Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 56 (22%) 201 0.0073299 1 2e-05 0.0123 0.00153 0.82 0.03567 1 0.30648 1 0.47551 1 0.1234 1 0.24168 1 1q gain 49 (19%) 208 0.01326 1 0.0065199 1 0.00463 1 0.12368 1 0.04868 1 0.092589 1 0.00099999 0.549 0.00466 1 2p gain 22 (9%) 235 0.078669 1 0.01159 1 7.9999e-05 0.0478 0.0090299 1 0.12585 1 0.02627 1 0.01867 1 0.00299 1 2q gain 22 (9%) 235 0.02527 1 0.072829 1 0.00293 1 0.053699 1 0.19805 1 0.04761 1 0.03175 1 0.16423 1 3p gain 39 (15%) 218 0.00496 1 0.00032 0.185 9.9999e-06 0.0064 0.00022 0.128 0.075449 1 0.01923 1 0.00339 1 0.00099999 0.549 3q gain 36 (14%) 221 0.04461 1 0.01234 1 6.9999e-05 0.0421 0.0060399 1 0.092199 1 0.0094599 1 0.00403 1 0.00117 0.636 4p gain 68 (26%) 189 0.00222 1 0.00033 0.19 0.00274 1 0.00183 0.968 0.03193 1 0.04588 1 0.36555 1 0.10345 1 4q gain 47 (18%) 210 0.055459 1 0.04792 1 0.04354 1 0.074479 1 0.36654 1 0.058959 1 0.23561 1 0.41126 1 5p gain 98 (38%) 159 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-05 0.0597 0.00019 0.111 2e-05 0.0123 0.6081 1 0.00193 1 0.57682 1 0.48345 1 5q gain 71 (28%) 186 5.9999e-05 0.0361 0.056039 1 0.02627 1 0.00427 1 0.36153 1 0.21821 1 0.69934 1 0.79056 1 6p gain 51 (20%) 206 0.00061999 0.347 3e-05 0.0183 0.00047 0.267 0.00014 0.083 0.097159 1 0.03043 1 0.48224 1 0.02903 1 6q gain 50 (19%) 207 4e-05 0.0243 5e-05 0.0302 0.00090999 0.502 0.00057999 0.327 0.061649 1 0.0051599 1 0.28898 1 0.02797 1 7p gain 82 (32%) 175 0.00087999 0.487 0.00257 1 0.00287 1 0.02476 1 0.3011 1 0.31099 1 0.0023 1 0.00439 1 7q gain 68 (26%) 189 0.02815 1 0.00151 0.812 0.00174 0.926 0.01797 1 0.097619 1 0.33856 1 0.00016 0.0942 0.0065399 1 8p gain 52 (20%) 205 0.055159 1 0.68702 1 0.21029 1 0.15357 1 0.38317 1 0.29657 1 0.29749 1 0.12338 1 8q gain 65 (25%) 192 0.20725 1 0.067899 1 0.00335 1 0.12937 1 0.27299 1 0.27141 1 0.082029 1 0.1184 1 9p gain 57 (22%) 200 9.9999e-06 0.0064 0.0096399 1 0.01185 1 0.00245 1 0.076919 1 0.0091999 1 0.66028 1 0.46861 1 9q gain 73 (28%) 184 9.9999e-06 0.0064 0.00043 0.246 0.00049 0.278 2e-05 0.0123 0.03961 1 0.00155 0.829 0.0177 1 0.00449 1 10p gain 23 (9%) 234 0.04774 1 0.04696 1 0.072539 1 0.14568 1 0.273 1 0.70586 1 0.02319 1 0.15475 1 10q gain 12 (5%) 245 0.4729 1 0.04829 1 0.30052 1 0.52306 1 0.36015 1 0.20188 1 0.03957 1 0.31322 1 11p gain 23 (9%) 234 0.17998 1 0.078019 1 0.03538 1 0.03176 1 0.57276 1 0.14355 1 0.10691 1 0.50077 1 11q gain 22 (9%) 235 0.02411 1 0.26358 1 0.070779 1 0.093019 1 1 1 0.41979 1 0.31228 1 0.74761 1 12p gain 43 (17%) 214 0.12629 1 0.03648 1 0.00021 0.123 0.00075999 0.421 0.17011 1 0.072729 1 0.04067 1 0.00052999 0.299 12q gain 34 (13%) 223 0.1675 1 0.059919 1 0.01353 1 0.061869 1 0.055909 1 0.077859 1 0.061809 1 0.01313 1 13q gain 15 (6%) 242 0.22004 1 0.27541 1 0.29642 1 0.29327 1 0.55087 1 0.76823 1 0.6164 1 0.29674 1 14q gain 57 (22%) 200 0.16396 1 0.11412 1 0.01094 1 0.050049 1 0.57707 1 0.73834 1 0.33189 1 0.67906 1 15q gain 63 (25%) 