		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	40 (22%)	144	0.32952	0.448	0.63037	0.727	0.37639	0.494	0.25643	0.378	0.86346	0.901	0.68116	0.766	0.74391	0.811	0.32492	0.445	0.79824	0.852	0.55003	0.658
amp_1q23.3	93 (51%)	91	0.00197	0.0123	0.1247	0.226	0.67436	0.763	0.64557	0.74	0.65496	0.745	0.80798	0.857	0.16952	0.277	0.84441	0.888	0.01892	0.0633	0.80711	0.857
amp_1q42.3	96 (52%)	88	6.9999e-05	0.000763	0.31208	0.433	0.94889	0.961	0.41432	0.533	0.62747	0.726	0.73684	0.806	0.29713	0.419	0.28594	0.408	0.14838	0.252	0.26348	0.385
amp_2q14.2	60 (33%)	124	0.35214	0.472	0.30898	0.43	0.02469	0.0739	0.30358	0.424	0.084899	0.175	0.053859	0.123	0.25246	0.375	0.21138	0.328	0.27135	0.394	0.32108	0.441
amp_2q31.1	60 (33%)	124	0.03152	0.0856	0.23366	0.354	0.0349	0.0918	0.23445	0.355	0.083619	0.173	0.03722	0.0944	0.54155	0.65	0.27073	0.394	0.10151	0.199	0.65462	0.745
amp_3q26.2	128 (70%)	56	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.01064	0.0419	0.00060999	0.00476	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	3e-05	0.000386	2e-05	0.000266	9.9999e-06	0.000155	5.9999e-05	0.00068
amp_4q21.1	34 (18%)	150	0.29432	0.418	0.69683	0.779	0.02206	0.0704	0.058259	0.13	0.60815	0.707	0.9264	0.943	0.95429	0.963	0.42242	0.54	0.91962	0.941	0.3596	0.479
amp_5p15.33	98 (53%)	86	9.9999e-06	0.000155	0.01569	0.0558	0.43375	0.548	0.28296	0.406	0.00219	0.0128	0.00073999	0.00547	0.00025	0.00228	0.00417	0.0211	0.01092	0.0424	0.00189	0.0121
amp_6p21.1	69 (38%)	115	0.00282	0.0157	0.12506	0.226	0.03974	0.0988	0.20462	0.32	0.04342	0.105	0.03043	0.0837	0.0034	0.0177	0.00206	0.0125	0.0064999	0.0292	0.00131	0.00883
amp_6q23.3	42 (23%)	142	0.03776	0.0955	0.071149	0.152	0.054319	0.124	0.0065699	0.0292	0.056149	0.127	0.069699	0.15	0.03236	0.087	0.03058	0.0838	0.0093799	0.0384	0.0064299	0.0291
amp_7p11.2	126 (68%)	58	0.33165	0.449	0.11193	0.212	0.59237	0.696	0.74979	0.814	0.24074	0.362	0.0412	0.102	0.03718	0.0944	0.26509	0.387	0.6705	0.76	0.12674	0.227
amp_7q21.2	114 (62%)	70	0.47435	0.587	0.1583	0.264	0.02685	0.0782	0.91741	0.94	0.222	0.34	0.81604	0.863	0.34512	0.464	0.60649	0.707	0.76901	0.828	0.13797	0.238
amp_8p23.1	52 (28%)	132	2e-05	0.000266	0.00213	0.0127	0.28042	0.404	0.1758	0.284	0.00437	0.0216	5.9999e-05	0.00068	0.00429	0.0213	0.01506	0.0542	0.00038	0.00317	0.00202	0.0124
amp_8p11.21	85 (46%)	99	0.49136	0.602	0.17528	0.283	0.11024	0.21	0.6513	0.743	0.85094	0.893	0.10136	0.199	0.38297	0.501	0.96573	0.971	0.73114	0.801	0.68661	0.77
amp_8q24.21	145 (79%)	39	0.00229	0.0132	0.02229	0.0704	0.00064999	0.00498	0.062929	0.136	0.38459	0.501	0.11243	0.212	0.0073899	0.032	0.096929	0.192	0.35517	0.475	0.1501	0.253
amp_9p13.3	40 (22%)	144	0.082689	0.173	0.10498	0.203	0.95058	0.962	0.7871	0.844	0.86395	0.901	0.68143	0.766	0.71323	0.788	0.13105	0.231	0.53163	0.644	0.55039	0.658
amp_9q34.3	64 (35%)	120	0.02499	0.074	0.18017	0.289	0.88586	0.918	0.02473	0.0739	0.00345	0.0179	0.71212	0.788	0.27006	0.394	0.11254	0.212	0.11874	0.219	0.68029	0.766
