		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p36.21	92 (16%)	485	0.58577	0.722	0.42897	0.598	0.40011	0.568	0.11444	0.238	9.9999e-06	8.55e-05	0.56867	0.707	0.02741	0.0794	0.094989	0.208	0.01171	0.0392	0.01996	0.0595
amp_1q32.1	160 (28%)	417	0.81986	0.892	0.061809	0.154	0.33146	0.499	0.14818	0.289	9.9999e-06	8.55e-05	0.30464	0.475	0.91407	0.957	0.66658	0.782	0.54694	0.696	0.089449	0.199
amp_1q44	99 (17%)	478	0.14444	0.283	0.62255	0.752	0.60809	0.739	0.30672	0.477	9.9999e-06	8.55e-05	0.60072	0.734	0.31698	0.486	0.082419	0.193	0.96117	0.986	0.55202	0.696
amp_2p24.3	49 (8%)	528	0.098209	0.211	0.01768	0.0543	0.43063	0.599	0.97856	0.995	0.00119	0.00567	0.01529	0.0487	0.43311	0.602	0.361	0.526	0.88362	0.936	0.62694	0.754
amp_3q26.33	111 (19%)	466	0.0079299	0.0285	0.21153	0.377	0.44377	0.609	0.055859	0.143	9.9999e-06	8.55e-05	0.068309	0.165	0.087069	0.199	0.66298	0.782	0.27836	0.45	0.69995	0.806
amp_4p16.3	48 (8%)	529	0.31264	0.484	0.72691	0.821	0.85954	0.922	0.083389	0.194	0.18349	0.338	0.55893	0.697	0.70611	0.809	0.47505	0.638	1	1	1	1
amp_4q12	108 (19%)	469	0.00060999	0.00316	0.0032	0.0131	0.53609	0.69	0.47058	0.635	4e-05	0.000273	0.01002	0.0349	0.47037	0.635	0.60031	0.734	0.1567	0.303	0.41905	0.588
amp_7p11.2	507 (88%)	70	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	3e-05	0.000217	5.9999e-05	0.000384	3e-05	0.000217	9.9999e-06	8.55e-05
amp_7q11.21	464 (80%)	113	3e-05	0.000217	9.9999e-06	8.55e-05	3e-05	0.000217	3e-05	0.000217	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.0042	0.0167	0.00222	0.00973	0.00401	0.016	7.9999e-05	0.000494
amp_7q21.2	480 (83%)	97	3e-05	0.000217	9.9999e-06	8.55e-05	0.04948	0.129	8.9999e-05	0.000542	9.9999e-06	8.55e-05	5.9999e-05	0.000384	0.01803	0.0548	0.04476	0.12	0.062299	0.154	0.00272	0.0114
amp_7q31.2	473 (82%)	104	0.00174	0.00782	9.9999e-06	8.55e-05	0.01083	0.0368	0.0055499	0.0213	9.9999e-06	8.55e-05	0.0112	0.0377	0.11024	0.232	0.0258	0.0751	0.40912	0.577	0.01028	0.0356
amp_8q24.21	70 (12%)	507	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.02522	0.0737	0.28884	0.459	9.9999e-06	8.55e-05	7.9999e-05	0.000494	0.33265	0.499	0.28893	0.459	0.086669	0.199	0.26911	0.439
amp_11p13	31 (5%)	546	0.78699	0.874	0.34775	0.51	0.54967	0.696	0.24873	0.42	0.35263	0.515	0.90223	0.948	0.71432	0.814	0.3377	0.504	1	1	0.88747	0.938
amp_12p13.32	84 (15%)	493	0.66598	0.782	0.38325	0.552	0.34337	0.506	0.4354	0.604	6.9999e-05	0.00044	0.46836	0.635	0.39294	0.562	0.37052	0.536	0.3189	0.488	0.55157	0.696
amp_12q14.1	134 (23%)	443	0.066649	0.163	0.14818	0.289	0.098639	0.212	0.088259	0.199	9.9999e-06	8.55e-05	0.48414	0.644	0.092539	0.204	0.24971	0.42	0.0421	0.116	0.13831	0.276
amp_12q15	93 (16%)	484	0.72837	0.821	0.31621	0.486	0.70505	0.809	0.27723	0.45	9.9999e-06	8.55e-05	0.49329	0.647	0.29444	0.466	0.30168	0.474	0.31393	0.484	0.90027	0.948
amp_13q34	32 (6%)	545	0.2617	0.432	0.20113	0.363	0.02953	0.0845	0.48138	0.643	0.057479	0.146	0.23634	0.408	0.02029	0.0603	0.23531	0.407	0.48799	0.644	0.8008	0.879
amp_13q34	30 (5%)	547	0.13933	0.277	0.21006	0.376	0.2188	0.386	0.78444	0.873	0.062109	0.154	0.48784	0.644	0.053649	0.138	0.29905	0.471	0.36855	0.534	0.79146	0.875
