Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p36.32 5 (1%) 496 0.00133 0.952 0.84064 1 NA NA NA NA 0.44645 1 0.03836 1 0.6309 1 0.54189 1 0.27533 1 0.83415 1 amp_1p32.3 5 (1%) 496 0.14064 1 0.54896 1 NA NA NA NA 0.54909 1 0.69563 1 0.2832 1 0.15586 1 0.55373 1 0.19774 1 amp_1p31.1 5 (1%) 496 0.096029 1 0.5529 1 NA NA NA NA 0.55034 1 0.96308 1 0.86719 1 0.64067 1 0.84545 1 0.68405 1 amp_1q31.2 29 (6%) 472 9.9999e-06 0.0093 0.02634 1 0.0015 1 0.02199 1 0.00037 0.285 9.9999e-06 0.0093 0.12309 1 0.082779 1 0.01357 1 0.03104 1 amp_1q43 29 (6%) 472 9.9999e-06 0.0093 0.0064099 1 0.00152 1 0.03794 1 0.00025 0.196 9.9999e-06 0.0093 0.01943 1 0.01115 1 0.00171 1 0.00251 1 amp_2p16.1 3 (1%) 498 0.051799 1 1 1 NA NA NA NA 1 1 0.87624 1 1 1 1 1 0.30917 1 1 1 amp_2q37.2 3 (1%) 498 0.20496 1 0.54913 1 NA NA NA NA 0.49431 1 0.59127 1 0.20138 1 0.26515 1 NA NA NA NA amp_3p22.3 4 (1%) 497 0.0104 1 0.184 1 1 1 0.88438 1 0.24345 1 0.31651 1 0.11332 1 0.066069 1 1 1 0.067129 1 amp_3p14.1 5 (1%) 496 0.01629 1 0.42688 1 0.78152 1 0.43923 1 0.69451 1 0.43762 1 0.86661 1 0.64042 1 1 1 0.64022 1 amp_4p16.1 7 (1%) 494 0.00041 0.312 0.01057 1 0.27894 1 0.4221 1 0.02877 1 0.01026 1 0.03334 1 0.0062899 1 0.7128 1 0.04681 1 amp_4q22.1 7 (1%) 494 0.00029 0.226 0.01131 1 1 1 0.53497 1 0.0289 1 0.13288 1 0.30748 1 0.13675 1 0.79978 1 0.39418 1 amp_4q28.2 6 (1%) 495 8.9999e-05 0.0734 0.02899 1 NA NA NA NA 0.072959 1 0.02685 1 0.083629 1 0.01839 1 0.78395 1 0.11397 1 amp_4q31.21 10 (2%) 491 0.00263 1 0.11319 1 1 1 0.57608 1 0.2748 1 0.20222 1 0.52546 1 0.65766 1 1 1 0.40353 1 amp_4q32.3 7 (1%) 494 0.00045 0.341 0.01141 1 0.32351 1 0.063099 1 0.02853 1 0.01836 1 0.03323 1 0.0063999 1 0.90017 1 0.18506 1 amp_5p14.3 23 (5%) 478 9.9999e-06 0.0093 0.0092699 1 0.36615 1 0.20438 1 0.0088399 1 4e-05 0.0335 0.00144 1 0.00016 0.129 0.30216 1 0.00194 1 amp_5q21.1 23 (5%) 478 9.9999e-06 0.0093 0.00153 1 0.84882 1 0.080289 1 0.0065299 1 0.0124 1 0.0087899 1 0.0055999 1 0.87456 1 0.10553 1 amp_5q21.1 20 (4%) 481 9.9999e-06 0.0093 0.00101 0.731 1 1 0.082019 1 0.00274 1 0.00066999 0.495 0.00077999 0.572 0.00045 0.341 0.6743 1 0.064539 1 amp_5q33.1 21 (4%) 480 9.9999e-06 0.0093 8.9999e-05 0.0734 1 1 0.064449 1 0.00014 0.113 6.9999e-05 0.0577 3e-04 0.234 2e-05 0.0172 0.69038 1 0.0029 1 amp_5q35.2 20 (4%) 481 9.9999e-06 0.0093 0.00013 0.105 0.69084 1 0.0345 1 0.00062999 0.466 5.9999e-05 0.0496 0.00086999 0.633 3e-05 0.0254 0.86479 1 0.0093299 1 amp_6p22.3 3 (1%) 498 0.050429 1 0.04987 1 NA NA NA NA 0.13607 1 0.50963 1 0.30229 1 0.18722 1 0.77806 1 0.19062 1 amp_6p22.2 4 (1%) 497 0.11193 1 0.04484 1 0.84004 1 0.30729 1 0.096949 