
(1.00)
4e-05
(0.0358)
0.0124
(1.00)
0.796
(1.00)
0.486
(1.00)
0.888
(1.00)
0.68
(1.00)
0.427
(1.00)
0.0273
(1.00)
0.514
(1.00)
0.535
(1.00)
1p gain 12 (7%) 153 0.511
(1.00)
0.941
(1.00)
0.828
(1.00)
0.528
(1.00)
0.0317
(1.00)
0.0176
(1.00)
0.219
(1.00)
0.768
(1.00)
0.94
(1.00)
0.46
(1.00)
0.868
(1.00)
0.651
(1.00)
1q gain 34 (21%) 131 0.586
(1.00)
0.654
(1.00)
0.138
(1.00)
0.314
(1.00)
0.0704
(1.00)
0.211
(1.00)
0.541
(1.00)
0.946
(1.00)
0.542
(1.00)
0.881
(1.00)
0.871
(1.00)
0.368
(1.00)
2p gain 41 (25%) 124 0.509
(1.00)
0.0194
(1.00)
0.259
(1.00)
0.0255
(1.00)
0.667
(1.00)
0.642
(1.00)
0.046
(1.00)
0.0394
(1.00)
0.188
(1.00)
0.0773
(1.00)
0.724
(1.00)
0.503
(1.00)
2q gain 43 (26%) 122 0.092
(1.00)
0.057
(1.00)
0.122
(1.00)
0.0599
(1.00)
0.72
(1.00)
0.828
(1.00)
0.0823
(1.00)
0.00933
(1.00)
0.215
(1.00)
0.304
(1.00)
0.162
(1.00)
0.192
(1.00)
3p gain 27 (16%) 138 1
(1.00)
0.902
(1.00)
0.00048
(0.428)
0.654
(1.00)
0.0874
(1.00)
0.454
(1.00)
0.426
(1.00)
0.621
(1.00)
0.378
(1.00)
0.361
(1.00)
0.656
(1.00)
0.825
(1.00)
4p gain 9 (5%) 156 1
(1.00)
0.791
(1.00)
0.965
(1.00)
0.766
(1.00)
0.0866
(1.00)
0.171
(1.00)
0.355
(1.00)
0.437
(1.00)
0.221
(1.00)
0.376
(1.00)
0.742
(1.00)
0.95
(1.00)
4q gain 5 (3%) 160 0.297
(1.00)
0.649
(1.00)
0.677
(1.00)
0.218
(1.00)
0.486
(1.00)
0.554
(1.00)
1
(1.00)
0.89
(1.00)
1
(1.00)
5p gain 36 (22%) 129 0.201
(1.00)
0.099
(1.00)
0.00164
(1.00)
0.0992
(1.00)
0.216
(1.00)
0.686
(1.00)
0.045
(1.00)
0.00377
(1.00)
0.192
(1.00)
0.924
(1.00)
0.493
(1.00)
0.629
(1.00)
5q gain 24 (15%) 141 0.243
(1.00)
0.0869
(1.00)
0.00675
(1.00)
0.0742
(1.00)
0.185
(1.00)
0.961
(1.00)
0.51
(1.00)
0.164
(1.00)
0.246
(1.00)
0.522
(1.00)
1
(1.00)
0.654
(1.00)
6p gain 41 (25%) 124 0.336
(1.00)
0.563
(1.00)
0.0089
(1.00)
0.00351
(1.00)
0.774
(1.00)
0.254
(1.00)
0.616
(1.00)
0.594
(1.00)
0.24
(1.00)
0.3
(1.00)
0.279
(1.00)
0.811
(1.00)
6q gain 36 (22%) 129 0.671
(1.00)
0.229
(1.00)
0.0166
(1.00)
0.00655
(1.00)
0.844
(1.00)
0.472
(1.00)
0.663
(1.00)
0.33
(1.00)
0.341
(1.00)
0.581
(1.00)
0.202
(1.00)
0.563
(1.00)
8p gain 42 (25%) 123 0.419
(1.00)
0.235
(1.00)
0.00179
(1.00)
0.516
(1.00)
0.454
(1.00)
0.0912
(1.00)
0.154
(1.00)
0.333
(1.00)
0.812
(1.00)
0.287
(1.00)
0.916
(1.00)
0.142
(1.00)
9p gain 42 (25%) 123 0.0167
(1.00)
0.199
(1.00)
0.441
(1.00)
0.166
(1.00)
0.651
(1.00)
0.229
(1.00)
0.0223
(1.00)
0.994
(1.00)
0.274
(1.00)
0.328
(1.00)
0.865
(1.00)
0.868
(1.00)
9q gain 33 (20%) 132 0.0153
(1.00)
0.21
(1.00)
0.282
(1.00)
0.468
(1.00)
0.564
(1.00)
0.0987
(1.00)
0.242
(1.00)
0.162
(1.00)
0.786
(1.00)
0.622
(1.00)
0.831
(1.00)
0.931
(1.00)
10p gain 13 (8%) 152 1
(1.00)
0.919
(1.00)
0.339
(1.00)
0.712
(1.00)
0.666
(1.00)
0.751
(1.00)
0.088
(1.00)
0.0416
(1.00)
0.654
(1.00)
0.918
(1.00)
0.613
(1.00)
0.789
(1.00)
10q gain 7 (4%) 158 0.519
(1.00)
0.0815
(1.00)
0.256
(1.00)
1
