		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	56 (22%)	200	0.00015	0.00184	9.9999e-06	0.000256	0.1123	0.203	0.03613	0.0929	0.28254	0.398	0.04451	0.107	0.25582	0.369	0.65232	0.736	0.069969	0.147	0.2565	0.37
1q gain	49 (19%)	207	0.00273	0.0143	0.0094099	0.0382	0.11596	0.207	0.01398	0.05	0.0090599	0.0375	0.21048	0.319	0.02411	0.0724	0.10856	0.198	0.00061999	0.00506	0.0051399	0.0231
2p gain	22 (9%)	234	0.00154	0.00957	0.01426	0.05	0.068739	0.145	0.01016	0.0397	0.00073999	0.00567	0.00086999	0.00631	0.01849	0.0604	0.03757	0.0963	0.01837	0.0603	0.00291	0.015
2q gain	22 (9%)	234	0.00022	0.00247	0.094129	0.18	0.079969	0.162	0.03496	0.0905	0.00432	0.02	0.00145	0.00922	0.03402	0.0886	0.0091799	0.0378	0.03296	0.0872	0.18336	0.291
3p gain	39 (15%)	217	0.00051999	0.00444	6.9999e-05	0.00106	0.064129	0.138	0.21659	0.326	0.00314	0.016	4e-05	0.000713	0.04225	0.104	0.11447	0.205	0.00090999	0.00649	0.00117	0.00793
3q gain	36 (14%)	220	0.00209	0.0122	0.00261	0.0137	0.01449	0.0504	0.19431	0.302	0.0043	0.02	0.00335	0.0166	0.04765	0.111	0.13002	0.223	0.00090999	0.00649	0.00138	0.00897
4p gain	68 (27%)	188	2e-05	0.000421	3e-05	0.000559	0.03913	0.099	0.01071	0.0408	0.02474	0.0736	0.00444	0.0203	0.04362	0.106	0.01774	0.0591	0.30729	0.424	0.076389	0.158
4q gain	47 (18%)	209	0.03128	0.0841	0.0087399	0.0364	0.10644	0.198	0.6281	0.717	0.18859	0.296	0.070399	0.147	0.36047	0.478	0.10811	0.198	0.16809	0.271	0.36805	0.485
5p gain	98 (38%)	158	9.9999e-06	0.000256	3e-05	0.000559	0.15774	0.259	0.00232	0.0129	0.01179	0.0435	5e-05	0.00082	0.80289	0.851	0.00294	0.0151	0.70017	0.773	0.53492	0.64
5q gain	71 (28%)	185	0.00011	0.00153	0.01414	0.05	0.26448	0.377	0.081559	0.163	0.27963	0.395	0.01464	0.0504	0.42382	0.538	0.16272	0.266	0.75244	0.811	0.7059	0.777
6p gain	51 (20%)	205	9.9999e-06	0.000256	3e-05	0.000559	0.0037	0.0177	0.00044	0.00396	0.00028	0.00287	0.00015	0.00184	0.063459	0.137	0.01186	0.0436	0.50903	0.614	0.03848	0.0977
6q gain	50 (20%)	206	0.00038	0.00354	0.00044	0.00396	0.04372	0.106	0.02069	0.066	0.00028	0.00287	0.00048	0.00419	0.079929	0.162	0.0059499	0.0261	0.30148	0.42	0.03498	0.0905
7p gain	82 (32%)	174	9.9999e-06	0.000256	0.00192	0.0115	0.0106	0.0406	0.0071099	0.0305	0.00247	0.0133	0.02096	0.0664	0.19696	0.305	0.19826	0.306	0.00419	0.0197	0.0022	0.0127
7q gain	68 (27%)	188	9.9999e-06	0.000256	3e-04	0.003	0.04196	0.104	0.0036	0.0174	0.00053999	0.00456	0.03122	0.0841	0.04497	0.108	0.01163	0.0432	0.00029	0.00294	0.00282	0.0146