amp_11p13	52 (28%)	132	0.14407	0.245	0.45652	0.573	0.13348	0.232	0.64606	0.74	0.56438	0.67	0.33031	0.448	0.20641	0.321	0.12587	0.227	0.58146	0.685	0.25034	0.373
amp_11p13	50 (27%)	134	0.084729	0.175	0.92894	0.943	0.097779	0.193	0.42433	0.541	0.41108	0.531	1	1	0.9646	0.971	0.71418	0.788	0.78288	0.841	0.496	0.605
amp_11q13.3	104 (57%)	80	9.9999e-06	0.000155	0.00328	0.0173	0.04768	0.114	0.01306	0.0488	0.00036	0.00306	0.00105	0.00732	0.00115	0.00788	0.00135	0.00896	0.090829	0.184	0.00132	0.00883
amp_12p12.1	79 (43%)	105	0.0338	0.0895	0.12767	0.228	0.02777	0.0792	0.56165	0.668	0.01919	0.0633	0.02845	0.0803	0.061449	0.134	0.083599	0.173	0.058749	0.13	0.088989	0.181
amp_12q15	51 (28%)	133	0.13407	0.233	0.59633	0.699	0.83356	0.878	0.80914	0.858	0.14055	0.241	0.9142	0.938	0.31568	0.436	0.59817	0.7	0.2992	0.42	0.1799	0.289
amp_13q22.1	65 (35%)	119	0.00191	0.0121	0.0067399	0.0298	0.12136	0.221	0.18914	0.301	0.0069199	0.0303	0.00127	0.00864	0.00014	0.00138	0.00236	0.0134	0.01279	0.0485	0.00025	0.00228
amp_14q21.1	61 (33%)	123	0.00037	0.00311	0.0085899	0.0363	0.17357	0.282	0.23103	0.351	0.0053299	0.025	0.00306	0.0167	0.00366	0.0187	0.00424	0.0212	0.057409	0.129	0.01313	0.0488
amp_15q26.1	58 (32%)	126	0.0080599	0.0348	0.072609	0.154	0.15928	0.264	0.04516	0.108	0.01694	0.0583	0.01583	0.0558	0.0072799	0.0317	0.04321	0.105	0.03597	0.093	0.01521	0.0546
amp_17q12	75 (41%)	109	0.00451	0.0219	0.00425	0.0212	0.56924	0.673	0.53661	0.647	0.0055599	0.0258	0.00278	0.0155	0.00233	0.0134	0.0191	0.0633	0.02373	0.0724	0.00145	0.00948
amp_18p11.32	69 (38%)	115	0.059249	0.13	0.1097	0.21	0.71247	0.788	0.46554	0.58	0.059179	0.13	0.17342	0.282	0.01795	0.0605	0.55985	0.666	0.36922	0.487	0.51037	0.619
amp_18q11.2	59 (32%)	125	0.01267	0.0483	0.0097099	0.0391	0.24504	0.367	0.1412	0.242	0.0056599	0.0261	0.00498	0.0238	0.00035	0.00304	0.0087899	0.0366	0.01496	0.0541	0.00059999	0.00472
amp_19p13.2	32 (17%)	152	0.40838	0.528	0.082859	0.173	0.56876	0.673	0.41545	0.533	0.29174	0.415	0.35797	0.478	0.12062	0.221	0.39315	0.511	0.32114	0.441	0.68332	0.767
amp_19q12	54 (29%)	130	0.00439	0.0216	0.15763	0.263	0.18086	0.29	0.29869	0.42	0.20063	0.316	0.11547	0.215	0.03826	0.0962	0.27531	0.399	0.12401	0.225	0.052759	0.122
amp_xq28	69 (38%)	115	0.059359	0.13	0.03243	0.087	0.01048	0.0416	0.53972	0.649	0.00186	0.012	0.02702	0.0784	0.03037	0.0837	0.00192	0.0121	0.36385	0.482	0.0035	0.018
del_1p36.11	75 (41%)	109	0.01062	0.0419	0.0097899	0.0393	0.29772	0.419	0.92624	0.943	0.01671	0.0581	0.0251	0.0741	0.00284	0.0157	0.02315	0.0718	0.04177	0.103	0.03862	0.0965
del_1p13.2	64 (35%)	120	5.9999e-05	0.00068	0.097459	0.193	0.45143	0.569	0.56916	0.673	0.78322	0.841	0.59562	0.699	0.75534	0.818	0.10522	0.203	0.1745	0.283	0.90278	0.93
del_1q44	17 (9%)	167	0.85665	0.898	0.74961	0.814	0.4185	0.536	0.30547	0.426	0.46304	0.579	0.61169	0.71	0.71939	0.791	0.64416	0.74	0.80047	0.854	0.25674	0.378
