		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_2q11.2	107 (20%)	415	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.50813	0.585	0.54223	0.617	0.081619	0.137	9.9999e-06	4.87e-05	0.02471	0.0502	0.00076999	0.0025	0.00222	0.0064	0.078159	0.132
amp_2q31.2	112 (21%)	410	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.24005	0.329	0.31348	0.406	0.23558	0.327	9.9999e-06	4.87e-05	0.077769	0.132	0.0065799	0.0167	0.00064999	0.00216	0.0086199	0.0208
amp_3q26.33	380 (73%)	142	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.13124	0.202	0.30839	0.401	9.9999e-06	4.87e-05	0.00031	0.00107	0.00043	0.00147	0.59283	0.664	0.00025	0.000883	0.16229	0.242
amp_5p15.33	240 (46%)	282	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.85402	0.89	0.82914	0.871	0.04229	0.079	0.68075	0.742	0.49446	0.572	0.03367	0.065	0.48487	0.566	0.98422	0.988
amp_6p12.1	110 (21%)	412	9.9999e-06	4.87e-05	4e-05	0.000163	0.45924	0.544	0.9515	0.965	0.70162	0.761	0.03616	0.0694	0.42715	0.517	0.00242	0.00688	0.071769	0.124	0.17092	0.25
amp_6q12	96 (18%)	426	9.9999e-06	4.87e-05	0.00018	0.00066	0.27412	0.364	0.90062	0.924	0.69364	0.753	0.0059299	0.0152	0.30771	0.401	0.23897	0.329	0.16462	0.243	0.41591	0.508
amp_7p11.2	222 (43%)	300	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.9969	0.998	0.67192	0.735	0.02673	0.0539	9.9999e-06	4.87e-05	0.48716	0.566	9.9999e-06	4.87e-05	0.00153	0.00462	0.12363	0.193
amp_7q21.3	169 (32%)	353	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.33052	0.42	0.44043	0.528	0.20491	0.292	9.9999e-06	4.87e-05	0.0434	0.08	0.00018	0.00066	0.061729	0.109	0.87206	0.905
amp_8p11.23	161 (31%)	361	9.9999e-06	4.87e-05	0.0044	0.0116	0.81106	0.854	0.87431	0.905	0.093289	0.152	0.16979	0.249	0.00227	0.0065	0.01027	0.0243	0.2219	0.311	0.13091	0.202
amp_8q11.21	310 (59%)	212	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.097329	0.158	0.63085	0.701	0.00014	0.000528	9.9999e-06	4.87e-05	0.03297	0.0641	0.0052599	0.0137	0.00097999	0.00312	0.00243	0.00688
amp_8q24.21	386 (74%)	136	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.31619	0.409	0.44976	0.536	0.00182	0.00531	9.9999e-06	4.87e-05	0.067099	0.117	0.00104	0.00327	0.00021	0.000756	0.0081699	0.02
amp_9p24.1	126 (24%)	396	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.13646	0.208	0.24849	0.336	0.01531	0.0342	0.01513	0.0342	0.077319	0.132	0.00102	0.00322	0.00017	0.000629	0.04034	0.0763
amp_9p23	124 (24%)	398	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.38897	0.48	0.42345	0.514	0.01842	0.0397	0.02002	0.0426	0.075889	0.13	0.00245	0.00691	0.00133	0.00406	0.21212	0.299
amp_9p13.3	139 (27%)	383	9.9999e-06	4.87e-05	0.00242	0.00688	0.48674	0.566	0.12374	0.193	0.00187	0.00543	0.00126	0.00387	0.01378	0.0314	0.059779	0.107	0.04236	0.079	0.42026	0.512
amp_9q34.3	177 (34%)	345	9.9999e-06	4.87e-05	0.01533	0.0342	0.23932	0.329	0.0244	0.0498	0.77055	0.818	0.00489	0.0128	0.57598	0.647	0.084809	0.142	0.62617	0.697	0.31868	0.41
