		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	70 (13%)	452	9.9999e-05	0.000651	0.0098899	0.0335	0.99132	1	0.62582	0.745	0.94591	0.965	0.72841	0.82	0.68574	0.783	0.0052899	0.0201	0.11911	0.222	0.87581	0.916
1q gain	121 (23%)	401	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.2896	0.433	0.76969	0.842	9.9999e-05	0.000651	0.00082999	0.004	0.00033	0.00183	0.00026	0.00152	0.01222	0.0398	0.096379	0.19
2p gain	97 (19%)	425	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.02328	0.0652	0.43755	0.577	0.03441	0.0887	9.9999e-06	9.53e-05	0.02139	0.0617	0.01971	0.0577	0.00241	0.0102	0.089129	0.182
2q gain	74 (14%)	448	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.3883	0.529	0.73037	0.821	0.062499	0.142	9.9999e-06	9.53e-05	0.1033	0.198	0.10308	0.198	0.01648	0.0497	0.039	0.0981
3p gain	81 (16%)	441	0.195	0.318	0.00026	0.00152	0.13075	0.237	0.75623	0.835	0.01208	0.0398	0.0372	0.0947	0.12951	0.236	0.15577	0.269	0.11054	0.209	0.0291	0.0785
3q gain	254 (49%)	268	5.9999e-05	0.000428	9.9999e-06	9.53e-05	0.69584	0.79	0.28305	0.426	3e-04	0.00174	0.1498	0.264	0.0087399	0.0302	0.80183	0.861	0.02181	0.0623	0.095649	0.19
4p gain	41 (8%)	481	0.02216	0.0631	0.00195	0.0086	0.69791	0.79	0.35207	0.493	0.14262	0.254	0.67424	0.778	0.074149	0.16	0.64785	0.761	0.73338	0.822	0.32621	0.468
4q gain	37 (7%)	485	0.90316	0.933	0.19766	0.321	1	1	0.76265	0.837	0.84068	0.891	0.48098	0.623	1	1	0.90886	0.935	0.68285	0.783	0.73871	0.825
5p gain	201 (39%)	321	9.9999e-06	9.53e-05	0.00228	0.00989	0.96087	0.976	0.83452	0.888	0.094569	0.19	0.92321	0.947	0.57673	0.71	0.03193	0.0836	0.83597	0.888	0.65911	0.769
5q gain	68 (13%)	454	0.04842	0.115	0.59202	0.719	0.61563	0.738	0.88756	0.925	0.821	0.878	0.62492	0.745	0.67916	0.781	0.4501	0.59	0.85712	0.907	0.3098	0.452
6p gain	83 (16%)	439	0.00031	0.00178	0.00233	0.0099	0.50045	0.643	0.74297	0.827	0.6838	0.783	0.21927	0.349	0.60768	0.731	0.069359	0.152	0.32346	0.466	0.65942	0.769
6q gain	63 (12%)	459	0.00233	0.0099	0.03053	0.081	0.1914	0.314	0.072839	0.158	0.099589	0.193	0.03937	0.0987	0.23933	0.375	0.9137	0.939	0.065579	0.145	0.2962	0.439
7p gain	183 (35%)	339	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.63471	0.749	0.50241	0.644	0.15027	0.264	9.9999e-06	9.53e-05	0.68751	0.784	9.9999e-06	9.53e-05	0.12463	0.229	0.53305	0.668
7q gain	129 (25%)	393	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.17667	0.295	0.63336	0.748	0.53519	0.67	0.00048	0.00254	0.01301	0.0412	6.9999e-05	0.00047	0.32717	0.468	0.49957	0.643
8p gain	155 (30%)	367	0.02304	0.0649	0.24762	0.384	0.58975	0.719	0.63747	0.75	0.79086	0.853	0.90465	0.933	0.59585	0.722	0.787	0.85	0.4527	0.592	0.13444	0.243
8q gain	310 (59%)	212	2e-05	0.000161	9.9999e-06	9.53e-05	0.081159	0.17	0.88882	0.925	0.071739	0.156	6.9999e-05	0.00047	0.17104	0.287	0.01054	0.0353	0.03958	0.0989	0.067669	0.149
