Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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Citation Information
doi:10.7908/C1HH6J0S
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1HH6J0S
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 147 genes and 14 clinical features across 276 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • NF1 mutation correlated to 'AGE'.

  • DIRC2 mutation correlated to 'Time from Specimen Diagnosis to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 147 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
from
Specimen
Diagnosis
to
Death 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		MELANOMA
ULCERATION 		MELANOMA
PRIMARY
KNOWN 		BRESLOW
THICKNESS 		GENDER RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
NF1 38 (14%) 238 0.158
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1.92e-05
(0.0396) 		0.0751
(1.00) 		0.0426
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00)
DIRC2 4 (1%) 272 0.000112
(0.229) 		0.000683
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 86 (31%) 190 0.0709
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 47 (17%) 229 0.286
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 41 (15%) 235 0.437
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RPS27 23 (8%) 253 0.255
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.079
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.505
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MRPS31 19 (7%) 257 0.234
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.00147
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAC1 20 (7%) 256 0.969
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.0323
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 35 (13%) 241 0.215
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00)
C15ORF23 19 (7%) 257 0.794
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.96
(1.00) 		1
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 23 (8%) 253 0.974
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NOTCH2NL 15 (5%) 261 0.763
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP2K1 12 (4%) 264 0.24
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		0.993
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPP6C 20 (7%) 256 0.118
(1.00) 		0.00289
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.89
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IDH1 15 (5%) 261 0.465
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PDE1A 39 (14%) 237 0.814
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.04
(1.00) 		0.0998
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.00269
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HMGCR 11 (4%) 265 0.0487
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PHGDH 11 (4%) 265 0.734
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.0338
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC38A4 34 (12%) 242 0.577
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
CDK4 7 (3%) 269 0.00194
(1.00) 		0.00429
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		1
(1.00)
FAM58A 5 (2%) 271 0.344
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EMG1 8 (3%) 268 0.122
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.0179
(1.00) 		0.093
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.41
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RQCD1 9 (3%) 267 0.839
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.00089
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.0909
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HSD11B1 14 (5%) 262 0.146
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DMC1 12 (4%) 264 0.525
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.353
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRK 43 (16%) 233 0.57
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TAF1A 13 (5%) 263 0.393
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.973
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.0882
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OXA1L 8 (3%) 268 0.733
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COL3A1 56 (20%) 220 0.974
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.00339
(1.00) 		0.601
(1.00) 		1
(1.00)
TCHHL1 39 (14%) 237 0.0397
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.00822
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.0867
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IL5RA 17 (6%) 259 0.806
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.226
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF7 13 (5%) 263 0.235
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.0105
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KEL 36 (13%) 240 0.575
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.0977
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00)
C7ORF58 34 (12%) 242 0.606
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.0975
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF1 39 (14%) 237 0.797
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0195
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM216 8 (3%) 268 0.774
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00)
DOM3Z 7 (3%) 269 0.278
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BCLAF1 48 (17%) 228 0.574
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.0343
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFX 13 (5%) 263 0.695
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.0714
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.318
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00)
BRAF 139 (50%) 137 0.0378
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.00141
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.00105
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.013
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.621
(1.00)
SAG 11 (4%) 265 0.661
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00)
OR51S1 30 (11%) 246 0.226
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.623
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
USP17L2 22 (8%) 254 0.572
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LRPPRC 15 (5%) 261 0.882
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.974
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BTK 16 (6%) 260 0.0218
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.01
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSG3 47 (17%) 229 0.967
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.435
(1.00)
C1QTNF9 16 (6%) 260 0.394
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0765
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BLM 15 (5%) 261 0.412
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACSM2B 44 (16%) 232 0.704
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.000648
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PARM1 19 (7%) 257 0.119
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TP63 48 (17%) 228 0.642
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.0534
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.443
(1.00)
NGF 9 (3%) 267 0.635
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.927
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0964
(1.00)
ANO4 44 (16%) 232 0.421
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00)
PCDH18 50 (18%) 226 0.752
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.054
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00)
NMS 13 (5%) 263 0.299
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.41
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C12ORF43 5 (2%) 271 0.762
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
XIRP2 93 (34%) 183 0.984
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.0184
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00)
USH2A 91 (33%) 185 0.94
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.00943
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.0594
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00)
DDX3X 19 (7%) 257 0.514
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0485
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTPN22 24 (9%) 252 0.0437
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.065
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.00131
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.386
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C3ORF71 4 (1%) 272 0.89
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CEACAM6 15 (5%) 261 0.17
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0419
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MUC7 17 (6%) 259 0.522
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.000241
(0.494) 		0.116
(1.00) 		0.0275
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SELP 34 (12%) 242 0.504
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.00382
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.323
(1.00)
LIPH 15 (5%) 261 0.773
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.645
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.789
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MMP1 14 (5%) 262 0.566
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KLF11 9 (3%) 267 0.55
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.317
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
USP9X 15 (5%) 261 0.701
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTK7 17 (6%) 259 0.442
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00)
SLC14A1 18 (7%) 258 0.288
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PROX2 13 (5%) 263 0.283
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DNMBP 19 (7%) 257 0.511
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.0485
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MPP7 30 (11%) 246 0.99
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.0028
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IFNGR2 4 (1%) 272 0.767
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.374
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.302
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ASNSD1 7 (3%) 269 0.515
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.107
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RB1 9 (3%) 267 0.607
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.736
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCK 6 (2%) 270 0.157
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.695
(1.00) 		1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF780B 10 (4%) 266 0.315
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATP5F1 7 (3%) 269 0.784
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.816
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LOC728819 8 (3%) 268 0.37
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0067
