This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.
Testing the association between copy number variation 98 focal events and 17 clinical features across 495 patients, 12 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
amp_1q31.2 cnv correlated to 'AGE', 'NEOPLASM.DISEASESTAGE', 'PATHOLOGY.T.STAGE', and 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'.
-
amp_1q43 cnv correlated to 'AGE', 'NEOPLASM.DISEASESTAGE', 'PATHOLOGY.T.STAGE', and 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'.
-
amp_5p14.3 cnv correlated to 'AGE'.
-
amp_6p22.3 cnv correlated to 'Time to Death'.
-
amp_6p22.2 cnv correlated to 'Time to Death'.
-
amp_6p12.2 cnv correlated to 'Time to Death'.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
HISTOLOGICAL TYPE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
RADIATIONEXPOSURE |
EXTRATHYROIDAL EXTENSION |
COMPLETENESS OF RESECTION |
NUMBER OF LYMPH NODES |
MULTIFOCALITY |
TUMOR SIZE |
RACE | ETHNICITY | ||
nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
amp 1q31 2 | 28 (6%) | 467 |
0.187 (1.00) |
0.000103 (0.167) |
1e-05 (0.0164) |
0.0001 (0.163) |
0.00108 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.00687 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
6e-05 (0.0981) |
0.0339 (1.00) |
0.0314 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.00783 (1.00) |
0.011 (1.00) |
0.0259 (1.00) |
amp 1q43 | 28 (6%) | 467 |
0.0598 (1.00) |
5.71e-06 (0.00938) |
2e-05 (0.0328) |
2e-05 (0.0328) |
0.00276 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.00707 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
5e-05 (0.0818) |
0.0337 (1.00) |
0.0528 (1.00) |
0.0773 (1.00) |
0.0132 (1.00) |
0.0108 (1.00) |
0.0846 (1.00) |
amp 5p14 3 | 22 (4%) | 473 |
0.0962 (1.00) |
6.81e-05 (0.111) |
0.0029 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.00504 (1.00) |
1 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.475 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0586 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.0623 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.0348 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.637 (1.00) |
amp 6p22 3 | 3 (1%) | 492 |
2.42e-05 (0.0397) |
0.27 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
0.248 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.472 (1.00) |
1 (1.00) |
||
amp 6p22 2 | 4 (1%) | 491 |
8.73e-07 (0.00143) |
0.00429 (1.00) |
0.0393 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.623 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
0.639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.297 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 6p12 2 | 3 (1%) | 492 |
0.000151 (0.246) |
0.232 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.809 (1.00) |
1 (1.00) |
0.605 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.607 (1.00) |
1 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.529 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 1p36 32 | 5 (1%) | 490 |
0.803 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.689 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0929 (1.00) |
1 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.847 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0807 (1.00) |
0.00725 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 1p32 3 | 5 (1%) | 490 |
0.897 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.0283 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.0741 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00829 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.24 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 1p31 1 | 5 (1%) | 490 |
0.905 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.0475 (1.00) |
1 (1.00) |
0.148 (1.00) |
1 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.404 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 2p16 1 | 3 (1%) | 492 |
0.671 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.48 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.0827 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.235 (1.00) |
1 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
|
amp 2q37 2 | 3 (1%) | 492 |
0.885 (1.00) |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
0.143 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||||
amp 3p22 3 | 4 (1%) | 491 |
0.0113 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.0106 (1.00) |
0.121 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00733 (1.00) |
1 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.0501 (1.00) |
0.0877 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.546 (1.00) |
1 (1.00) |
|
amp 3p14 1 | 5 (1%) | 490 |
0.0157 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.0746 (1.00) |
0.248 (1.00) |
1 (1.00) |
0.102 (1.00) |
1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
1 (1.00) |
0.182 (1.00) |
1 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.471 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 4p16 1 | 7 (1%) | 488 |
0.0249 (1.00) |
0.0424 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.0149 (1.00) |
0.0939 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.573 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 4q22 1 | 7 (1%) | 488 |
0.0408 (1.00) |
0.039 (1.00) |
0.0461 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.095 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.0359 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.767 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 4q28 2 | 6 (1%) | 489 |
0.0217 (1.00) |
0.0554 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.0302 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.027 (1.00) |
0.0999 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.573 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 4q31 21 | 10 (2%) | 485 |
0.377 (1.00) |
0.0529 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.264 (1.00) |
1 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.251 (1.00) |
1 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.00844 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.0373 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 4q32 3 | 7 (1%) | 488 |
0.212 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.0149 (1.00) |
0.0932 (1.00) |
1 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.05 (1.00) |
0.00867 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.268 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 5q21 1 | 22 (4%) | 473 |
0.102 (1.00) |
0.0283 (1.00) |
