		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	9 (3%)	279	3e-05	0.00018	3e-05	0.00018	0.60996	0.72	0.053389	0.104	0.00313	0.0104	0.00334	0.011	0.47687	0.593	0.083209	0.153	0.04865	0.0968	0.02885	0.0637
1q gain	17 (6%)	271	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.93033	0.975	0.085579	0.156	3e-05	0.00018	0.00017	0.000833	0.51963	0.634	0.00043	0.00183	0.0065599	0.019	0.01132	0.0292
2p gain	42 (15%)	246	9.9999e-06	6.98e-05	0.0073999	0.0206	0.82545	0.902	0.052389	0.102	0.1349	0.223	0.90074	0.958	0.11959	0.202	0.072519	0.134	0.78795	0.869	0.16808	0.27
2q gain	47 (16%)	241	9.9999e-06	6.98e-05	0.0074499	0.0206	1	1	0.0069599	0.0197	0.60241	0.713	0.73651	0.825	0.218	0.331	0.051449	0.101	0.4196	0.537	0.40518	0.524
3p gain	74 (26%)	214	9.9999e-06	6.98e-05	0.002	0.00733	0.1926	0.299	0.00019	0.000901	9.9999e-06	6.98e-05	0.00218	0.00779	0.03969	0.0827	9.9999e-05	0.00054	0.091139	0.163	0.01444	0.0353
3q gain	94 (33%)	194	9.9999e-06	6.98e-05	0.0047	0.0147	0.2216	0.335	0.0096299	0.0259	9.9999e-06	6.98e-05	0.00379	0.0122	0.01021	0.0269	0.00017	0.000833	0.52082	0.634	0.01313	0.0325
4p gain	10 (3%)	278	0.24448	0.36	0.81063	0.89	0.69932	0.789	0.34141	0.46	0.32693	0.448	0.68576	0.781	0.61653	0.725	0.92193	0.97	0.83631	0.912	0.95016	0.99
4q gain	9 (3%)	279	0.51717	0.633	0.8106	0.89	0.69771	0.789	0.34216	0.46	0.53015	0.642	0.73934	0.826	0.27786	0.398	0.85633	0.925	0.49343	0.609	1	1
5p gain	33 (11%)	255	9.9999e-06	6.98e-05	0.0071599	0.0201	0.66985	0.769	0.32931	0.45	0.0184	0.0435	0.00011	0.000581	0.57092	0.681	0.11594	0.196	0.31008	0.432	0.25109	0.367
5q gain	31 (11%)	257	9.9999e-06	6.98e-05	0.00091999	0.00366	0.52997	0.642	0.16628	0.268	0.0050699	0.0156	6.9999e-05	0.000395	0.31639	0.439	0.15332	0.249	0.45152	0.571	0.37256	0.491
6p gain	10 (3%)	278	0.04798	0.096	0.00367	0.012	0.071659	0.134	0.18816	0.294	0.00201	0.00733	0.062729	0.119	0.16853	0.271	0.25029	0.367	0.10368	0.18	0.058069	0.111
6q gain	8 (3%)	280	0.02273	0.0511	0.00183	0.0068	0.48148	0.597	0.17342	0.276	0.01302	0.0324	0.13069	0.218	0.22624	0.338	0.64433	0.75	0.12639	0.212	0.086219	0.157
7p gain	172 (60%)	116	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.0061599	0.0181	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.04953	0.098	9.9999e-06	6.98e-05	0.00015	0.00076	9.9999e-06	6.98e-05
7q gain	173 (60%)	115	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.01308	0.0325	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.069869	0.131	9.9999e-06	6.98e-05	0.00014	0.000714	3e-05	0.00018
8p gain	20 (7%)	268	0.74879	0.836	0.01044	0.0272	0.13417	0.223	0.28905	0.411	0.098869	0.174	0.082199	0.151	0.45634	0.573	0.53882	0.649	0.40569	0.524	0.24217	0.358
8q gain	25 (9%)	263	0.12638	0.212	0.00011	0.000581	0.19547	0.302	0.38529	0.505	0.01288	0.0322	0.04475	0.0912	0.15177	0.247	0.11057	0.189	0.04596	0.0929	0.1345	0.223
9p gain	3 (1%)	285	0.87423	0.936	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.099759	0.175	0.03596	0.076	0.41322	0.532	0.37037	0.49	0.3004	0.423	0.01338	0.033
10p gain	9 (3%)	279	0.00076999	0.00315	0.03289	0.071	1	1	0.3425	0.46	0.092049	0.163	0.3586	0.478	0.14469	0.237	0.68151	0.779	0.89297	0.952	0.18701	0.294
10q gain	9 (3%)	279	0.00124	0.0048	0.03395	0.0728	1	1	0.34121	0.46	0.090679	0.162	0.35743	0.477	0.14129	0.233	0.68395	0.78	0.89262	0.952	0.18757	0.294