amp_11p13	102 (20%)	420	0.00289	0.00803	0.00082999	0.00266	0.46118	0.545	0.17801	0.258	0.90238	0.924	0.56534	0.638	0.75235	0.8	0.49072	0.569	0.0058299	0.015	0.14936	0.226
amp_11q13.3	229 (44%)	293	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.83418	0.873	0.72995	0.78	0.34535	0.433	0.03198	0.0625	0.7827	0.829	0.00449	0.0118	0.00149	0.00452	0.060729	0.108
amp_12p13.33	167 (32%)	355	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.0416	0.078	0.52135	0.596	0.0033	0.00895	0.00011	0.000426	0.00175	0.00516	0.089659	0.148	0.00166	0.00494	0.37952	0.47
amp_12q15	103 (20%)	419	3e-05	0.000128	0.00034	0.00116	0.064899	0.114	0.20503	0.292	0.089589	0.148	0.00154	0.00463	0.74313	0.793	0.32241	0.413	0.95865	0.97	0.36933	0.459
amp_13q22.1	105 (20%)	417	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.1486	0.225	0.15418	0.232	0.096599	0.157	0.077609	0.132	0.21251	0.299	0.16028	0.24	0.01517	0.0342	0.26639	0.354
amp_13q34	106 (20%)	416	9.9999e-06	4.87e-05	5.9999e-05	0.000241	0.2257	0.316	0.48663	0.566	0.016	0.0354	0.00416	0.011	0.096319	0.157	0.13226	0.202	0.01601	0.0354	0.12461	0.194
amp_15q26.3	105 (20%)	417	2e-05	8.95e-05	0.0071999	0.0181	0.45399	0.54	0.32872	0.419	0.42634	0.517	0.075639	0.13	0.16295	0.242	0.050669	0.0916	0.04779	0.0872	0.54196	0.617
amp_17q12	91 (17%)	431	9.9999e-06	4.87e-05	2e-05	8.95e-05	0.18778	0.27	0.72159	0.776	0.0061399	0.0157	2e-05	8.95e-05	0.00326	0.0089	5e-05	0.000203	0.0079699	0.0197	0.64812	0.716
amp_18p11.31	156 (30%)	366	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.52164	0.596	0.51701	0.594	0.097729	0.158	4e-05	0.000163	0.32806	0.419	0.00021	0.000756	9.9999e-06	4.87e-05	0.0301	0.0596
amp_18q11.2	106 (20%)	416	2e-05	8.95e-05	7.9999e-05	0.000313	0.51921	0.595	0.20521	0.292	0.42795	0.517	0.01285	0.0297	0.01274	0.0295	0.0291	0.058	0.01682	0.0371	0.20253	0.289
amp_19p13.2	60 (11%)	462	0.16366	0.242	9.9999e-06	4.87e-05	0.04033	0.0763	1	1	0.00074999	0.00245	0.01101	0.0259	0.02126	0.0448	0.23101	0.322	0.25277	0.34	0.18054	0.261
amp_20p12.2	191 (37%)	331	2e-05	8.95e-05	5.9999e-05	0.000241	0.87351	0.905	0.9319	0.948	0.074149	0.127	0.0043	0.0114	0.10965	0.174	0.02255	0.0473	0.66266	0.728	0.04321	0.08
amp_20q11.22	227 (43%)	295	9.9999e-06	4.87e-05	4e-05	0.000163	0.50229	0.58	0.83086	0.872	0.058219	0.104	0.02781	0.0559	0.29655	0.389	0.02386	0.0491	0.83388	0.873	0.072099	0.124
amp_xq28	150 (29%)	372	9.9999e-06	4.87e-05	3e-05	0.000128	0.64368	0.712	0.19827	0.284	0.25493	0.342	0.3174	0.409	0.25523	0.342	0.092879	0.152	0.25997	0.347	0.062039	0.109
del_1p36.21	95 (18%)	427	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.00086999	0.00278	0.0055999	0.0145	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.00158	0.00472	0.04126	0.0779	0.00109	0.0034	0.01162	0.0271
del_1p13.2	133 (25%)	389	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.02465	0.0502	0.0074399	0.0186	0.02331	0.0484	2e-05	8.95e-05	0.00182	0.00531	0.00011	0.000426	0.00069999	0.0023	0.18389	0.265