9p gain	102 (20%)	420	9.9999e-06	9.53e-05	2e-05	0.000161	0.39278	0.533	0.094839	0.19	0.00413	0.016	0.00068999	0.00343	0.0073199	0.0261	0.0094099	0.032	0.00022	0.00135	0.1552	0.269
9q gain	139 (27%)	383	9.9999e-06	9.53e-05	0.00297	0.0122	0.17533	0.293	0.25519	0.392	0.38991	0.53	0.00108	0.00503	0.39498	0.535	0.04955	0.117	0.29765	0.441	0.43883	0.578
10p gain	40 (8%)	482	0.076809	0.164	9.9999e-06	9.53e-05	0.59068	0.719	0.067399	0.149	0.098199	0.191	0.00055999	0.00289	0.04315	0.105	0.01694	0.0509	0.55638	0.689	0.36455	0.508
10q gain	34 (7%)	488	0.00451	0.0173	0.24207	0.377	0.098029	0.191	0.40042	0.541	0.3559	0.498	0.14169	0.253	0.87649	0.916	0.03783	0.0956	0.21656	0.347	0.61049	0.733
11p gain	66 (13%)	456	6.9999e-05	0.00047	4e-05	0.000295	0.82697	0.881	0.41201	0.549	0.10488	0.2	0.14528	0.257	0.04469	0.109	0.26527	0.402	0.0035	0.0139	0.0083099	0.029
11q gain	71 (14%)	451	0.00011	0.00071	3e-05	0.000226	0.57306	0.707	0.58033	0.713	0.12379	0.229	0.080609	0.169	0.27318	0.413	0.01721	0.0515	0.01795	0.0533	0.063619	0.143
12p gain	148 (28%)	374	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.01563	0.0476	0.82389	0.88	0.01378	0.0425	5.9999e-05	0.000428	0.01226	0.0398	0.097679	0.191	0.03784	0.0956	0.5254	0.664
12q gain	89 (17%)	433	9.9999e-06	9.53e-05	0.00108	0.00503	0.14439	0.256	0.18274	0.301	0.055739	0.13	0.0080599	0.0285	0.66246	0.771	0.78145	0.848	0.44975	0.59	0.79284	0.854
13q gain	57 (11%)	465	9.9999e-06	9.53e-05	0.0028	0.0116	0.59379	0.72	0.73587	0.823	0.00135	0.00618	0.0056099	0.021	0.12257	0.227	0.24172	0.377	0.02752	0.0754	0.01601	0.0486
14q gain	151 (29%)	371	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.21938	0.349	0.095429	0.19	0.0091099	0.0313	9.9999e-06	9.53e-05	0.0067799	0.0245	0.00032	0.0018	3e-05	0.000226	0.00049	0.00258
15q gain	72 (14%)	450	6.9999e-05	0.00047	0.0064899	0.0235	0.38523	0.526	0.58577	0.715	0.097209	0.191	0.0351	0.0899	0.88521	0.924	0.0060799	0.0224	0.03483	0.0895	0.52602	0.664
16p gain	107 (20%)	415	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.32809	0.469	0.17855	0.297	0.40222	0.542	0.01366	0.0424	0.86861	0.914	9.9999e-06	9.53e-05	0.47882	0.621	0.53889	0.674
16q gain	107 (20%)	415	9.9999e-06	9.53e-05	2e-05	0.000161	0.584	0.714	0.81459	0.873	0.18066	0.299	0.0064299	0.0234	0.29021	0.433	3e-05	0.000226	0.088089	0.181	0.19453	0.318
17p gain	67 (13%)	455	9.9999e-06	9.53e-05	5e-05	0.000363	0.60112	0.726	0.90226	0.933	0.00197	0.00864	0.00308	0.0126	0.056599	0.131	0.04655	0.112	0.2481	0.384	0.16834	0.284
17q gain	87 (17%)	435	2e-05	0.000161	0.00055999	0.00289	0.58084	0.713	0.67208	0.777	0.087789	0.18	0.00123	0.0057	0.41932	0.556	0.0035	0.0139	0.061449	0.141	0.097129	0.191
18p gain	123 (24%)	399	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.33329	0.474	0.32094	0.465	0.34788	0.489	7.9999e-05	0.000533	0.25043	0.387	0.01554	0.0475	0.00098999	0.00472	0.16669	0.283
18q gain	53 (10%)	469	0.00147	0.00666	2e-05	0.000161	0.0068899	0.0248	0.086329	0.179	0.00031	0.00178	0.00017	0.00106	2e-05	0.000161	0.14095	0.252	6.9999e-05	0.00047	0.062549	0.142
