		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p22.3	89 (24%)	281	9.9999e-06	8.41e-05	0.00268	0.00796	0.052009	0.0886	0.04559	0.0801	0.52139	0.58	0.94452	0.952	0.0090399	0.022	0.14844	0.207
amp_1q22	283 (76%)	87	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	6.9999e-05	0.000418	0.00328	0.00957	0.82676	0.854	0.01313	0.0291	0.20703	0.265	0.30523	0.364
amp_1q42.3	270 (73%)	100	9.9999e-06	8.41e-05	7.9999e-05	0.000467	9.9999e-06	8.41e-05	0.00102	0.00378	0.49441	0.556	0.03771	0.0693	0.39176	0.451	0.5578	0.612
amp_2p24.1	65 (18%)	305	0.00476	0.013	0.54203	0.599	0.14495	0.205	0.00404	0.0114	0.4779	0.54	0.04321	0.077	0.14197	0.202	0.090899	0.14
amp_2q33.1	64 (17%)	306	0.00362	0.0104	0.58431	0.637	0.051189	0.0879	0.0117	0.0265	0.27766	0.334	0.11981	0.173	0.00036	0.00157	0.17229	0.231
amp_3q26.31	77 (21%)	293	3e-04	0.00138	0.03282	0.0617	0.0066599	0.0176	0.01978	0.0409	0.074589	0.118	0.00459	0.0126	0.04068	0.0728	0.02258	0.0457
amp_4p14	54 (15%)	316	0.00347	0.01	0.02688	0.0527	5.9999e-05	0.000372	0.00088999	0.0034	0.18656	0.247	0.054609	0.0918	0.01002	0.0233	0.01689	0.0359
amp_5p15.33	163 (44%)	207	9.9999e-06	8.41e-05	0.0371	0.0687	0.22254	0.28	0.60412	0.657	0.076539	0.12	0.01617	0.0346	0.092849	0.142	0.16655	0.226
amp_5q35.3	135 (36%)	235	5.9999e-05	0.000372	0.03392	0.0635	0.5718	0.625	0.95883	0.963	0.93805	0.948	0.99926	0.999	0.85188	0.875	0.63619	0.684
amp_6p25.2	159 (43%)	211	9.9999e-06	8.41e-05	8.9999e-05	0.000513	0.01695	0.0359	0.024	0.0484	0.66738	0.712	0.062689	0.103	0.21012	0.267	0.39717	0.456
amp_6p21.1	158 (43%)	212	9.9999e-06	8.41e-05	4e-04	0.0017	0.01069	0.0248	0.065369	0.107	0.11499	0.168	0.064339	0.105	0.2746	0.333	0.50319	0.563
amp_6q12	109 (29%)	261	9.9999e-06	8.41e-05	0.052889	0.0895	0.03767	0.0693	0.10887	0.161	0.45795	0.519	0.61821	0.67	0.0096899	0.0228	0.15023	0.209
amp_6q12	83 (22%)	287	9.9999e-06	8.41e-05	0.0078899	0.02	0.0086499	0.0212	0.0093699	0.0226	0.87944	0.899	0.54992	0.605	0.00424	0.0118	0.070819	0.113
amp_7q31.2	120 (32%)	250	0.19354	0.253	0.0092399	0.0224	0.98073	0.983	0.89566	0.912	0.52232	0.58	0.43428	0.493	0.69375	0.735	0.41787	0.478
amp_8q13.3	207 (56%)	163	9.9999e-06	8.41e-05	0.14646	0.206	5.9999e-05	0.000372	4e-05	0.000272	0.097249	0.148	0.00247	0.00747	0.03883	0.0708	3e-05	0.000213
amp_8q24.21	231 (62%)	139	9.9999e-06	8.41e-05	0.0076799	0.0196	2e-05	0.000153	9.9999e-06	8.41e-05	0.01514	0.0326	0.0070699	0.0183	0.083249	0.129	2e-05	0.000153
amp_9q34.2	47 (13%)	323	0.0302	0.0583	0.16741	0.226	0.03072	0.059	0.092329	0.141	0.058099	0.0967	0.01283	0.0287	0.32711	0.386	0.01321	0.0291
amp_11q13.3	57 (15%)	313	0.30985	0.369	0.61748	0.67	0.0082299	0.0207	0.01768	0.0372	0.0082599	0.0207	0.00331	0.0096	0.21605	0.273	0.00019	0.000982
amp_13q32.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	8.41e-05	0.054089	0.0913	0.01577	0.0339	0.081629	0.127	0.16724	0.226	0.20018	0.259	0.013	0.0289	0.01869	0.0391
amp_13q33.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	8.41e-05	0.02175	0.0442	0.00401	0.0114	0.24659	0.306	0.15527	0.215	0.18029	0.241	0.071519	0.114	0.04853	0.0839