del_1q44	48 (9%)	474	0.00054999	0.00185	0.01714	0.0375	0.73072	0.78	0.90827	0.929	0.01324	0.0304	0.0096999	0.0232	0.00174	0.00515	0.04677	0.0855	0.01824	0.0395	0.44002	0.528
del_2q21.2	78 (15%)	444	0.91288	0.932	0.02036	0.0432	0.70299	0.761	0.21129	0.299	0.04344	0.08	0.00024	0.000852	0.00225	0.00646	0.25773	0.345	0.03925	0.0752	0.03554	0.0684
del_2q22.1	121 (23%)	401	0.01974	0.0421	2e-05	8.95e-05	0.34661	0.434	0.83523	0.873	0.23978	0.329	0.0089399	0.0215	0.16103	0.24	0.00116	0.00359	0.03047	0.0602	0.04023	0.0763
del_2q36.2	157 (30%)	365	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.090509	0.148	0.85648	0.891	0.01926	0.0412	0.066079	0.115	0.060679	0.108	0.02422	0.0496	0.29765	0.389	0.050319	0.0912
del_3p26.2	348 (67%)	174	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.52851	0.603	0.21159	0.299	0.00016	0.000595	9.9999e-06	4.87e-05	0.01815	0.0394	9.9999e-06	4.87e-05	2e-05	8.95e-05	0.0070799	0.0179
del_3p24.1	368 (70%)	154	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.41967	0.512	0.11515	0.182	0.00294	0.00811	9.9999e-06	4.87e-05	0.0025	0.00703	3e-05	0.000128	3e-05	0.000128	0.02975	0.059
del_3p14.2	372 (71%)	150	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.61034	0.683	0.17486	0.255	0.01569	0.0349	9.9999e-06	4.87e-05	0.088649	0.147	0.00034	0.00116	9.9999e-06	4.87e-05	0.31641	0.409
del_3p12.1	343 (66%)	179	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.82939	0.871	0.90156	0.924	0.02327	0.0484	9.9999e-06	4.87e-05	0.060519	0.108	0.00046	0.00156	9.9999e-06	4.87e-05	0.51855	0.595
del_4p15.2	208 (40%)	314	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.0111	0.0261	0.33449	0.424	7.9999e-05	0.000313	9.9999e-06	4.87e-05	0.0077699	0.0194	0.02892	0.058	0.00023	0.00082	0.01705	0.0375
del_4q21.3	156 (30%)	366	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.28672	0.377	0.04597	0.0843	0.0084699	0.0206	3e-05	0.000128	0.40172	0.493	0.03074	0.0605	0.1962	0.281	0.93701	0.952
del_4q22.1	169 (32%)	353	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.24362	0.331	0.075839	0.13	0.0082899	0.0202	0.00028	0.00098	0.26094	0.348	0.04003	0.0763	0.090049	0.148	0.3945	0.485
del_4q35.2	213 (41%)	309	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.84503	0.882	0.18695	0.269	0.02905	0.058	2e-04	0.00073	0.15134	0.228	0.0058099	0.015	0.12054	0.189	0.24157	0.329
del_5q12.1	215 (41%)	307	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.089619	0.148	0.35869	0.448	0.062139	0.109	9.9999e-06	4.87e-05	0.086699	0.144	4e-05	0.000163	0.00051999	0.00176	0.04795	0.0873
del_5q15	226 (43%)	296	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.14391	0.219	0.43025	0.519	0.098919	0.16	9.9999e-06	4.87e-05	0.10871	0.173	3e-05	0.000128	0.00016	0.000595	0.34136	0.43
del_5q35.3	199 (38%)	323	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.2418	0.329	0.72166	0.776	0.03123	0.0612	9.9999e-06	4.87e-05	0.23935	0.329	4e-05	0.000163	3e-04	0.00104	0.11564	0.183
del_6p25.3	96 (18%)	426	2e-05	8.95e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.04166	0.078	0.01012	0.0241	0.00294	0.00811	0.17174	0.251	0.17609	0.255	0.72714	0.78	0.22988	0.321	0.66317	0.728
