		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	57 (15%)	313	0.29202	0.43	0.20866	0.353	0.02923	0.0841	0.38027	0.512	0.96664	0.976	0.03927	0.105	0.11062	0.23	0.02268	0.0698
1q gain	222 (60%)	148	9.9999e-06	0.000173	6.9999e-05	0.000918	9.9999e-06	0.000173	3e-04	0.00317	0.15588	0.291	0.00493	0.023	0.41557	0.538	0.053389	0.135
2p gain	44 (12%)	326	0.16063	0.296	0.28387	0.424	0.11465	0.234	0.00036	0.00363	0.54952	0.658	0.94005	0.953	0.0089499	0.036	0.38259	0.513
2q gain	41 (11%)	329	0.085539	0.19	0.29384	0.43	0.01329	0.049	0.00045	0.00416	0.69521	0.778	0.76273	0.823	0.00338	0.018	0.37272	0.505
3p gain	35 (9%)	335	0.037	0.0999	0.04492	0.118	0.00272	0.0157	0.090319	0.196	0.13376	0.261	0.51829	0.631	0.02351	0.0704	0.25317	0.396
3q gain	38 (10%)	332	0.29755	0.434	0.13538	0.263	0.0039	0.0199	0.092139	0.199	0.2135	0.359	0.51002	0.622	0.01506	0.0534	0.61069	0.712
4p gain	27 (7%)	343	0.01447	0.0516	0.01404	0.0506	0.0053199	0.0239	0.00137	0.00917	0.29937	0.435	0.4438	0.563	0.068709	0.162	0.20554	0.349
4q gain	7 (2%)	363	0.79912	0.851	0.62155	0.721	0.75551	0.821	0.40601	0.531	0.2485	0.395	0.84758	0.893	0.27574	0.415	0.55531	0.664
5p gain	135 (36%)	235	0.00016	0.00198	0.090639	0.196	0.90093	0.931	0.80197	0.853	0.22815	0.376	0.17642	0.315	0.302	0.438	0.58431	0.692
5q gain	107 (29%)	263	0.00394	0.0199	0.12567	0.248	0.66677	0.753	0.94433	0.956	0.64389	0.737	0.85176	0.893	0.92851	0.947	0.89149	0.924
6p gain	117 (32%)	253	9.9999e-06	0.000173	0.00231	0.0139	0.0054599	0.0242	0.02735	0.0801	0.14499	0.276	0.00252	0.015	0.32202	0.452	0.10513	0.221
6q gain	67 (18%)	303	0.00069999	0.00567	0.15854	0.295	0.03803	0.102	0.60209	0.707	0.20354	0.349	0.18676	0.327	0.20504	0.349	0.38809	0.519
7p gain	111 (30%)	259	0.04521	0.118	0.084659	0.19	0.98319	0.985	0.90443	0.933	0.04358	0.115	0.071439	0.166	0.25683	0.399	0.33541	0.468
7q gain	111 (30%)	259	0.37342	0.505	0.00068999	0.00566	0.96377	0.974	0.87785	0.913	0.21758	0.364	0.20793	0.352	0.52104	0.632	0.34123	0.475
8p gain	80 (22%)	290	3e-05	0.000458	0.24904	0.395	0.02076	0.0655	0.03575	0.098	0.01079	0.0416	0.11541	0.235	0.14745	0.28	0.01571	0.0551
8q gain	188 (51%)	182	9.9999e-06	0.000173	0.086449	0.191	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	0.02768	0.0807	0.00336	0.018	0.13249	0.26	0.00023	0.00265
9p gain	19 (5%)	351	0.46544	0.579	0.40557	0.531	0.85413	0.893	0.66889	0.754	0.7079	0.785	0.40064	0.528	0.095989	0.206	0.36721	0.502
9q gain	21 (6%)	349	0.084429	0.19	0.59371	0.7	0.24914	0.395	0.39208	0.522	0.76501	0.824	0.41434	0.538	0.11179	0.231	0.233	0.381
10p gain	61 (16%)	309	0.00041	0.0039	0.42842	0.552	0.00382	0.0199	0.0209	0.0656	0.27504	0.415	0.4176	0.539	0.02218	0.0686	0.01844	0.0619
10q gain	37 (10%)	333	0.00101	0.00753	0.02991	0.0853	2e-05	0.00032	0.072259	0.166	0.066389	0.158	0.04384	0.115	0.03669	0.0999	0.03387	0.0937
11p gain	17 (5%)	353	0.47124	0.582	0.29372	0.43	0.43876	0.558	0.04836	0.124	0.30256	0.438	0.46782	0.581	0.01528	0.0539	0.27308	0.415
