		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p31.3	96 (33%)	199	0.00067999	0.00529	0.2577	0.402	0.45379	0.595	0.71245	0.806	0.03044	0.0876	0.00154	0.00961	0.34149	0.491	0.0012	0.00771	0.5446	0.684	0.28836	0.437
amp_1q21.3	158 (54%)	137	9.9999e-06	0.000233	0.56817	0.699	0.34003	0.49	0.24625	0.392	0.04795	0.121	0.01075	0.0413	0.9885	0.996	0.00097999	0.00692	0.79314	0.864	0.055459	0.136
amp_1q44	152 (52%)	143	9.9999e-06	0.000233	0.25075	0.396	0.81377	0.877	0.31724	0.469	0.0083099	0.0344	0.0063799	0.0283	0.85029	0.899	0.00145	0.00913	0.43342	0.578	0.02078	0.0671
amp_2p24.3	79 (27%)	216	2e-05	0.00036	0.0064599	0.0285	0.30772	0.458	0.053179	0.132	0.13455	0.258	0.04356	0.115	0.069279	0.164	4e-05	6e-04	0.11044	0.224	0.11393	0.229
amp_2q33.1	41 (14%)	254	5.9999e-05	0.000822	0.04509	0.117	0.20316	0.339	0.4423	0.584	0.00019	0.0021	0.055299	0.136	0.307	0.458	0.0069499	0.0301	0.32638	0.477	0.82049	0.881
amp_3q26.31	227 (77%)	68	9.9999e-06	0.000233	5.9999e-05	0.000822	0.83226	0.889	0.8857	0.918	0.00042	0.00373	9.9999e-06	0.000233	0.30912	0.459	9.9999e-06	0.000233	0.051759	0.129	0.00032	0.00305
amp_3q28	224 (76%)	71	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.73502	0.82	0.85551	0.9	0.00184	0.0111	9.9999e-06	0.000233	0.30065	0.45	2e-05	0.00036	0.03418	0.0944	0.00019	0.0021
amp_4q12	21 (7%)	274	0.88009	0.917	0.19828	0.336	0.0069799	0.0301	0.43108	0.577	0.68867	0.792	0.89124	0.922	1	1	0.36925	0.518	0.3968	0.543	0.11024	0.224
amp_5p15.33	138 (47%)	157	9.9999e-06	0.000233	0.0052999	0.0244	0.10878	0.223	0.3722	0.52	0.00391	0.0196	0.0053799	0.0244	0.0052799	0.0244	0.00101	0.00692	0.19092	0.328	0.01529	0.0526
amp_6p21.33	82 (28%)	213	0.00026	0.00269	0.11986	0.237	0.69517	0.792	0.061539	0.15	0.02191	0.0701	0.15966	0.292	0.72355	0.814	0.01449	0.051	0.4184	0.564	0.69031	0.792
amp_7p11.2	52 (18%)	243	0.00015	0.00182	0.00045	0.00388	0.17301	0.31	0.0081499	0.034	0.01519	0.0526	0.065879	0.158	0.00021	0.00224	0.089469	0.194	0.02741	0.0815	0.01576	0.0538
amp_8q24.21	127 (43%)	168	0.25427	0.398	0.12769	0.248	0.28871	0.437	0.14642	0.275	0.45172	0.594	0.0393	0.104	0.086359	0.19	0.098119	0.202	0.01948	0.0636	0.00083999	0.00608
amp_9p24.1	63 (21%)	232	0.34384	0.492	0.14089	0.269	0.01527	0.0526	0.01215	0.0448	0.29934	0.45	0.03269	0.0915	0.64581	0.755	0.069409	0.164	0.11797	0.235	0.18221	0.319
amp_11p12	23 (8%)	272	0.52763	0.666	0.25488	0.398	0.72786	0.814	0.86241	0.904	0.36475	0.513	0.30073	0.45	0.45398	0.595	0.068149	0.163	0.56087	0.693	0.70654	0.801
amp_11q13.3	41 (14%)	254	0.00036	0.00329	0.02398	0.0742	0.1956	0.333	0.03131	0.0893	0.01363	0.0488	6.9999e-05	0.000919	0.01663	0.0561	2e-05	0.00036	0.3714	0.52	0.3205	0.471