11p gain	11 (4%)	277	0.00031	0.00137	0.01996	0.0462	0.90709	0.963	0.01041	0.0272	0.18845	0.294	0.00033	0.00144	0.92868	0.975	0.95018	0.99	0.81878	0.896	0.22373	0.337
11q gain	10 (3%)	278	9.9999e-06	6.98e-05	0.00311	0.0104	0.7592	0.844	0.01605	0.0388	0.02136	0.0486	0.00373	0.0122	0.84883	0.921	1	1	0.81832	0.896	0.22592	0.338
12p gain	112 (39%)	176	0.0055099	0.0167	0.30216	0.424	0.0259	0.0577	0.31999	0.44	0.00021	0.000965	0.11481	0.195	0.091679	0.163	0.0167	0.04	0.66349	0.762	0.068759	0.129
12q gain	112 (39%)	176	0.0051799	0.0158	0.30046	0.423	0.02622	0.0583	0.32174	0.442	0.00016	0.000795	0.11502	0.195	0.089889	0.161	0.01693	0.0404	0.66352	0.762	0.070579	0.132
13q gain	28 (10%)	260	0.22292	0.336	0.96423	1	0.91639	0.967	0.96747	1	0.18401	0.29	0.77525	0.858	0.87924	0.94	0.46373	0.581	0.31953	0.44	0.52108	0.634
14q gain	3 (1%)	285	0.24294	0.358	0.01668	0.04	0.45372	0.571	0.85189	0.922	0.49125	0.607	0.03584	0.076	1	1	0.36972	0.49	0.29903	0.423	0.01363	0.0335
15q gain	5 (2%)	283	0.00021	0.000965	0.01976	0.0458	0.20286	0.311	0.18828	0.294	0.21895	0.331	0.26315	0.382	0.45319	0.571	0.76695	0.851	NA	NA	NA	NA
16p gain	153 (53%)	135	9.9999e-06	6.98e-05	0.01143	0.0293	0.64675	0.751	0.01396	0.0342	9.9999e-06	6.98e-05	4e-05	0.000235	0.00067999	0.00284	2e-05	0.000131	0.0092599	0.0252	0.00016	0.000795
16q gain	148 (51%)	140	9.9999e-06	6.98e-05	0.0066399	0.019	0.75275	0.839	0.02133	0.0486	9.9999e-06	6.98e-05	8.9999e-05	0.00049	3e-05	0.00018	9.9999e-06	6.98e-05	0.00279	0.00955	3e-05	0.00018
17p gain	174 (60%)	114	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.00302	0.0102	3e-05	0.00018	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.00394	0.0126	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05
17q gain	191 (66%)	97	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.03048	0.0663	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.03491	0.0744	4e-05	0.000235	0.00013	0.000673	2e-05	0.000131
18p gain	12 (4%)	276	0.00258	0.00892	0.20099	0.309	0.59207	0.703	0.96637	1	0.55901	0.67	0.48268	0.597	0.19102	0.297	0.51251	0.629	0.46566	0.582	0.6059	0.716
18q gain	9 (3%)	279	0.00306	0.0102	0.092929	0.164	0.34058	0.46	0.85248	0.922	0.57763	0.688	0.159	0.257	0.4004	0.521	0.44716	0.568	0.31972	0.44	0.082139	0.151
19p gain	4 (1%)	284	0.0015	0.00575	0.6921	0.786	0.28225	0.403	0.10665	0.184	0.04605	0.0929	0.04115	0.0851	1	1	0.47786	0.593	1	1	0.33715	0.458
19q gain	4 (1%)	284	0.00135	0.0052	0.68949	0.784	0.28348	0.404	0.10687	0.184	0.04557	0.0924	0.04062	0.0842	1	1	0.47719	0.593	1	1	0.33762	0.458
20p gain	99 (34%)	189	3e-05	0.00018	0.02022	0.0466	0.02455	0.0551	0.0056299	0.017	0.00487	0.0151	0.0223	0.0505	0.01157	0.0295	0.00322	0.0106	0.17876	0.283	0.060509	0.115
20q gain	101 (35%)	187	0.00018	0.000871	0.02036	0.0468	0.03546	0.0754	0.0098999	0.0263	0.01141	0.0293	0.04992	0.0982	0.01888	0.0445	0.0059999	0.0178	0.33873	0.459	0.04337	0.0889
21q gain	19 (7%)	269	0.51559	0.632	0.15256	0.248	0.67762	0.776	0.70372	0.793	0.11089	0.189	0.94951	0.99	0.14721	0.241	0.21832	0.331	0.50839	0.625	0.14167	0.233
22q gain	5 (2%)	283	0.0087299	0.0238	0.72866	0.817	1	1	0.36307	0.482	0.86293	0.93	0.71601	0.805	0.45305	0.571	0.30055	0.423	0.86761	0.932	1	1