1 0.24383 1 0.11447 1 0.065629 1 1 1 0.068089 1 amp_6p21.31 3 (1%) 498 0.04986 1 0.54909 1 NA NA NA NA 0.74675 1 0.40124 1 0.20328 1 0.26526 1 0.11001 1 0.27366 1 amp_6p21.2 4 (1%) 497 0.11338 1 0.79192 1 0.63451 1 0.34189 1 0.66842 1 0.74677 1 0.11245 1 0.56776 1 0.77645 1 0.19245 1 amp_6p12.2 3 (1%) 498 0.04966 1 0.54985 1 NA NA NA NA 0.74715 1 0.71919 1 0.20456 1 0.26483 1 0.10964 1 0.2727 1 amp_6q12 3 (1%) 498 0.37159 1 0.12393 1 NA NA NA NA 0.13553 1 0.6741 1 1 1 1 1 1 1 1 1 amp_6q27 4 (1%) 497 0.11414 1 0.18332 1 0.39035 1 0.01311 1 0.45986 1 0.39353 1 0.11332 1 0.066069 1 0.69268 1 0.066529 1 amp_7q11.21 20 (4%) 481 9.9999e-06 0.0093 5e-05 0.0415 0.53695 1 0.01577 1 0.00058999 0.438 0.00027 0.211 0.00312 1 0.00023 0.181 0.4291 1 0.02232 1 amp_7q21.11 21 (4%) 480 9.9999e-06 0.0093 0.00025 0.196 0.80587 1 0.053939 1 0.00205 1 0.00068999 0.509 0.00123 0.882 0.00012 0.0971 0.4524 1 0.00267 1 amp_7q31.1 22 (4%) 479 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.55626 1 0.0099499 1 9.9999e-05 0.0814 2e-05 0.0172 6.9999e-05 0.0577 9.9999e-06 0.0093 0.73537 1 0.00036 0.278 amp_7q34 22 (4%) 479 9.9999e-06 0.0093 6.9999e-05 0.0577 0.39031 1 0.00383 1 0.00043 0.326 0.00025 0.196 2e-05 0.0172 9.9999e-06 0.0093 0.53564 1 0.01077 1 amp_9q22.31 6 (1%) 495 0.02484 1 0.86319 1 0.49337 1 0.85059 1 0.94338 1 0.35283 1 0.7809 1 1 1 0.064129 1 0.3816 1 amp_9q31.1 6 (1%) 495 0.02434 1 0.41768 1 0.27762 1 0.82027 1 0.62776 1 0.43392 1 1 1 0.88678 1 0.33613 1 0.77279 1 amp_9q34.3 7 (1%) 494 0.061919 1 0.29428 1 0.85482 1 0.82713 1 0.62756 1 0.34647 1 0.79851 1 0.62768 1 0.10378 1 0.77323 1 amp_10q24.2 3 (1%) 498 0.050489 1 0.04871 1 NA NA NA NA 0.098739 1 0.1515 1 0.02725 1 0.0167 1 NA NA NA NA amp_10q25.1 4 (1%) 497 0.01028 1 0.79206 1 NA NA NA NA 0.899 1 0.87783 1 0.69199 1 0.56753 1 1 1 1 1 amp_11p13 8 (2%) 493 0.00259 1 0.11639 1 1 1 0.11182 1 0.093559 1 0.13994 1 0.16094 1 0.082189 1 0.52899 1 0.45627 1 amp_12p11.1 16 (3%) 485 9.9999e-06 0.0093 2e-05 0.0172 0.65945 1 0.28221 1 4e-05 0.0335 9.9999e-06 0.0093 7.9999e-05 0.0656 9.9999e-06 0.0093 0.60526 1 0.00245 1 amp_12q21.31 17 (3%) 484 9.9999e-06 0.0093 2e-05 0.0172 0.86557 1 0.03827 1 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 3e-05 0.0254 9.9999e-06 0.0093 0.14818 1 0.00162 1 amp_12q23.1 17 (3%) 484 9.9999e-06 0.0093 4e-05 0.0335 1 1 0.27257 1 0.00011 0.0893 4e-05 0.0335 0.00016 0.129 9.9999e-06 0.0093 0.24991 1 0.0091799 1 amp_13q14.2 6 (1%) 495 0.00011 0.0893 0.092659 1 0.38416 1 0.21311 1 0.12105 1 0.26768 1 0.52727 1 0.34895 1 0.74621 1 0.63749 1 amp_13q34 7 (1%) 494 0.00054999 0.412 0.04797 1 0.14749 1 0.03477 1 