Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Stomach Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C10C4TQQ
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C10C4TQQ
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 89 focal events and 12 clinical features across 395 patients, 6 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • amp_6p21.1 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • amp_17q12 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE' and 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'.

  • amp_20q13.2 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • del_5q12.1 cnv correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • del_18q12.2 cnv correlated to 'PATHOLOGY.T.STAGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 89 focal events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 6 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
amp 17q12 128 (32%) 267 0.22
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.00049
(0.52) 		0.0969
(1.00) 		0.00018
(0.191) 		1
(1.00) 		1e-05
(0.0107) 		0.419
(1.00) 		0.0897
(1.00)
amp 6p21 1 109 (28%) 286 0.68
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.00011
(0.117) 		0.353
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0956
(1.00)
amp 20q13 2 261 (66%) 134 0.469
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.00011
(0.117) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.751
(1.00)
del 5q12 1 147 (37%) 248 0.48
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.00013
(0.138) 		0.675
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.523
(1.00)
del 18q12 2 155 (39%) 240 0.912
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.563
(1.00) 		5e-05
(0.0533) 		0.673
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0262
(1.00)
amp 1p36 22 56 (14%) 339 0.8
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.00481
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.601
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.243
(1.00)
amp 1q21 3 144 (36%) 251 0.979
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.352
(1.00)
amp 1q42 3 133 (34%) 262 0.676
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.00774
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.643
(1.00)
amp 3q26 2 144 (36%) 251 0.841
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.663
(1.00) 		1
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.51
(1.00)
amp 5p15 33 116 (29%) 279 0.46
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.0223
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		1
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0583
(1.00)
amp 5p13 1 112 (28%) 283 0.494
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.169
(1.00)
amp 6q12 81 (21%) 314 0.264
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.00097
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.127
(1.00)
amp 6q21 73 (18%) 322 0.0526
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.165
(1.00)
amp 7p22 1 205 (52%) 190 0.93
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.0447
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.019
(1.00) 		1
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.375
(1.00)
amp 7p11 2 191 (48%) 204 0.17
(1.00) 		0.0749
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.0391
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.244
(1.00)
amp 7q21 2 180 (46%) 215 0.368
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.0483
(1.00) 		0.0688
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.455
(1.00)
amp 7q22 1 176 (45%) 219 0.345
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.00144
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.401
(1.00)
amp 8p23 1 160 (41%) 235 0.171
(1.00) 		0.0629
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.964
(1.00)
amp 8q24 21 273 (69%) 122 0.781
(1.00) 		0.00908
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0248
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.3
(1.00)
amp 9p24 1 57 (14%) 338 0.55
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.272
(1.00)
amp 9p13 2 75 (19%) 320 0.683
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		0.0853
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.714
(1.00)
amp 9q34 3 104 (26%) 291 0.55
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.794
(1.00)
amp 10p11 22 107 (27%) 288 0.977
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0345
(1.00)
amp 10q22 2 80 (20%) 315 0.819
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.0593
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.337
(1.00)
amp 10q26 13 79 (20%) 316 0.509
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.658
(1.00)
amp 11p13 77 (19%) 318 0.038
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0821
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.327
(1.00)
amp 11p11 2 80 (20%) 315 0.0631
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.0784
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0179
(1.00) 		0.378
(1.00)
amp 11q13 3 103 (26%) 292 0.568
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.127
(1.00)
amp 12p12 1 114 (29%) 281 0.602
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.032
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.781
(1.00)
amp 12q15 98 (25%) 297 0.342
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.14
(1.00)
amp 13q12 3 154 (39%) 241 0.384
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.274
(1.00)
amp 13q22 1 159 (40%) 236 0.207
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0449
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.647
(1.00)
amp 15q26 1 99 (25%) 296 0.995
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.119
(1.00)
amp 18q11 2 124 (31%) 271 0.0076
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.00955
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.93
(1.00)
amp 19p13 2 42 (11%) 353 0.243
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.814
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.186
(1.00)
amp 19q12 116 (29%) 279 0.966
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.0641
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.125
(1.00)
amp 19q13 32 96 (24%) 299 0.495
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0919
(1.00)
amp xq27 3 77 (19%) 318 0.917
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.534
(1.00)
del 1p36 11 116 (29%) 279 0.699
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.00603
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.343
(1.00)
del 1p13 2 82 (21%) 313 0.97
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.0745
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0721
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.394
(1.00)
del 1q44 28 (7%) 367 0.101
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.28
(1.00)
del 1q44 24 (6%) 371 0.462
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.766