del_2q22.1	59 (32%)	125	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.055609	0.126	0.00248	0.014	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.00012	0.0012	9.9999e-06	0.000155
del_2q33.3	36 (20%)	148	0.2955	0.418	0.066819	0.144	0.47169	0.585	0.19243	0.306	0.01737	0.059	0.02777	0.0792	0.01436	0.0528	0.070499	0.151	0.073819	0.155	0.02729	0.0786
del_3p26.2	111 (60%)	73	9.9999e-06	0.000155	6.9999e-05	0.000763	0.03188	0.086	0.051889	0.121	5e-05	0.000599	4e-05	0.000493	0.00019	0.00186	2e-04	0.00191	0.01312	0.0488	0.00021	0.00198
del_3p14.3	126 (68%)	58	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.095789	0.192	0.059319	0.13	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155
del_3p14.2	125 (68%)	59	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.28386	0.407	0.10166	0.199	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-05	0.00101	2e-05	0.000266
del_3q11.1	33 (18%)	151	0.59098	0.696	0.62496	0.725	0.47039	0.585	0.85873	0.899	0.71211	0.788	0.81906	0.865	0.86621	0.902	0.79535	0.85	0.88705	0.918	0.62945	0.727
del_3q26.31	16 (9%)	168	0.00235	0.0134	2e-05	0.000266	0.03995	0.099	0.0092099	0.038	0.0014	0.00922	9.9999e-05	0.00101	0.00035	0.00304	0.00041	0.00338	0.00216	0.0127	9.9999e-05	0.00101
del_4p15.2	106 (58%)	78	0.0055599	0.0258	0.099869	0.197	0.42276	0.54	0.93988	0.953	0.97921	0.984	0.47253	0.585	0.04825	0.114	0.74826	0.814	0.26325	0.385	0.95277	0.963
del_4q22.1	105 (57%)	79	0.00022	0.00205	0.11271	0.212	0.73918	0.808	0.92788	0.943	0.02372	0.0724	0.0297	0.0823	0.003	0.0165	0.14284	0.244	0.052519	0.122	0.03622	0.093
del_4q34.3	99 (54%)	85	0.00049	0.00389	0.0065599	0.0292	0.88749	0.918	0.88511	0.918	0.0051499	0.0243	0.00109	0.00753	0.00086999	0.00627	0.00323	0.0172	0.01999	0.0651	0.00215	0.0127
del_5q12.1	112 (61%)	72	0.00061999	0.00479	0.00076999	0.00564	0.1098	0.21	0.63677	0.733	0.25644	0.378	0.49596	0.605	0.02266	0.0708	0.02375	0.0724	0.43255	0.548	0.058129	0.13
del_6p25.3	74 (40%)	110	0.01619	0.0566	0.02343	0.0724	0.11933	0.22	0.43031	0.546	0.01917	0.0633	0.33023	0.448	0.12139	0.221	0.0222	0.0704	0.31531	0.436	0.091659	0.185
del_6q16.3	55 (30%)	129	0.14132	0.242	0.43377	0.548	0.13458	0.233	0.55366	0.661	0.69895	0.78	0.60551	0.707	0.12929	0.229	0.50805	0.617	0.54003	0.649	0.28259	0.406
del_6q26	50 (27%)	134	0.2723	0.395	0.92685	0.943	0.34044	0.459	0.29743	0.419	0.92699	0.943	0.19717	0.312	0.19452	0.308	0.73054	0.801	0.77439	0.833	0.33267	0.45
del_7q31.1	56 (30%)	128	0.22143	0.34	0.086829	0.178	0.69369	0.777	0.76405	0.824	0.36596	0.485	0.45735	0.573	0.40053	0.52	0.096909	0.192	0.11249	0.212	0.02388	0.0724
del_7q36.3	67 (36%)	117	0.90507	0.931	0.70977	0.788	0.91714	0.94	0.71853	0.791	0.89598	0.924	0.22515	0.344	0.3606	0.479	0.14966	0.253	0.37766	0.495	0.16404	0.27
del_8p23.2	90 (49%)	94	8.9999e-05	0.000956	0.02718	0.0786	0.0060699	0.0276	0.0094299	0.0384	0.052669	0.122	0.04821	0.114	0.01098	0.0424	0.10673	0.205	0.03716	0.0944	0.14928	0.253
