		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	13 (7%)	171	0.11293	0.211	0.2963	0.409	0.091889	0.182	0.19207	0.299	0.8642	0.903	0.26456	0.374	0.92934	0.949	0.91793	0.943	0.47063	0.573	0.42321	0.535
amp_1p12	27 (15%)	157	0.54546	0.643	0.19815	0.305	0.14673	0.252	0.01743	0.0503	0.26398	0.374	0.44351	0.553	0.47364	0.575	0.26248	0.373	0.45622	0.561	0.097789	0.191
amp_1q21.3	62 (34%)	122	0.00264	0.0125	9.9999e-06	0.000137	0.26598	0.374	0.16858	0.278	0.00117	0.00682	0.01063	0.034	0.0016	0.00867	0.01659	0.0488	0.00041	0.00287	0.00277	0.0128
amp_2q36.2	26 (14%)	158	8.9999e-05	0.000756	0.00096999	0.00588	0.16967	0.278	0.21067	0.322	0.058469	0.132	0.02097	0.0575	0.60712	0.694	0.00338	0.0149	0.16789	0.278	0.00296	0.0135
amp_3p12.2	12 (7%)	172	0.0085699	0.0297	0.01185	0.0371	0.42681	0.539	0.32861	0.44	1	1	0.92063	0.945	0.83726	0.89	1	1	1	1	0.71715	0.785
amp_3q26.2	32 (17%)	152	2e-05	0.000242	9.9999e-06	0.000137	0.13156	0.233	0.17199	0.279	0.04051	0.0997	0.053149	0.123	0.21797	0.328	0.01641	0.0485	0.0065299	0.0245	0.086499	0.176
amp_4p16.3	15 (8%)	169	0.04469	0.108	0.63044	0.711	0.50525	0.604	0.3799	0.493	0.03366	0.0848	0.01874	0.0529	0.13024	0.233	0.02655	0.0686	0.64664	0.727	0.13861	0.243
amp_6p21.31	12 (7%)	172	0.00209	0.0104	0.18203	0.29	0.89712	0.928	0.88748	0.92	0.29343	0.408	0.854	0.897	0.4786	0.578	0.71802	0.785	0.0090499	0.0308	0.14584	0.252
amp_7q22.1	56 (30%)	128	9.9999e-06	0.000137	0.0083899	0.0296	0.077119	0.162	0.96986	0.986	0.14119	0.245	0.3157	0.427	0.04325	0.106	0.03599	0.0896	0.0055299	0.0214	0.065029	0.141
amp_8p11.22	34 (18%)	150	0.01802	0.0514	0.48158	0.58	0.1711	0.279	0.14476	0.251	1	1	0.69783	0.773	0.80937	0.866	0.68697	0.763	0.04968	0.117	0.50558	0.604
amp_8p11.21	34 (18%)	150	0.0063499	0.024	0.26129	0.373	0.25536	0.368	0.19028	0.297	0.59411	0.684	0.6972	0.773	0.8592	0.901	0.21269	0.322	0.0206	0.0571	0.1715	0.279
amp_8q24.21	74 (40%)	110	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	0.23722	0.348	0.18724	0.295	0.13109	0.233	0.060599	0.133	0.1152	0.214	0.056439	0.128	0.00297	0.0135	0.0068099	0.0249
amp_9p13.3	24 (13%)	160	0.00246	0.0118	0.71304	0.784	0.68499	0.762	0.13594	0.24	0.14637	0.252	0.39099	0.504	0.61809	0.704	0.079119	0.165	0.73953	0.803	0.58623	0.678
amp_12p13.33	39 (21%)	145	9.9999e-06	0.000137	3e-05	0.000326	0.34685	0.461	0.41052	0.524	0.77042	0.831	0.55286	0.646	0.12212	0.224	0.19643	0.303	0.00073999	0.00466	0.88577	0.919
amp_12p11.21	43 (23%)	141	9.9999e-06	0.000137	3e-05	0.000326	0.31334	0.425	0.82444	0.879	0.24412	0.357	0.31017	0.422	0.01914	0.0538	0.0072299	0.026	0.00373	0.0158	0.51402	0.613
amp_12q15	29 (16%)	155	9.9999e-06	0.000137	0.00188	0.00955	0.47084	0.573	0.6253	0.707	0.80692	0.865	0.32635	0.438	0.096469	0.189	0.076709	0.162	0.01407	0.043	0.40831	0.522