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q32 1 57 (14%) 338 0.0411
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.811
(1.00)
del 2q33 3 46 (12%) 349 0.0854
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.0499
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.173
(1.00)
del 2q37 2 62 (16%) 333 0.348
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0461
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.817
(1.00)
del 3p26 1 121 (31%) 274 0.803
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.107
(1.00) 		1
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.492
(1.00)
del 3p14 2 136 (34%) 259 0.0457
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.192
(1.00)
del 3q26 31 41 (10%) 354 0.5
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.861
(1.00)
del 4p16 3 151 (38%) 244 0.788
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0461
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.528
(1.00)
del 4q22 1 173 (44%) 222 0.573
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.0696
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.211
(1.00)
del 4q34 3 173 (44%) 222 0.938
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.743
(1.00)
del 5q23 2 133 (34%) 262 0.917
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.00027
(0.287) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.501
(1.00)
del 6p25 3 101 (26%) 294 0.777
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.0697
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.0216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.972
(1.00)
del 6q14 1 76 (19%) 319 0.627
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.00578
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		0.614
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.884
(1.00)
del 6q24 3 67 (17%) 328 0.445
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.0342
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.276
(1.00)
del 6q26 89 (23%) 306 0.156
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.0825
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.807
(1.00)
del 7q31 1 61 (15%) 334 0.444
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.081
(1.00) 		0.0382
(1.00)
del 7q36 3 83 (21%) 312 0.629
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.00308
(1.00) 		0.861
(1.00)
del 8p23 3 106 (27%) 289 0.411
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.00483
(1.00) 		0.0911
(1.00)
del 9p23 165 (42%) 230 0.943
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.263
(1.00)
del 9p21 3 165 (42%) 230 0.828
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.0978
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.688
(1.00)
del 9q21 11 96 (24%) 299 0.696
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.668
(1.00)
del 10p12 31 57 (14%) 338 0.195
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.0453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.582
(1.00)
del 10q22 3 66 (17%) 329 0.245
(1.00) 		0.00897
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		1
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.912
(1.00)
del 10q23 31 97 (25%) 298 0.237
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.881
(1.00)
del 11p15 5 87 (22%) 308 0.659
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.00391
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		1
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.693
(1.00)
del 11q23 2 85 (22%) 310 0.0134
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.701
(1.00)
del 12p13 1 66 (17%) 329 0.0171
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0592
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.00106
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.536
(1.00)
del 12q12 51 (13%) 344 0.384
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.75
(1.00)
del 13q12 11 57 (14%) 338 0.0536
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.0118
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.204
(1.00) 		1
(1.00)
del 14q23 3 120 (30%) 275 0.759
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.0565
(1.00) 		0.0763
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0652
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.0682
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.823
(1.00)
del 14q32 32 119 (30%) 276 0.712
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.00993
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.849
(1.00)
del 15q11 2 108 (27%) 287 0.45
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.682
(1.00)
del 15q15 1 112 (28%) 283 0.453
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.807
(1.00)
del 16p13 3 85 (22%) 310 0.675
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0609
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0302
(1.00)
del 16q23 1 161 (41%) 234 0.495
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.0967
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.944
(1.00)
del 17p13 3 151 (38%) 244 0.875
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.00656
(1.00) 		0.0323
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.622
(1.00)
del 17p12 157 (40%) 238 0.629
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.00143
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.569
(1.00)
del 17q24 3 70 (18%) 325 0.367
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.258
(1.00)
del 18q21 2 177 (45%) 218 0.804
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.00074
(0.784) 		0.552
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.0315
(1.00)
del 19p13 3 137 (35%) 258 0.225
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0457
(1.00)
del 19q13 11 64 (16%) 331 0.827
(1.00) 		0.084
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.0175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.569
(1.00)
del 20p12 1 34 (9%) 361 0.0162
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.0867
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.739
(1.00)
del 21q11 2 158 (40%) 237 0.816
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.924
(1.00)
del 21q22 3 163 (41%) 232 0.392
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.0998
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.908
(1.00)
del 22q13 31 141 (36%) 254 0.204
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.519
(1.00)
del xp22 2 77 (19%) 318 0.429
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0715
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.722
(1.00)
del xp21 1 62 (16%) 333 0.499
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.546
(1.00)
del xq21 33 48 (12%) 347 0.333
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.721
(1.00) 		1
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.931
(1.00)
'amp_6p21.1' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 0.00011 (Fisher's exact test), Q value = 0.12