19p gain	56 (11%)	466	0.01247	0.0401	9.9999e-06	9.53e-05	0.087319	0.18	0.76571	0.839	0.01986	0.058	0.01512	0.0464	0.00032	0.0018	0.052069	0.123	0.40395	0.543	0.17887	0.297
19q gain	78 (15%)	444	0.3726	0.515	0.00024	0.00143	0.96155	0.976	0.7866	0.85	0.060859	0.14	0.042	0.103	0.00057999	0.00295	0.078469	0.166	0.49822	0.642	0.065629	0.145
20p gain	190 (36%)	332	9.9999e-06	9.53e-05	3e-05	0.000226	0.89576	0.93	0.73292	0.822	0.051029	0.121	0.00426	0.0164	0.093619	0.189	0.01216	0.0398	0.5125	0.654	0.04017	0.0998
20q gain	201 (39%)	321	9.9999e-06	9.53e-05	2e-05	0.000161	0.83762	0.889	0.87406	0.915	0.03189	0.0836	0.00023	0.00139	0.064539	0.144	0.00407	0.0158	0.03618	0.0924	0.01119	0.0371
21q gain	35 (7%)	487	0.063259	0.143	0.0413	0.102	0.01328	0.0417	0.12736	0.233	0.0055699	0.021	0.073759	0.159	0.095739	0.19	0.25104	0.387	0.0057599	0.0214	0.77084	0.842
22q gain	112 (21%)	410	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.15326	0.267	0.51735	0.656	0.1552	0.269	0.00033	0.00183	0.00056999	0.00292	0.079609	0.168	0.01364	0.0424	0.53149	0.667
xp gain	53 (10%)	469	0.03408	0.0882	0.03219	0.084	0.16116	0.277	0.37569	0.517	0.61668	0.738	0.54083	0.674	0.69793	0.79	0.63092	0.747	0.30269	0.445	1	1
xq gain	95 (18%)	427	2e-05	0.000161	2e-05	0.000161	0.26135	0.398	1	1	0.5824	0.713	0.01946	0.0572	0.13042	0.237	0.51466	0.655	0.02578	0.0714	0.13768	0.248
1p loss	58 (11%)	464	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.03106	0.0822	0.16525	0.282	0.0019	0.00842	9.9999e-06	9.53e-05	0.40123	0.541	0.084929	0.176	0.26191	0.398	0.0206	0.0599
1q loss	39 (7%)	483	0.01632	0.0494	0.13881	0.249	0.78127	0.848	0.48791	0.631	0.02704	0.0744	0.00267	0.0112	0.094679	0.19	0.00089999	0.00432	0.40922	0.547	0.51008	0.652
2p loss	33 (6%)	489	0.02911	0.0785	0.0057599	0.0214	0.15856	0.274	0.04543	0.11	0.059339	0.137	0.062019	0.142	0.056539	0.131	0.67002	0.776	0.19953	0.323	0.37166	0.515
2q loss	46 (9%)	476	0.47577	0.618	0.2175	0.348	0.87264	0.915	0.67287	0.777	0.52828	0.664	0.90139	0.933	0.15273	0.267	0.68834	0.784	0.40467	0.543	0.16639	0.283
3p loss	297 (57%)	225	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.94253	0.962	0.67776	0.781	0.02961	0.0796	9.9999e-06	9.53e-05	0.098609	0.191	0.00073999	0.00366	8.9999e-05	0.000595	0.23558	0.37
3q loss	61 (12%)	461	0.0092999	0.0318	0.22926	0.363	0.33714	0.478	0.75667	0.835	0.62675	0.745	0.26922	0.407	1	1	0.0076699	0.0272	0.36291	0.507	0.94747	0.965
4p loss	194 (37%)	328	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.063849	0.143	0.54715	0.68	0.00015	0.000946	9.9999e-06	9.53e-05	0.18238	0.301	0.0276	0.0754	0.00059999	0.00304	0.063959	0.143
4q loss	151 (29%)	371	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.47031	0.613	0.22157	0.352	0.0084599	0.0294	3e-05	0.000226	0.25782	0.394	0.092409	0.188	0.03009	0.0802	0.16381	0.28
