		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
3p gain	8 (12%)	58	0.26804	0.491	0.52896	0.747	0.95157	1	0.64913	0.848	0.5152	0.737	0.69136	0.853	0.66904	0.853	0.60674	0.809
3q gain	8 (12%)	58	0.26987	0.493	0.5306	0.747	0.95155	1	0.64938	0.848	0.51513	0.737	0.69325	0.853	0.66904	0.853	0.6041	0.808
4p gain	24 (36%)	42	0.055169	0.177	1	1	2e-05	0.000315	6.9999e-05	0.000928	0.76951	0.896	0.0085999	0.0451	0.034911	0.129	0.01737	0.0775
4q gain	24 (36%)	42	0.055579	0.177	1	1	2e-05	0.000315	5e-05	0.00072	0.77168	0.896	0.0089799	0.0462	0.034911	0.129	0.01735	0.0775
5p gain	8 (12%)	58	0.42619	0.658	0.68415	0.853	0.44793	0.671	0.44674	0.671	0.36096	0.592	0.060579	0.187	1	1	0.12624	0.299
5q gain	8 (12%)	58	0.42583	0.658	0.68344	0.853	0.44896	0.671	0.44472	0.671	0.36356	0.593	0.059969	0.187	1	1	0.1269	0.299
7p gain	24 (36%)	42	0.15011	0.336	1	1	0.01598	0.0753	0.061509	0.188	0.90177	0.982	0.11706	0.285	0.76563	0.896	0.1009	0.259
7q gain	24 (36%)	42	0.15274	0.341	1	1	0.01619	0.0756	0.062349	0.188	0.90051	0.982	0.11667	0.285	0.76563	0.896	0.099339	0.257
8p gain	17 (26%)	49	0.41023	0.646	0.41614	0.651	0.00372	0.0226	0.03243	0.122	0.46652	0.687	0.098689	0.257	1	1	0.0284	0.115
8q gain	18 (27%)	48	0.33897	0.569	0.37398	0.606	0.0011	0.00827	0.01008	0.0503	0.69523	0.853	0.088029	0.236	0.75145	0.896	0.04267	0.149
9p gain	10 (15%)	56	1	1	1	1	0.71913	0.867	0.81254	0.932	0.82956	0.933	0.60148	0.806	1	1	0.26465	0.487
9q gain	10 (15%)	56	1	1	1	1	0.7225	0.867	0.8133	0.932	0.83068	0.933	0.60028	0.806	1	1	0.26325	0.487
10p gain	4 (6%)	62	0.4378	0.669	0.16052	0.349	0.51549	0.737	0.20328	0.409	1	1	0.16626	0.355	1	1	0.45764	0.678
11p gain	15 (23%)	51	0.28488	0.51	0.67942	0.853	2e-05	0.000315	0.00038	0.00355	0.87239	0.968	0.02708	0.111	0.19654	0.402	0.076919	0.218
11q gain	15 (23%)	51	0.27943	0.503	0.67645	0.853	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	0.61897	0.821	0.01993	0.0859	0.19654	0.402	0.10422	0.265
12p gain	19 (29%)	47	0.48089	0.703	0.7656	0.896	0.077829	0.219	0.15904	0.349	1	1	0.066519	0.196	0.2129	0.419	0.15507	0.344
12q gain	20 (30%)	46	0.44254	0.671	0.59645	0.806	0.14583	0.33	0.083809	0.23	0.94412	1	0.03189	0.121	0.23522	0.449	0.13204	0.308
14q gain	21 (32%)	45	0.10711	0.267	0.82793	0.933	0.00071999	0.00585	0.0054599	0.0313	0.42586	0.658	0.056139	0.177	0.031178	0.12	0.079359	0.221
15q gain	21 (32%)	45	0.10717	0.267	0.83145	0.933	0.00175	0.0121	0.061779	0.188	0.7547	0.896	0.21308	0.419	0.76221	0.896	0.47466	0.697
16p gain	21 (32%)	45	0.10527	0.265	1	1	9.9999e-06	0.000187	0.00012	0.00137	0.15853	0.349	0.0052199	0.0306	0.031178	0.12	0.0070599	0.0376
16q gain	21 (32%)	45	0.1045	0.265	1	1	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-05	0.00117	0.16016	0.349	0.0052999	0.0307	0.031178	0.12	0.0070299	0.0376