11q gain	18 (5%)	352	0.91111	0.936	0.78159	0.835	0.4709	0.582	0.24566	0.395	0.36932	0.502	0.70013	0.78	0.18012	0.318	0.34457	0.478
12p gain	41 (11%)	329	0.01642	0.0561	0.30786	0.44	0.01144	0.0436	0.00063999	0.00531	0.7884	0.841	0.36697	0.502	0.00144	0.00942	0.02431	0.0718
12q gain	47 (13%)	323	0.02315	0.0703	0.48269	0.593	0.0133	0.049	0.00269	0.0157	0.34328	0.477	0.62203	0.721	0.00050999	0.00446	0.070399	0.164
13q gain	23 (6%)	347	0.0087499	0.0354	0.32786	0.459	0.28466	0.424	0.40931	0.533	0.079529	0.181	0.29388	0.43	0.1808	0.318	0.21321	0.359
14q gain	23 (6%)	347	0.45023	0.567	0.4689	0.581	0.25288	0.396	0.15177	0.286	0.76083	0.822	0.14969	0.283	0.065879	0.157	0.65112	0.742
15q gain	33 (9%)	337	0.64623	0.737	0.54867	0.658	0.97881	0.985	0.71915	0.789	0.8503	0.893	0.28693	0.425	0.52893	0.638	0.82886	0.878
16p gain	31 (8%)	339	0.17529	0.315	0.91352	0.936	0.0059399	0.0258	0.98217	0.985	0.76704	0.824	0.25229	0.396	0.10099	0.213	0.31796	0.449
16q gain	17 (5%)	353	0.90674	0.934	0.058729	0.144	0.0011	0.00784	0.31381	0.447	0.1252	0.247	0.91242	0.936	0.16049	0.296	0.70611	0.785
17p gain	30 (8%)	340	0.099969	0.212	0.085429	0.19	0.49628	0.607	0.099679	0.212	0.39622	0.525	0.75909	0.822	0.053099	0.135	0.14431	0.276
17q gain	95 (26%)	275	0.00148	0.00952	0.04551	0.118	0.23745	0.387	0.12056	0.243	0.01967	0.0639	0.00043	0.00403	0.60873	0.712	0.02366	0.0705
18p gain	36 (10%)	334	0.02343	0.0704	0.21808	0.364	0.059859	0.145	0.01869	0.0619	0.76767	0.824	0.19339	0.336	0.087099	0.192	0.45675	0.574
18q gain	28 (8%)	342	0.0194	0.0633	0.62876	0.725	0.056949	0.141	0.00302	0.0165	0.8303	0.879	0.053669	0.135	0.01912	0.063	0.2827	0.423
19p gain	56 (15%)	314	0.58462	0.692	0.00392	0.0199	0.00104	0.00767	0.0084599	0.0349	0.01348	0.0491	0.00483	0.023	0.00063999	0.00531	0.03697	0.0999
19q gain	72 (19%)	298	0.39359	0.523	0.00106	0.00773	0.00227	0.0138	5.9999e-05	0.00082	0.00034	0.00348	0.00098999	0.00753	9.9999e-06	0.000173	0.00082999	0.00656
20p gain	108 (29%)	262	9.9999e-06	0.000173	0.1806	0.318	0.03287	0.0918	0.00217	0.0134	0.17114	0.31	0.03227	0.0909	5.9999e-05	0.00082	0.074619	0.171
20q gain	112 (30%)	258	9.9999e-06	0.000173	0.19076	0.332	0.17663	0.315	0.0086399	0.0354	0.30606	0.439	0.074759	0.171	7.9999e-05	0.00103	0.087629	0.192
21q gain	26 (7%)	344	0.17789	0.316	0.80982	0.86	0.070149	0.164	0.38827	0.519	0.92361	0.944	0.22241	0.37	0.24977	0.395	0.52468	0.635
22q gain	48 (13%)	322	9.9999e-06	0.000173	0.24597	0.395	0.04588	0.119	0.00198	0.0126	0.61109	0.712	0.73665	0.804	0.00204	0.0129	0.13455	0.262
xp gain	42 (11%)	328	0.00041	0.0039	0.29804	0.434	0.057609	0.142	0.6527	0.742	0.43666	0.557	0.15462	0.289	0.98394	0.985	0.053719	0.135
xq gain	64 (17%)	306	0.00108	0.00779	0.068529	0.162	0.00222	0.0136	0.01355	0.0491	0.0063399	0.0274	0.00051999	0.00449	0.16248	0.299	0.00026	0.00284