Table S1.  Gene #7: 'amp_6p21.1' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients STOMACH ADENOCARCINOMA DIFFUSE TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA TUBULAR TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  MUCINOUS TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  PAPILLARY TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA SIGNET RING TYPE
ALL 65 157 69 64 21 8 9
AMP PEAK 7(6P21.1) MUTATED 4 50 24 24 3 2 2
AMP PEAK 7(6P21.1) WILD-TYPE 61 107 45 40 18 6 7

Figure S1.  Get High-res Image Gene #7: 'amp_6p21.1' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'amp_17q12' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 0.00018 (Fisher's exact test), Q value = 0.19

Table S2.  Gene #30: 'amp_17q12' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients STOMACH ADENOCARCINOMA DIFFUSE TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA TUBULAR TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  MUCINOUS TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  PAPILLARY TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA SIGNET RING TYPE
ALL 65 157 69 64 21 8 9
AMP PEAK 30(17Q12) MUTATED 9 45 29 28 6 4 6
AMP PEAK 30(17Q12) WILD-TYPE 56 112 40 36 15 4 3

Figure S2.  Get High-res Image Gene #30: 'amp_17q12' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'amp_17q12' versus 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.011

Table S3.  Gene #30: 'amp_17q12' versus Clinical Feature #10: 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'

nPatients R0 R1 R2 RX
ALL 318 16 18 25
AMP PEAK 30(17Q12) MUTATED 108 0 12 3
AMP PEAK 30(17Q12) WILD-TYPE 210 16 6 22

Figure S3.  Get High-res Image Gene #30: 'amp_17q12' versus Clinical Feature #10: 'COMPLETENESS.OF.RESECTION'

'amp_20q13.2' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 0.00011 (Fisher's exact test), Q value = 0.12

Table S4.  Gene #35: 'amp_20q13.2' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients STOMACH ADENOCARCINOMA DIFFUSE TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA TUBULAR TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  MUCINOUS TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  PAPILLARY TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA SIGNET RING TYPE
ALL 65 157 69 64 21 8 9
AMP PEAK 35(20Q13.2) MUTATED 29 98 55 51 13 6 7
AMP PEAK 35(20Q13.2) WILD-TYPE 36 59 14 13 8 2 2

Figure S4.  Get High-res Image Gene #35: 'amp_20q13.2' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'del_5q12.1' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 0.00013 (Fisher's exact test), Q value = 0.14

Table S5.  Gene #50: 'del_5q12.1' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients STOMACH ADENOCARCINOMA DIFFUSE TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA TUBULAR TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  MUCINOUS TYPE STOMACH INTESTINAL ADENOCARCINOMA  PAPILLARY TYPE STOMACH ADENOCARCINOMA SIGNET RING TYPE
ALL 65 157 69 64 21 8 9
DEL PEAK 14(5Q12.1) MUTATED 10 56 26 36 10 4 4
DEL PEAK 14(5Q12.1) WILD-TYPE 55 101 43 28 11 4 5

Figure S5.  Get High-res Image Gene #50: 'del_5q12.1' versus Clinical Feature #8: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'del_18q12.2' versus 'PATHOLOGY.T.STAGE'

P value = 5e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.053

Table S6.  Gene #79: 'del_18q12.2' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

nPatients T1 T2 T3 T4
ALL 21 87 173 104
DEL PEAK 43(18Q12.2) MUTATED 6 35 87 24
DEL PEAK 43(18Q12.2) WILD-TYPE 15 52 86 80

Figure S6.  Get High-res Image Gene #79: 'del_18q12.2' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = STAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 395

  • Number of significantly focal cnvs = 89

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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