194 6.9999e-05 0.0421 0.04592 1 0.04233 1 0.14661 1 0.13488 1 0.1924 1 0.01486 1 0.02915 1 16p gain 40 (16%) 217 0.00209 1 0.18443 1 0.4924 1 0.30597 1 0.87699 1 0.26563 1 0.89148 1 0.43868 1 16q gain 21 (8%) 236 0.33102 1 0.21589 1 0.085679 1 0.11733 1 0.79311 1 1 1 0.77732 1 0.060959 1 17p gain 61 (24%) 196 0.00021 0.123 0.01343 1 0.01405 1 0.0086599 1 0.11026 1 0.0085399 1 0.060379 1 0.052259 1 17q gain 57 (22%) 200 3e-05 0.0183 0.03026 1 0.01329 1 0.00271 1 0.04212 1 0.02022 1 0.00374 1 0.02209 1 18p gain 53 (21%) 204 0.00069999 0.389 0.073679 1 0.24924 1 0.39646 1 0.58542 1 0.21329 1 0.64016 1 0.26287 1 18q gain 36 (14%) 221 0.03119 1 0.050469 1 0.16017 1 0.24498 1 0.6099 1 0.17624 1 0.25416 1 0.98874 1 19p gain 87 (34%) 170 9.9999e-06 0.0064 0.03688 1 0.050659 1 0.0079599 1 0.5649 1 0.22303 1 0.90852 1 0.083429 1 19q gain 65 (25%) 192 9.9999e-06 0.0064 0.00016 0.0942 0.00063999 0.357 9.9999e-06 0.0064 0.64968 1 0.11231 1 0.87404 1 0.01742 1 20p gain 62 (24%) 195 0.00090999 0.502 0.090799 1 0.42796 1 0.04893 1 0.82557 1 0.10996 1 0.44955 1 0.49358 1 20q gain 83 (32%) 174 0.00012 0.0715 0.00118 0.641 0.00031 0.179 0.01652 1 0.39732 1 0.0057299 1 0.088629 1 0.03112 1 21q gain 58 (23%) 199 9.9999e-06 0.0064 0.03158 1 0.49417 1 0.494 1 0.98042 1 0.79185 1 0.35264 1 0.55397 1 22q gain 60 (23%) 197 0.43316 1 0.00437 1 0.00033 0.19 0.01352 1 0.57069 1 0.082449 1 0.1834 1 0.083109 1 xq gain 34 (13%) 223 0.59124 1 0.04327 1 0.1666 1 0.25587 1 0.13051 1 0.56717 1 0.19719 1 0.31885 1 1p loss 32 (12%) 225 0.17428 1 0.077679 1 0.67542 1 0.30397 1 1 1 0.52377 1 0.41017 1 0.68817 1 1q loss 40 (16%) 217 0.14957 1 0.0070399 1 0.090449 1 0.13798 1 0.04641 1 0.01817 1 0.073959 1 0.057239 1 2p loss 88 (34%) 169 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-06 0.0064 5e-05 0.0302 0.00015 0.0888 0.00443 1 3e-05 0.0183 0.00048 0.273 0.00058999 0.332 2q loss 71 (28%) 186 9.9999e-06 0.0064 0.083319 1 0.2768 1 0.19892 1 0.82352 1 0.01601 1 0.63852 1 0.55864 1 3p loss 56 (22%) 201 0.03394 1 4e-05 0.0243 0.00012 0.0715 0.00034 0.195 0.00111 0.606 0.01476 1 0.00091999 0.506 0.00044 0.251 3q loss 49 (19%) 208 0.059539 1 0.0063899 1 0.03521 1 0.068529 1 0.0366 1 0.068489 1 0.01126 1 0.0476 1 4p loss 42 (16%) 215 0.02173 1 0.83015 1 0.97265 1 0.98832 1 0.27466 1 0.76831 1 0.90506 1 0.41593 1 4q loss 51 (20%) 206 0.01025 1 0.13128 1 0.93131 1 0.93872 1 0.78282 1 0.83498 1 0.8989 1 0.61193 1 5p loss 22 (9%) 235 0.27894 1 0.02099 1 0.075239 1 0.04217 1 0.35483 1 0.60431 1 0.1618 1 0.23567 1 5q loss 35 (14%) 222 0.03398 1 0.10446 1 0.1172 1 0.068229 1 0.97095 1 0.0444 1 0.39846 1 0.33004 1 6p loss 60 (23%) 197 0.00058999 0.332 0.064659 1 0.13401 1 0.28503 1 0.2334 1 0.59731 1 0.39462 1 0.13824 1 6q loss 53 (21%) 204 0.00151 0.812 0.0106 1 0.080509 1 0.090309 1 0.56056 1 0.528 1 0.65649 1 0.63115 1 7p loss 32 (12%) 225 0.0263 1 0.01091 1 0.051059 1 0.04639 1 0.184 1 0.35416 1 0.25854 1 0.02624 1 7q loss 34 (13%) 223 