0.00688 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00643 (1.00) |
0.0187 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.475 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0556 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.00197 (1.00) |
1 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.293 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 5q21 1 | 19 (4%) | 476 |
0.0862 (1.00) |
0.00261 (1.00) |
0.00053 (0.86) |
0.563 (1.00) |
0.000814 (1.00) |
0.00837 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.426 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0396 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.00031 (0.505) |
0.816 (1.00) |
0.0265 (1.00) |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 5q33 1 | 20 (4%) | 475 |
0.0288 (1.00) |
0.0172 (1.00) |
0.00204 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.00648 (1.00) |
0.00068 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.0579 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0354 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.0013 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.161 (1.00) |
1 (1.00) |
0.617 (1.00) |
amp 5q35 2 | 19 (4%) | 476 |
0.0689 (1.00) |
0.0038 (1.00) |
0.00281 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.00648 (1.00) |
0.00017 (0.277) |
0.296 (1.00) |
0.011 (1.00) |
0.0965 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0286 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.00128 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0171 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.611 (1.00) |
amp 6p21 31 | 3 (1%) | 492 |
0.00182 (1.00) |
0.0454 (1.00) |
0.0116 (1.00) |
0.144 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0539 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.504 (1.00) |
1 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
|
amp 6p21 2 | 4 (1%) | 491 |
0.0498 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.662 (1.00) |
1 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.339 (1.00) |
amp 6q12 | 3 (1%) | 492 |
0.878 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.605 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
amp 6q27 | 4 (1%) | 491 |
0.576 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.0896 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.0875 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.143 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 7q11 21 | 19 (4%) | 476 |
0.344 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.0111 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.00157 (1.00) |
0.0257 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0365 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00751 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.00031 (0.505) |
1 (1.00) |
0.57 (1.00) |
1 (1.00) |
0.611 (1.00) |
amp 7q21 11 | 20 (4%) | 475 |
0.407 (1.00) |
0.0119 (1.00) |
0.0125 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.00648 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0149 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0174 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.000179 (0.291) |
0.651 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.617 (1.00) |
amp 7q31 1 | 21 (4%) | 474 |
0.365 (1.00) |
0.0916 (1.00) |
0.0168 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0322 (1.00) |
0.0111 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0058 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0179 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.00256 (1.00) |
1 (1.00) |
0.918 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 7q34 | 21 (4%) | 474 |
0.405 (1.00) |
0.0744 (1.00) |
0.0167 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00648 (1.00) |
0.0312 (1.00) |
0.614 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.019 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.00124 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.429 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 9q22 31 | 6 (1%) | 489 |
0.705 (1.00) |
0.082 (1.00) |
0.097 (1.00) |
0.307 (1.00) |
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0.474 (1.00) |
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0.105 (1.00) |
1 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.0999 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 9q31 1 | 6 (1%) | 489 |
0.108 (1.00) |
0.0448 (1.00) |
0.0974 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.247 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0104 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 9q34 3 | 7 (1%) | 488 |
0.595 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.0274 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
0.243 (1.00) |
1 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.00869 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 10q24 2 | 3 (1%) | 492 |
0.765 (1.00) |
0.00911 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.234 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
amp 10q25 1 | 4 (1%) | 491 |
0.754 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
0.119 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0491 (1.00) |
0.316 (1.00) |
1 (1.00) |
0.296 (1.00) |
1 (1.00) |
|
amp 11p13 | 8 (2%) | 487 |
0.565 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.513 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.0782 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.163 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 12p11 1 | 16 (3%) | 479 |
0.44 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.929 (1.00) |
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0.00158 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.00149 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.00163 (1.00) |
1 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.798 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 12q21 31 | 17 (3%) | 478 |
0.477 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.0665 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.000419 (0.682) |
0.0051 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.0164 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.00054 (0.875) |
0.806 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.554 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 12q23 1 | 17 (3%) | 478 |
0.519 (1.00) |
0.0756 (1.00) |
0.0517 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.00571 (1.00) |
