		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	42 (8%)	471	NA	NA	NA	NA	0.00052999	0.00173	0.0075499	0.0176	0.2502	0.348	0.88424	0.96	0.0055899	0.0135	0.057169	0.102	0.57	0.685	0.089739	0.151	0.15381	0.235	0.31718	0.421
amp_1q32.1	43 (8%)	470	NA	NA	NA	NA	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.16491	0.247	0.35342	0.458	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.25121	0.348	2e-05	8.55e-05	0.00117	0.00335	2e-05	8.55e-05
amp_2p24.3	24 (5%)	489	0.61884	0.72	0.58319	0.693	0.00248	0.00653	0.03362	0.0665	0.48956	0.604	1	1	0.17679	0.26	0.00277	0.00726	0.7206	0.816	0.03504	0.0685	0.44322	0.555	0.1157	0.188
amp_3q26.33	21 (4%)	492	1	1	0.58068	0.693	9.9999e-06	4.55e-05	0.00096999	0.00286	0.14427	0.226	0.85237	0.939	0.00057999	0.00187	0.00108	0.00315	0.00125	0.00355	0.01824	0.0389	0.052669	0.0953	0.00389	0.00985
amp_4q12	30 (6%)	483	1	1	0.04311	0.0805	0.00023	0.000797	2e-04	0.000705	0.0091999	0.0212	0.27919	0.38	0.00017	0.00061	9.9999e-06	4.55e-05	0.00309	0.00803	9.9999e-05	0.000376	0.94407	1	0.0039	0.00985
amp_7p11.2	128 (25%)	385	0.76418	0.852	0.40341	0.514	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	2e-05	8.55e-05	0.01157	0.0258	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00037	0.00125	9.9999e-06	4.55e-05	5.9999e-05	0.000233	9.9999e-06	4.55e-05
amp_7q31.2	174 (34%)	339	1	1	0.81203	0.9	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.004	0.01	0.18465	0.268	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.01019	0.023	9.9999e-06	4.55e-05	0.0089199	0.0206	9.9999e-06	4.55e-05
amp_7q32.3	182 (35%)	331	0.6954	0.795	1	1	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.0068099	0.0161	0.16472	0.247	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.057109	0.102	9.9999e-06	4.55e-05	0.02207	0.0464	9.9999e-06	4.55e-05
amp_8q24.13	100 (19%)	413	0.36972	0.474	0.23544	0.33	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.04225	0.0795	0.48698	0.602	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.02885	0.0582	0.00087999	0.00261	0.10946	0.18	3e-05	0.000123
amp_9q34.3	46 (9%)	467	0.5068	0.619	0.8824	0.96	0.094889	0.16	0.050239	0.0922	0.21045	0.299	0.76177	0.852	0.070669	0.124	0.00017	0.00061	0.20262	0.289	0.087059	0.147	0.28266	0.383	0.28668	0.386
amp_10p15.3	71 (14%)	442	0.52591	0.64	0.084349	0.144	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.02893	0.0582	0.13523	0.215	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00075999	0.00237	0.076489	0.132	0.33381	0.438	0.00019	0.000674
amp_11q24.1	87 (17%)	426	0.070189	0.123	0.12112	0.195	0.61122	0.718	0.01178	0.0262	0.053299	0.0961	0.02852	0.0578	0.099629	0.165	0.15734	0.239	0.76464	0.852	0.11454	0.187	0.85278	0.939	0.04383	0.0814
amp_12p13.32	72 (14%)	441	0.86575	0.949	0.097189	0.163	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.11453	0.187	0.18917	0.273	0.00135	0.00379	9.9999e-06	4.55e-05	0.0095299	0.0219	0.0067099	0.0159	0.02402	0.0498	0.085369	0.145
amp_12q14.1	37 (7%)	476	NA	NA	NA	NA	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.01464	0.0317	0.73135	0.824	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00306	0.00799	9.9999e-06	4.55e-05	0.04225	0.0795	9.9999e-06	4.55e-05
amp_13q34	22 (4%)	491	NA	NA	NA	NA	0.00141	0.00393	0.0013	0.00367	0.18784	0.272	0.71946	0.816	0.04008	0.0767	0.02279	0.0476	0.29466	0.396	0.69101	0.791	0.96173	1	0.050169	0.0922
amp_15q26.3	19 (4%)	494	1	1	0.04268	0.08	5e-05	2e-04	0.00077999	0.00241	0.22205	0.315	0.60693	0.715	0.02655	0.0543	0.062639	0.111	0.49696	0.61	0.2849	0.385	0.59042	0.699	0.192	0.276
amp_17q25.1	44 (9%)	469	NA	NA	NA	NA	0.055049	0.099	0.35883	0.463	0.33348	0.438	0.43895	0.552	0.14043	0.222	0.052389	0.0952	0.15076	0.233	0.56499	0.681	0.18847	0.272	0.56117	0.677