0.051619 1 0.16967 1 0.30823 1 0.13732 1 1 1 1 1 amp_14q12 13 (3%) 488 9.9999e-06 0.0093 0.00224 1 1 1 0.15882 1 0.00371 1 0.00326 1 0.01708 1 0.00334 1 0.41034 1 0.02084 1 amp_14q32.31 13 (3%) 488 9.9999e-06 0.0093 0.00013 0.105 1 1 0.15978 1 0.00057999 0.432 0.00017 0.136 0.00034 0.263 7.9999e-05 0.0656 1 1 0.00074999 0.551 amp_18q12.1 7 (1%) 494 2e-05 0.0172 0.0302 1 NA NA NA NA 0.058469 1 0.1193 1 0.10093 1 0.0298 1 0.27047 1 0.18303 1 amp_18q22.1 7 (1%) 494 0.00035 0.271 0.24096 1 0.49599 1 0.088189 1 0.15185 1 0.27129 1 0.27093 1 0.18362 1 0.80183 1 0.63313 1 amp_18q22.3 8 (2%) 493 0.00056999 0.425 0.02545 1 NA NA NA NA 0.03527 1 0.11884 1 0.02144 1 0.0068899 1 0.15746 1 0.39756 1 amp_19p13.3 8 (2%) 493 2e-05 0.0172 0.00452 1 NA NA NA NA 0.01257 1 0.0052799 1 0.00176 1 0.00036 0.278 0.45191 1 0.31846 1 amp_20p13 14 (3%) 487 9.9999e-06 0.0093 3e-05 0.0254 0.63295 1 0.01561 1 0.00032 0.248 5.9999e-05 0.0496 0.00045 0.341 2e-05 0.0172 0.41156 1 0.02211 1 amp_20q13.11 14 (3%) 487 9.9999e-06 0.0093 5e-05 0.0415 0.60091 1 0.04547 1 0.00039 0.298 0.00011 0.0893 0.00054999 0.412 5e-05 0.0415 0.80295 1 0.02155 1 amp_20q13.2 14 (3%) 487 9.9999e-06 0.0093 0.00054999 0.412 0.54019 1 0.02801 1 0.00303 1 0.00106 0.766 0.00051999 0.391 0.00122 0.876 0.67321 1 0.04389 1 amp_20q13.2 13 (3%) 488 9.9999e-06 0.0093 0.00171 1 0.7939 1 0.092499 1 0.0084199 1 0.00233 1 0.01025 1 0.00145 1 0.78512 1 0.1062 1 amp_21q21.3 6 (1%) 495 0.00119 0.857 0.070569 1 NA NA NA NA 0.63079 1 0.84012 1 0.52536 1 0.34612 1 0.74642 1 0.6384 1 amp_22q11.21 7 (1%) 494 0.00288 1 0.00394 1 NA NA NA NA 0.0081999 1 0.03583 1 0.03322 1 0.03023 1 0.02745 1 0.01017 1 amp_xp22.12 10 (2%) 491 9.9999e-06 0.0093 0.00027 0.211 0.74573 1 0.29817 1 0.0067499 1 0.0075599 1 0.03564 1 0.0062099 1 0.64223 1 0.03231 1 amp_xp11.4 9 (2%) 492 9.9999e-06 0.0093 0.01143 1 0.83798 1 0.50456 1 0.097639 1 0.14005 1 0.087869 1 0.13376 1 0.79975 1 0.18371 1 amp_xp11.22 8 (2%) 493 9.9999e-06 0.0093 0.01202 1 1 1 0.27908 1 0.11467 1 0.058009 1 0.17689 1 0.072219 1 1 1 0.18393 1 amp_xp11.22 8 (2%) 493 9.9999e-06 0.0093 0.00081999 0.599 0.83685 1 0.50289 1 0.01126 1 0.0052799 1 0.01343 1 0.00207 1 0.80095 1 0.01024 1 amp_xp11.21 9 (2%) 492 9.9999e-06 0.0093 0.0072099 1 0.53709 1 0.68215 1 0.02977 1 0.01063 1 0.01845 1 0.00401 1 0.82389 1 0.0179 1 amp_xq21.2 9 (2%) 492 9.9999e-06 0.0093 0.054339 1 0.83654 1 0.49942 1 0.088419 1 0.072959 1 0.20668 1 0.071879 1 1 1 0.2053 1 amp_xq22.3 15 (3%) 486 0.00043 0.326 0.71584 1 0.83662 1 0.50029 1 0.74289 1 0.89437 1 0.94893 1 0.63758 1 0.4934 1 1 1 amp_xq23 9 (2%) 492 3e-05 0.0254 0.053759 1 1 1 0.82699 1 0.089319 