		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	16 (3%)	476	2e-05	0.000194	0.20325	0.265	0.01067	0.0309	0.00061999	0.00342	0.30861	0.377	0.04129	0.0828	0.8475	0.872	0.17694	0.239
1q gain	26 (5%)	466	9.9999e-06	0.000119	0.14155	0.203	0.00014	0.000985	0.00055999	0.00314	0.097549	0.157	0.03243	0.0708	0.50349	0.566	0.19435	0.257
2p gain	10 (2%)	482	0.00094999	0.00486	0.075509	0.131	0.0070599	0.022	0.14262	0.204	0.11361	0.169	0.03589	0.0761	0.16764	0.23	0.18794	0.249
2q gain	7 (1%)	485	0.00103	0.00515	0.46547	0.534	0.10067	0.158	0.55263	0.608	0.5081	0.567	0.062289	0.113	0.1773	0.239	0.15893	0.219
3p gain	40 (8%)	452	9.9999e-06	0.000119	0.01028	0.0305	0.00472	0.0162	0.00036	0.00222	0.02105	0.0514	0.0053099	0.0176	0.00361	0.0134	0.00027	0.00175
3q gain	54 (11%)	438	9.9999e-06	0.000119	0.0075999	0.0234	0.00123	0.00592	0.00129	0.00607	0.00433	0.0151	0.00377	0.0138	0.01466	0.039	2e-05	0.000194
4p gain	9 (2%)	483	0.02688	0.0627	0.84545	0.871	0.48851	0.553	0.76768	0.799	0.91496	0.929	0.41506	0.483	0.60456	0.65	0.57193	0.623
4q gain	10 (2%)	482	0.072919	0.128	0.48606	0.553	1	1	0.55465	0.608	0.85377	0.877	0.177	0.239	0.15401	0.218	0.069559	0.123
5p gain	23 (5%)	469	9.9999e-06	0.000119	0.058849	0.109	0.0092599	0.0278	0.061249	0.112	0.0014	0.00654	0.00163	0.0073	0.00193	0.00823	0.00395	0.0142
5q gain	12 (2%)	480	2e-05	0.000194	0.17339	0.236	0.0363	0.0762	0.22982	0.293	0.37269	0.439	0.15777	0.219	0.12384	0.182	0.3254	0.391
6p gain	10 (2%)	482	0.00158	0.00717	0.15709	0.219	0.13912	0.2	0.2678	0.333	0.67228	0.708	0.10627	0.162	0.01698	0.0436	0.074599	0.13
6q gain	6 (1%)	486	0.02057	0.0509	0.79135	0.82	0.10306	0.159	0.57917	0.628	0.19608	0.258	0.03909	0.0792	0.27046	0.335	0.56428	0.616
7p gain	102 (21%)	390	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	2e-05	0.000194	0.01862	0.0476	9.9999e-06	0.000119	3e-04	0.00192	0.0017	0.0075
7q gain	95 (19%)	397	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	6.9999e-05	0.00056	0.02435	0.0579	4e-05	0.000351	4e-04	0.00242	0.0052399	0.0175
8p gain	71 (14%)	421	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	6.9999e-05	0.00056	0.00046	0.00268	0.12536	0.184	0.0051199	0.0172	0.00196	0.00831	0.00231	0.00948
8q gain	124 (25%)	368	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	3e-05	0.000274	3e-05	0.000274	0.00046	0.00268	9.9999e-06	0.000119	2e-05	0.000194	2e-05	0.000194
9p gain	34 (7%)	458	9.9999e-06	0.000119	0.10023	0.158	0.078539	0.135	0.095519	0.156	0.48562	0.553	0.11113	0.167	0.01664	0.0429	0.17876	0.241
9q gain	50 (10%)	442	9.9999e-06	0.000119	0.11708	0.173	0.01482	0.0392	0.19583	0.258	0.35797	0.424	0.01059	0.0308	0.0070699	0.022	0.01359	0.0375
10p gain	15 (3%)	477	7.9999e-05	0.000617	0.03481	0.0751	0.10307	0.159	0.03338	0.0727	0.57526	0.625	0.01352	0.0375	0.17253	0.236	0.00081999	0.00434