amp_11q22.1	47 (16%)	248	0.00032	0.00305	5e-05	0.000716	0.0089599	0.0367	9.9999e-06	0.000233	2e-05	0.00036	9.9999e-06	0.000233	0.00070999	0.00532	9.9999e-06	0.000233	0.070149	0.165	0.0031	0.017
amp_13q22.1	65 (22%)	230	0.19439	0.332	0.0069699	0.0301	0.34509	0.492	0.51908	0.658	0.3153	0.467	0.74421	0.825	0.75715	0.835	0.42517	0.57	0.35812	0.506	0.64009	0.75
amp_13q34	69 (23%)	226	0.03432	0.0944	0.097939	0.202	0.42004	0.565	0.58622	0.71	0.60692	0.726	0.61633	0.734	0.76527	0.841	0.77055	0.846	0.58334	0.71	0.468	0.606
amp_15q26.1	76 (26%)	219	0.089019	0.193	0.37711	0.524	0.47913	0.615	0.33153	0.48	0.71378	0.806	0.59377	0.715	0.54956	0.686	0.60503	0.725	0.47218	0.608	0.39202	0.538
amp_16p13.13	65 (22%)	230	0.24191	0.388	0.54577	0.684	0.84054	0.893	0.88566	0.918	0.20935	0.346	0.37866	0.525	0.29856	0.45	0.22018	0.363	0.6156	0.734	0.4593	0.599
amp_17q12	55 (19%)	240	0.0052899	0.0244	0.00357	0.0186	0.68192	0.785	0.03772	0.102	0.00372	0.0192	0.00355	0.0186	0.0298	0.0865	0.03262	0.0915	0.01901	0.0624	0.04403	0.116
amp_17q25.1	74 (25%)	221	0.00099999	0.00692	0.01788	0.0593	0.096359	0.201	0.079649	0.181	0.01193	0.0444	0.50882	0.648	0.15639	0.291	0.94313	0.965	0.26362	0.409	0.77569	0.847
amp_19p13.3	39 (13%)	256	0.35646	0.505	0.02403	0.0742	0.093989	0.197	0.58767	0.711	0.17921	0.318	0.00105	0.00711	0.51643	0.656	0.01754	0.0586	0.44029	0.583	0.15685	0.291
amp_19p13.2	43 (15%)	252	0.79376	0.864	0.18542	0.322	0.2055	0.342	0.58502	0.71	0.65958	0.765	0.080589	0.183	0.69308	0.792	0.096769	0.201	0.92725	0.953	0.2785	0.426
amp_19q13.13	93 (32%)	202	9.9999e-06	0.000233	0.2079	0.345	0.95554	0.971	0.25306	0.398	0.38648	0.533	0.43599	0.578	0.65725	0.765	0.27258	0.42	0.88106	0.917	0.84752	0.897
amp_20q11.21	135 (46%)	160	0.00036	0.00329	0.0259	0.079	0.6636	0.769	0.00375	0.0192	0.063239	0.153	0.03642	0.0993	0.18232	0.319	0.03542	0.097	0.67907	0.785	0.18648	0.322
amp_21q22.13	48 (16%)	247	0.22313	0.367	0.57371	0.704	0.85286	0.899	0.80062	0.869	0.062869	0.152	0.44426	0.586	0.88233	0.917	0.83386	0.889	0.80407	0.869	0.46918	0.606
amp_xq28	75 (25%)	220	0.6252	0.74	0.57463	0.704	0.83392	0.889	0.90842	0.937	0.75271	0.832	0.55854	0.692	0.00107	0.00717	0.1651	0.301	0.02338	0.0733	0.071419	0.167
del_1p36.23	40 (14%)	255	0.00067999	0.00529	0.00477	0.0231	0.88095	0.917	0.095369	0.2	0.00042	0.00373	2e-05	0.00036	0.17203	0.309	0.00021	0.00224	0.12638	0.246	0.02375	0.0741
del_1p13.2	34 (12%)	261	0.057869	0.142	0.00451	0.0222	0.16635	0.301	0.25962	0.404	3e-05	0.000472	0.070979	0.166	0.01073	0.0413	0.17778	0.316	0.63637	0.747	0.0262	0.079
del_2q22.1	65 (22%)	230	0.58464	0.71	0.3978	0.544	0.72566	0.814	0.72271	0.814	0.0143	0.0509	0.11817	0.235	0.9669	0.979	0.18059	0.319	0.6028	0.723	0.076979	0.176
del_2q37.1	129 (44%)	166	0.00392	0.0196	0.00044	0.00385	0.32046	0.471	0.10738	0.22	3e-05	0.000472	9.9999e-06	0.000233	0.01514	0.0526	0.00124	0.00789	0.087649	0.191	9.9999e-06	0.000233