18p gain	17 (26%)	49	0.51746	0.737	0.80703	0.93	0.00218	0.0145	0.01357	0.0658	0.93726	1	0.04876	0.164	0.34059	0.57	0.04804	0.164
18q gain	16 (24%)	50	0.63881	0.841	0.92754	1	0.00101	0.00771	0.01909	0.0837	0.82238	0.933	0.051549	0.169	0.11865	0.285	0.062189	0.188
19p gain	19 (29%)	47	0.48259	0.703	0.27467	0.498	0.02255	0.0955	0.0089299	0.0462	0.66099	0.853	0.03869	0.137	1	1	0.70862	0.865
19q gain	17 (26%)	49	0.52013	0.738	0.30783	0.537	0.00128	0.00922	0.00144	0.0102	0.4082	0.646	0.04742	0.164	1	1	0.65747	0.853
20p gain	20 (30%)	46	0.21675	0.423	0.59606	0.806	0.03006	0.12	0.03167	0.121	0.70899	0.865	0.03127	0.12	0.53518	0.751	0.18174	0.38
20q gain	21 (32%)	45	0.22745	0.44	0.38922	0.619	0.068459	0.2	0.01716	0.0775	0.67736	0.853	0.03587	0.132	0.76221	0.896	0.098319	0.257
21q gain	4 (6%)	62	0.43804	0.669	0.16139	0.349	0.51595	0.737	0.10529	0.265	0.67661	0.853	0.16536	0.355	1	1	0.40896	0.646
22q gain	19 (29%)	47	0.89998	0.982	0.71354	0.867	0.069019	0.2	0.36206	0.592	0.55525	0.771	0.02326	0.0969	1	1	0.0093999	0.0479
xp gain	7 (11%)	59	0.80799	0.93	0.31808	0.547	0.00154	0.0108	0.050789	0.168	0.15728	0.348	0.11079	0.274	0.3805	0.609	0.11884	0.285
xq gain	6 (9%)	60	1	1	0.72187	0.867	0.0070799	0.0376	0.12225	0.292	0.2647	0.487	0.11796	0.285	0.14179	0.322	0.068719	0.2
1p loss	53 (80%)	13	0.6719	0.853	2e-05	0.000315	0.00043	0.0038	0.00038	0.00355	0.16286	0.351	0.00084999	0.0068	0.17642	0.37	0.00366	0.0225
1q loss	52 (79%)	14	0.47796	0.7	9.9999e-06	0.000187	2e-05	0.000315	5.9999e-05	0.00084	0.22883	0.44	0.00042	0.00378	0.17642	0.37	0.00449	0.0266
2p loss	46 (70%)	20	0.087009	0.236	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	0.082749	0.229	9.9999e-06	0.000187	0.030584	0.12	0.00070999	0.00585
2q loss	46 (70%)	20	0.087509	0.236	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	0.083999	0.23	9.9999e-06	0.000187	0.030584	0.12	0.00066999	0.00571
3p loss	9 (14%)	57	0.03604	0.132	0.89729	0.982	0.064199	0.19	0.00328	0.0207	0.90363	0.982	0.20374	0.409	0.3805	0.609	0.84736	0.949
3q loss	8 (12%)	58	0.02121	0.0906	0.36888	0.6	0.02577	0.106	0.00204	0.0137	0.56837	0.787	0.18245	0.38	0.14179	0.322	0.6931	0.853
5p loss	10 (15%)	56	0.099179	0.257	0.25137	0.471	0.00067999	0.00571	0.01863	0.0824	0.42563	0.658	0.01437	0.0687	0.45109	0.671	0.34477	0.575
5q loss	10 (15%)	56	0.098609	0.257	0.25518	0.476	0.00089999	0.00709	0.01929	0.0838	0.42717	0.658	0.01445	0.0687	0.45109	0.671	0.3458	0.575
6p loss	51 (77%)	15	0.33084	0.56	0.00018	0.00197	3e-05	0.000458	9.9999e-06	0.000187	0.35045	0.579	0.00127	0.00922	0.17642	0.37	0.00031	0.003
6q loss	51 (77%)	15	0.32783	0.558	7.9999e-05	0.00101	6.9999e-05	0.000928	9.9999e-06	0.000187	0.3506	0.579	0.00118	0.00875	0.17642	0.37	0.00028	0.00288
8p loss	9 (14%)	57	9.9999e-06	0.000187	0.086429	0.235	0.053339	0.173	0.03861	0.137	0.14872	0.335	0.46513	0.687	0.14179	0.322	0.3198	0.548