amp_15q26.3	54 (15%)	316	0.02566	0.0509	0.20123	0.26	0.03997	0.0721	0.03917	0.0712	0.8401	0.866	0.18227	0.242	0.29926	0.358	0.41957	0.478
amp_17p11.2	46 (12%)	324	0.20194	0.26	0.02069	0.0424	0.39194	0.451	0.2322	0.29	0.02509	0.0501	0.25335	0.311	0.078339	0.123	0.087749	0.136
amp_17q25.3	145 (39%)	225	9.9999e-06	8.41e-05	0.01942	0.0403	0.00122	0.00445	0.01076	0.0248	0.00091999	0.00346	0.00145	0.00503	0.02515	0.0501	0.01496	0.0324
amp_19p13.12	69 (19%)	301	0.079959	0.125	0.00012	0.000654	9.9999e-05	0.000564	5e-04	0.002	8.9999e-05	0.000513	0.00236	0.00723	0.00048	0.00197	0.00141	0.00493
amp_19q12	78 (21%)	292	0.054889	0.092	0.00236	0.00723	0.0014	0.00493	0.00146	0.00503	0.00118	0.00434	0.01146	0.0262	0.00042	0.00177	0.00202	0.00638
amp_19q13.11	91 (25%)	279	0.0309	0.059	0.072409	0.115	0.00091999	0.00346	0.00073999	0.00285	0.0074899	0.0192	0.00184	0.00596	9.9999e-06	8.41e-05	0.00048	0.00197
amp_20q13.13	124 (34%)	246	9.9999e-06	8.41e-05	0.36656	0.428	0.03229	0.0609	0.00031	0.0014	0.10903	0.161	0.01171	0.0265	2e-05	0.000153	0.060979	0.1
amp_20q13.33	128 (35%)	242	9.9999e-06	8.41e-05	0.070609	0.113	0.0069899	0.0182	3e-05	0.000213	0.19004	0.25	0.060929	0.1	2e-05	0.000153	0.12221	0.176
amp_xq28	85 (23%)	285	7.9999e-05	0.000467	0.02885	0.0563	0.04063	0.0728	0.01699	0.0359	0.0094999	0.0227	0.00474	0.013	0.04568	0.0801	0.00039	0.00168
del_1p36.31	162 (44%)	208	0.00156	0.0053	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.052759	0.0895	0.00127	0.00456	0.01226	0.0276	0.0098899	0.0231
del_1p36.11	142 (38%)	228	5e-05	0.000331	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00189	0.00609	0.00011	0.000613	0.00027	0.00128	0.00026	0.00125
del_2q22.1	52 (14%)	318	0.068469	0.111	0.50657	0.565	0.00295	0.00866	0.067049	0.109	0.20788	0.265	0.16811	0.227	0.63417	0.684	0.11789	0.171
del_2q37.3	62 (17%)	308	0.10643	0.158	0.70643	0.743	9.9999e-06	8.41e-05	0.00095999	0.00358	0.03843	0.0703	0.0096999	0.0228	0.2338	0.291	0.00156	0.0053
del_3p13	73 (20%)	297	0.0056099	0.015	0.04544	0.0801	0.00013	0.000693	9.9999e-06	8.41e-05	0.00137	0.00489	0.03412	0.0636	3e-04	0.00138	0.00214	0.00668
del_4p16.3	85 (23%)	285	9.9999e-06	8.41e-05	0.1018	0.152	0.19667	0.256	0.10205	0.152	0.70602	0.743	0.02671	0.0527	0.04591	0.0802	0.0070199	0.0182
del_4q21.3	171 (46%)	199	9.9999e-06	8.41e-05	0.00254	0.00764	9.9999e-06	8.41e-05	0.00024	0.00118	0.19022	0.25	0.00169	0.0057	3e-05	0.000213	4e-04	0.0017
del_4q22.3	172 (46%)	198	9.9999e-06	8.41e-05	0.00376	0.0107	9.9999e-06	8.41e-05	0.00015	0.000783	0.20859	0.265	0.00124	0.00449	0.00013	0.000693	0.00049	0.00199
del_4q35.1	172 (46%)	198	9.9999e-06	8.41e-05	0.00026	0.00125	9.9999e-06	8.41e-05	0.00063999	0.0025	0.15503	0.215	0.0062499	0.0166	0.00027	0.00128	0.00495	0.0134
del_6q27	136 (37%)	234	0.0095099	0.0227	0.0269	0.0527	0.68691	0.73	0.48109	0.542	0.64784	0.696	0.03987	0.0721	0.3524	0.413	0.15659	0.216
del_8p23.2	247 (67%)	123	9.9999e-06	8.41e-05	0.04332	0.077	0.15816	0.217	0.65202	0.697	0.25087	0.31	0.16658	0.226	0.334	0.393	0.14842	0.207
del_8p12	242 (65%)	128	9.9999e-06	8.41e-05	0.0241	0.0484	0.14519	0.205	0.56458	0.618	0.18979	0.25	0.10059	0.151	0.27739	0.334	0.095029	0.145