amp_14q32.33	36 (6%)	541	0.18687	0.344	0.65679	0.782	0.089859	0.199	0.92051	0.96	0.25127	0.42	0.54286	0.694	0.02487	0.073	0.3385	0.504	0.03921	0.109	0.066599	0.163
amp_17p13.2	51 (9%)	526	0.00071999	0.00368	0.01342	0.0437	0.04844	0.128	0.11086	0.233	0.0024	0.0105	0.01238	0.0409	0.12604	0.258	0.51523	0.67	0.40433	0.573	0.5712	0.707
amp_17q25.1	84 (15%)	493	0.01391	0.0449	0.25645	0.425	0.28346	0.455	0.73014	0.822	3e-05	0.000217	0.16923	0.321	0.13707	0.275	0.19097	0.347	0.86401	0.925	0.69348	0.803
amp_19p13.3	244 (42%)	333	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.0384	0.107	0.0016	0.00728	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.0094799	0.0332	5e-05	0.000329	0.82028	0.892	0.97056	0.993
amp_19p13.2	249 (43%)	328	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.14897	0.29	0.00113	0.0055	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.01296	0.0426	8.9999e-05	0.000542	0.16297	0.311	0.80903	0.886
amp_19q12	216 (37%)	361	9.9999e-06	8.55e-05	2e-05	0.000156	0.28537	0.456	0.0050499	0.0196	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.0094999	0.0332	0.00047	0.00251	0.062639	0.154	0.17332	0.326
amp_21q21.1	70 (12%)	507	0.0053899	0.0208	0.060729	0.152	0.01775	0.0543	0.0081599	0.0291	0.00011	0.00064	0.01806	0.0548	0.6679	0.783	0.083179	0.194	0.097299	0.211	0.4076	0.576
del_1p36.32	100 (17%)	477	0.9201	0.96	0.71344	0.814	0.58742	0.723	0.17209	0.325	0.5101	0.665	0.18229	0.338	0.59792	0.733	0.30567	0.476	0.25146	0.42	0.57878	0.715
del_1p36.23	136 (24%)	441	0.069299	0.167	0.18353	0.338	0.56988	0.707	0.552	0.696	0.00024	0.00133	0.55526	0.697	0.27941	0.451	0.2952	0.466	0.01576	0.0495	0.069479	0.167
del_1p32.3	61 (11%)	516	0.24228	0.416	0.36871	0.534	0.83188	0.9	0.15768	0.304	0.4904	0.645	0.84117	0.908	0.70396	0.809	0.47187	0.635	0.80098	0.879	0.10554	0.224
del_1p22.1	48 (8%)	529	0.97618	0.994	0.55349	0.696	0.81279	0.888	0.00474	0.0187	0.14163	0.279	0.089149	0.199	0.88667	0.938	0.72045	0.817	1	1	0.32322	0.491
del_1q42.11	51 (9%)	526	0.22164	0.39	0.82433	0.894	0.51643	0.67	0.28238	0.455	0.60801	0.739	0.5575	0.697	0.14133	0.279	0.01619	0.0504	0.68387	0.793	0.19098	0.347
del_1q44	35 (6%)	542	0.81311	0.888	0.47192	0.635	0.72888	0.821	0.24663	0.42	0.21732	0.385	1	1	0.66197	0.782	0.4417	0.608	0.53554	0.69	0.32207	0.491
del_2q22.1	47 (8%)	530	0.0056399	0.0213	0.02943	0.0845	0.38904	0.559	0.5515	0.696	9.9999e-06	8.55e-05	0.45022	0.614	0.48191	0.643	0.34085	0.505	0.1824	0.338	0.42855	0.598
del_2q37.1	55 (10%)	522	0.099499	0.213	0.0056799	0.0213	0.31299	0.484	0.8229	0.893	0.01923	0.0576	0.2222	0.39	0.7834	0.873	0.26915	0.439	0.18346	0.338	0.053679	0.138
del_3p21.1	53 (9%)	524	0.2398	0.413	0.13427	0.272	0.67723	0.791	0.48298	0.643	6.9999e-05	0.00044	0.04549	0.121	0.13629	0.275	0.91401	0.957	0.46083	0.626	0.10871	0.23
del_3q13.31	56 (10%)	521	0.57153	0.707	0.34201	0.506	0.60729	0.739	0.51064	0.665	5e-05	0.000329	0.02474	0.073	0.9736	0.993	0.20458	0.368	1	1	0.17869	0.335
del_3q22.1	58 (10%)	519	0.79063	0.875	0.62563	0.754	0.95692	0.983	1	1	0.00045	0.00242	0.085959	0.198	0.96214	0.986	0.31411	0.484	1	1	0.2145	0.381