amp_19p13.3	129 (25%)	384	0.074519	0.13	0.15023	0.233	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.8849	0.96	0.57881	0.692	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00014	0.000514	0.15422	0.235	0.04522	0.0835	0.00082999	0.00251
amp_19p13.2	122 (24%)	391	0.075499	0.131	0.15134	0.233	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.27854	0.38	0.20251	0.289	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00017	0.00061	0.14132	0.223	0.0414	0.079	0.00049	0.00163
amp_xp11.22	48 (9%)	465	0.65091	0.751	1	1	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.31694	0.421	0.73087	0.824	0.00122	0.00348	3e-05	0.000123	0.055419	0.0994	0.59978	0.709	0.33344	0.438	0.10906	0.18
amp_xp11.22	63 (12%)	450	0.64885	0.75	1	1	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.02683	0.0547	0.387	0.494	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00048	0.0016	0.35167	0.458	0.076009	0.131	0.0097899	0.0224
del_1p36.32	206 (40%)	307	0.00059999	0.00192	0.00028	0.000955	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00070999	0.00223	0.84522	0.933	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05
del_1p32.3	196 (38%)	317	0.02786	0.0566	0.00019	0.000674	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00054999	0.00179	0.61362	0.718	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05
del_1q43	31 (6%)	482	NA	NA	NA	NA	0.31741	0.421	0.01011	0.023	0.10042	0.166	0.5322	0.645	0.02517	0.052	0.03961	0.0761	0.23113	0.326	0.7564	0.849	0.79596	0.884	0.29964	0.402
del_2q37.3	77 (15%)	436	0.37217	0.476	0.01296	0.0284	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00453	0.0112	0.01946	0.0413	0.00077999	0.00241	9.9999e-06	4.55e-05	0.01466	0.0317	0.1404	0.222	0.10181	0.168	0.081129	0.139
del_3p21.31	49 (10%)	464	1	1	0.0071199	0.0166	9.9999e-05	0.000376	0.00217	0.00586	0.00206	0.00561	0.2609	0.359	0.04184	0.0795	0.00105	0.00308	0.00051999	0.00171	0.00235	0.00624	0.72574	0.82	0.050849	0.0931
del_3q13.31	39 (8%)	474	0.17398	0.257	0.88176	0.96	8.9999e-05	0.000342	0.00416	0.0104	0.34116	0.446	0.17378	0.257	0.14921	0.233	0.01321	0.0288	0.15748	0.239	0.00057999	0.00187	0.57467	0.689	0.11715	0.189
del_3q29	47 (9%)	466	0.17512	0.258	0.88282	0.96	9.9999e-06	4.55e-05	0.00062999	0.00201	0.40521	0.515	0.92277	0.991	0.01613	0.0347	7.9999e-05	0.000308	0.13015	0.208	0.00469	0.0114	0.68864	0.79	0.17166	0.255
del_4q34.3	138 (27%)	375	1	1	0.35825	0.463	0.01354	0.0294	9.9999e-06	4.55e-05	0.16458	0.247	0.22278	0.315	0.02393	0.0498	0.00015	0.000547	0.02952	0.0592	0.03877	0.0749	0.00111	0.00319	0.0054799	0.0133
del_5p15.33	50 (10%)	463	1	1	0.066789	0.118	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.86514	0.949	0.58443	0.693	0.00081999	0.0025	5.9999e-05	0.000233	0.00202	0.00553	0.20615	0.294	0.9476	1	0.44152	0.554
del_5q34	64 (12%)	449	0.44786	0.559	0.23709	0.332	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.16175	0.244	1	1	2e-05	8.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	5e-05	2e-04	0.14458	0.226	0.6119	0.718	0.66608	0.765
del_6p25.3	50 (10%)	463	NA	NA	NA	NA	0.00012	0.000446	0.04228	0.0795	0.2324	0.327	0.92772	0.994	0.18102	0.264	0.073269	0.128	0.41108	0.52	0.25096	0.348	0.1442	0.226	0.086499	0.147
del_6q22.31	78 (15%)	435	0.61773	0.72	0.58171	0.693	0.00011	0.000411	9.9999e-06	4.55e-05	0.11595	0.188	0.50673	0.619	0.00449	0.0111	0.00109	0.00316	0.00079999	0.00245	0.11919	0.192	0.0063399	0.0152	2e-05	8.55e-05
del_6q24.3	82 (16%)	431	0.1699	0.253	0.27907	0.38	0.00026	0.000891	9.9999e-06	4.55e-05	0.098639	0.164	0.61603	0.72	0.00138	0.00386	3e-04	0.00102	0.00014	0.000514	0.16076	0.243	0.02088	0.044	4e-05	0.000163
del_7p22.3	23 (4%)	490	NA	NA	NA	NA	0.0254	0.0523	0.1229	0.197	0.25245	0.349	0.35516	0.46	0.5578	0.675	0.7058	0.805	0.50288	0.617	0.098099	0.164	0.73362	0.825	0.35208	0.458