0.00563 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.0175 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.00478 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.554 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 13q14 2 | 6 (1%) | 489 |
0.733 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
0.247 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.473 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 13q34 | 7 (1%) | 488 |
0.697 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.165 (1.00) |
1 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.739 (1.00) |
1 (1.00) |
0.012 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0914 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.634 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 14q12 | 13 (3%) | 482 |
0.478 (1.00) |
0.0322 (1.00) |
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0.165 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.561 (1.00) |
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0.276 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.347 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 14q32 31 | 13 (3%) | 482 |
0.547 (1.00) |
0.0401 (1.00) |
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0.312 (1.00) |
0.0201 (1.00) |
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0.529 (1.00) |
0.024 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.0221 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.755 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 18q12 1 | 7 (1%) | 488 |
0.629 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 18q22 1 | 7 (1%) | 488 |
0.622 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.341 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
0.77 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 18q22 3 | 8 (2%) | 487 |
0.608 (1.00) |
0.987 (1.00) |
1 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.0149 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
0.517 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.757 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 19p13 3 | 8 (2%) | 487 |
0.724 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.122 (1.00) |
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0.442 (1.00) |
0.00855 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.0917 (1.00) |
0.231 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 20p13 | 14 (3%) | 481 |
0.368 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.0154 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.00504 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.0153 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0359 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.00284 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0374 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.463 (1.00) |
amp 20q13 11 | 14 (3%) | 481 |
0.368 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.0258 (1.00) |
0.467 (1.00) |
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0.768 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0115 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.125 (1.00) |
1 (1.00) |
0.143 (1.00) |
amp 20q13 2 | 14 (3%) | 481 |
0.324 (1.00) |
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1 (1.00) |
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1 (1.00) |
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amp 20q13 2 | 13 (3%) | 482 |
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1 (1.00) |
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0.465 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 21q21 3 | 6 (1%) | 489 |
0.629 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
0.033 (1.00) |
0.124 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp 22q11 21 | 7 (1%) | 488 |
0.876 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.388 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0129 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.404 (1.00) |
amp xp22 12 | 10 (2%) | 485 |
0.0691 (1.00) |
0.0113 (1.00) |
0.00294 (1.00) |
0.302 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.459 (1.00) |
1 (1.00) |
0.304 (1.00) |
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1 (1.00) |
amp xp11 4 | 9 (2%) | 486 |
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1 (1.00) |
amp xp11 22 | 8 (2%) | 487 |
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amp xp11 22 | 8 (2%) | 487 |
0.064 (1.00) |
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0.688 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp xp11 21 | 9 (2%) | 486 |
0.293 (1.00) |
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0.0313 (1.00) |
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1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0309 (1.00) |
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1 (1.00) |
0.202 (1.00) |
1 (1.00) |
0.404 (1.00) |
amp xq21 2 | 8 (2%) | 487 |
0.0737 (1.00) |
0.0959 (1.00) |
0.0318 (1.00) |
0.552 (1.00) |
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0.245 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0209 (1.00) |
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0.183 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp xq22 3 | 15 (3%) | 480 |
0.11 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.564 (1.00) |
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0.527 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0125 (1.00) |
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0.354 (1.00) |
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0.756 (1.00) |
0.775 (1.00) |
1 (1.00) |
amp xq23 | 9 (2%) | 486 |
0.0839 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.333 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0234 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp xq24 | 9 (2%) | 486 |
0.135 (1.00) |
0.0681 (1.00) |
0.0308 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.0247 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0315 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.269 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp xq24 | 9 (2%) | 486 |
0.0791 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.0492 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.333 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0304 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.824 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
amp xq28 | 10 (2%) | 485 |
0.244 (1.00) |
0.0182 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.0129 (1.00) |