del_8p12	75 (41%)	109	0.00029	0.00257	0.41494	0.533	0.48641	0.599	0.48055	0.594	0.54995	0.658	0.13256	0.232	0.22574	0.344	0.80487	0.856	0.55941	0.666	0.49559	0.605
del_9p23	108 (59%)	76	0.41511	0.533	0.12058	0.221	0.28506	0.408	0.712	0.788	0.46502	0.58	0.02392	0.0724	0.42747	0.543	0.72531	0.797	0.9125	0.938	0.69797	0.78
del_9p21.3	141 (77%)	43	9.9999e-06	0.000155	0.23638	0.357	0.34349	0.463	0.20843	0.324	0.0087199	0.0366	0.02109	0.0682	0.03342	0.0891	0.10571	0.204	0.30635	0.427	0.10785	0.207
del_10p15.3	54 (29%)	130	0.00068999	0.00514	0.01924	0.0633	0.061689	0.134	0.1682	0.275	0.02818	0.0799	0.02561	0.0751	0.0059699	0.0274	0.01121	0.0431	0.086439	0.178	0.060429	0.132
del_10p11.21	52 (28%)	132	9.9999e-06	0.000155	5e-05	0.000599	0.03603	0.093	0.02971	0.0823	9.9999e-06	0.000155	2e-05	0.000266	9.9999e-06	0.000155	4e-05	0.000493	0.00046	0.00376	3e-05	0.000386
del_10q21.1	46 (25%)	138	0.002	0.0124	0.02191	0.0703	0.60086	0.703	0.35348	0.473	0.04426	0.107	0.064719	0.14	0.01582	0.0558	0.056229	0.127	0.23106	0.351	0.04891	0.115
del_10q23.31	65 (35%)	119	0.02079	0.0674	0.03562	0.0929	0.48797	0.599	0.090459	0.184	0.3298	0.448	0.29235	0.416	0.11934	0.22	0.27827	0.402	0.37354	0.492	0.45731	0.573
del_11p15.4	79 (43%)	105	0.12852	0.228	0.04647	0.111	0.89095	0.92	0.4871	0.599	0.36816	0.487	0.36086	0.479	0.62745	0.726	0.18311	0.293	0.80445	0.856	0.45518	0.573
del_11q25	81 (44%)	103	2e-05	0.000266	0.02942	0.082	0.214	0.331	0.26003	0.382	0.067059	0.144	0.04982	0.117	0.059389	0.13	0.082909	0.173	0.02625	0.0767	0.02941	0.082
del_12q23.1	51 (28%)	133	0.25135	0.374	0.01863	0.0626	0.056939	0.128	0.32035	0.441	0.04225	0.104	0.072289	0.154	0.10359	0.201	0.13333	0.232	0.17935	0.289	0.04666	0.111
del_13q12.11	76 (41%)	108	0.00036	0.00306	0.01494	0.0541	0.03082	0.0842	0.03826	0.0962	0.0087399	0.0366	0.00368	0.0187	0.0081299	0.0348	0.0094699	0.0384	0.01303	0.0488	0.01589	0.0558
del_13q14.2	74 (40%)	110	0.00172	0.0112	0.00482	0.0231	0.20433	0.32	0.13084	0.231	0.01978	0.0647	0.02165	0.0697	0.0172	0.059	0.02431	0.0733	0.02276	0.0709	0.02489	0.074
del_13q21.31	69 (38%)	115	0.01314	0.0488	0.053139	0.122	0.75366	0.817	0.64893	0.742	0.1145	0.214	0.11597	0.215	0.088329	0.18	0.13262	0.232	0.093389	0.188	0.1329	0.232
del_14q23.3	51 (28%)	133	0.00323	0.0172	0.01497	0.0541	0.11428	0.214	0.02479	0.0739	0.00048	0.00385	0.04318	0.105	0.092839	0.187	0.01326	0.049	0.0282	0.0799	0.00215	0.0127
del_15q11.2	63 (34%)	121	0.40299	0.522	0.15929	0.264	0.32894	0.448	0.41629	0.534	0.01245	0.0477	0.23986	0.361	0.20358	0.319	0.01928	0.0633	0.64111	0.737	0.0034	0.0177
del_16p13.3	65 (35%)	119	9.9999e-06	0.000155	8.9999e-05	0.000956	0.47156	0.585	0.29509	0.418	2e-04	0.00191	5.9999e-05	0.00068	2e-05	0.000266	9.9999e-06	0.000155	6.9999e-05	0.000763	9.9999e-06	0.000155
del_16q23.1	84 (46%)	100	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.03906	0.0974	0.03844	0.0964	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155