(1.00)
1
(1.00)
0.871
(1.00)
0.411
(1.00)
0.0833
(1.00)
0.77
(1.00)
0.862
(1.00)
11p gain 32 (19%) 133 0.135
(1.00)
0.39
(1.00)
0.00896
(1.00)
0.42
(1.00)
0.721
(1.00)
0.361
(1.00)
0.241
(1.00)
0.0406
(1.00)
0.0204
(1.00)
0.206
(1.00)
0.653
(1.00)
0.538
(1.00)
11q gain 26 (16%) 139 0.238
(1.00)
0.431
(1.00)
0.00209
(1.00)
0.019
(1.00)
0.571
(1.00)
0.302
(1.00)
0.05
(1.00)
0.00115
(1.00)
0.0258
(1.00)
0.591
(1.00)
0.12
(1.00)
0.157
(1.00)
12p gain 33 (20%) 132 0.691
(1.00)
0.481
(1.00)
0.237
(1.00)
0.728
(1.00)
0.18
(1.00)
0.123
(1.00)
0.232
(1.00)
0.325
(1.00)
0.372
(1.00)
0.552
(1.00)
0.283
(1.00)
0.872
(1.00)
12q gain 24 (15%) 141 0.775
(1.00)
0.523
(1.00)
0.743
(1.00)
0.307
(1.00)
0.263
(1.00)
0.213
(1.00)
0.196
(1.00)
0.815
(1.00)
0.224
(1.00)
0.739
(1.00)
0.0541
(1.00)
0.949
(1.00)
14q gain 8 (5%) 157 0.833
(1.00)
0.914
(1.00)
0.112
(1.00)
0.226
(1.00)
0.52
(1.00)
0.547
(1.00)
0.412
(1.00)
0.403
(1.00)
0.13
(1.00)
0.862
(1.00)
15q gain 3 (2%) 162 0.418
(1.00)
0.484
(1.00)
0.35
(1.00)
0.695
(1.00)
16p gain 41 (25%) 124 0.148
(1.00)
0.853
(1.00)
0.00124
(1.00)
0.272
(1.00)
0.924
(1.00)
1
(1.00)
0.251
(1.00)
0.321
(1.00)
0.152
(1.00)
0.678
(1.00)
0.338
(1.00)
0.981
(1.00)
17p gain 8 (5%) 157 0.11
(1.00)
0.378
(1.00)
0.233
(1.00)
0.466
(1.00)
1
(1.00)
0.873
(1.00)
0.146
(1.00)
0.558
(1.00)
0.49
(1.00)
0.44
(1.00)
17q gain 32 (19%) 133 0.198
(1.00)
0.943
(1.00)
0.0065
(1.00)
0.419
(1.00)
0.88
(1.00)
0.941
(1.00)
0.418
(1.00)
0.372
(1.00)
0.0552
(1.00)
0.463
(1.00)
0.12
(1.00)
0.637
(1.00)
18p gain 8 (5%) 157 0.515
(1.00)
0.39
(1.00)
0.218
(1.00)
0.73
(1.00)
0.806
(1.00)
0.736
(1.00)
0.885
(1.00)
0.925
(1.00)
0.507
(1.00)
0.559
(1.00)
1
(1.00)
0.891
(1.00)
18q gain 6 (4%) 159 0.791
(1.00)
0.382
(1.00)
0.492
(1.00)
0.892
(1.00)
0.458
(1.00)
0.891
(1.00)
0.655
(1.00)
0.63
(1.00)
1
(1.00)
0.891
(1.00)
19p gain 33 (20%) 132 0.0661
(1.00)
0.418
(1.00)
0.105
(1.00)
0.766
(1.00)
0.544
(1.00)
0.461
(1.00)
0.572
(1.00)
0.637
(1.00)
0.14
(1.00)
0.957
(1.00)
1
(1.00)
0.974
(1.00)
19q gain 32 (19%) 133 0.0824
(1.00)
0.532
(1.00)
0.073
(1.00)
0.53
(1.00)
0.958
(1.00)
0.595
(1.00)
0.0784
(1.00)
0.353
(1.00)
0.356
(1.00)
0.579
(1.00)
1
(1.00)
0.973
(1.00)
20p gain 109 (66%) 56 0.0959
(1.00)
0.726
(1.00)
0.139
(1.00)
0.254
(1.00)
0.133
(1.00)
0.833
(1.00)
0.208
(1.00)
0.13
(1.00)
0.0972
(1.00)
0.047
(1.00)
0.307
(1.00)
0.0757
(1.00)
20q gain 145 (88%) 20 0.00785
(1.00)
0.162
(1.00)
0.00058
(0.516)
0.234
(1.00)
0.161
(1.00)
0.339
(1.00)
0.123
(1.00)
0.0199
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22q gain 9 (5%) 156 0.73
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1
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1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
1q loss 26 (16%) 139 0.912
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
2p loss 11 (7%) 154 0.64