del_3q29	65 (11%)	512	0.090129	0.199	0.18767	0.344	0.5389	0.691	0.87743	0.931	0.0456	0.121	0.32717	0.495	0.44903	0.613	0.060329	0.151	0.9538	0.981	0.79284	0.875
del_4p16.3	78 (14%)	499	0.04675	0.124	0.00481	0.0188	0.32197	0.491	0.2494	0.42	0.00204	0.00904	0.00011	0.00064	0.83311	0.9	0.45506	0.619	0.87131	0.93	0.94602	0.978
del_4q34.3	93 (16%)	484	0.0058599	0.0219	0.00034	0.00186	0.073709	0.175	0.097959	0.211	9.9999e-06	8.55e-05	0.0079499	0.0285	0.096649	0.21	0.91827	0.96	0.12352	0.253	0.13749	0.275
del_5q34	70 (12%)	507	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	4e-05	0.000273	0.0055999	0.0213	0.0073099	0.0268	9.9999e-06	8.55e-05	0.70021	0.806	0.69867	0.806	0.25471	0.424	0.13074	0.266
del_6q22.31	158 (27%)	419	0.63048	0.755	0.99023	1	0.29445	0.466	0.28608	0.456	9.9999e-06	8.55e-05	0.25174	0.42	0.34725	0.51	0.18864	0.344	0.79613	0.876	0.1114	0.233
del_6q26	179 (31%)	398	0.74378	0.836	0.75666	0.847	0.48279	0.643	0.54811	0.696	0.00114	0.00551	0.0166	0.0515	0.03438	0.0976	0.34333	0.506	0.75914	0.849	0.01874	0.0564
del_8p23.2	66 (11%)	511	0.37155	0.536	0.246	0.42	0.1801	0.336	0.27756	0.45	0.48798	0.644	0.3287	0.497	0.94381	0.977	0.90247	0.948	0.72128	0.817	0.43771	0.605
del_9p21.3	421 (73%)	156	2e-05	0.000156	9.9999e-06	8.55e-05	0.69437	0.803	0.03567	0.1	9.9999e-06	8.55e-05	0.1407	0.279	0.1368	0.275	0.01606	0.0502	0.02819	0.0814	0.0077199	0.0281
del_9q34.2	79 (14%)	498	0.21353	0.38	0.10525	0.224	0.5185	0.672	0.22967	0.401	0.39543	0.565	0.84414	0.909	0.22854	0.4	0.22274	0.39	0.44213	0.608	0.3025	0.474
del_10p15.3	470 (81%)	107	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.0091299	0.0324	0.00298	0.0124	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.0055699	0.0213	0.00205	0.00904	0.01489	0.0476	0.00011	0.00064
del_10p13	471 (82%)	106	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.00244	0.0106	0.00116	0.00556	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.00014	0.000802	5e-05	0.000329	0.088259	0.199	0.00272	0.0114
del_10p11.23	476 (82%)	101	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	8.9999e-05	0.000542	2e-05	0.000156	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.00069999	0.0036	0.00371	0.0151	0.04454	0.12	0.00109	0.00534
del_10q23.31	514 (89%)	63	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.01234	0.0409	0.00305	0.0127	9.9999e-06	8.55e-05	0.00050999	0.00268	0.01084	0.0368	0.067939	0.165	0.36793	0.534	0.04178	0.115
del_10q26.3	515 (89%)	62	9.9999e-06	8.55e-05	5e-05	0.000329	0.04217	0.116	0.0013	0.00615	9.9999e-06	8.55e-05	2e-05	0.000156	0.11788	0.243	0.04359	0.119	0.2497	0.42	0.03494	0.0988
del_11p15.5	129 (22%)	448	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.16124	0.309	0.00146	0.00678	9.9999e-06	8.55e-05	2e-05	0.000156	0.16902	0.321	0.04545	0.121	0.00263	0.0112	0.0014	0.00658
del_11p11.2	105 (18%)	472	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.50653	0.664	0.01875	0.0564	9.9999e-06	8.55e-05	0.00251	0.0108	0.93343	0.97	0.65895	0.782	0.093029	0.204	0.089099	0.199
del_11q14.1	96 (17%)	481	9.9999e-06	8.55e-05	0.00049	0.0026	0.8777	0.931	0.13773	0.275	9.9999e-06	8.55e-05	0.33046	0.498	0.75392	0.846	0.6802	0.792	0.12132	0.25	0.16011	0.307