del_3p14.2	134 (45%)	161	9.9999e-06	0.000233	2e-05	0.00036	0.10928	0.223	0.04709	0.12	0.002	0.0119	5e-05	0.000716	0.0098199	0.0389	0.00052999	0.00439	0.00223	0.013	0.00014	0.00173
del_4q21.3	103 (35%)	192	9.9999e-06	0.000233	0.38991	0.536	0.86278	0.904	0.80232	0.869	0.01139	0.0427	0.0052699	0.0244	0.49315	0.63	0.23327	0.378	0.56315	0.694	0.32864	0.479
del_4q22.1	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.000233	0.23526	0.38	0.77325	0.846	0.87051	0.911	0.02288	0.0724	0.01135	0.0427	0.63339	0.744	0.0444	0.116	0.22941	0.373	0.41161	0.561
del_4q35.2	114 (39%)	181	9.9999e-06	0.000233	0.20793	0.345	1	1	0.99782	1	0.0086999	0.0358	0.00271	0.0151	0.38304	0.53	0.12459	0.245	0.41554	0.564	0.086529	0.19
del_5q12.1	76 (26%)	219	3e-05	0.000472	0.92632	0.953	0.059049	0.144	0.0293	0.0863	0.41705	0.564	0.94003	0.964	0.02093	0.0673	0.34483	0.492	0.81636	0.878	0.03134	0.0893
del_5q35.2	71 (24%)	224	0.00019	0.0021	0.96145	0.975	0.37363	0.521	0.54587	0.684	0.84563	0.897	0.83954	0.893	0.02971	0.0865	0.55542	0.69	0.48566	0.622	0.12592	0.246
del_6p24.2	46 (16%)	249	0.28555	0.435	0.087549	0.191	0.34972	0.496	0.18373	0.321	0.11829	0.235	0.03878	0.104	0.28583	0.435	0.0265	0.0791	0.17411	0.311	0.090159	0.195
del_6q26	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.000233	0.00166	0.0103	0.54932	0.686	0.74822	0.828	0.27334	0.42	0.084029	0.187	0.31827	0.47	0.3212	0.471	0.18074	0.319	0.22668	0.371
del_7q34	60 (20%)	235	0.00068999	0.0053	0.27428	0.42	0.3425	0.492	0.46134	0.599	0.82858	0.888	0.69524	0.792	0.69132	0.792	0.46857	0.606	0.7387	0.821	0.59857	0.72
del_8p23.3	104 (35%)	191	9.9999e-06	0.000233	0.03021	0.0873	0.18609	0.322	0.091969	0.196	0.00049	0.00412	0.0256	0.0787	0.074099	0.172	0.01759	0.0586	0.03175	0.0901	0.19374	0.332
del_8p23.1	97 (33%)	198	4e-05	6e-04	0.01665	0.0561	0.43469	0.578	0.092639	0.196	0.00347	0.0185	0.15932	0.292	0.02299	0.0724	0.02237	0.0712	0.0091199	0.0371	0.082329	0.185
del_10q23.31	86 (29%)	209	0.0076699	0.0326	0.50871	0.648	0.22402	0.368	0.76267	0.84	0.04665	0.12	0.33046	0.48	0.94692	0.967	0.23965	0.385	0.85337	0.899	0.58559	0.71
del_11p15.1	102 (35%)	193	0.00115	0.00755	0.17051	0.307	0.03739	0.101	0.0094099	0.0378	0.0286	0.0846	0.01853	0.0611	0.26426	0.409	0.076299	0.175	0.98724	0.996	0.14424	0.274
del_11q23.3	162 (55%)	133	9.9999e-06	0.000233	0.14791	0.277	0.38487	0.532	0.13139	0.253	0.04371	0.115	0.00384	0.0195	0.81396	0.877	0.00232	0.0134	0.11742	0.235	0.0062399	0.0279
del_11q25	160 (54%)	135	9.9999e-06	0.000233	0.16262	0.297	0.62994	0.744	0.18796	0.324	0.0336	0.0933	0.0050999	0.0242	0.5326	0.671	0.0053399	0.0244	0.075709	0.175	0.0080899	0.034