5p loss	51 (10%)	471	2e-05	0.000161	9.9999e-06	9.53e-05	0.41587	0.553	0.38449	0.526	0.57005	0.705	0.01317	0.0415	0.40778	0.545	0.25552	0.392	0.092649	0.188	0.02434	0.0677
5q loss	164 (31%)	358	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.24498	0.38	0.77181	0.842	0.34796	0.489	9.9999e-06	9.53e-05	0.38493	0.526	0.00024	0.00143	0.00017	0.00106	0.077069	0.164
6p loss	68 (13%)	454	0.00048	0.00254	0.00102	0.00481	0.02841	0.0774	0.12607	0.231	0.063239	0.143	0.11884	0.222	0.31055	0.452	0.68491	0.783	0.74014	0.826	0.074479	0.16
6q loss	68 (13%)	454	0.04579	0.11	0.00368	0.0145	0.12712	0.233	0.12409	0.229	0.72684	0.82	0.75736	0.835	0.75973	0.836	0.37206	0.515	0.7689	0.842	0.02143	0.0617
7p loss	29 (6%)	493	0.02872	0.078	0.0062499	0.0229	0.01046	0.0352	0.62881	0.745	0.36356	0.507	0.084659	0.176	0.25711	0.394	0.76208	0.837	0.0226	0.0639	0.77767	0.846
7q loss	40 (8%)	482	0.36773	0.511	0.30532	0.448	0.52816	0.664	1	1	0.17972	0.298	0.79762	0.858	0.10115	0.195	0.93514	0.957	0.74411	0.827	0.28657	0.43
8p loss	187 (36%)	335	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.55026	0.683	0.67968	0.781	0.14988	0.264	2e-05	0.000161	0.14197	0.253	0.00254	0.0107	0.00023	0.00139	6.9999e-05	0.00047
8q loss	30 (6%)	492	0.02417	0.0674	0.28712	0.43	0.754	0.835	0.87344	0.915	0.78484	0.85	0.65649	0.768	0.37378	0.515	0.41361	0.551	0.65226	0.765	0.26356	0.4
9p loss	186 (36%)	336	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.66763	0.774	0.11479	0.215	0.29557	0.439	9.9999e-06	9.53e-05	0.058179	0.135	2e-05	0.000161	9.9999e-06	9.53e-05	0.59884	0.724
9q loss	87 (17%)	435	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.97562	0.986	0.9711	0.983	0.37281	0.515	0.01366	0.0424	0.42124	0.558	0.00324	0.0132	0.01295	0.0412	0.30977	0.452
10p loss	156 (30%)	366	9.9999e-06	9.53e-05	0.00335	0.0135	0.32154	0.465	0.22991	0.363	0.068089	0.149	0.066179	0.146	0.063699	0.143	0.092809	0.188	0.02325	0.0652	0.24242	0.377
10q loss	113 (22%)	409	9.9999e-06	9.53e-05	0.00067999	0.0034	0.20841	0.336	0.30267	0.445	0.069499	0.152	0.10361	0.199	0.03013	0.0802	0.14627	0.258	0.12157	0.226	0.16439	0.281
11p loss	141 (27%)	381	9.9999e-06	9.53e-05	0.00018	0.00111	0.31803	0.462	0.3326	0.473	0.00102	0.00481	0.16118	0.277	0.00373	0.0146	0.12017	0.223	0.095849	0.19	0.23295	0.367
11q loss	172 (33%)	350	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.17538	0.293	0.078549	0.166	0.00036	0.00197	0.00306	0.0125	0.10855	0.206	0.4275	0.564	0.1517	0.266	0.50829	0.65
12p loss	37 (7%)	485	0.73069	0.821	0.04893	0.116	0.62748	0.745	0.10849	0.206	0.90762	0.935	0.16702	0.283	0.81813	0.876	0.80164	0.861	0.3393	0.48	0.2853	0.428
12q loss	33 (6%)	489	0.04581	0.11	0.0013	0.00599	0.86453	0.911	0.095909	0.19	0.40752	0.545	0.96314	0.976	1	1	0.18941	0.311	0.30179	0.445	0.21414	0.344
13q loss	167 (32%)	355	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.38322	0.526	0.82571	0.88	0.00032	0.0018	0.0054399	0.0206	0.04031	0.0999	0.19389	0.317	0.10625	0.202	0.20056	0.324
