		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	82 (14%)	495	0.60409	0.781	0.12973	0.291	0.48749	0.699	0.25122	0.456	9.9999e-06	0.000132	0.82754	0.933	0.50182	0.714	0.084929	0.219	0.33665	0.56	0.27241	0.479
1q gain	89 (15%)	488	0.077119	0.205	0.089509	0.228	0.13141	0.293	0.62702	0.795	9.9999e-06	0.000132	0.52814	0.734	0.58039	0.765	0.25926	0.466	0.82575	0.933	0.50728	0.72
2p gain	37 (6%)	540	0.46788	0.683	0.73417	0.872	0.2522	0.457	0.22474	0.422	0.00258	0.0132	0.39023	0.611	0.80758	0.921	0.61204	0.789	1	1	0.5366	0.741
2q gain	36 (6%)	541	0.64508	0.811	0.91366	0.987	0.097349	0.24	0.28049	0.49	0.00161	0.00904	0.38969	0.611	0.98479	1	0.60911	0.787	0.77003	0.901	0.17851	0.361
3p gain	58 (10%)	519	0.00056999	0.00383	0.02829	0.0963	0.66782	0.82	0.02614	0.0908	9.9999e-06	0.000132	0.13322	0.295	0.63609	0.804	0.34079	0.56	0.81423	0.923	0.2597	0.466
3q gain	64 (11%)	513	0.00052999	0.00362	0.062179	0.174	0.89687	0.979	0.064019	0.177	9.9999e-06	0.000132	0.064789	0.178	0.71058	0.852	0.20633	0.398	0.5193	0.728	0.15042	0.319
4p gain	36 (6%)	541	0.24287	0.444	0.61497	0.789	0.48789	0.699	0.52161	0.729	0.00078999	0.00506	0.46025	0.676	0.75761	0.891	0.55408	0.751	0.6165	0.789	0.79292	0.915
4q gain	33 (6%)	544	0.31336	0.531	0.31622	0.535	0.49129	0.703	0.54233	0.744	0.0055899	0.0251	0.26798	0.475	0.92639	1	0.68344	0.83	0.36796	0.589	0.66282	0.817
5p gain	49 (8%)	528	0.11413	0.267	0.15678	0.326	0.17779	0.361	0.34514	0.564	2e-05	0.000231	0.23384	0.434	0.28143	0.491	0.52909	0.734	0.12671	0.286	0.2287	0.428
5q gain	41 (7%)	536	0.14044	0.305	0.23262	0.433	0.11767	0.273	0.054689	0.159	0.00011	0.00093	0.1176	0.273	0.39039	0.611	0.29445	0.508	0.16999	0.347	0.40333	0.626
6p gain	24 (4%)	553	0.01201	0.0483	0.11857	0.274	0.87373	0.965	0.15896	0.329	0.15563	0.325	0.082399	0.215	0.81055	0.922	0.58234	0.765	1	1	1	1
6q gain	23 (4%)	554	0.00164	0.00909	0.03609	0.115	0.78483	0.912	0.10312	0.25	0.02411	0.0845	0.0054799	0.0249	0.93186	1	0.52925	0.734	0.81018	0.922	1	1
7p gain	468 (81%)	109	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00029	0.0021	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00214	0.0114	0.00255	0.0132	0.01551	0.0603	5e-05	0.000494
7q gain	474 (82%)	103	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.0013	0.00751	8.9999e-05	0.000802	9.9999e-06	0.000132	8.9999e-05	0.000802	0.1055	0.254	0.04363	0.133	0.054439	0.159	0.00168	0.00925
8p gain	52 (9%)	525	8.9999e-05	0.000802	0.00055999	0.0038	0.061989	0.174	0.5616	0.755	9.9999e-06	0.000132	0.00385	0.0185	0.43696	0.651	0.75519	0.89	0.13841	0.303	0.6756	0.824
8q gain	59 (10%)	518	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.03951	0.123	0.45095	0.669	9.9999e-06	0.000132	0.00050999	0.00354	0.43537	0.651	0.75208	0.889	0.12393	0.282	0.51069	0.721