1 0.04851 1 0.20588 1 0.13292 1 1 1 0.39571 1 amp_xq24 9 (2%) 492 2e-05 0.0172 0.055099 1 0.53639 1 0.68314 1 0.088779 1 0.072889 1 0.20484 1 0.071739 1 1 1 0.20775 1 amp_xq24 9 (2%) 492 2e-05 0.0172 0.055519 1 0.74528 1 0.60464 1 0.20306 1 0.072599 1 0.2053 1 0.070929 1 1 1 0.20682 1 amp_xq28 10 (2%) 491 4e-05 0.0335 0.12991 1 0.53619 1 0.26321 1 0.27294 1 0.22058 1 0.43851 1 0.22826 1 0.91421 1 0.39927 1 del_1q24.2 3 (1%) 498 0.0014 1 0.04926 1 NA NA NA NA 0.098429 1 0.15298 1 0.02812 1 0.01683 1 1 1 0.1927 1 del_1q42.13 5 (1%) 496 0.01626 1 0.16801 1 0.45882 1 0.93504 1 0.04802 1 0.15564 1 0.04121 1 0.30984 1 0.84501 1 0.19623 1 del_2p23.1 12 (2%) 489 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.77298 1 0.090029 1 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.25381 1 0.00017 0.136 del_2q22.1 10 (2%) 491 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.77375 1 0.092619 1 7.9999e-05 0.0656 3e-05 0.0254 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.23532 1 0.00038 0.291 del_2q37.3 13 (3%) 488 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.63408 1 0.096389 1 4e-05 0.0335 4e-05 0.0335 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.083969 1 0.00031 0.241 del_4q34.3 5 (1%) 496 0.01614 1 0.16897 1 1 1 0.50378 1 0.38652 1 0.57362 1 0.238 1 0.071259 1 1 1 0.075999 1 del_5p15.2 4 (1%) 497 0.11369 1 0.36524 1 NA NA NA NA 0.38014 1 0.27282 1 0.55568 1 0.68322 1 0.39815 1 0.56665 1 del_6q22.31 7 (1%) 494 2e-05 0.0172 0.00219 1 0.01273 1 0.57508 1 0.02825 1 0.01869 1 0.00482 1 0.00067999 0.502 1 1 0.0099999 1 del_7q34 4 (1%) 497 1 1 0.79226 1 NA NA NA NA 0.74737 1 0.67374 1 0.68824 1 1 1 0.33456 1 1 1 del_8p23.2 4 (1%) 497 0.00016 0.129 0.0182 1 NA NA NA NA 0.03603 1 0.04639 1 0.0079899 1 0.00439 1 0.11069 1 0.0191 1 del_8p22 4 (1%) 497 0.00022 0.174 0.01849 1 NA NA NA NA 0.03588 1 0.04699 1 0.0087499 1 0.00422 1 0.1096 1 0.01844 1 del_8p12 4 (1%) 497 0.00019 0.151 0.01849 1 NA NA NA NA 0.03596 1 0.0467 1 0.0079699 1 0.0039 1 0.11212 1 0.01856 1 del_8q24.22 7 (1%) 494 5e-04 0.376 0.00035 0.271 0.83959 1 0.1713 1 0.00174 1 0.00097999 0.71 0.00023 0.181 3e-05 0.0254 0.00426 1 0.00037 0.285 del_9p21.3 20 (4%) 481 9.9999e-06 0.0093 0.0081099 1 0.24342 1 0.64949 1 0.02544 1 0.02458 1 0.00039 0.298 0.00060999 0.452 0.24312 1 0.00021 0.166 del_9q22.33 27 (5%) 474 9.9999e-06 0.0093 0.093569 1 0.17073 1 0.11495 1 0.15624 1 0.0287 1 0.00437 1 0.00354 1 0.20236 1 0.00217 1 del_10p12.31 7 (1%) 494 2e-05 0.0172 0.01121 1 0.49548 1 0.26493 1 0.02008 1 0.01535 1 0.00491 1 0.00083999 0.613 0.7998 1 0.01033 1 del_10q21.2 12 (2%) 489 0.00078999 0.578 0.063749 1 