amp_15q26.1	22 (12%)	162	0.0103	0.0333	0.055619	0.127	0.087649	0.177	0.4525	0.558	0.21056	0.322	0.10917	0.206	0.44928	0.557	0.53614	0.635	0.362	0.475	0.30072	0.413
amp_17p11.2	15 (8%)	169	0.00204	0.0103	0.36815	0.481	0.43157	0.541	0.55279	0.646	0.18207	0.29	0.050499	0.118	0.04701	0.112	0.11296	0.211	0.88433	0.919	0.30806	0.42
amp_17q12	31 (17%)	153	7.9999e-05	0.00069	0.11621	0.215	0.73768	0.803	0.66851	0.747	0.12888	0.231	0.21232	0.322	0.079879	0.166	0.059369	0.132	0.2567	0.368	0.12532	0.226
amp_18q11.2	56 (30%)	128	9.9999e-06	0.000137	0.00022	0.00165	0.0067499	0.0249	0.01061	0.034	0.02429	0.064	0.074589	0.158	0.00265	0.0125	0.00045	0.00305	0.00363	0.0157	0.00015	0.00117
amp_19p13.2	18 (10%)	166	0.00173	0.00908	0.25665	0.368	0.83121	0.885	0.26994	0.379	0.90126	0.931	0.71057	0.784	0.0044	0.0177	0.11031	0.207	0.10449	0.199	0.2656	0.374
amp_19q13.2	47 (26%)	137	3e-05	0.000326	0.02528	0.0658	0.49054	0.589	0.45097	0.558	0.9508	0.968	0.87247	0.909	0.57343	0.667	0.22894	0.338	0.38639	0.5	0.57762	0.669
amp_20p11.23	38 (21%)	146	9.9999e-06	0.000137	0.0017	0.00905	0.1228	0.224	0.18547	0.294	0.72302	0.788	0.39404	0.507	0.38909	0.502	0.02492	0.0651	0.00095999	0.00587	0.16087	0.27
amp_xp22.11	11 (6%)	173	0.0147	0.0443	0.22784	0.338	0.36266	0.475	0.094389	0.186	0.10664	0.203	0.076299	0.161	0.03467	0.087	0.091559	0.182	0.84326	0.893	0.0083699	0.0296
amp_xq27.1	21 (11%)	163	9.9999e-06	0.000137	0.30787	0.42	0.34157	0.455	0.10256	0.196	0.75757	0.819	0.19491	0.302	0.21197	0.322	0.45197	0.558	0.86868	0.906	0.64945	0.729
del_1p36.32	52 (28%)	132	5e-05	0.000477	9.9999e-06	0.000137	0.41133	0.524	0.31499	0.427	0.0103	0.0333	0.15611	0.262	0.1738	0.281	0.065719	0.142	0.01471	0.0443	0.01756	0.0503
del_1p36.11	68 (37%)	116	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	0.13698	0.241	0.056909	0.129	0.00156	0.00862	0.01753	0.0503	0.1079	0.205	0.085799	0.175	0.0085899	0.0297	0.0053099	0.0208
del_2q14.3	9 (5%)	175	2e-05	0.000242	0.1163	0.215	NA	NA	NA	NA	1	1	0.47864	0.578	0.48554	0.584	0.71795	0.785	0.096639	0.189	0.6052	0.693
del_3p21.31	51 (28%)	133	4e-05	0.000413	0.0045	0.0179	0.46438	0.567	0.42078	0.533	0.20859	0.321	0.7888	0.847	0.098339	0.191	0.04345	0.106	0.050169	0.118	0.21081	0.322
del_4p15.31	30 (16%)	154	0.01085	0.0343	0.00038	0.00272	0.35146	0.464	0.72159	0.788	0.03569	0.0892	0.0265	0.0686	0.45815	0.562	0.0095399	0.0318	0.51645	0.615	0.01017	0.0332
del_4q22.1	27 (15%)	157	0.12789	0.23	0.01081	0.0343	0.38308	0.497	0.12468	0.226	0.0051399	0.0202	0.087789	0.177	0.13217	0.234	0.00153	0.00853	0.22255	0.333	0.0060099	0.0228
del_4q34.3	35 (19%)	149	0.00442	0.0177	0.060579	0.133	0.21384	0.322	0.12093	0.222	0.18759	0.295	0.62337	0.706	0.71078	0.784	0.16853	0.278	0.61904	0.704	0.23028	0.339