0.00061999 0.347 0.19607 1 0.32595 1 0.053799 1 0.35418 1 0.38525 1 0.29517 1 0.46738 1 8p loss 62 (24%) 195 0.01297 1 0.00164 0.876 0.33649 1 0.088799 1 0.26696 1 0.086009 1 0.19506 1 0.1148 1 8q loss 46 (18%) 211 0.00286 1 5e-04 0.283 0.03207 1 0.0446 1 0.4333 1 0.0076399 1 0.85123 1 0.13569 1 9p loss 83 (32%) 174 0.31437 1 0.20746 1 0.1555 1 0.070649 1 0.50503 1 0.61417 1 0.16504 1 0.23632 1 9q loss 51 (20%) 206 0.18798 1 0.25878 1 0.23235 1 0.083359 1 0.78119 1 0.95763 1 0.7282 1 0.45089 1 10p loss 120 (47%) 137 9.9999e-06 0.0064 0.0070599 1 0.1288 1 0.01619 1 0.11777 1 0.03236 1 0.13432 1 0.76182 1 10q loss 131 (51%) 126 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-06 0.0064 9.9999e-06 0.0064 4e-05 0.0243 0.00018 0.106 11p loss 94 (37%) 163 9.9999e-06 0.0064 0.00037 0.212 0.2128 1 0.25418 1 0.57716 1 0.47981 1 0.69189 1 0.14449 1 11q loss 91 (35%) 166 9.9999e-06 0.0064 0.00032 0.185 0.12902 1 0.065019 1 0.53532 1 0.83273 1 0.94692 1 0.0071999 1 12p loss 65 (25%) 192 9.9999e-06 0.0064 0.0072999 1 0.086679 1 0.0064699 1 1 1 0.76139 1 0.91303 1 0.41331 1 12q loss 54 (21%) 203 0.00477 1 0.04662 1 0.25154 1 0.04929 1 0.77581 1 0.65408 1 0.55555 1 0.51009 1 13q loss 132 (51%) 125 9.9999e-06 0.0064 0.0064299 1 0.00012 0.0715 0.00232 1 0.32879 1 0.14189 1 0.16351 1 0.27912 1 14q loss 61 (24%) 196 2e-05 0.0123 0.0068899 1 0.42269 1 0.00177 0.94 0.63674 1 0.058269 1 0.44024 1 0.051309 1 15q loss 45 (18%) 212 0.01585 1 0.053949 1 0.1817 1 0.069889 1 0.063279 1 0.00425 1 0.02617 1 0.11091 1 16p loss 75 (29%) 182 0.00164 0.876 0.01649 1 0.075939 1 0.28368 1 0.16114 1 0.26934 1 0.12197 1 0.54253 1 16q loss 124 (48%) 133 9.9999e-06 0.0064 0.00015 0.0888 0.00128 0.694 0.0014 0.756 0.01537 1 0.00023 0.134 0.00015 0.0888 0.00045 0.256 17p loss 57 (22%) 200 0.02548 1 0.35235 1 0.11754 1 0.082419 1 0.23869 1 0.27192 1 0.2571 1 0.30902 1 17q loss 48 (19%) 209 0.01015 1 0.12023 1 0.46737 1 0.13105 1 0.4496 1 0.23891 1 0.40448 1 0.60559 1 18p loss 62 (24%) 195 0.00072999 0.405 0.22649 1 0.17987 1 0.68327 1 0.90793 1 0.14293 1 0.40793 1 0.38248 1 18q loss 72 (28%) 185 0.00055999 0.316 0.02572 1 0.00107 0.585 0.053119 1 0.43304 1 0.17648 1 0.16839 1 0.01101 1 19p loss 21 (8%) 236 0.00408 1 0.0057399 1 2e-04 0.117 0.02946 1 0.55968 1 0.81838 1 0.57322 1 0.03249 1 19q loss 38 (15%) 219 0.00145 0.782 0.03411 1 0.00111 0.606 0.38157 1 0.9459 1 0.73111 1 0.4542 1 0.16211 1 20p loss 55 (21%) 202 0.0056799 1 0.0018 0.954 0.00197 1 0.0345 1 0.67066 1 0.00377 1 0.054009 1 0.02376 1 20q loss 25 (10%) 232 0.40815 1 0.12463 1 0.14501 1 0.67379 1 0.45126 1 0.16957 1 0.097329 1 0.18068 1 21q loss 50 (19%) 207 0.04255 1 0.059199 1 0.0053499 1 0.22866 1 0.11432 1 0.42006 1 0.32911 1 0.15399 1 22q loss 66 (26%) 191 6.9999e-05 0.0421 0.11371 1 0.52406 1 0.0421 1 0.22279 1 0.59997 1 0.10002 1 0.29312 1 xq loss 95 (37%) 162 9.9999e-06 0.0064 2e-05 0.0123 4e-05 0.0243 0.00026 0.151 0.00064999 0.362 0.00132 0.714 0.12486 1 0.04485 1