1p loss	81 (22%)	289	0.00269	0.0157	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	0.00399	0.0199	0.0075399	0.0315	0.00048	0.00437	0.00447	0.0217
1q loss	22 (6%)	348	0.36919	0.502	0.85215	0.893	0.22985	0.378	0.23801	0.387	0.35601	0.49	0.2428	0.393	0.28687	0.425	0.062439	0.151
2p loss	33 (9%)	337	0.059199	0.144	0.7105	0.785	0.01046	0.0406	0.03935	0.105	0.37585	0.507	0.70978	0.785	0.19964	0.344	0.26732	0.412
2q loss	38 (10%)	332	0.18757	0.327	0.60278	0.707	0.01026	0.0401	0.02055	0.0651	0.25569	0.399	0.59266	0.7	0.59966	0.706	0.40515	0.531
3p loss	52 (14%)	318	0.03205	0.0906	0.43037	0.552	0.0077899	0.0323	0.0094999	0.0373	0.0074699	0.0314	0.32002	0.45	0.00115	0.00811	0.04938	0.126
3q loss	40 (11%)	330	0.32817	0.459	0.66723	0.753	0.01869	0.0619	0.068989	0.162	0.077889	0.177	0.31589	0.448	0.0052499	0.0239	0.27537	0.415
4p loss	107 (29%)	263	9.9999e-06	0.000173	0.059539	0.145	0.00099999	0.00753	0.01413	0.0507	0.98825	0.988	0.01779	0.0605	0.00482	0.023	0.00281	0.0158
4q loss	148 (40%)	222	9.9999e-06	0.000173	0.0050799	0.0233	9.9999e-06	0.000173	0.00082999	0.00656	0.24804	0.395	0.0053199	0.0239	9.9999e-06	0.000173	0.0092399	0.0365
5p loss	28 (8%)	342	0.02429	0.0718	0.21454	0.36	0.056059	0.14	0.01637	0.0561	0.26316	0.406	0.10039	0.212	0.0091099	0.0364	0.01856	0.0619
5q loss	39 (11%)	331	0.0028	0.0158	0.0072899	0.0309	0.02311	0.0703	0.00015	0.00189	0.53224	0.641	0.04785	0.124	0.00127	0.00859	0.00121	0.00844
6p loss	28 (8%)	342	0.64121	0.737	0.77028	0.826	0.3181	0.449	0.71423	0.785	0.67865	0.762	0.7243	0.793	0.27005	0.413	0.24167	0.392
6q loss	92 (25%)	278	0.18767	0.327	0.43057	0.552	0.25168	0.396	0.73398	0.802	0.51964	0.631	0.13978	0.27	0.67136	0.755	0.8329	0.88
7p loss	16 (4%)	354	0.36529	0.501	0.28834	0.426	0.055889	0.14	0.35122	0.485	0.87938	0.913	0.22597	0.373	0.0057799	0.0253	0.04004	0.106
7q loss	21 (6%)	349	0.4348	0.556	0.26292	0.406	0.089809	0.196	0.084629	0.19	0.56288	0.67	0.0261	0.0768	0.00017	0.00207	0.0050699	0.0233
8p loss	190 (51%)	180	0.00021	0.00246	0.063769	0.153	0.01941	0.0633	0.8508	0.893	0.24417	0.395	0.02911	0.0841	0.44863	0.567	0.43802	0.558
8q loss	43 (12%)	327	0.00145	0.00942	0.113	0.232	0.27148	0.414	0.54944	0.658	0.7602	0.822	0.93497	0.949	0.68979	0.774	0.90119	0.931
9p loss	118 (32%)	252	3e-05	0.000458	0.02207	0.0686	0.00034	0.00348	0.00493	0.023	0.10823	0.225	0.0092399	0.0365	0.02968	0.085	0.0117	0.0444
9q loss	107 (29%)	263	0.00037	0.00368	0.0124	0.0465	0.0121	0.0456	0.00324	0.0176	0.26861	0.413	0.01625	0.0561	0.11663	0.235	0.00139	0.00921
10p loss	45 (12%)	325	0.02348	0.0704	0.22464	0.372	0.00088999	0.00687	0.00282	0.0158	0.61101	0.712	0.0065299	0.028	0.3918	0.522	0.01995	0.0642
10q loss	76 (21%)	294	0.0087099	0.0354	0.093219	0.2	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	0.31642	0.448	4e-05	0.000596	0.44983	0.567	9.9999e-06	0.000173
11p loss	65 (18%)	305	0.46127	0.578	0.9837	0.985	0.01993	0.0642	0.00457	0.022	0.64502	0.737	0.17579	0.315	0.00125	0.00854	0.0055499	0.0244