(1.00)
0.751
(1.00)
0.00387
(1.00)
0.484
(1.00)
0.907
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.433
(1.00)
0.604
(1.00)
2q loss 6 (4%) 159 1
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
3p loss 15 (9%) 150 1
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3q loss 10 (6%) 155 0.516
(1.00)
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(1.00)
4p loss 59 (36%) 106 0.668
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.97
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.207
(1.00)
4q loss 66 (40%) 99 0.781
(1.00)
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(1.00)
0.818
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
5p loss 26 (16%) 139 0.238
(1.00)
0.816
(1.00)
0.137
(1.00)
0.178
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
5q loss 40 (24%) 125 0.0901
(1.00)
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1
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(1.00)
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(1.00)
6p loss 13 (8%) 152 0.543
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
6q loss 22 (13%) 143 0.169
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.41
(1.00)
0.0122
(1.00)
0.556
(1.00)
7q loss 3 (2%) 162 0.357
(1.00)
0.787
(1.00)
0.773
(1.00)
0.599
(1.00)
1
(1.00)
0.858
(1.00)
1
(1.00)
8p loss 73 (44%) 92 0.122
(1.00)
0.245
(1.00)
0.134
(1.00)
0.965
(1.00)
0.786
(1.00)
0.252
(1.00)
0.368
(1.00)
0.293
(1.00)
0.893
(1.00)
0.973
(1.00)
0.734
(1.00)
0.229
(1.00)
8q loss 11 (7%) 154 0.688
(1.00)
0.715
(1.00)
0.409
(1.00)
0.465
(1.00)
0.795
(1.00)
0.279
(1.00)
0.185
(1.00)
0.237
(1.00)
0.866
(1.00)
0.302
(1.00)
0.167
(1.00)
0.407
(1.00)
9p loss 23 (14%) 142 0.636
(1.00)
0.617
(1.00)
0.321
(1.00)
0.14
(1.00)
0.749
(1.00)
0.567
(1.00)
0.82
(1.00)
0.955
(1.00)
0.311
(1.00)
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(1.00)
0.708
(1.00)
0.0384
(1.00)
9q loss 23 (14%) 142 0.209
(1.00)
0.447
(1.00)
0.28
(1.00)
0.138
(1.00)
0.943
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.00165
(1.00)
0.465
(1.00)
0.0142
(1.00)
10p loss 33 (20%) 132 0.144
(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
0.115
(1.00)
0.817
(1.00)
0.747
(1.00)
10q loss 38 (23%) 127 0.177
(1.00)
0.157
(1.00)
0.0584
(1.00)
0.0919
(1.00)
0.129
(1.00)
0.0314
(1.00)
0.495
(1.00)
0.162
(1.00)
0.683
(1.00)
0.0875
(1.00)
0.899
(1.00)
0.537
(1.00)
11p loss 23 (14%) 142 0.241
(1.00)
0.375
(1.00)
0.00622
(1.00)
0.206
(1.00)
0.226
(1.00)
0.175
(1.00)
0.465
(1.00)
0.0906
(1.00)
0.977
(1.00)
0.742
(1.00)
0.601
(1.00)
0.29
(1.00)
11q loss 30 (18%) 135 0.0546
(1.00)
0.205
(1.00)
0.00694
(1.00)
0.0255
(1.00)
0.605
(1.00)
0.383
(1.00)
0.11
(1.00)
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(1.00)
0.205
(1.00)
0.375
(1.00)
0.414
(1.00)
0.665
(1.00)
12p loss 22 (13%) 143 0.424
(1.00)
0.285
(1.00)