8p gain	52 (20%)	204	0.065159	0.139	0.57212	0.675	0.88687	0.916	0.69013	0.768	0.73091	0.794	0.074569	0.155	0.37059	0.488	0.26376	0.377	0.35756	0.475	0.067499	0.143
8q gain	65 (25%)	191	0.10783	0.198	0.082449	0.164	0.27858	0.395	0.15002	0.249	0.9652	0.978	0.076939	0.159	0.33501	0.453	0.59639	0.693	0.0451	0.108	0.15769	0.259
9p gain	57 (22%)	199	7.9999e-05	0.00119	0.00197	0.0116	0.02583	0.0751	4e-04	0.00369	0.0060999	0.0266	0.00062999	0.00506	0.089119	0.172	0.00343	0.0169	0.70815	0.778	0.28805	0.404
9q gain	73 (29%)	183	9.9999e-06	0.000256	0.00012	0.00161	0.0058999	0.026	0.00105	0.00724	5.9999e-05	0.000946	2e-05	0.000421	0.066519	0.141	0.00027	0.00287	0.02832	0.0785	0.0076599	0.0324
10p gain	23 (9%)	233	0.02486	0.0736	0.04398	0.106	0.052919	0.12	0.9735	0.986	0.15162	0.251	0.16991	0.273	0.34627	0.465	0.57028	0.674	0.02621	0.0752	0.057729	0.128
10q gain	12 (5%)	244	0.71989	0.785	0.11118	0.202	0.02858	0.0786	0.81978	0.863	0.10774	0.198	0.052409	0.119	0.36749	0.485	0.32311	0.439	0.04523	0.108	0.33488	0.453
11p gain	23 (9%)	233	0.04634	0.109	0.02686	0.0759	0.18717	0.295	0.20766	0.317	0.12624	0.219	0.01029	0.0398	0.40169	0.515	0.59277	0.692	0.12945	0.223	0.17997	0.287
11q gain	22 (9%)	234	0.01107	0.0416	0.12148	0.213	1	1	0.37139	0.488	0.63107	0.719	0.03573	0.0921	0.91682	0.939	0.90497	0.93	0.377	0.492	0.75165	0.811
12p gain	43 (17%)	213	9.9999e-06	0.000256	0.02827	0.0785	0.02703	0.0762	0.02131	0.0672	0.00014	0.00177	0.00061999	0.00506	0.082689	0.164	0.089129	0.172	0.04691	0.11	0.00081999	0.006
12q gain	34 (13%)	222	0.0011	0.00752	0.03371	0.088	0.02245	0.069	0.12696	0.219	0.00428	0.02	0.051909	0.119	0.080909	0.163	0.072149	0.151	0.063629	0.137	0.01726	0.0578
13q gain	15 (6%)	241	0.0017	0.0104	0.19821	0.306	0.55356	0.659	0.32069	0.437	0.092609	0.178	0.1264	0.219	0.4567	0.57	0.57492	0.676	0.57458	0.676	0.23609	0.347
14q gain	57 (22%)	199	0.00359	0.0174	0.04639	0.109	0.03206	0.0854	0.00123	0.00813	0.26369	0.377	0.00101	0.00708	0.75558	0.812	0.71761	0.784	0.24475	0.358	0.6133	0.704
15q gain	63 (25%)	193	9.9999e-06	0.000256	0.10028	0.189	0.89618	0.923	0.86272	0.896	0.12124	0.213	0.058319	0.129	0.22445	0.335	0.49835	0.605	0.01784	0.0591	0.02246	0.069
16p gain	40 (16%)	216	8.9999e-05	0.00129	0.11349	0.204	0.03181	0.085	0.16383	0.267	0.1284	0.221	0.38251	0.499	0.79232	0.845	0.2641	0.377	0.91724	0.939	0.3427	0.461
16q gain	21 (8%)	235	0.01418	0.05	0.22696	0.337	0.0332	0.0875	0.0057099	0.0253	0.02627	0.0752	0.23239	0.342	0.60785	0.702	1	1	0.77672	0.83	0.073479	0.153
17p gain	61 (24%)	195	9.9999e-06	0.000256	0.00346	0.017	0.0012	0.008	0.02558	0.0746	0.02843	0.0785	0.052099	0.119	0.069839	0.147	0.00222	0.0127	0.075579	0.157	0.053309	0.12