0.15501 1 0.67721 1 0.01867 1 0.065799 1 0.13541 1 0.1734 1 0.58001 1 0.04736 1 del_10q23.31 12 (2%) 489 5.9999e-05 0.0496 0.00419 1 0.050389 1 0.14763 1 0.00058999 0.438 0.00412 1 0.00368 1 0.00055999 0.418 0.26305 1 0.0080499 1 del_11p15.1 7 (1%) 494 9.9999e-06 0.0093 0.01134 1 0.49412 1 0.95817 1 0.0070499 1 0.01791 1 0.00484 1 0.00051999 0.391 0.80089 1 0.01013 1 del_13q12.13 18 (4%) 483 0.00038 0.291 0.00091999 0.668 0.18421 1 0.084289 1 0.01804 1 0.0357 1 0.075329 1 0.02137 1 0.42813 1 0.03307 1 del_13q22.1 19 (4%) 482 0.00203 1 0.03755 1 0.054719 1 0.18616 1 0.0012 0.863 0.00075999 0.558 0.00297 1 0.00084999 0.62 0.01296 1 0.00327 1 del_15q25.3 9 (2%) 492 0.00068999 0.509 0.00148 1 0.2435 1 0.061789 1 0.00476 1 0.00164 1 0.00041 0.312 9.9999e-05 0.0814 0.45232 1 0.01127 1 del_16q23.3 6 (1%) 495 0.02456 1 0.14755 1 0.44456 1 0.44466 1 0.13772 1 0.14937 1 0.22639 1 0.20539 1 0.069139 1 0.061629 1 del_17p13.1 8 (2%) 493 0.01456 1 0.41596 1 1 1 0.38793 1 0.63599 1 0.59745 1 0.092489 1 0.16124 1 0.12753 1 0.20549 1 del_18q12.3 4 (1%) 497 0.00179 1 0.18462 1 1 1 0.38639 1 0.24497 1 0.31638 1 0.073319 1 0.091579 1 0.53268 1 0.27437 1 del_19p13.2 7 (1%) 494 0.00019 0.151 0.00045 0.341 0.85638 1 0.30161 1 0.00161 1 0.00115 0.83 0.00016 0.129 3e-05 0.0254 0.053939 1 6.9999e-05 0.0577 del_19p13.12 8 (2%) 493 0.00266 1 0.00458 1 0.13094 1 0.097799 1 0.01163 1 0.0055699 1 0.00116 0.836 0.00038 0.291 0.094839 1 0.00086999 0.633 del_21q21.1 9 (2%) 492 7.9999e-05 0.0656 0.30641 1 0.14659 1 0.32314 1 0.79471 1 0.80169 1 0.063919 1 0.02287 1 0.26352 1 0.02271 1 del_22q12.3 90 (18%) 411 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.11835 1 0.50066 1 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.00052999 0.397 3e-05 0.0254 0.00021 0.166 0.00039 0.298 del_22q13.1 89 (18%) 412 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.11821 1 0.50434 1 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.00031 0.241 9.9999e-06 0.0093 0.00022 0.174 0.00019 0.151 del_22q13.2 89 (18%) 412 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.11782 1 0.50334 1 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.00029 0.226 3e-05 0.0254 0.00013 0.105 3e-04 0.234 del_22q13.32 90 (18%) 411 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.11819 1 0.50207 1 9.9999e-06 0.0093 9.9999e-06 0.0093 0.00016 0.129 4e-05 0.0335 2e-04 0.159 0.00019 0.151 del_xq23 4 (1%) 497 0.01062 1 0.04488 1 0.27822 1 0.19793 1 0.097559 1 0.247 1 0.073709 1 0.091149 1 0.21716 1 0.094709 1 del_xq22.3 4 (1%) 497 0.01065 1 0.04396 1 0.27783 1 0.19848 1 0.098379 1 0.248 1 0.074319 1 0.091209 1 0.2201 1 0.096389 1