9p gain	47 (8%)	530	0.00329	0.0164	0.0318	0.106	0.70411	0.848	0.43325	0.651	3e-05	0.000328	0.54247	0.744	0.79998	0.916	0.36842	0.589	0.42691	0.646	0.11361	0.267
9q gain	71 (12%)	506	0.080989	0.213	0.072869	0.197	0.57919	0.765	0.16782	0.343	3e-05	0.000328	0.1985	0.386	0.3178	0.536	0.38585	0.611	0.66913	0.82	0.078679	0.208
10p gain	13 (2%)	564	0.00105	0.00652	0.00016	0.00124	0.11661	0.272	0.059809	0.171	0.00089999	0.00563	0.00044	0.00314	0.30568	0.522	0.55989	0.755	NA	NA	NA	NA
10q gain	3 (1%)	574	0.55475	0.751	1	1	0.054029	0.158	0.79294	0.915	0.19551	0.383	0.18938	0.374	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11p gain	17 (3%)	560	0.90436	0.982	0.87757	0.967	0.2401	0.441	0.94467	1	0.19672	0.383	0.088069	0.225	0.86805	0.963	0.52747	0.734	0.69709	0.843	1	1
11q gain	14 (2%)	563	0.18603	0.371	0.063949	0.177	0.21682	0.413	0.36221	0.584	0.15087	0.319	0.00048	0.00336	0.86675	0.963	1	1	1	1	1	1
12p gain	60 (10%)	517	0.67138	0.82	0.78977	0.915	0.64607	0.811	0.1631	0.336	9.9999e-05	0.000872	0.90138	0.982	0.23574	0.435	0.66399	0.817	0.00416	0.0197	0.076769	0.205
12q gain	49 (8%)	528	0.5202	0.728	0.95507	1	0.53908	0.742	0.01054	0.0441	0.00153	0.00865	0.59217	0.773	0.30898	0.526	0.30003	0.516	0.02265	0.0801	0.12355	0.281
13q gain	10 (2%)	567	0.052369	0.155	0.49512	0.707	0.17665	0.359	0.82688	0.933	0.056409	0.163	1	1	0.8931	0.979	1	1	0.42526	0.645	1	1
14q gain	22 (4%)	555	0.43152	0.65	0.78115	0.91	0.01053	0.0441	0.80569	0.921	0.38843	0.611	0.51114	0.721	0.47431	0.691	0.85527	0.953	0.4247	0.645	0.3257	0.546
15q gain	24 (4%)	553	0.062119	0.174	0.10969	0.261	0.56669	0.756	0.13346	0.295	6.9999e-05	0.000667	0.27814	0.487	0.53377	0.738	0.33778	0.56	0.03458	0.112	0.38676	0.611
16p gain	38 (7%)	539	0.0074099	0.0321	0.066749	0.182	0.41391	0.637	0.27092	0.478	2e-05	0.000231	0.03064	0.103	0.61374	0.789	0.47791	0.692	1	1	1	1
16q gain	37 (6%)	540	0.01811	0.0691	0.0054899	0.0249	0.35689	0.581	0.065289	0.179	9.9999e-05	0.000872	0.02699	0.093	0.75836	0.891	0.41795	0.639	0.42052	0.642	0.73635	0.874
17p gain	48 (8%)	529	0.00048	0.00336	0.02006	0.0738	0.078649	0.208	0.03959	0.123	4e-05	0.00041	0.03236	0.107	0.14998	0.319	0.24049	0.441	0.33996	0.56	0.39087	0.611
17q gain	60 (10%)	517	0.0011	0.0066	0.04607	0.14	0.12892	0.29	0.070479	0.192	2e-05	0.000231	0.03714	0.117	0.090619	0.229	0.10876	0.26	0.94438	1	0.61415	0.789
18p gain	58 (10%)	519	9.9999e-06	0.000132	0.00051999	0.00358	0.15691	0.326	0.36793	0.589	9.9999e-06	0.000132	0.00484	0.0224	0.42498	0.645	0.14952	0.319	0.01872	0.0701	0.098259	0.24
18q gain	58 (10%)	519	9.9999e-06	0.000132	0.00068999	0.00446	0.15587	0.325	0.4331	0.651	9.9999e-06	0.000132	0.0054799	0.0249	0.69096	0.837	0.47586	0.692	0.01897	0.0707	0.11388	0.267