del_7q31.1	77 (15%)	445	0.00219	0.00634	0.28338	0.373	0.56998	0.642	0.3801	0.47	0.42163	0.513	0.5516	0.626	0.72537	0.779	0.17567	0.255	0.47912	0.561	0.69276	0.753
del_7q36.1	132 (25%)	390	0.00027	0.000949	0.39356	0.485	0.04325	0.08	0.67668	0.739	0.88782	0.916	0.80724	0.851	0.79102	0.837	0.33136	0.42	0.99288	0.995	0.9786	0.986
del_8p23.2	304 (58%)	218	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.28125	0.371	0.32392	0.414	0.00106	0.00332	9.9999e-06	4.87e-05	0.01785	0.0389	0.00372	0.00991	9.9999e-06	4.87e-05	3e-05	0.000128
del_9p23	239 (46%)	283	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.28124	0.371	0.11229	0.178	0.97417	0.983	9.9999e-06	4.87e-05	0.40542	0.497	0.00014	0.000528	9.9999e-06	4.87e-05	0.30896	0.401
del_9p21.3	302 (58%)	220	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.67176	0.735	0.36429	0.455	0.2791	0.37	9.9999e-06	4.87e-05	0.4407	0.528	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.1402	0.213
del_9q21.11	108 (21%)	414	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.98274	0.988	0.23614	0.328	0.74805	0.797	0.02267	0.0474	0.79287	0.837	0.00072999	0.00239	0.00329	0.00895	0.9195	0.938
del_9q34.3	79 (15%)	443	7.9999e-05	0.000313	0.00082999	0.00266	0.61531	0.687	0.3688	0.459	0.77507	0.822	0.44448	0.531	0.49296	0.571	0.0094399	0.0226	0.00353	0.0095	0.9567	0.969
del_10p15.3	170 (33%)	352	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.47523	0.557	0.7095	0.765	0.20832	0.295	0.00306	0.00841	0.01465	0.0333	0.080529	0.136	3e-04	0.00104	0.34358	0.432
del_10p11.21	162 (31%)	360	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.44943	0.536	0.16901	0.248	0.23649	0.328	0.02577	0.0521	0.04255	0.0791	0.01523	0.0342	0.02354	0.0487	0.70794	0.765
del_10q23.31	138 (26%)	384	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.13376	0.204	0.97999	0.986	0.00059999	0.002	0.00284	0.00792	0.02276	0.0475	0.46249	0.546	0.00021	0.000756	0.03243	0.0632
del_11p15.5	163 (31%)	359	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.86833	0.902	0.28172	0.371	9.9999e-06	4.87e-05	0.0132	0.0304	9.9999e-06	4.87e-05	0.00326	0.0089	0.00013	0.000498	0.0078299	0.0194
del_11q23.1	246 (47%)	276	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.090169	0.148	0.16512	0.243	2e-05	8.95e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.0080199	0.0197	0.01347	0.0309	0.073439	0.127	0.24409	0.331
del_12q24.33	63 (12%)	459	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.61727	0.688	0.45727	0.543	0.65167	0.718	0.10385	0.167	0.48043	0.561	0.12051	0.189	0.12664	0.196	0.55579	0.629
del_13q12.11	233 (45%)	289	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.15856	0.238	0.2416	0.329	0.02538	0.0514	9.9999e-06	4.87e-05	0.47385	0.557	0.03124	0.0612	0.0098299	0.0234	0.88458	0.914
del_13q14.2	217 (42%)	305	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.10868	0.173	0.56974	0.642	9.9999e-06	4.87e-05	7.9999e-05	0.000313	0.00119	0.00367	0.21491	0.302	0.00156	0.00467	0.13123	0.202