del_8q24.3	29 (6%)	484	NA	NA	NA	NA	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.92875	0.994	0.45881	0.569	0.00331	0.0085	0.0065799	0.0157	0.0043	0.0107	0.00328	0.00846	0.16675	0.249	0.03045	0.0609
del_9p23	150 (29%)	363	0.44822	0.559	0.65535	0.755	9.9999e-06	4.55e-05	2e-05	8.55e-05	0.03888	0.0749	0.00228	0.00611	0.02223	0.0465	0.00022	0.000767	0.91789	0.988	0.11232	0.184	0.41092	0.52	0.00326	0.00844
del_9p21.3	176 (34%)	337	0.33249	0.438	0.063599	0.112	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	3e-05	0.000123	2e-05	8.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.24853	0.347	9.9999e-06	4.55e-05	0.00087999	0.00261	9.9999e-06	4.55e-05
del_10q26.3	151 (29%)	362	0.083869	0.144	0.70678	0.805	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00026	0.000891	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	2e-05	8.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05
del_11p15.5	104 (20%)	409	0.64231	0.744	0.00050999	0.00168	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.1448	0.226	0.63025	0.731	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	5.9999e-05	0.000233	0.00457	0.0112	0.98974	1	0.88738	0.961
del_11p15.1	72 (14%)	441	1	1	0.03158	0.063	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.01233	0.0272	0.79192	0.881	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	2e-05	8.55e-05	5.9999e-05	0.000233	0.87182	0.954	0.03281	0.0652
del_12p13.1	38 (7%)	475	NA	NA	NA	NA	0.00068999	0.00219	0.00218	0.00586	0.152	0.234	1	1	0.01016	0.023	0.0070099	0.0165	0.056339	0.101	0.04402	0.0815	0.95541	1	0.25474	0.351
del_12q12	72 (14%)	441	1	1	0.15137	0.233	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.91112	0.982	0.281	0.382	0.0023	0.00613	9.9999e-06	4.55e-05	0.01293	0.0284	0.49437	0.608	0.91119	0.982	0.96177	1
del_13q14.2	142 (28%)	371	0.17971	0.263	5e-05	2e-04	9.9999e-06	4.55e-05	3e-05	0.000123	0.03451	0.0677	0.60628	0.715	0.0070599	0.0166	9.9999e-06	4.55e-05	0.01825	0.0389	0.0060799	0.0146	0.47485	0.588	0.41566	0.525
del_13q14.2	144 (28%)	369	0.18139	0.264	8.9999e-05	0.000342	9.9999e-06	4.55e-05	3e-05	0.000123	0.03367	0.0665	0.71312	0.811	0.00397	0.00999	9.9999e-06	4.55e-05	0.01754	0.0376	0.00345	0.00882	0.43669	0.55	0.36027	0.463
del_13q34	110 (21%)	403	0.50804	0.619	0.15044	0.233	5.9999e-05	0.000233	0.01148	0.0257	0.084959	0.145	0.75979	0.851	0.04322	0.0805	0.00078999	0.00243	0.0263	0.054	0.00242	0.0064	0.30856	0.412	0.17463	0.258
del_14q24.3	121 (24%)	392	0.30112	0.403	0.097819	0.164	0.00458	0.0112	0.01199	0.0265	0.00158	0.00438	0.03744	0.0726	0.00087999	0.00261	0.00069999	0.00221	0.00038	0.00127	0.00497	0.0121	0.00176	0.00484	0.00111	0.00319
del_18q23	78 (15%)	435	0.32492	0.43	0.32882	0.435	0.45872	0.569	0.00353	0.00899	0.45694	0.569	0.075059	0.13	0.28183	0.382	0.22745	0.321	0.34727	0.453	0.61998	0.72	0.53084	0.644	0.89833	0.972
del_19q13.41	267 (52%)	246	0.03419	0.0673	0.01029	0.0232	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00090999	0.00269	0.1828	0.266	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05
del_19q13.42	278 (54%)	235	0.03518	0.0686	0.02067	0.0437	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00213	0.00578	0.5751	0.689	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05
del_22q13.31	77 (15%)	436	0.25107	0.348	0.04221	0.0795	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.00021	0.000736	0.01134	0.0255	9.9999e-06	4.55e-05	9.9999e-06	4.55e-05	0.0354	0.0688	9.9999e-06	4.55e-05	0.00159	0.00439	3e-05	0.000123
del_xq21.1	78 (15%)	435	0.83991	0.929	0.26447	0.363	0.19335	0.277	0.052459	0.0952	0.052229	0.0952	0.15258	0.234	0.0085099	0.0197	9.9999e-06	4.55e-05	0.00087999	0.00261	0.35988	0.463	0.12136	0.195	0.1574	0.239