0.0695 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.251 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00924 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.387 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 1q24 2 | 3 (1%) | 492 |
0.616 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.229 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.608 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.116 (1.00) |
1 (1.00) |
||
del 1q42 13 | 5 (1%) | 490 |
0.513 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.688 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.42 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0416 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0494 (1.00) |
del 2p23 1 | 12 (2%) | 483 |
0.703 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.0533 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.0201 (1.00) |
0.0236 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.0038 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0801 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.00849 (1.00) |
1 (1.00) |
0.942 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 2q22 1 | 10 (2%) | 485 |
0.588 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.0284 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.0149 (1.00) |
0.0131 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.00511 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.00496 (1.00) |
1 (1.00) |
0.355 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 2q37 3 | 13 (3%) | 482 |
0.235 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.0148 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
0.0522 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.0481 (1.00) |
1 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.0118 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.0532 (1.00) |
0.756 (1.00) |
1 (1.00) |
del 4q34 3 | 5 (1%) | 490 |
0.528 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.245 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.134 (1.00) |
1 (1.00) |
0.126 (1.00) |
1 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.0527 (1.00) |
0.573 (1.00) |
1 (1.00) |
del 5p15 2 | 4 (1%) | 491 |
0.897 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.028 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.339 (1.00) |
del 6q22 31 | 7 (1%) | 488 |
0.00549 (1.00) |
0.0767 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.00937 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.00901 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 7q34 | 4 (1%) | 491 |
0.755 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.623 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.12 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.64 (1.00) |
1 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 8p23 2 | 4 (1%) | 491 |
0.876 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.172 (1.00) |
1 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
0.455 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
|
del 8p22 | 4 (1%) | 491 |
0.876 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.174 (1.00) |
1 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
0.457 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.638 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
|
del 8p12 | 4 (1%) | 491 |
0.876 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.175 (1.00) |
1 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
0.456 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
|
del 8q24 22 | 7 (1%) | 488 |
0.847 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.0611 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.0159 (1.00) |
0.13 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.027 (1.00) |
1 (1.00) |
0.272 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 9p21 3 | 20 (4%) | 475 |
0.0267 (1.00) |
0.00831 (1.00) |
0.00034 (0.553) |
0.153 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.678 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0679 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.38 (1.00) |
del 9q22 33 | 25 (5%) | 470 |
0.0364 (1.00) |
0.0033 (1.00) |
0.00045 (0.731) |
0.226 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.0288 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.521 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0828 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.0196 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 10p12 31 | 7 (1%) | 488 |
0.659 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.0302 (1.00) |
0.0956 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.815 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
0.027 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.0809 (1.00) |
0.725 (1.00) |
1 (1.00) |
del 10q21 2 | 12 (2%) | 483 |
0.525 (1.00) |
0.998 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.294 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.0354 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.611 (1.00) |
del 10q23 31 | 12 (2%) | 483 |
0.521 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.0522 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.0201 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.336 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.0341 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00229 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
del 11p15 1 | 7 (1%) | 488 |
0.00076 (1.00) |
0.00061 (0.989) |
0.00563 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.0947 (1.00) |
0.0159 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.00754 (1.00) |
0.465 (1.00) |
1 (1.00) |
del 13q12 13 | 18 (4%) | 477 |
0.595 (1.00) |
0.00586 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.00282 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.611 (1.00) |
del 13q22 1 | 19 (4%) | 476 |
0.618 (1.00) |
0.076 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.0191 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.0965 (1.00) |
0.00282 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.0124 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.378 (1.00) |
del 15q25 3 | 9 (2%) | 486 |
0.57 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.0679 (1.00) |
0.0326 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.0863 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0901 (1.00) |
1 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.404 (1.00) |
del 16q23 3 | 6 (1%) | 489 |