11q loss	73 (20%)	297	0.14086	0.271	0.77981	0.835	0.195	0.338	0.12261	0.245	0.66265	0.751	0.30426	0.438	0.00297	0.0164	0.01613	0.056
12p loss	65 (18%)	305	0.00084999	0.00664	0.11597	0.235	0.02805	0.0814	0.27326	0.415	0.40812	0.532	0.16405	0.3	0.62394	0.721	0.43099	0.552
12q loss	36 (10%)	334	0.088099	0.193	0.41475	0.538	0.4005	0.528	0.65977	0.749	0.8779	0.913	0.91557	0.937	0.69869	0.779	0.93272	0.949
13q loss	122 (33%)	248	0.00025	0.00278	0.03586	0.098	0.0067599	0.0288	3e-04	0.00317	0.00272	0.0157	0.00494	0.023	0.02035	0.0648	0.00123	0.00849
14q loss	107 (29%)	263	9.9999e-06	0.000173	0.16372	0.3	2e-05	0.00032	9.9999e-06	0.000173	0.47997	0.591	0.17572	0.315	0.00025	0.00278	0.01579	0.0551
15q loss	67 (18%)	303	0.057809	0.142	0.065819	0.157	5.9999e-05	0.00082	6.9999e-05	0.000918	0.1538	0.288	0.24909	0.395	9.9999e-06	0.000173	0.01798	0.0608
16p loss	109 (29%)	261	2e-05	0.00032	5e-05	0.000729	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	0.00401	0.0199	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173
16q loss	145 (39%)	225	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	0.1698	0.309	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173	9.9999e-06	0.000173
17p loss	185 (50%)	185	9.9999e-06	0.000173	0.02199	0.0686	0.0053499	0.0239	0.02316	0.0703	0.00361	0.0189	0.00052999	0.00452	0.44482	0.563	0.00050999	0.00446
17q loss	39 (11%)	331	0.36987	0.502	0.19805	0.342	0.34955	0.484	0.16967	0.309	0.17606	0.315	0.6246	0.721	0.27027	0.413	0.46279	0.578
18p loss	74 (20%)	296	0.04846	0.124	0.01144	0.0436	0.7145	0.785	0.00285	0.0158	0.52802	0.638	0.71268	0.785	0.068079	0.161	0.22365	0.371
18q loss	79 (21%)	291	0.00416	0.0205	0.004	0.0199	0.64558	0.737	0.00041	0.0039	0.20457	0.349	0.40321	0.53	0.11567	0.235	0.3045	0.438
19p loss	55 (15%)	315	9.9999e-06	0.000173	0.55638	0.664	0.03245	0.091	0.10018	0.212	0.14956	0.283	0.081509	0.184	0.28152	0.423	0.0036	0.0189
19q loss	39 (11%)	331	9.9999e-06	0.000173	0.38239	0.513	0.11369	0.233	0.58193	0.692	0.03107	0.0882	0.15297	0.288	0.47309	0.583	0.24694	0.395
20p loss	26 (7%)	344	0.26304	0.406	0.27523	0.415	0.62261	0.721	0.10684	0.223	0.086569	0.191	0.85472	0.893	0.71162	0.785	0.30351	0.438
20q loss	13 (4%)	357	0.35158	0.485	0.20529	0.349	0.13834	0.268	0.11118	0.23	0.46552	0.579	0.6403	0.737	0.01353	0.0491	0.25624	0.399
21q loss	110 (30%)	260	5e-04	0.00446	0.74004	0.806	0.00021	0.00246	0.12412	0.247	0.49461	0.606	0.93083	0.948	0.12225	0.245	0.30842	0.44
22q loss	70 (19%)	300	0.0358	0.098	0.071919	0.166	0.00206	0.0129	0.15902	0.295	0.50474	0.617	0.46233	0.578	0.10579	0.222	0.87397	0.911
xp loss	94 (25%)	276	0.03326	0.0925	0.057099	0.141	0.18004	0.318	0.02023	0.0647	0.12511	0.247	0.23176	0.38	0.0044	0.0215	0.28682	0.425
xq loss	70 (19%)	300	0.01247	0.0465	0.14121	0.271	0.39793	0.526	0.30819	0.44	0.13278	0.26	0.69774	0.779	0.12488	0.247	0.7456	0.811