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LACRT 9 (3%) 267 0.504
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.736
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RPGRIP1 25 (9%) 251 0.524
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0966
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(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0534
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
THEMIS 33 (12%) 243 0.304
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.0835
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRT 80 (29%) 196 0.0992
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00)
SELPLG 10 (4%) 266 0.86
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CSN3 4 (1%) 272 0.0616
(1.00) 		0.093
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC7A11 11 (4%) 265 0.302
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.0942
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SYNE1 73 (26%) 203 0.792
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.172
(1.00)
NFASC 22 (8%) 254 0.935
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00)
CCDC11 17 (6%) 259 0.904
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IL31RA 17 (6%) 259 0.236
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MLL 38 (14%) 238 0.411
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.0543
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00)
ADAM22 19 (7%) 257 0.687
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.00703
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00)
PLCXD2 9 (3%) 267 0.0698
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.0623
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.488
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EDN1 9 (3%) 267 0.828
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HTR7 9 (3%) 267 0.287
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.415
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(1.00) 		0.709
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.094
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TLR9 18 (7%) 258 0.165
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.483
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(1.00) 		0.48
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(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MYH1 67 (24%) 209 0.118
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.00589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00)
EPHA3 30 (11%) 246 0.334
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.691
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARL16 7 (3%) 269 0.456
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DDX17 11 (4%) 265 0.669
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.0999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		1
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAN1A1 14 (5%) 262 0.453
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.00678
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.0877
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ADAM30 28 (10%) 248 0.246
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		1
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.279
(1.00)
NBEAL1 30 (11%) 246 0.329
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.036
(1.00) 		0.0792
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(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
WDR65 21 (8%) 255 0.0242
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.434
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(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.701
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C6ORF165 19 (7%) 257 0.33
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00)
RNF133 8 (3%) 268 0.979
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GTPBP4 8 (3%) 268 0.279
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACSBG1 12 (4%) 264 0.289
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.0806
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TPTE 60 (22%) 216 0.465
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.373
(1.00) 		1
(1.00) 		0.521
(1.00)
CLCC1 13 (5%) 263 0.494
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.0966
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPAP2B 10 (4%) 266 0.526
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CD300E 10 (4%) 266 0.352
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.328
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(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ALDH5A1 10 (4%) 266 0.184
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.274
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SPRYD3 8 (3%) 268 0.505
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.649
(1.00) 		1
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP3K5 19 (7%) 257 0.303
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CASP8 9 (3%) 267 0.385
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0657
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.0993
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SNCAIP 48 (17%) 228 0.0944
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.146
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-DRA 12 (4%) 264 0.138
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.839
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.127
(1.00)
ACTC1 15 (5%) 261 0.99
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.683
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(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.054
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ELOVL3 5 (2%) 271 0.613
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.571
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
THSD7B 88 (32%) 188 0.313
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.0163
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0463
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.554
(1.00)
SLC27A5 8 (3%) 268 0.866
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.985
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PDE4DIP 44 (16%) 232 0.36
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.866
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KANK3 8 (3%) 268 0.693
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RUNX1T1 34 (12%) 242 0.64
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.152
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(1.00) 		0.594
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(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
WDR12 11 (4%) 265 0.676
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
POTEG 31 (11%) 245 0.458
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.328
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00)
ITPR2 16 (6%) 260 0.521
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.607
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CRNKL1 13 (5%) 263 0.396
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.73
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(1.00) 		0.373
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(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.0533
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSP 59 (21%) 217 0.359
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.177
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(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.962
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00)
SF3B1 13 (5%) 263 0.643
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.319
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CAGE1 11 (4%) 265 0.345
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.0413
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DDX43 11 (4%) 265 0.136
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0711
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.0278
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CYP3A7 25 (9%) 251 0.883
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		0.252
(1.00)
VGLL1 6 (2%) 270 0.584
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GML 10 (4%) 266 0.663
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0564
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GZMA 11 (4%) 265 0.265
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.968
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NPTX1 8 (3%) 268 0.321
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.113
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.602
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DACT1 13 (5%) 263 0.766
(1.00) 		0.456
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		0.294
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
STK19 13 (5%) 263 0.386
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.746
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
STK31 35 (13%) 241 0.132
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00)
ROS1 56 (20%) 220 0.569
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.0936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00)
KCNB2 58 (21%) 218 0.264
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.501
(1.00)
ART3 12 (4%) 264 0.888
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.127
(1.00)
CLDN4 11 (4%) 265 0.668
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.00467
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.539
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAG2 18 (7%) 258 0.853
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0693
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'NF1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 1.92e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.04

Table S1.  Gene #6: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 271 55.8 (15.7)
NF1 MUTATED 38 65.9 (12.9)
NF1 WILD-TYPE 233 54.2 (15.5)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #6: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'AGE'

'DIRC2 MUTATION STATUS' versus 'Time from Specimen Diagnosis to Death'

P value = 0.000112 (logrank test), Q value = 0.23

Table S2.  Gene #92: 'DIRC2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time from Specimen Diagnosis to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 266 140 0.1 - 125.7 (16.9)
DIRC2 MUTATED 4 3 1.0 - 8.5 (5.8)
DIRC2 WILD-TYPE 262 137 0.1 - 125.7 (17.6)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #92: 'DIRC2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time from Specimen Diagnosis to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = SKCM-TM.merged_data.txt

  • Number of patients = 276

  • Number of significantly mutated genes = 147

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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