0.073 (1.00) |
0.0464 (1.00) |
0.00215 (1.00) |
0.0124 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.138 (1.00) |
1 (1.00) |
0.164 (1.00) |
1 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.0577 (1.00) |
0.0728 (1.00) |
0.91 (1.00) |
1 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
del 17p13 1 | 7 (1%) | 488 |
0.589 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0144 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0423 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
del 18q12 3 | 4 (1%) | 491 |
0.765 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.338 (1.00) |
1 (1.00) |
0.373 (1.00) |
1 (1.00) |
0.455 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.641 (1.00) |
1 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.187 (1.00) |
|
del 19p13 2 | 7 (1%) | 488 |
0.12 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.926 (1.00) |
1 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.388 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.027 (1.00) |
1 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.00272 (1.00) |
0.757 (1.00) |
1 (1.00) |
|
del 19p13 12 | 8 (2%) | 487 |
0.114 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.442 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.027 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.286 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00774 (1.00) |
0.132 (1.00) |
1 (1.00) |
|
del 21q21 1 | 9 (2%) | 486 |
0.843 (1.00) |
0.097 (1.00) |
0.00722 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
del 22q12 3 | 88 (18%) | 407 |
0.525 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.529 (1.00) |
1 (1.00) |
del 22q13 1 | 87 (18%) | 408 |
0.529 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.526 (1.00) |
1 (1.00) |
del 22q13 2 | 87 (18%) | 408 |
0.529 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.528 (1.00) |
1 (1.00) |
del 22q13 32 | 88 (18%) | 407 |
0.527 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
del xq23 | 4 (1%) | 491 |
0.76 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.0011 (1.00) |
0.0589 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
|
del xq22 3 | 4 (1%) | 491 |
0.76 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.00114 (1.00) |
0.0586 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.0587 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.0482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
P value = 0.000103 (Wilcoxon-test), Q value = 0.17
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 495 | 47.1 (15.6) |
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED | 28 | 59.4 (17.4) |
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE | 467 | 46.4 (15.2) |
P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.016
nPatients | STAGE I | STAGE II | STAGE III | STAGE IV | STAGE IVA | STAGE IVC |
---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 280 | 51 | 109 | 2 | 45 | 6 |
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED | 7 | 0 | 12 | 1 | 8 | 0 |
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE | 273 | 51 | 97 | 1 | 37 | 6 |
P value = 1e-04 (Fisher's exact test), Q value = 0.16
nPatients | T1 | T2 | T3 | T4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 140 | 166 | 165 | 21 |
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED | 2 | 4 | 18 | 4 |
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE | 138 | 162 | 147 | 17 |
P value = 6e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.098
nPatients | MINIMAL (T3) | MODERATE/ADVANCED (T4A) | NONE | VERY ADVANCED (T4B) |
---|---|---|---|---|
ALL | 130 | 16 | 328 | 1 |
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED | 14 | 3 | 10 | 1 |
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE | 116 | 13 | 318 | 0 |
P value = 5.71e-06 (Wilcoxon-test), Q value = 0.0094
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 495 | 47.1 (15.6) |
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED | 28 | 61.2 (15.6) |
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE | 467 | 46.2 (15.3) |
P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.033
nPatients | STAGE I | STAGE II | STAGE III | STAGE IV | STAGE IVA | STAGE IVC |
---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 280 | 51 | 109 | 2 | 45 | 6 |
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED | 6 | 0 | 12 | 1 | 8 | 1 |
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE | 274 | 51 | 97 | 1 | 37 | 5 |
P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.033
nPatients | T1 | T2 | T3 | T4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 140 | 166 | 165 | 21 |
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED | 2 | 3 | 18 | 5 |
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE | 138 | 163 | 147 | 16 |
P value = 5e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.082
nPatients | MINIMAL (T3) | MODERATE/ADVANCED (T4A) | NONE | VERY ADVANCED (T4B) |
---|---|---|---|---|
ALL | 130 | 16 | 328 | 1 |
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED | 14 | 3 | 10 | 1 |
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE | 116 | 13 | 318 | 0 |
P value = 6.81e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.11
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 495 | 47.1 (15.6) |
AMP PEAK 17(5P14.3) MUTATED | 22 | 61.2 (15.4) |
AMP PEAK 17(5P14.3) WILD-TYPE | 473 | 46.4 (15.4) |
P value = 2.42e-05 (logrank test), Q value = 0.04
nPatients | nDeath | Duration Range (Median), Month | |
---|---|---|---|
ALL | 491 | 14 | 0.0 - 158.8 (16.6) |
AMP PEAK 22(6P22.3) MUTATED | 3 | 1 | 8.1 - 33.6 (13.6) |
AMP PEAK 22(6P22.3) WILD-TYPE | 488 | 13 | 0.0 - 158.8 (16.6) |
P value = 8.73e-07 (logrank test), Q value = 0.0014
nPatients | nDeath | Duration Range (Median), Month | |
---|---|---|---|
ALL | 491 | 14 | 0.0 - 158.8 (16.6) |
AMP PEAK 23(6P22.2) MUTATED | 4 | 2 | 8.1 - 57.0 (25.5) |
AMP PEAK 23(6P22.2) WILD-TYPE | 487 | 12 | 0.0 - 158.8 (16.6) |
P value = 0.000151 (logrank test), Q value = 0.25
nPatients | nDeath | Duration Range (Median), Month | |
---|---|---|---|
ALL | 491 | 14 | 0.0 - 158.8 (16.6) |
AMP PEAK 26(6P12.2) MUTATED | 3 | 1 | 8.1 - 33.6 (29.7) |
AMP PEAK 26(6P12.2) WILD-TYPE | 488 | 13 | 0.0 - 158.8 (16.6) |
-
Copy number data file = transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = THCA-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 495
-
Number of significantly focal cnvs = 98
-
Number of selected clinical features = 17
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.