14q loss	58 (11%)	464	0.063929	0.143	0.00279	0.0116	0.03316	0.086	0.52559	0.664	4e-05	0.000295	0.00145	0.00661	0.00050999	0.00266	0.31075	0.452	2e-05	0.000161	0.01247	0.0401
15q loss	103 (20%)	419	9.9999e-06	9.53e-05	0.16884	0.284	0.6289	0.745	0.34883	0.49	0.084359	0.176	0.1357	0.245	0.60664	0.73	0.27655	0.417	0.078939	0.167	0.94097	0.962
16p loss	63 (12%)	459	3e-05	0.000226	0.01098	0.0366	0.86379	0.911	0.079919	0.168	0.00167	0.00744	0.19522	0.318	0.66248	0.771	0.6373	0.75	0.17707	0.295	0.89556	0.93
16q loss	81 (16%)	441	0.00207	0.00903	9.9999e-06	9.53e-05	0.47515	0.618	0.24237	0.377	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.0070199	0.0251	0.0081399	0.0286	9.9999e-06	9.53e-05	0.00231	0.0099
17p loss	107 (20%)	415	0.00015	0.000946	0.00080999	0.00393	0.38499	0.526	0.75775	0.835	0.69328	0.788	0.16248	0.279	0.396	0.536	0.1111	0.209	0.33893	0.48	0.85886	0.908
17q loss	34 (7%)	488	0.01268	0.0406	0.11225	0.211	0.90288	0.933	0.5021	0.644	0.45557	0.595	0.03988	0.0994	0.74303	0.827	0.94899	0.965	0.87107	0.915	0.54501	0.678
18p loss	104 (20%)	418	0.00153	0.00686	2e-05	0.000161	0.54016	0.674	0.32701	0.468	0.31075	0.452	0.00361	0.0143	0.62329	0.745	0.01229	0.0398	0.22348	0.354	0.58232	0.713
18q loss	211 (40%)	311	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.20901	0.337	0.3317	0.473	0.00077999	0.00381	9.9999e-06	9.53e-05	0.00074999	0.00368	9.9999e-06	9.53e-05	6.9999e-05	0.00047	0.053459	0.126
19p loss	98 (19%)	424	9.9999e-06	9.53e-05	5e-05	0.000363	0.71188	0.804	0.71	0.803	0.054569	0.128	0.0090599	0.0312	0.02173	0.0623	0.0037	0.0145	0.01046	0.0352	0.03791	0.0956
19q loss	86 (16%)	436	9.9999e-06	9.53e-05	2e-05	0.000161	0.13012	0.237	0.51678	0.656	0.34422	0.486	0.0081699	0.0286	0.15497	0.269	0.03225	0.084	0.16882	0.284	0.04189	0.103
20p loss	47 (9%)	475	2e-05	0.000161	0.02654	0.0733	0.49071	0.634	0.77395	0.843	0.26013	0.397	0.093789	0.189	0.32312	0.466	0.02232	0.0633	0.11657	0.218	0.095309	0.19
20q loss	28 (5%)	494	0.00041	0.00223	0.00482	0.0184	0.21068	0.339	0.75349	0.835	0.01164	0.0385	0.01891	0.0558	0.070109	0.152	0.04658	0.112	0.01844	0.0546	0.02989	0.0801
21q loss	184 (35%)	338	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.57291	0.707	0.98321	0.993	0.01298	0.0412	3e-05	0.000226	0.30091	0.445	0.00034	0.00187	0.00063999	0.00322	0.231	0.364
22q loss	75 (14%)	447	0.00015	0.000946	0.00334	0.0135	0.66705	0.774	0.65647	0.768	0.0023	0.0099	0.32591	0.468	0.00149	0.00671	0.5172	0.656	0.01779	0.053	0.0467	0.112
xp loss	134 (26%)	388	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.93142	0.955	0.01373	0.0425	0.1059	0.202	0.04186	0.103	0.0209	0.0606	0.43992	0.578	0.077179	0.164	0.60297	0.727
xq loss	83 (16%)	439	9.9999e-06	9.53e-05	9.9999e-06	9.53e-05	0.087069	0.18	0.00043	0.0023	0.03135	0.0827	0.0059699	0.0221	0.00043	0.0023	0.097799	0.191	0.29439	0.438	0.42419	0.561