del_14q11.2	75 (14%)	447	0.00023	0.00082	0.01495	0.0339	0.32177	0.413	0.89891	0.924	0.10355	0.166	0.14938	0.226	0.0072399	0.0182	0.03313	0.0643	0.00142	0.00432	0.12646	0.196
del_14q32.32	75 (14%)	447	0.01016	0.0241	9.9999e-06	4.87e-05	0.01809	0.0393	0.46878	0.552	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.00102	0.00322	0.02916	0.058	9.9999e-06	4.87e-05	0.00081999	0.00265
del_15q15.1	124 (24%)	398	9.9999e-06	4.87e-05	0.11775	0.186	0.66836	0.733	0.41178	0.504	0.053439	0.0964	0.062349	0.11	0.70444	0.762	0.63947	0.708	0.060039	0.107	0.63181	0.701
del_16q23.1	98 (19%)	424	2e-05	8.95e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.469	0.552	0.45763	0.543	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.0079999	0.0197	0.04035	0.0763	2e-05	8.95e-05	0.00116	0.00359
del_16q23.3	105 (20%)	417	4e-05	0.000163	9.9999e-06	4.87e-05	0.1629	0.242	0.23224	0.323	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.02246	0.0473	0.1649	0.243	4e-05	0.000163	0.00366	0.00982
del_17p11.2	99 (19%)	423	9.9999e-06	4.87e-05	0.0018	0.00529	0.8903	0.918	0.97254	0.983	0.2969	0.389	0.10059	0.162	0.47515	0.557	0.12724	0.197	0.02389	0.0491	0.92868	0.946
del_17q25.3	71 (14%)	451	0.24213	0.329	3e-05	0.000128	0.43407	0.523	0.69098	0.753	0.01882	0.0405	0.083239	0.14	0.0085599	0.0207	0.050279	0.0912	0.068349	0.119	0.00371	0.00991
del_18q21.2	268 (51%)	254	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.89983	0.924	0.37966	0.47	0.01158	0.0271	9.9999e-06	4.87e-05	0.03324	0.0643	9.9999e-06	4.87e-05	6.9999e-05	0.000279	0.081299	0.137
del_18q23	288 (55%)	234	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.25696	0.344	0.24791	0.335	0.0063499	0.0161	9.9999e-06	4.87e-05	0.062709	0.11	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.02114	0.0447
del_19p13.3	175 (34%)	347	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.30465	0.398	0.36936	0.459	0.01892	0.0406	0.00059999	0.002	0.11874	0.187	0.00012	0.000462	2e-05	8.95e-05	0.087909	0.146
del_19q13.43	97 (19%)	425	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.33027	0.42	0.59007	0.662	0.61279	0.685	4e-05	0.000163	0.43537	0.524	0.065909	0.115	0.23914	0.329	0.65021	0.717
del_21q22.3	208 (40%)	314	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.55234	0.626	0.72944	0.78	0.0081899	0.02	2e-05	8.95e-05	0.33602	0.424	4e-05	0.000163	0.00015	0.000563	0.13152	0.202
del_xp22.2	157 (30%)	365	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.31814	0.41	0.00265	0.00742	0.04547	0.0836	0.01716	0.0375	0.0053999	0.014	0.15707	0.236	0.0044	0.0116	0.33607	0.424
del_xp21.3	159 (30%)	363	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.55969	0.633	0.056849	0.102	0.50797	0.585	0.02385	0.0491	0.10762	0.172	0.085219	0.142	0.01361	0.0311	0.25225	0.34
del_xq21.33	80 (15%)	442	9.9999e-06	4.87e-05	9.9999e-06	4.87e-05	0.34204	0.43	0.12577	0.196	0.00065999	0.00218	0.00349	0.00943	0.00014	0.000528	0.01236	0.0288	0.04137	0.0779	0.17358	0.253