10q gain	14 (3%)	478	0.00021	0.00141	0.058059	0.108	0.13129	0.191	0.03157	0.0696	0.58813	0.636	0.088259	0.146	0.2701	0.335	0.00192	0.00823
11p gain	26 (5%)	466	9.9999e-06	0.000119	0.053699	0.103	0.092309	0.152	0.01425	0.0386	0.59844	0.646	0.053859	0.103	0.03558	0.0761	0.17705	0.239
11q gain	29 (6%)	463	9.9999e-06	0.000119	0.072709	0.127	0.03086	0.0688	0.03808	0.0787	0.68937	0.723	0.050169	0.0967	0.083999	0.143	0.12305	0.181
12p gain	14 (3%)	478	3e-05	0.000274	0.18273	0.245	0.087549	0.146	0.11513	0.171	0.36075	0.427	0.00093999	0.00485	0.02331	0.0557	0.20616	0.269
12q gain	17 (3%)	475	0.00039	0.00238	0.082759	0.141	0.19792	0.26	0.11204	0.168	0.78388	0.813	0.02026	0.0506	0.01541	0.0405	0.096369	0.156
13q gain	8 (2%)	484	0.01445	0.0389	0.13676	0.198	0.60609	0.651	0.66195	0.701	0.82146	0.848	0.56284	0.616	0.74073	0.772	0.86541	0.886
14q gain	10 (2%)	482	2e-05	0.000194	0.15914	0.219	0.085609	0.144	0.22583	0.289	0.11324	0.169	0.25616	0.323	0.48901	0.553	0.46563	0.534
15q gain	6 (1%)	486	0.0201	0.0504	1	1	0.87732	0.897	0.66497	0.702	0.7769	0.807	0.18198	0.244	0.70587	0.739	0.3212	0.389
16p gain	31 (6%)	461	9.9999e-06	0.000119	0.26373	0.331	0.069699	0.123	0.31763	0.386	0.1554	0.218	0.00398	0.0142	0.02627	0.0618	0.01244	0.0349
16q gain	8 (2%)	484	0.084919	0.143	0.50027	0.564	0.60361	0.65	0.90372	0.922	0.10231	0.159	0.01245	0.0349	0.64733	0.687	0.54313	0.6
17p gain	8 (2%)	484	0.01455	0.039	0.91171	0.928	0.0491	0.0953	0.66536	0.702	0.02125	0.0517	0.01616	0.0422	0.60793	0.652	0.00361	0.0134
17q gain	11 (2%)	481	0.00035	0.0022	0.79925	0.826	0.0166	0.0429	0.21581	0.28	0.090829	0.15	0.1101	0.166	0.47225	0.541	0.00066999	0.00366
18p gain	18 (4%)	474	9.9999e-06	0.000119	0.35622	0.423	0.13864	0.2	0.50794	0.567	0.68759	0.723	0.60878	0.652	0.72343	0.755	0.45034	0.519
18q gain	9 (2%)	483	0.00473	0.0162	1	1	0.10638	0.162	0.90911	0.926	0.64006	0.682	0.44406	0.514	0.44599	0.515	0.66453	0.702
19p gain	12 (2%)	480	9.9999e-06	0.000119	0.15862	0.219	0.03655	0.0762	0.34294	0.409	0.13957	0.2	0.085849	0.144	0.51503	0.571	0.11922	0.176
19q gain	12 (2%)	480	9.9999e-06	0.000119	0.10429	0.16	0.03913	0.0792	0.36734	0.434	0.21944	0.284	0.060909	0.112	0.50826	0.567	0.15437	0.218
20p gain	26 (5%)	466	9.9999e-06	0.000119	0.02085	0.0513	0.0223	0.0537	0.03644	0.0762	0.00213	0.00885	0.00394	0.0142	0.02956	0.0673	0.00454	0.0157
20q gain	28 (6%)	464	9.9999e-06	0.000119	0.01992	0.0502	0.056469	0.107	0.12639	0.185	0.0112	0.0323	0.0078699	0.0241	0.10068	0.158	0.0089599	0.027
21q gain	21 (4%)	471	9.9999e-06	0.000119	0.03858	0.0789	0.00156	0.00717	0.02645	0.062	0.01373	0.0376	0.00347	0.0131	0.01244	0.0349	0.02917	0.0669
22q gain	4 (1%)	488	0.095549	0.156	0.55075	0.607	0.55517	0.608	0.22152	0.286	0.32532	0.391	0.40553	0.474	0.40409	0.474	0.15872	0.219
xp gain	7 (1%)	485	0.00081999	0.00434	0.064819	0.117	0.10071	0.158	0.092799	0.153	0.50993	0.567	0.04502	0.0895	0.0061499	0.0199	0.086809	0.145