del_13q12.11	98 (33%)	197	0.00262	0.0149	0.00081999	0.00601	0.33016	0.48	0.092459	0.196	0.01199	0.0444	0.00027	0.0027	0.00171	0.0105	0.0048	0.0231	0.24825	0.394	0.00242	0.0139
del_13q14.2	118 (40%)	177	0.00405	0.0201	0.00109	0.00723	0.80318	0.869	0.62354	0.74	0.00117	0.0076	0.00219	0.0129	0.01446	0.051	0.00055999	0.00452	0.080899	0.183	0.00352	0.0186
del_14q32.31	50 (17%)	245	6.9999e-05	0.000919	0.070089	0.165	0.22776	0.372	0.0077099	0.0326	0.01341	0.0486	0.0095499	0.0381	0.2362	0.381	0.02649	0.0791	0.090939	0.195	0.12977	0.251
del_15q21.1	70 (24%)	225	8.9999e-05	0.00116	0.24279	0.388	0.73685	0.82	0.5522	0.688	0.1133	0.229	0.04699	0.12	0.01032	0.0406	0.03297	0.0919	0.01963	0.0637	0.050849	0.128
del_16q11.2	53 (18%)	242	0.20007	0.337	0.00199	0.0119	0.16826	0.304	0.15736	0.292	0.03659	0.0994	0.01052	0.0412	0.01133	0.0427	0.01067	0.0413	0.19962	0.337	0.01357	0.0488
del_16q23.1	55 (19%)	240	0.01303	0.0477	0.00079999	0.00593	0.42412	0.57	0.18571	0.322	0.00046	0.00392	0.00035	0.00329	0.02615	0.079	0.00057999	0.00463	0.04963	0.125	0.00319	0.0173
del_17p12	109 (37%)	186	0.00055999	0.00452	0.083959	0.187	0.15276	0.286	0.72593	0.814	0.14541	0.274	0.27174	0.42	0.19761	0.336	0.20183	0.338	0.62428	0.74	0.77376	0.846
del_17q25.3	51 (17%)	244	0.33308	0.481	0.00016	0.0019	0.45666	0.597	0.9525	0.97	3e-05	0.000472	0.00101	0.00692	0.00336	0.0181	0.00087999	0.0063	0.41845	0.564	0.0056999	0.0256
del_18q21.2	82 (28%)	213	0.13672	0.262	0.00011	0.00139	0.55875	0.692	0.055319	0.136	9.9999e-06	0.000233	2e-05	0.00036	0.01581	0.0538	3e-05	0.000472	0.03842	0.103	0.00269	0.0151
del_19p13.3	105 (36%)	190	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.52095	0.659	0.085269	0.189	0.00023	0.00241	9.9999e-06	0.000233	0.0132	0.0481	2e-05	0.00036	0.04691	0.12	0.04797	0.121
del_19q13.33	38 (13%)	257	0.63044	0.744	0.047	0.12	0.28967	0.438	0.59262	0.715	0.14499	0.274	0.18242	0.319	0.097089	0.201	0.16632	0.301	0.072809	0.169	0.15948	0.292
del_20p12.1	36 (12%)	259	0.58094	0.71	0.02597	0.079	0.633	0.744	0.12225	0.241	0.0073099	0.0313	0.12619	0.246	0.076639	0.176	0.14351	0.273	0.091059	0.195	0.36272	0.511
del_21q11.2	58 (20%)	237	0.00019	0.0021	0.20182	0.338	0.41417	0.564	0.00493	0.0235	0.083289	0.187	0.0092199	0.0372	0.47568	0.612	0.23322	0.378	0.43492	0.578	1	1
del_22q13.32	88 (30%)	207	0.0048	0.0231	0.46049	0.599	0.093969	0.197	0.70475	0.8	0.34896	0.496	0.02944	0.0863	0.97417	0.985	0.65851	0.765	1	1	0.9069	0.937
del_xp11.3	72 (24%)	223	0.00070999	0.00532	0.00032	0.00305	0.68155	0.785	0.65428	0.763	0.092529	0.196	0.243	0.388	0.00027	0.0027	0.03208	0.0906	0.00308	0.017	0.15916	0.292
del_xq21.33	60 (20%)	235	0.12816	0.248	0.065589	0.158	0.25199	0.397	0.01112	0.0425	0.94061	0.964	0.73072	0.816	0.24974	0.395	0.95286	0.97	0.086479	0.19	0.70334	0.8