del_9p21.3	150 (41%)	220	3e-05	0.000213	0.0084799	0.021	9.9999e-06	8.41e-05	0.00175	0.00578	0.26457	0.322	0.00173	0.00576	0.01886	0.0393	0.0079199	0.02
del_9q31.3	119 (32%)	251	0.00205	0.00644	0.01422	0.0311	0.00285	0.00841	0.00034	0.00151	0.15966	0.219	0.0068999	0.0181	0.065789	0.107	0.00022	0.0011
del_10q23.31	97 (26%)	273	0.03093	0.059	0.01358	0.0298	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.03138	0.0594	9.9999e-06	8.41e-05	0.04961	0.0854	9.9999e-06	8.41e-05
del_10q26.13	105 (28%)	265	0.0086399	0.0212	0.04802	0.0833	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.13517	0.193	2e-05	0.000153	0.20315	0.261	9.9999e-06	8.41e-05
del_11q14.1	77 (21%)	293	0.01089	0.025	0.65247	0.697	0.10934	0.161	0.14397	0.204	0.80285	0.835	0.26107	0.319	0.00045	0.00188	0.01283	0.0287
del_11q24.2	95 (26%)	275	0.00433	0.012	0.2988	0.358	0.12362	0.178	0.051479	0.088	0.32192	0.381	0.25784	0.316	0.00060999	0.0024	5e-04	0.002
del_12p12.1	78 (21%)	292	0.00056999	0.00226	0.16212	0.222	0.00197	0.00626	0.22987	0.288	0.214	0.271	0.03016	0.0583	0.50497	0.564	0.071639	0.114
del_12q24.33	59 (16%)	311	2e-04	0.00102	0.84245	0.867	0.74865	0.782	0.91374	0.927	0.81315	0.844	0.71735	0.752	0.81891	0.848	0.29006	0.348
del_13q14.2	179 (48%)	191	9.9999e-06	8.41e-05	0.076499	0.12	0.00032	0.00143	9.9999e-06	8.41e-05	0.00233	0.00722	0.00066999	0.0026	0.10059	0.151	4e-05	0.000272
del_14q23.3	131 (35%)	239	9.9999e-06	8.41e-05	0.3761	0.437	0.00015	0.000783	5.9999e-05	0.000372	0.87208	0.894	0.097989	0.148	0.0062099	0.0166	0.060529	0.1
del_14q32.33	132 (36%)	238	9.9999e-06	8.41e-05	0.11504	0.168	0.00035	0.00154	0.00012	0.000654	0.75561	0.787	0.24112	0.3	0.01435	0.0312	0.03109	0.0591
del_15q26.3	79 (21%)	291	0.03534	0.0656	0.24945	0.309	0.00422	0.0118	0.0089599	0.0219	0.3534	0.413	0.11714	0.17	0.00141	0.00493	0.068899	0.111
del_16q23.1	162 (44%)	208	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.70742	0.743	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	4e-05	0.000272
del_17p13.1	226 (61%)	144	9.9999e-06	8.41e-05	0.02027	0.0417	5.9999e-05	0.000372	5e-05	0.000331	0.00176	0.00578	6.9999e-05	0.000418	0.62615	0.677	2e-05	0.000153
del_17p11.2	195 (53%)	175	9.9999e-06	8.41e-05	0.15388	0.214	0.00173	0.00576	0.0084299	0.021	6.9999e-05	0.000418	0.00023	0.00114	0.27693	0.334	0.00031	0.0014
del_18q21.2	94 (25%)	276	0.00177	0.00578	0.00021	0.00106	0.20478	0.262	9.9999e-06	8.41e-05	0.11655	0.17	0.53622	0.594	0.17104	0.23	0.25157	0.31
del_19p13.3	87 (24%)	283	9.9999e-06	8.41e-05	0.4285	0.487	0.00029	0.00136	0.00238	0.00724	0.40349	0.462	0.13037	0.186	0.02113	0.0431	0.00264	0.00789
del_20p12.1	29 (8%)	341	0.04525	0.0801	0.68272	0.727	0.95322	0.959	0.54858	0.605	0.37644	0.437	0.73372	0.768	0.92193	0.933	0.37949	0.44
del_22q12.1	79 (21%)	291	0.02946	0.0573	0.193	0.253	0.00197	0.00626	0.10651	0.158	0.23031	0.288	0.19827	0.257	0.18143	0.241	0.50165	0.563
del_22q13.32	83 (22%)	287	0.0052499	0.0142	0.057439	0.0959	3e-05	0.000213	0.0095999	0.0228	0.092149	0.141	0.26271	0.32	0.18097	0.241	0.12394	0.178
del_xq26.2	67 (18%)	303	9.9999e-06	8.41e-05	0.04659	0.0811	0.33913	0.399	0.39213	0.451	0.90439	0.919	0.69656	0.737	0.31385	0.372	0.8922	0.911