19p gain	226 (39%)	351	9.9999e-06	0.000132	2e-05	0.000231	0.090609	0.229	3e-04	0.00216	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.0091899	0.0392	6.9999e-05	0.000667	0.18973	0.374	0.65956	0.817
19q gain	199 (34%)	378	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.14396	0.311	0.00299	0.0151	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.04654	0.141	0.00109	0.0066	0.062819	0.175	0.34064	0.56
20p gain	222 (38%)	355	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00439	0.0206	9.9999e-06	0.000132	3e-05	0.000328	0.00013	0.00107	0.053139	0.156	0.00202	0.0108	0.79787	0.915	0.12005	0.276
20q gain	220 (38%)	357	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00339	0.0167	9.9999e-06	0.000132	4e-05	0.00041	0.00012	0.001	0.03606	0.115	0.00117	0.0069	0.7966	0.915	0.11867	0.274
21q gain	64 (11%)	513	0.00127	0.00739	0.0071199	0.0312	0.01162	0.0476	0.0038	0.0183	0.00021	0.00155	0.00182	0.00982	0.32178	0.542	0.0264	0.0913	0.018	0.069	0.33266	0.557
22q gain	34 (6%)	543	9.9999e-06	0.000132	0.00283	0.0144	0.46811	0.683	0.21999	0.418	0.00015	0.00119	0.1425	0.309	0.21324	0.409	0.03397	0.111	0.24522	0.447	0.19223	0.378
xp gain	15 (3%)	562	0.28393	0.494	1	1	0.79723	0.915	0.18672	0.372	0.89675	0.979	0.89084	0.979	0.70107	0.846	0.37845	0.601	0.087269	0.224	0.4345	0.651
xq gain	16 (3%)	561	0.25291	0.457	0.94831	1	0.98449	1	0.36095	0.584	0.9495	1	0.71728	0.859	0.79284	0.915	1	1	0.03942	0.123	0.25678	0.463
1p loss	16 (3%)	561	0.63767	0.804	0.82843	0.933	0.94155	1	0.19632	0.383	0.02115	0.0758	0.58303	0.765	0.3424	0.56	0.18062	0.363	0.11003	0.261	0.01825	0.0693
1q loss	15 (3%)	562	0.83092	0.933	0.97678	1	0.85367	0.952	0.36092	0.584	0.13519	0.298	1	1	0.33532	0.559	0.20875	0.402	0.51677	0.727	0.083179	0.217
2p loss	32 (6%)	545	0.03141	0.105	0.0281	0.096	0.26678	0.474	0.76942	0.901	9.9999e-06	0.000132	0.61634	0.789	1	1	0.42852	0.647	0.24229	0.443	0.22421	0.422
2q loss	32 (6%)	545	0.0299	0.101	0.02811	0.096	0.2615	0.468	0.76926	0.901	2e-05	0.000231	0.62122	0.79	0.89527	0.979	0.24922	0.453	0.084099	0.218	0.073059	0.197
3p loss	40 (7%)	537	0.90915	0.985	0.79118	0.915	0.71936	0.86	0.15002	0.319	0.00011	0.00093	0.20307	0.393	0.23522	0.435	0.9018	0.982	0.63627	0.804	0.23042	0.429
3q loss	34 (6%)	543	0.22919	0.428	0.12777	0.288	0.51194	0.721	0.67833	0.826	4e-05	0.00041	0.03411	0.111	0.78423	0.912	0.32292	0.543	0.88753	0.977	0.18131	0.364
4p loss	55 (10%)	522	0.081129	0.213	0.00346	0.017	0.03255	0.107	0.22503	0.422	0.00242	0.0126	0.00163	0.00909	0.29096	0.504	0.12097	0.276	0.74384	0.881	1	1
4q loss	56 (10%)	521	0.00080999	0.00515	0.00067999	0.00443	0.01996	0.0737	0.15174	0.319	0.00021	0.00155	0.00065999	0.00436	0.73205	0.872	0.47948	0.692	0.55813	0.754	1	1