del_5q14.2	35 (19%)	149	2e-05	0.000242	0.050419	0.118	0.073959	0.157	0.75076	0.814	0.19243	0.299	0.21994	0.33	0.10198	0.196	0.17776	0.285	0.078379	0.164	0.089059	0.178
del_6p25.2	74 (40%)	110	9.9999e-06	0.000137	2e-05	0.000242	0.0084299	0.0296	0.43069	0.541	0.03208	0.0815	0.01238	0.0386	0.088449	0.177	0.00035	0.00253	0.00142	0.00799	0.00013	0.00105
del_6p22.2	70 (38%)	114	9.9999e-06	0.000137	7.9999e-05	0.00069	0.061079	0.134	0.54638	0.643	0.077189	0.162	0.02253	0.0604	0.22876	0.338	0.00084999	0.0053	0.00255	0.0122	0.00012	0.000982
del_6q25.3	91 (49%)	93	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	0.03617	0.0897	0.41524	0.527	0.00057999	0.00389	0.00484	0.0192	0.00427	0.0177	0.00027	0.002	9.9999e-06	0.000137	5e-05	0.000477
del_7q36.1	15 (8%)	169	0.00161	0.00867	0.16941	0.278	0.03924	0.0969	0.29639	0.409	0.21301	0.322	0.60508	0.693	0.90351	0.932	0.33896	0.452	0.056979	0.129	0.25246	0.366
del_8p23.2	58 (32%)	126	0.00015	0.00117	0.059709	0.132	0.35475	0.468	0.4436	0.553	0.35646	0.469	0.31861	0.429	0.17256	0.279	0.15471	0.261	0.02133	0.0578	0.066329	0.143
del_9p21.3	116 (63%)	68	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	0.04806	0.114	0.44892	0.557	9.9999e-06	0.000137	7.9999e-05	0.00069	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137
del_9q22.33	47 (26%)	137	0.064059	0.139	0.25107	0.364	0.22663	0.338	0.43214	0.541	0.13764	0.242	0.42897	0.54	0.080969	0.167	0.10005	0.194	0.15402	0.261	0.11657	0.215
del_10p15.3	41 (22%)	143	0.00102	0.00606	0.23122	0.34	0.57633	0.669	0.99605	1	0.02768	0.0709	0.01295	0.0402	0.10838	0.205	0.02477	0.065	0.059169	0.132	0.0068599	0.025
del_10q23.33	35 (19%)	149	0.00043	0.00294	0.40534	0.519	0.34934	0.462	0.31659	0.427	0.44644	0.556	0.17769	0.285	0.75707	0.819	0.53811	0.636	0.62766	0.709	0.089659	0.179
del_11p15.4	29 (16%)	155	0.00073999	0.00466	0.81741	0.873	0.02305	0.0615	0.36864	0.481	0.92852	0.949	0.78365	0.842	0.46147	0.565	0.55162	0.646	0.16979	0.278	1	1
del_12p13.1	29 (16%)	155	4e-05	0.000413	0.00073999	0.00466	0.04498	0.108	0.01706	0.0498	0.0096799	0.0319	0.00139	0.00789	0.00404	0.017	5e-05	0.000477	0.02138	0.0578	0.00061999	0.00407
del_12q12	25 (14%)	159	9.9999e-06	0.000137	0.00012	0.000982	0.02787	0.0711	0.01606	0.0477	0.00438	0.0177	0.00098999	0.00594	0.00177	0.00914	0.02099	0.0575	0.00185	0.00948	0.00311	0.014
del_12q21.33	44 (24%)	140	9.9999e-06	0.000137	0.00127	0.00727	0.02368	0.0627	0.01738	0.0503	0.0071899	0.026	0.00177	0.00914	0.0053899	0.021	0.0056199	0.0216	0.00353	0.0153	0.00123	0.00711
del_12q24.33	43 (23%)	141	9.9999e-06	0.000137	0.00212	0.0104	0.01954	0.0547	0.0080299	0.0287	0.00113	0.00665	0.00372	0.0158	0.00369	0.0158	0.00058999	0.00391	0.0065999	0.0246	0.00014	0.00112
del_13q14.2	20 (11%)	164	0.00277	0.0128	0.10201	0.196	0.71174	0.784	0.86167	0.902	0.062259	0.136	0.26267	0.373	0.12273	0.224	0.061549	0.135	0.00225	0.0109	0.088009	0.177