xq gain	7 (1%)	485	0.00106	0.00526	0.064549	0.116	0.098959	0.158	0.094209	0.155	0.5079	0.567	0.04558	0.09	0.0063999	0.0204	0.086419	0.145
1p loss	22 (4%)	470	9.9999e-06	0.000119	0.00056999	0.00317	0.00122	0.00592	0.00019	0.00131	0.02515	0.0594	0.00364	0.0135	0.01961	0.0496	0.01319	0.0367
1q loss	6 (1%)	486	0.02061	0.0509	0.15238	0.216	0.04249	0.0847	0.096159	0.156	0.10002	0.158	0.10235	0.159	0.051649	0.099	0.39383	0.462
2p loss	16 (3%)	476	8.9999e-05	0.000686	0.00486	0.0165	0.48055	0.549	0.35401	0.421	0.13273	0.193	0.087379	0.146	0.00389	0.0141	0.00345	0.0131
2q loss	18 (4%)	474	0.00014	0.000985	0.02048	0.0509	0.72357	0.755	0.48354	0.552	0.1273	0.186	0.03486	0.0751	0.0088199	0.0269	0.00099999	0.00504
3p loss	9 (2%)	483	0.03363	0.073	0.31495	0.384	0.10496	0.16	0.03849	0.0789	0.10359	0.159	0.412	0.48	0.050909	0.0978	0.19648	0.258
3q loss	5 (1%)	487	0.30352	0.372	1	1	0.32834	0.394	0.24923	0.316	0.15231	0.216	0.03166	0.0696	NA	NA	NA	NA
4p loss	24 (5%)	468	9.9999e-06	0.000119	0.01893	0.0481	0.00375	0.0138	0.02952	0.0673	0.00152	0.00705	0.00258	0.0105	4e-05	0.000351	6.9999e-05	0.00056
4q loss	17 (3%)	475	9.9999e-06	0.000119	0.15526	0.218	0.0063799	0.0204	0.1033	0.159	0.20105	0.263	0.04665	0.0919	0.01438	0.0388	0.0052099	0.0175
5p loss	12 (2%)	480	2e-05	0.000194	0.17323	0.236	0.03762	0.0782	0.0056199	0.0184	0.86559	0.886	0.00319	0.0124	0.5096	0.567	0.10424	0.16
5q loss	22 (4%)	470	9.9999e-06	0.000119	0.00293	0.0116	0.01242	0.0349	0.00216	0.00892	0.057909	0.108	0.00111	0.00546	0.10863	0.164	0.02696	0.0627
6p loss	25 (5%)	467	9.9999e-06	0.000119	0.01469	0.039	0.00032	0.00203	0.00298	0.0117	0.058119	0.108	0.03157	0.0696	0.01406	0.0383	0.00402	0.0143
6q loss	40 (8%)	452	9.9999e-06	0.000119	0.03583	0.0761	0.00036	0.00222	0.00124	0.00592	0.01297	0.0362	0.04773	0.0934	0.00407	0.0144	0.00207	0.00866
8p loss	168 (34%)	324	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	9.9999e-06	0.000119	0.00044	0.00261	0.079349	0.136	0.057849	0.108	0.03086	0.0688
8q loss	24 (5%)	468	0.02894	0.0666	0.00099999	0.00504	0.01051	0.0307	0.02494	0.0591	0.1014	0.159	0.99234	1	0.21895	0.284	0.24555	0.312
9p loss	21 (4%)	471	9.9999e-06	0.000119	0.28347	0.351	0.00415	0.0146	0.02106	0.0514	0.26677	0.333	0.24519	0.312	0.1075	0.163	0.061869	0.113
9q loss	10 (2%)	482	0.00163	0.0073	0.3419	0.408	0.26402	0.331	0.22824	0.292	0.61591	0.658	0.548	0.605	0.52032	0.576	0.03638	0.0762
10p loss	41 (8%)	451	9.9999e-06	0.000119	0.00011	0.000809	0.00026	0.0017	9.9999e-05	0.000744	0.084249	0.143	5e-05	0.000427	0.01128	0.0324	5e-05	0.000427
10q loss	43 (9%)	449	9.9999e-06	0.000119	0.00085999	0.00451	0.00201	0.00846	0.00050999	0.00291	0.03908	0.0792	0.00125	0.00593	0.00174	0.00757	6.9999e-05	0.00056
11p loss	8 (2%)	484	0.0024	0.00978	0.080939	0.139	0.26516	0.331	0.11664	0.173	0.32238	0.39	0.26041	0.328	0.11293	0.169	0.10222	0.159