5p loss	43 (7%)	534	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00174	0.00951	0.096939	0.24	9.9999e-06	0.000132	3e-05	0.000328	0.93942	1	0.54371	0.744	0.34141	0.56	0.052719	0.156
5q loss	44 (8%)	533	5.9999e-05	0.000586	4e-05	0.00041	0.00106	0.00654	0.18818	0.374	0.00016	0.00124	9.9999e-06	0.000132	0.94378	1	0.62573	0.794	0.22285	0.421	0.04105	0.127
6p loss	86 (15%)	491	0.56688	0.756	0.33323	0.557	0.77348	0.903	0.70591	0.848	9.9999e-06	0.000132	0.57617	0.763	0.79518	0.915	0.30067	0.516	0.86936	0.963	0.59269	0.773
6q loss	125 (22%)	452	0.93819	1	0.57962	0.765	0.5659	0.756	0.94312	1	9.9999e-06	0.000132	0.65311	0.812	0.96788	1	0.64598	0.811	0.49862	0.711	0.29317	0.507
7p loss	8 (1%)	569	0.02234	0.0793	0.03445	0.112	0.45839	0.675	0.041	0.127	0.0158	0.0611	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7q loss	6 (1%)	571	0.099329	0.242	0.30086	0.516	0.94149	1	0.12623	0.286	0.097519	0.24	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8p loss	58 (10%)	519	0.54648	0.747	0.44089	0.656	0.18059	0.363	0.78012	0.91	0.26298	0.468	0.64986	0.811	0.90545	0.982	0.94993	1	0.57418	0.762	0.38927	0.611
8q loss	42 (7%)	535	0.61776	0.789	0.15183	0.319	0.02123	0.0758	0.8067	0.921	0.10343	0.25	0.13645	0.3	0.85734	0.954	0.65205	0.812	0.46253	0.678	0.14453	0.312
9p loss	202 (35%)	375	0.0074099	0.0321	0.11007	0.261	0.55075	0.748	0.48343	0.696	0.59796	0.777	0.47917	0.692	0.61916	0.79	0.04821	0.144	0.02127	0.0758	0.0086799	0.0373
9q loss	94 (16%)	483	0.36953	0.59	0.098209	0.24	0.072179	0.196	0.27717	0.487	0.54807	0.747	0.5737	0.762	0.36178	0.584	0.1208	0.276	0.75184	0.889	0.18228	0.365
10p loss	483 (84%)	94	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.01067	0.0444	8.9999e-05	0.000802	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00222	0.0117	0.02892	0.098	0.22186	0.42	0.01267	0.0502
10q loss	494 (86%)	83	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.0058599	0.0261	0.00015	0.00119	9.9999e-06	0.000132	0.00017	0.00129	8.9999e-05	0.000802	0.00401	0.0191	0.26196	0.468	0.02117	0.0758
11p loss	99 (17%)	478	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.8322	0.933	0.01436	0.0563	9.9999e-06	0.000132	0.00251	0.013	0.73043	0.872	0.15966	0.33	0.091859	0.231	0.087829	0.225
11q loss	93 (16%)	484	5e-05	0.000494	0.00016	0.00124	0.93342	1	0.062129	0.174	9.9999e-06	0.000132	0.41801	0.639	0.93689	1	0.57062	0.76	0.3422	0.56	0.53301	0.738
12p loss	58 (10%)	519	0.096369	0.239	0.094099	0.235	0.56156	0.755	0.83314	0.933	0.0060799	0.0269	0.59844	0.777	0.1559	0.325	0.058069	0.168	1	1	0.66259	0.817
12q loss	57 (10%)	520	0.13982	0.305	0.098309	0.24	0.44191	0.656	0.65392	0.812	0.00027	0.00198	0.54718	0.747	0.17989	0.363	0.39109	0.611	1	1	0.66169	0.817
13q loss	186 (32%)	391	9.9999e-06	0.000132	0.00176	0.00956	0.75353	0.889	0.58932	0.772	9.9999e-06	0.000132	0.01119	0.0461	0.59281	0.773	0.01727	0.0665	0.04834	0.144	0.39783	0.619