xp gain	87 (30%)	201	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.33513	0.457	0.01825	0.0433	9.9999e-06	6.98e-05	4e-05	0.000235	0.0084899	0.0233	9.9999e-06	6.98e-05	0.00216	0.00776	0.00064999	0.00273
xq gain	91 (32%)	197	9.9999e-06	6.98e-05	3e-05	0.00018	0.3288	0.45	0.03101	0.0673	9.9999e-06	6.98e-05	3e-05	0.00018	0.0099099	0.0263	9.9999e-06	6.98e-05	0.01031	0.0271	0.00376	0.0122
1p loss	30 (10%)	258	9.9999e-06	6.98e-05	0.0298	0.0653	0.41518	0.533	0.37774	0.497	5e-05	0.000291	0.00080999	0.00328	0.35082	0.47	0.1766	0.28	0.83741	0.912	0.086319	0.157
1q loss	21 (7%)	267	0.00023	0.00105	0.72437	0.813	0.94264	0.987	0.25947	0.378	0.055959	0.108	0.0075499	0.0208	0.29693	0.421	0.084509	0.154	0.56986	0.681	0.19747	0.304
2p loss	5 (2%)	283	0.28019	0.401	0.0097899	0.0262	0.17381	0.276	0.61564	0.725	0.01622	0.0391	0.075449	0.14	0.24054	0.356	0.86769	0.932	NA	NA	NA	NA
2q loss	3 (1%)	285	0.66114	0.762	0.1056	0.183	NA	NA	NA	NA	0.10168	0.177	0.03669	0.0774	0.52855	0.642	1	1	NA	NA	NA	NA
3p loss	22 (8%)	266	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.66356	0.762	0.00211	0.00762	9.9999e-06	6.98e-05	2e-05	0.000131	0.42954	0.548	0.0265	0.0587	0.04743	0.0951	0.016	0.0388
3q loss	7 (2%)	281	9.9999e-06	6.98e-05	0.00184	0.00681	0.62894	0.735	0.057109	0.11	0.02134	0.0486	0.00297	0.0101	0.39993	0.521	0.83798	0.912	0.39143	0.512	0.35514	0.475
4p loss	25 (9%)	263	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.42426	0.542	0.00013	0.000673	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.26066	0.379	0.10856	0.186	0.0058599	0.0176	9.9999e-06	6.98e-05
4q loss	26 (9%)	262	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.58124	0.692	0.00035	0.00151	9.9999e-06	6.98e-05	2e-05	0.000131	0.3816	0.501	0.17246	0.275	0.0067199	0.0192	9.9999e-06	6.98e-05
5p loss	8 (3%)	280	0.16984	0.271	0.0488	0.0968	0.43701	0.557	0.0095299	0.0257	0.02996	0.0654	0.00033	0.00144	0.072029	0.134	0.03962	0.0827	0.01262	0.0319	0.00012	0.00063
5q loss	8 (3%)	280	0.16938	0.271	0.04874	0.0968	0.87041	0.933	0.01013	0.0268	0.02983	0.0653	0.00025	0.00113	0.070879	0.132	0.04036	0.0839	0.01221	0.031	9.9999e-06	6.98e-05
6p loss	21 (7%)	267	9.9999e-06	6.98e-05	0.04487	0.0912	0.62009	0.728	0.15911	0.257	0.0061699	0.0181	0.00026	0.00117	0.01956	0.0458	0.050179	0.0985	0.46985	0.586	0.11062	0.189
6q loss	26 (9%)	262	9.9999e-06	6.98e-05	0.0023	0.00814	0.91167	0.967	0.061339	0.116	0.00018	0.000871	2e-05	0.000131	0.30485	0.427	0.27602	0.397	0.099269	0.174	0.094349	0.166
8p loss	16 (6%)	272	0.00156	0.00595	0.3201	0.44	0.23815	0.353	0.69862	0.789	0.00445	0.0141	0.0096499	0.0259	0.90069	0.958	0.75797	0.843	0.37066	0.49	0.3119	0.434
8q loss	9 (3%)	279	0.00239	0.0083	0.38171	0.501	0.63038	0.736	0.04653	0.0936	0.0125	0.0317	0.00089999	0.0036	0.91435	0.967	0.78378	0.866	0.68266	0.78	0.55348	0.665
9p loss	33 (11%)	255	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.6528	0.757	0.0016	0.00607	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.0059499	0.0178	0.25405	0.371	0.0056899	0.0171	0.00076999	0.00315
9q loss	34 (12%)	254	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.19354	0.3	0.00174	0.00654	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.00434	0.0138	0.13586	0.224	0.00094999	0.00376	0.00019	0.000901