del_12p13.1	72 (12%)	505	0.04948	0.129	0.01366	0.0443	0.25194	0.42	0.23218	0.404	0.085849	0.198	0.15422	0.299	0.6794	0.792	0.55779	0.697	1	1	0.93017	0.968
del_12q12	77 (13%)	500	0.01325	0.0434	0.00075999	0.00385	0.26626	0.438	0.084479	0.196	0.00019	0.00108	0.064119	0.158	0.096099	0.209	0.26863	0.439	1	1	0.66368	0.782
del_12q15	79 (14%)	498	0.00028	0.00154	0.00182	0.00813	0.48541	0.644	0.42392	0.594	9.9999e-06	8.55e-05	0.24171	0.416	0.55281	0.696	0.71726	0.815	0.71321	0.814	0.39901	0.568
del_13q14.2	241 (42%)	336	9.9999e-06	8.55e-05	9.9999e-06	8.55e-05	0.35041	0.513	0.14377	0.283	9.9999e-06	8.55e-05	0.00090999	0.00455	0.85145	0.916	0.1155	0.24	0.080279	0.189	0.067719	0.165
del_13q22.1	230 (40%)	347	9.9999e-06	8.55e-05	0.00014	0.000802	0.50795	0.664	0.34002	0.505	9.9999e-06	8.55e-05	0.072259	0.172	0.60894	0.739	0.01443	0.0464	0.52192	0.675	0.2851	0.456
del_14q13.1	178 (31%)	399	4e-05	0.000273	0.00023	0.00129	0.61503	0.745	0.65936	0.782	9.9999e-06	8.55e-05	0.0437	0.119	0.62255	0.752	0.20471	0.368	0.4478	0.613	0.9419	0.976
del_14q24.2	173 (30%)	404	9.9999e-06	8.55e-05	4e-05	0.000273	0.059579	0.151	0.15788	0.304	9.9999e-06	8.55e-05	0.00382	0.0154	0.55364	0.696	0.060069	0.151	0.089039	0.199	0.94055	0.976
del_15q14	154 (27%)	423	4e-05	0.000273	9.9999e-06	8.55e-05	0.00143	0.00668	5.9999e-05	0.000384	9.9999e-06	8.55e-05	0.00482	0.0188	0.058179	0.148	0.050109	0.13	0.00089999	0.00453	0.01696	0.0524
del_16p12.2	92 (16%)	485	0.24436	0.418	0.23249	0.404	0.39604	0.565	0.86851	0.929	0.17336	0.326	0.069669	0.167	0.43758	0.605	0.11686	0.242	0.44493	0.61	0.33454	0.501
del_16q23.1	101 (18%)	476	0.01544	0.0489	0.48976	0.645	0.87421	0.931	0.53768	0.69	0.01198	0.0399	0.85632	0.92	0.055679	0.143	0.0062499	0.023	0.87666	0.931	0.78374	0.873
del_17p13.2	88 (15%)	489	0.00323	0.0132	0.02481	0.073	0.95079	0.98	0.94869	0.979	9.9999e-06	8.55e-05	0.076519	0.18	0.63032	0.755	0.40995	0.578	0.59089	0.726	0.81738	0.891
del_17p13.1	98 (17%)	479	0.00038	0.00206	0.00168	0.0076	0.62992	0.755	0.89569	0.945	9.9999e-06	8.55e-05	0.1093	0.231	0.64753	0.773	0.26074	0.432	0.64337	0.769	0.66378	0.782
del_17q11.2	72 (12%)	505	2e-05	0.000156	2e-05	0.000156	0.00259	0.0111	0.0109	0.0369	9.9999e-06	8.55e-05	0.00023	0.00129	0.0059999	0.0222	0.0092999	0.0329	0.53768	0.69	0.56554	0.704
del_18q22.3	82 (14%)	495	0.12772	0.261	0.087499	0.199	0.78951	0.875	0.39017	0.56	9.9999e-05	0.000597	0.18827	0.344	0.01064	0.0367	0.0079599	0.0285	0.19837	0.359	0.27271	0.444
del_19q13.41	99 (17%)	478	0.004	0.016	4e-05	0.000273	0.076279	0.18	0.04446	0.12	0.00104	0.00516	9.9999e-06	8.55e-05	0.053039	0.137	0.33646	0.503	0.03537	0.0997	0.095739	0.209
del_21q21.1	56 (10%)	521	0.01084	0.0368	0.00107	0.00528	0.01564	0.0494	0.20811	0.373	0.088829	0.199	0.00059999	0.00313	0.00311	0.0128	0.03229	0.0921	0.66107	0.782	1	1
del_22q13.32	212 (37%)	365	0.71522	0.814	0.97208	0.993	0.0393	0.109	0.41344	0.581	2e-05	0.000156	0.26441	0.436	0.79426	0.876	0.32668	0.495	0.04863	0.128	0.085279	0.197
del_xp22.2	118 (20%)	459	0.0059699	0.0222	0.00156	0.00715	0.11364	0.237	0.17121	0.324	9.9999e-06	8.55e-05	0.00149	0.00687	0.68333	0.793	0.24712	0.42	0.30465	0.475	0.67379	0.788