14q loss	146 (25%)	431	9.9999e-06	0.000132	0.00015	0.00119	0.51093	0.721	0.53837	0.742	9.9999e-06	0.000132	0.02571	0.0897	0.81386	0.923	0.091559	0.231	0.16413	0.336	0.70184	0.846
15q loss	106 (18%)	471	4e-05	0.00041	9.9999e-06	0.000132	0.00434	0.0205	0.00327	0.0163	9.9999e-06	0.000132	0.073739	0.198	0.03311	0.109	0.01179	0.0478	0.00358	0.0175	0.02317	0.0815
16p loss	63 (11%)	514	0.28637	0.498	0.85326	0.952	0.66269	0.817	0.73266	0.872	0.03534	0.114	0.060009	0.171	0.45276	0.67	0.1891	0.374	0.56681	0.756	0.64704	0.811
16q loss	83 (14%)	494	0.059899	0.171	0.4255	0.645	0.46401	0.679	0.89651	0.979	0.01324	0.0522	0.37046	0.59	0.04779	0.144	0.01851	0.0696	0.66443	0.817	0.59876	0.777
17p loss	65 (11%)	512	0.01952	0.0724	0.02035	0.0745	0.64806	0.811	0.58333	0.765	9.9999e-06	0.000132	0.13118	0.293	0.21436	0.41	0.3518	0.574	0.30161	0.516	0.70603	0.848
17q loss	41 (7%)	536	0.0052399	0.0241	0.060229	0.171	0.21301	0.409	0.04712	0.142	2e-05	0.000231	0.03664	0.116	0.68858	0.835	0.48357	0.696	0.14672	0.316	0.10721	0.257
18p loss	71 (12%)	506	0.04706	0.142	0.03205	0.106	0.36069	0.584	0.2188	0.416	2e-05	0.000231	0.50319	0.715	0.064049	0.177	0.0063899	0.0282	0.13275	0.295	0.59995	0.777
18q loss	62 (11%)	515	0.1484	0.319	0.0075799	0.0327	0.62169	0.79	0.23894	0.44	0.00011	0.00093	0.4789	0.692	0.0093999	0.0399	0.00306	0.0154	0.41549	0.638	0.12039	0.276
19p loss	27 (5%)	550	0.00066999	0.0044	0.00111	0.0066	0.058949	0.17	0.43645	0.651	0.01255	0.05	7.9999e-05	0.000754	0.02088	0.0758	0.01081	0.0448	0.85348	0.952	0.67005	0.82
19q loss	35 (6%)	542	0.00058999	0.00393	0.00481	0.0224	0.41364	0.637	0.15099	0.319	0.00122	0.00715	0.00108	0.0066	0.079729	0.21	0.33781	0.56	0.93155	1	0.5178	0.727
20p loss	19 (3%)	558	0.00013	0.00107	5e-05	0.000494	0.03655	0.116	0.093229	0.233	2e-05	0.000231	0.30989	0.526	0.41304	0.637	0.45524	0.673	0.01051	0.0441	0.00226	0.0119
20q loss	17 (3%)	560	0.00141	0.00803	0.00017	0.00129	0.36563	0.588	0.27114	0.478	2e-05	0.000231	0.30946	0.526	0.41219	0.637	0.45654	0.673	0.04032	0.125	0.01233	0.0493
21q loss	42 (7%)	535	0.02121	0.0758	0.00111	0.0066	0.052279	0.155	0.2629	0.468	0.00089999	0.00563	0.00137	0.00786	0.01168	0.0476	0.084409	0.218	0.82238	0.931	1	1
22q loss	181 (31%)	396	0.65003	0.811	0.56607	0.756	0.19597	0.383	0.87451	0.965	9.9999e-06	0.000132	0.073919	0.198	0.91059	0.985	0.13684	0.3	0.20117	0.39	0.092429	0.232
xp loss	114 (20%)	463	0.00361	0.0175	0.01184	0.0478	0.04242	0.13	0.16327	0.336	9.9999e-06	0.000132	0.00019	0.00143	0.8744	0.965	0.54943	0.747	0.39436	0.615	0.83155	0.933
xq loss	106 (18%)	471	0.01839	0.0695	0.01512	0.059	0.11069	0.262	0.10677	0.257	9.9999e-06	0.000132	0.0056099	0.0251	0.90309	0.982	0.68057	0.828	0.41341	0.637	0.9616	1