10p loss	16 (6%)	272	9.9999e-06	6.98e-05	0.00016	0.000795	0.50086	0.617	0.02503	0.056	0.00033	0.00144	0.003	0.0101	0.39876	0.52	0.91536	0.967	0.01974	0.0458	0.0066299	0.019
10q loss	17 (6%)	271	9.9999e-06	6.98e-05	0.00019	0.000901	0.41276	0.532	0.00483	0.0151	0.00021	0.000965	0.00208	0.00755	0.084369	0.154	0.8634	0.93	0.00183	0.0068	0.00116	0.00454
11p loss	18 (6%)	270	9.9999e-06	6.98e-05	0.00072999	0.00302	0.92951	0.975	0.30807	0.43	5.9999e-05	0.000344	0.0028	0.00955	0.29641	0.421	0.060979	0.116	0.01975	0.0458	0.0068999	0.0196
11q loss	21 (7%)	267	9.9999e-06	6.98e-05	5.9999e-05	0.000344	0.32009	0.44	0.02951	0.065	0.00014	0.000714	0.00236	0.00824	0.65609	0.76	0.101	0.176	0.03696	0.0777	0.03889	0.0815
13q loss	24 (8%)	264	9.9999e-06	6.98e-05	7.9999e-05	0.000442	0.53221	0.644	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.0427	0.0878	0.0074499	0.0206	0.00379	0.0122	2e-05	0.000131
14q loss	47 (16%)	241	9.9999e-06	6.98e-05	0.00021	0.000965	0.01573	0.0383	6.9999e-05	0.000395	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.20728	0.316	0.77361	0.857	0.00449	0.0141	0.0064699	0.0188
15q loss	31 (11%)	257	9.9999e-06	6.98e-05	0.00235	0.00824	0.088599	0.16	0.00162	0.00612	0.00011	0.000581	9.9999e-06	6.98e-05	0.091829	0.163	0.63665	0.742	0.064859	0.122	0.00268	0.00922
16p loss	4 (1%)	284	0.04234	0.0873	0.03383	0.0728	1	1	0.56384	0.675	0.04389	0.0897	0.0068599	0.0195	0.83972	0.912	0.20644	0.316	0.11611	0.196	0.01275	0.0321
16q loss	7 (2%)	281	0.00037	0.00159	0.0072499	0.0203	1	1	0.27005	0.39	0.00221	0.00786	0.01287	0.0322	0.40292	0.522	0.23536	0.35	0.03245	0.0702	0.052359	0.102
17p loss	12 (4%)	276	0.00423	0.0135	0.00031	0.00137	0.54475	0.655	0.24865	0.365	9.9999e-06	6.98e-05	0.00021	0.000965	0.5357	0.647	0.26735	0.386	0.0060899	0.018	0.00121	0.00471
18p loss	42 (15%)	246	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.054069	0.104	0.00052999	0.00224	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.23387	0.348	0.00084999	0.00342	0.0197	0.0458	0.00078999	0.00321
18q loss	45 (16%)	243	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.13318	0.222	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.12571	0.211	0.00069999	0.00291	0.0065999	0.019	0.00027	0.00121
19p loss	17 (6%)	271	7.9999e-05	0.000442	0.00235	0.00824	0.91746	0.967	0.03421	0.0732	0.0055199	0.0167	0.0062899	0.0184	0.22449	0.337	0.10457	0.181	0.088359	0.159	0.058139	0.111
19q loss	16 (6%)	272	9.9999e-06	6.98e-05	0.00488	0.0151	0.62103	0.728	0.0094399	0.0256	0.00499	0.0154	0.02261	0.051	0.40206	0.522	0.15037	0.246	0.090019	0.161	0.27713	0.398
21q loss	43 (15%)	245	0.00042	0.0018	0.45765	0.574	0.19858	0.306	0.35887	0.478	0.18739	0.294	0.41716	0.535	0.62723	0.734	0.21906	0.331	0.80929	0.89	0.086929	0.157
22q loss	60 (21%)	228	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.69738	0.789	0.00104	0.00409	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.98268	1	0.45316	0.571	0.053999	0.104	0.01078	0.0279
xp loss	34 (12%)	254	9.9999e-06	6.98e-05	9.9999e-06	6.98e-05	0.59755	0.709	0.00194	0.00714	9.9999e-06	6.98e-05	7.9999e-05	0.000442	0.30689	0.429	0.22568	0.338	0.01827	0.0433	0.0072799	0.0203
xq loss	30 (10%)	258	9.9999e-06	6.98e-05	2e-05	0.000131	0.65897	0.762	0.01065	0.0277	9.9999e-06	6.98e-05	8.9999e-05	0.00049	0.26617	0.385	0.4474	0.568	0.04989	0.0982	0.02139	0.0486