del_17p12	86 (47%)	98	9.9999e-05	0.00101	9.9999e-06	0.000155	0.088209	0.18	0.25563	0.378	9.9999e-06	0.000155	2e-05	0.000266	9.9999e-06	0.000155	2e-05	0.000266	0.01017	0.0406	9.9999e-06	0.000155
del_17q25.3	41 (22%)	143	0.37373	0.492	0.8207	0.866	0.49794	0.606	0.66273	0.752	1	1	1	1	0.12873	0.228	0.53546	0.647	0.03573	0.0929	0.71333	0.788
del_18p11.23	60 (33%)	124	0.31546	0.436	0.0060799	0.0276	0.85007	0.893	0.76396	0.824	0.01677	0.0581	0.03108	0.0847	0.02554	0.0751	0.13648	0.236	0.13925	0.24	0.04829	0.114
del_18q12.2	111 (60%)	73	0.096609	0.192	0.01736	0.059	0.3821	0.5	0.57927	0.684	0.02371	0.0724	0.073359	0.155	0.04428	0.107	0.00065999	0.00501	0.03456	0.0912	0.00026	0.00235
del_18q21.2	119 (65%)	65	0.15317	0.257	0.00089999	0.00643	0.22921	0.349	0.65077	0.743	0.00321	0.0172	0.0090299	0.0374	0.00462	0.0223	0.00202	0.0124	0.01535	0.0548	0.00048	0.00385
del_18q22.3	112 (61%)	72	0.96173	0.97	0.03575	0.0929	0.24681	0.369	0.86426	0.901	0.096379	0.192	0.13327	0.232	0.21519	0.333	0.0081899	0.0348	0.051099	0.119	0.00085999	0.00625
del_19p13.3	93 (51%)	91	0.00028	0.00251	0.30233	0.423	0.67815	0.766	0.98806	0.992	0.42587	0.542	0.32205	0.442	0.03615	0.093	0.02261	0.0708	0.11563	0.215	0.0068599	0.0302
del_19q11	48 (26%)	136	0.21615	0.333	0.38398	0.501	0.11444	0.214	0.79348	0.849	0.50772	0.617	0.76209	0.824	0.35206	0.472	0.0145	0.0531	0.00104	0.00731	0.02749	0.0789
del_20p12.1	33 (18%)	151	0.03355	0.0891	0.16076	0.266	0.24863	0.371	0.873	0.908	0.060279	0.132	0.0081999	0.0348	0.01682	0.0581	0.04965	0.117	0.28948	0.413	0.04247	0.104
del_21q11.2	107 (58%)	77	0.12186	0.222	0.02859	0.0805	0.38722	0.504	0.24756	0.37	0.03538	0.0928	0.21582	0.333	0.050019	0.117	0.16786	0.275	0.1518	0.255	0.097419	0.193
del_21q21.1	107 (58%)	77	0.12329	0.224	0.0094799	0.0384	0.1162	0.215	0.12791	0.228	0.053699	0.123	0.12641	0.227	0.087409	0.179	0.17422	0.283	0.073859	0.155	0.075169	0.158
del_21q22.12	108 (59%)	76	0.10204	0.199	0.01079	0.0423	0.31273	0.434	0.25801	0.379	0.01088	0.0424	0.16676	0.274	0.03162	0.0856	0.33056	0.448	0.072559	0.154	0.20146	0.317
del_22q11.1	79 (43%)	105	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.02216	0.0704	0.00448	0.0219	4e-05	0.000493	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155
del_xp21.1	69 (38%)	115	0.00091999	0.00652	0.03708	0.0944	0.13166	0.232	0.66076	0.751	0.00226	0.0132	0.19375	0.307	0.055369	0.126	0.16215	0.268	0.11573	0.215	0.15175	0.255
del_xp11.3	74 (40%)	110	0.00068999	0.00514	0.1626	0.268	0.45986	0.576	0.88586	0.918	0.0051099	0.0243	0.02241	0.0705	0.00312	0.0169	0.04385	0.106	0.03343	0.0891	0.01741	0.059
del_xq11.2	42 (23%)	142	0.49147	0.602	0.24303	0.365	0.48427	0.597	0.74048	0.808	0.53494	0.647	0.60717	0.707	0.12755	0.228	0.21855	0.336	0.1983	0.313	0.71482	0.788
del_xq21.33	40 (22%)	144	0.1613	0.267	0.20535	0.32	0.67689	0.765	0.8159	0.863	0.15702	0.263	0.27913	0.403	0.10468	0.203	0.02913	0.0817	0.15015	0.253	0.18386	0.293