0.658
(1.00)
0.401
(1.00)
0.694
(1.00)
0.077
(1.00)
0.922
(1.00)
0.217
(1.00)
0.451
(1.00)
0.778
(1.00)
0.0671
(1.00)
0.509
(1.00)
12q loss 19 (12%) 146 0.503
(1.00)
0.769
(1.00)
0.237
(1.00)
0.932
(1.00)
0.557
(1.00)
0.26
(1.00)
0.822
(1.00)
0.112
(1.00)
0.379
(1.00)
0.319
(1.00)
0.272
(1.00)
0.867
(1.00)
13q loss 8 (5%) 157 0.516
(1.00)
1
(1.00)
0.654
(1.00)
0.105
(1.00)
0.0551
(1.00)
0.431
(1.00)
1
(1.00)
0.89
(1.00)
0.177
(1.00)
1
(1.00)
14q loss 67 (41%) 98 0.502
(1.00)
0.246
(1.00)
0.0198
(1.00)
0.572
(1.00)
0.805
(1.00)
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(1.00)
0.107
(1.00)
0.166
(1.00)
0.332
(1.00)
0.201
(1.00)
0.752
(1.00)
0.782
(1.00)
15q loss 73 (44%) 92 0.447
(1.00)
0.112
(1.00)
0.00069
(0.613)
1
(1.00)
0.0898
(1.00)
0.249
(1.00)
0.866
(1.00)
0.501
(1.00)
0.818
(1.00)
0.633
(1.00)
0.907
(1.00)
0.745
(1.00)
16p loss 9 (5%) 156 0.377
(1.00)
0.759
(1.00)
0.0981
(1.00)
0.0619
(1.00)
0.653
(1.00)
0.633
(1.00)
0.965
(1.00)
0.964
(1.00)
0.56
(1.00)
1
(1.00)
0.25
(1.00)
0.489
(1.00)
16q loss 15 (9%) 150 0.279
(1.00)
0.677
(1.00)
0.0485
(1.00)
0.334
(1.00)
0.726
(1.00)
0.899
(1.00)
0.824
(1.00)
0.9
(1.00)
0.869
(1.00)
1
(1.00)
0.939
(1.00)
0.963
(1.00)
17p loss 107 (65%) 58 0.207
(1.00)
0.374
(1.00)
0.0941
(1.00)
0.197
(1.00)
0.971
(1.00)
0.321
(1.00)
0.8
(1.00)
0.962
(1.00)
0.981
(1.00)
0.396
(1.00)
0.29
(1.00)
0.665
(1.00)
17q loss 26 (16%) 139 0.904
(1.00)
0.737
(1.00)
0.0284
(1.00)
0.0898
(1.00)
0.749
(1.00)
0.975
(1.00)
0.315
(1.00)
0.627
(1.00)
0.87
(1.00)
0.947
(1.00)
0.424
(1.00)
0.477
(1.00)
18p loss 128 (78%) 37 0.0586
(1.00)
0.71
(1.00)
0.00135
(1.00)
0.0259
(1.00)
0.601
(1.00)
0.152
(1.00)
0.657
(1.00)
0.233
(1.00)
0.17
(1.00)
0.163
(1.00)
0.615
(1.00)
0.594
(1.00)
19p loss 21 (13%) 144 0.728
(1.00)
0.835
(1.00)
0.134
(1.00)
0.0305
(1.00)
0.646
(1.00)
0.806
(1.00)
0.382
(1.00)
0.33
(1.00)
0.378
(1.00)
0.0188
(1.00)
0.964
(1.00)
0.74
(1.00)
19q loss 20 (12%) 145 0.833
(1.00)
0.503
(1.00)
0.0692
(1.00)
0.0826
(1.00)
0.822
(1.00)
0.777
(1.00)
0.436
(1.00)
0.366
(1.00)
0.0679
(1.00)
0.00862
(1.00)
1
(1.00)
0.745
(1.00)
20p loss 23 (14%) 142 1
(1.00)
0.951
(1.00)
0.0508
(1.00)
0.283
(1.00)
0.378
(1.00)
0.985
(1.00)
0.485
(1.00)
0.3
(1.00)
0.0321
(1.00)
0.0212
(1.00)
0.306
(1.00)
0.0142
(1.00)
21q loss 68 (41%) 97 0.288
(1.00)
0.249
(1.00)
0.417
(1.00)
1
(1.00)
0.973
(1.00)
0.53
(1.00)
0.581
(1.00)
0.833
(1.00)
0.0161
(1.00)
0.183
(1.00)
0.224
(1.00)
0.0686
(1.00)
22q loss 58 (35%) 107 0.851
(1.00)
0.309
(1.00)
0.0644
(1.00)
0.776
(1.00)
0.75
(1.00)
0.297
(1.00)
0.0677
(1.00)
0.0935
(1.00)
0.00633
(1.00)
0.181
(1.00)
0.125
(1.00)
0.0194
(1.00)
xq loss 25 (15%) 140 0.911
(1.00)
0.582
(1.00)
0.867
(1.00)
0.313
(1.00)
0.548
(1.00)
0.87
(1.00)
0.807
(1.00)
0.978
(1.00)
0.917
(1.00)
0.493
(1.00)
0.474
(1.00)
0.802
(1.00)
'3q gain' versus 'CN_CNMF'