del_14q11.2	20 (11%)	164	0.00353	0.0153	0.0089199	0.0306	0.9094	0.936	0.93451	0.953	0.10029	0.194	0.13128	0.233	0.24743	0.36	0.2471	0.36	0.26236	0.373	0.53409	0.634
del_15q15.1	36 (20%)	148	9.9999e-06	0.000137	0.0095999	0.0318	0.6229	0.706	0.92271	0.945	0.04607	0.11	0.00313	0.014	0.18405	0.292	0.03266	0.0826	0.1242	0.225	0.0058299	0.0223
del_16q23.1	19 (10%)	165	0.01465	0.0443	0.52668	0.626	0.29461	0.408	0.072259	0.154	0.55807	0.651	0.04694	0.112	0.29926	0.412	0.33366	0.446	0.15093	0.257	0.27451	0.384
del_17p12	89 (48%)	95	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	0.054529	0.125	0.22528	0.336	9.9999e-06	0.000137	5e-05	0.000477	9.9999e-06	0.000137	7.9999e-05	0.00069	9.9999e-06	0.000137	2e-05	0.000242
del_17q22	49 (27%)	135	9.9999e-06	0.000137	0.00171	0.00905	0.00207	0.0103	0.15494	0.261	0.0090999	0.0308	0.01355	0.0416	0.0084599	0.0296	0.02724	0.07	9.9999e-06	0.000137	0.054439	0.125
del_18p11.31	54 (29%)	130	0.34844	0.462	0.60045	0.69	0.67523	0.753	0.30275	0.415	0.61678	0.704	0.97487	0.989	0.18899	0.296	0.85408	0.897	0.59232	0.683	0.11163	0.209
del_18q21.2	126 (68%)	58	9.9999e-06	0.000137	9.9999e-06	0.000137	0.02336	0.0621	0.66009	0.739	3e-05	0.000326	5.9999e-05	0.000556	0.00016	0.00123	4e-05	0.000413	0.0099299	0.0326	9.9999e-06	0.000137
del_19p13.3	36 (20%)	148	9.9999e-06	0.000137	5.9999e-05	0.000556	0.40162	0.515	0.85197	0.897	0.084679	0.173	0.00158	0.00866	0.16845	0.278	0.0089399	0.0306	6.9999e-05	0.000639	0.00435	0.0177
del_19p13.2	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000137	3e-05	0.000326	0.14098	0.245	0.56185	0.654	0.0066499	0.0246	0.00337	0.0149	0.053229	0.123	0.00042	0.00291	2e-05	0.000242	0.00066999	0.00435
del_19q13.33	22 (12%)	162	0.00219	0.0107	0.14896	0.255	0.14038	0.245	0.84753	0.896	0.19523	0.302	0.22874	0.338	0.18669	0.295	0.082769	0.17	0.25375	0.367	0.071229	0.153
del_21q11.2	62 (34%)	122	9.9999e-06	0.000137	0.01139	0.0359	0.1627	0.272	0.65603	0.735	0.0093099	0.0314	0.058739	0.132	0.37474	0.488	0.02107	0.0575	0.00033	0.00242	0.01834	0.052
del_22q13.31	60 (33%)	124	9.9999e-06	0.000137	5e-05	0.000477	0.25845	0.37	0.83867	0.89	0.01354	0.0416	0.080569	0.166	0.04152	0.102	0.01696	0.0497	8.9999e-05	0.000756	0.00095999	0.00587
del_22q13.32	62 (34%)	122	9.9999e-06	0.000137	2e-04	0.00152	0.54882	0.645	0.85385	0.897	0.15103	0.257	0.17672	0.285	0.15284	0.26	0.28535	0.398	0.00041	0.00287	0.04458	0.108
del_xp21.1	29 (16%)	155	3e-05	0.000326	0.096819	0.189	0.18255	0.29	0.29472	0.408	0.28365	0.396	0.45695	0.561	0.055109	0.126	0.78234	0.842	0.01508	0.045	0.47705	0.578
del_xq11.2	23 (12%)	161	9.9999e-06	0.000137	0.00291	0.0134	0.16979	0.278	0.02068	0.0571	0.0095099	0.0318	0.02004	0.0559	0.0044	0.0177	0.02225	0.0599	0.00424	0.0177	0.01501	0.045