11q loss	5 (1%)	487	0.01372	0.0376	0.070359	0.124	0.061419	0.112	0.30004	0.369	0.63235	0.675	0.1874	0.249	0.02183	0.0529	0.29127	0.36
12p loss	48 (10%)	444	9.9999e-06	0.000119	0.29613	0.365	0.04851	0.0947	0.42195	0.489	0.45519	0.524	0.01644	0.0428	0.0068399	0.0215	0.00272	0.0109
12q loss	20 (4%)	472	3e-05	0.000274	0.17939	0.241	0.25137	0.318	0.26475	0.331	1	1	0.04929	0.0953	0.067079	0.119	0.0089199	0.027
13q loss	77 (16%)	415	9.9999e-06	0.000119	0.33047	0.396	0.04193	0.0839	0.065649	0.118	0.18414	0.245	0.04082	0.0822	0.22509	0.289	0.00016	0.00111
14q loss	25 (5%)	467	2e-05	0.000194	0.057619	0.108	0.075789	0.131	0.098089	0.157	0.40501	0.474	0.064109	0.116	0.098819	0.158	0.066869	0.119
15q loss	36 (7%)	456	9.9999e-06	0.000119	0.00166	0.00738	0.00067999	0.00369	0.0064799	0.0205	9.9999e-05	0.000744	0.0075099	0.0232	0.00116	0.00567	0.00013	0.000945
16p loss	32 (7%)	460	0.00175	0.00757	0.33399	0.4	0.49173	0.555	0.37987	0.447	0.64588	0.687	0.31864	0.387	0.22285	0.287	0.03159	0.0696
16q loss	107 (22%)	385	9.9999e-06	0.000119	0.00068999	0.00371	0.03064	0.0688	0.03044	0.0688	0.083939	0.143	0.00053999	0.00306	0.00422	0.0148	7.9999e-05	0.000617
17p loss	76 (15%)	416	9.9999e-06	0.000119	0.00157	0.00717	0.00014	0.000985	0.00171	0.0075	0.097819	0.157	0.03177	0.0696	0.02255	0.0541	7.9999e-05	0.000617
17q loss	20 (4%)	472	9.9999e-06	0.000119	0.01015	0.0304	0.00091999	0.00479	0.03569	0.0761	0.01239	0.0349	0.04518	0.0895	0.03056	0.0688	0.14438	0.206
18p loss	68 (14%)	424	9.9999e-06	0.000119	0.005	0.0169	0.00325	0.0126	0.04913	0.0953	0.058389	0.108	0.02994	0.0679	0.01027	0.0305	0.0056699	0.0184
18q loss	101 (21%)	391	9.9999e-06	0.000119	0.0062899	0.0202	0.00339	0.013	0.02226	0.0537	0.0067999	0.0214	0.0034	0.013	0.01543	0.0405	9.9999e-06	0.000119
19p loss	17 (3%)	475	0.00021	0.00141	0.055809	0.106	0.3072	0.376	0.15824	0.219	0.13435	0.195	0.15804	0.219	0.00292	0.0116	0.01045	0.0307
19q loss	17 (3%)	475	0.00025	0.00165	0.056109	0.106	0.3036	0.372	0.15966	0.219	0.13326	0.193	0.15702	0.219	0.00294	0.0116	0.01039	0.0306
20p loss	19 (4%)	473	0.03831	0.0788	0.063459	0.115	0.22328	0.287	0.18402	0.245	0.4888	0.553	0.18316	0.245	1	1	0.58263	0.631
20q loss	9 (2%)	483	0.02711	0.0629	0.079129	0.136	0.095559	0.156	0.0381	0.0787	0.073409	0.128	0.060659	0.112	1	1	0.50414	0.566
21q loss	24 (5%)	468	2e-05	0.000194	0.066669	0.119	0.00361	0.0134	0.32284	0.39	0.57231	0.623	0.10338	0.159	0.42219	0.489	0.04038	0.0815
22q loss	47 (10%)	445	9.9999e-06	0.000119	0.21001	0.273	0.01868	0.0476	0.04753	0.0933	0.068769	0.122	0.02784	0.0643	0.14865	0.211	0.00024	0.0016
xp loss	39 (8%)	453	9.9999e-06	0.000119	2e-05	0.000194	0.00049	0.00283	4e-05	0.000351	9.9999e-06	0.000119	0.03552	0.0761	0.0055599	0.0182	0.098419	0.157
xq loss	39 (8%)	453	9.9999e-06	0.000119	2e-05	0.000194	0.00041	0.00245	5.9999e-05	0.000505	9.9999e-06	0.000119	0.03626	0.0762	0.0054799	0.0181	0.098169	0.157