P value = 0.00018 (Fisher's exact test), Q value = 0.16

Table S1.  Gene #6: '3q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
3Q GAIN MUTATED 4 12 11 7
3Q GAIN WILD-TYPE 62 20 20 29

Figure S1.  Get High-res Image Gene #6: '3q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

'7p gain' versus 'CN_CNMF'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.009

Table S2.  Gene #13: '7p gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
7P GAIN MUTATED 24 26 28 24
7P GAIN WILD-TYPE 42 6 3 12

Figure S2.  Get High-res Image Gene #13: '7p gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

'7p gain' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 0.00022 (Fisher's exact test), Q value = 0.2

Table S3.  Gene #13: '7p gain' versus Molecular Subtype #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 55 35 41 30
7P GAIN MUTATED 45 17 17 20
7P GAIN WILD-TYPE 10 18 24 10

Figure S3.  Get High-res Image Gene #13: '7p gain' versus Molecular Subtype #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

'7q gain' versus 'CN_CNMF'

P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018

Table S4.  Gene #14: '7q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
7Q GAIN MUTATED 18 23 22 22
7Q GAIN WILD-TYPE 48 9 9 14

Figure S4.  Get High-res Image Gene #14: '7q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

'8q gain' versus 'CN_CNMF'

P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.018

Table S5.  Gene #16: '8q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
8Q GAIN MUTATED 29 13 15 32
8Q GAIN WILD-TYPE 37 19 16 4

Figure S5.  Get High-res Image Gene #16: '8q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

'13q gain' versus 'CN_CNMF'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.009

Table S6.  Gene #25: '13q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
13Q GAIN MUTATED 32 30 26 25
13Q GAIN WILD-TYPE 34 2 5 11

Figure S6.  Get High-res Image Gene #25: '13q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

'16q gain' versus 'CN_CNMF'

P value = 3e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.027

Table S7.  Gene #29: '16q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
16Q GAIN MUTATED 5 15 13 8
16Q GAIN WILD-TYPE 61 17 18 28

Figure S7.  Get High-res Image Gene #29: '16q gain' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

'18q loss' versus 'CN_CNMF'

P value = 4e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.036

Table S8.  Gene #72: '18q loss' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4
ALL 66 32 31 36
18Q LOSS MUTATED 45 28 31 34
18Q LOSS WILD-TYPE 21 4 0 2

Figure S8.  Get High-res Image Gene #72: '18q loss' versus Molecular Subtype #3: 'CN_CNMF'

Methods & Data
Input
  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Molecular subtypes file = READ-TP.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 165

  • Number of significantly arm-level cnvs = 78

  • Number of molecular subtypes = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)