8q loss	8 (12%)	58	9.9999e-06	0.000187	0.04368	0.152	0.13433	0.311	0.070979	0.204	0.29084	0.516	0.52942	0.747	0.14179	0.322	0.32188	0.55
9p loss	10 (15%)	56	1	1	0.90278	0.982	0.064099	0.19	0.01659	0.076	0.91145	0.986	0.60041	0.806	0.69505	0.853	0.89141	0.982
9q loss	10 (15%)	56	1	1	0.90351	0.982	0.063729	0.19	0.01645	0.076	0.91197	0.986	0.59809	0.806	0.69505	0.853	0.89151	0.982
10p loss	48 (73%)	18	0.33868	0.569	0.00029	0.00292	9.9999e-05	0.00117	9.9999e-06	0.000187	0.27294	0.497	0.00016	0.00179	0.75898	0.896	0.01025	0.0506
10q loss	49 (74%)	17	0.24697	0.466	3e-04	0.00296	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	0.22787	0.44	0.00019	0.00204	0.53841	0.754	0.00292	0.0188
11p loss	7 (11%)	59	0.62701	0.828	0.57377	0.788	0.11125	0.274	0.31433	0.545	0.19942	0.405	0.93708	1	0.3805	0.609	0.5763	0.789
11q loss	7 (11%)	59	0.62748	0.828	0.57323	0.788	0.1088	0.27	0.31771	0.547	0.20376	0.409	0.93822	1	0.3805	0.609	0.57907	0.791
13q loss	43 (65%)	23	0.26146	0.486	0.00058999	0.00513	0.00381	0.0229	8.9999e-05	0.00111	0.85245	0.953	0.19716	0.402	0.54105	0.755	0.0056699	0.0321
16p loss	4 (6%)	62	0.68499	0.853	0.51532	0.737	0.0228	0.0958	0.03726	0.135	0.67976	0.853	0.089249	0.238	0.2864	0.51	0.98464	1
16q loss	5 (8%)	61	0.71923	0.867	0.38377	0.612	0.0058399	0.0327	0.0067699	0.0371	0.42832	0.658	0.04905	0.164	0.072436	0.207	0.68859	0.853
17p loss	50 (76%)	16	0.30116	0.527	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	0.051139	0.168	7.9999e-05	0.00101	0.049144	0.164	0.00226	0.0148
17q loss	50 (76%)	16	0.30022	0.527	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	9.9999e-06	0.000187	0.053519	0.173	5e-05	0.00072	0.049144	0.164	0.00193	0.0131
18p loss	8 (12%)	58	0.67555	0.853	0.097939	0.257	0.31461	0.545	0.20951	0.417	0.71845	0.867	0.95057	1	0.66904	0.853	0.77329	0.896
18q loss	10 (15%)	56	0.61829	0.821	0.079099	0.221	0.44081	0.671	0.27942	0.503	0.57327	0.788	0.86401	0.963	0.69505	0.853	0.51446	0.737
19q loss	3 (5%)	63	0.64732	0.848	0.76639	0.896	0.76438	0.896	0.82454	0.933	0.51701	0.737	0.86564	0.963	1	1	0.81812	0.933
20p loss	4 (6%)	62	0.30004	0.527	0.8051	0.93	0.20864	0.417	0.21113	0.419	0.4486	0.671	0.65334	0.851	0.2864	0.51	0.55134	0.768
20q loss	3 (5%)	63	1	1	0.41491	0.651	0.22607	0.44	0.058929	0.184	0.29615	0.524	0.82745	0.933	0.056025	0.177	0.71617	0.867
21q loss	35 (53%)	31	0.7733	0.896	0.0099799	0.0503	0.24839	0.467	0.19583	0.402	1	1	0.12754	0.299	1	1	0.04266	0.149
22q loss	8 (12%)	58	0.83026	0.933	0.13449	0.311	0.24675	0.466	0.23334	0.447	0.8972	0.982	0.21401	0.42	0.68742	0.853	0.35532	0.585
xp loss	38 (58%)	28	0.12546	0.298	0.00294	0.0188	0.00025	0.00262	0.00039	0.00357	0.18881	0.392	9.9999e-06	0.000187	0.23926	0.455	0.01245	0.0609
xq loss	39 (59%)	27	0.6009	0.806	0.073399	0.209	0.0065399	0.0362	0.00341	0.0212	0.32855	0.558	0.00099999	0.00771	0.77013	0.896	0.03741	0.135