17q gain	57 (22%)	199	9.9999e-06	0.000256	0.03075	0.0832	0.0109	0.0412	0.01422	0.05	0.061399	0.134	0.00445	0.0203	0.01725	0.0578	0.00335	0.0166	0.0062699	0.0272	0.03048	0.0832
18p gain	53 (21%)	203	2e-05	0.000421	0.0231	0.0699	0.095619	0.182	0.16735	0.271	0.087579	0.17	0.38887	0.503	0.56553	0.67	0.39589	0.51	0.69131	0.768	0.23079	0.342
18q gain	36 (14%)	220	0.02218	0.0689	0.04951	0.115	0.70131	0.773	0.089689	0.173	0.76049	0.816	0.21713	0.326	0.53365	0.64	0.43466	0.549	0.24991	0.364	0.9952	1
19p gain	87 (34%)	169	9.9999e-06	0.000256	0.00228	0.0129	0.18635	0.294	0.00024	0.00262	0.02594	0.0752	0.0081599	0.0341	0.43992	0.554	0.24685	0.36	0.84053	0.879	0.11474	0.205
19q gain	65 (25%)	191	9.9999e-06	0.000256	9.9999e-06	0.000256	0.0076299	0.0324	9.9999e-06	0.000256	0.00051999	0.00444	0.00072999	0.00565	0.56513	0.67	0.062809	0.137	0.79906	0.849	0.02212	0.0689
20p gain	62 (24%)	194	0.00028	0.00287	0.12086	0.213	0.15973	0.261	0.2706	0.385	0.35318	0.472	0.085339	0.167	0.85841	0.894	0.29355	0.41	0.55284	0.659	0.38539	0.5
20q gain	83 (32%)	173	4e-05	0.000713	0.00217	0.0126	0.0056399	0.0251	0.00237	0.013	0.03964	0.0994	0.0335	0.0878	0.22714	0.337	0.01498	0.0512	0.13616	0.23	0.02036	0.0654
21q gain	58 (23%)	198	9.9999e-06	0.000256	0.02841	0.0785	0.051959	0.119	0.060329	0.132	0.63142	0.719	0.49358	0.601	0.92226	0.941	0.8247	0.866	0.21886	0.327	0.34733	0.465
22q gain	60 (23%)	196	0.0092999	0.0381	0.00232	0.0129	0.0141	0.05	0.0131	0.0473	0.0076999	0.0324	0.00261	0.0137	0.67397	0.754	0.11252	0.203	0.10609	0.198	0.13389	0.228
xp gain	74 (29%)	182	5.9999e-05	0.000946	0.04845	0.113	0.21253	0.321	0.36456	0.482	0.77075	0.825	0.28671	0.403	0.25379	0.368	0.54263	0.649	0.17443	0.279	0.35637	0.474
xq gain	33 (13%)	223	0.01456	0.0504	0.063899	0.138	0.04289	0.105	0.43218	0.547	0.2098	0.319	0.14728	0.245	0.30809	0.425	0.13601	0.23	0.20927	0.318	0.18681	0.295
1p loss	32 (12%)	224	0.1549	0.255	0.02639	0.0752	0.30392	0.422	0.48621	0.597	1	1	0.45965	0.573	0.85523	0.892	0.60162	0.696	0.3377	0.456	0.66595	0.748
1q loss	40 (16%)	216	0.01021	0.0397	0.00144	0.00922	0.35374	0.472	0.0395	0.0994	0.077539	0.159	0.19168	0.299	0.02805	0.0785	0.00248	0.0133	0.056999	0.127	0.055359	0.124
2p loss	88 (34%)	168	9.9999e-06	0.000256	9.9999e-06	0.000256	0.01341	0.0482	0.00078999	0.00584	9.9999e-06	0.000256	5e-05	0.00082	0.00235	0.013	0.00034	0.00332	0.00064999	0.00512	0.00048	0.00419
2q loss	71 (28%)	185	9.9999e-06	0.000256	0.00152	0.00951	0.13249	0.226	0.21757	0.326	0.11331	0.204	0.099059	0.187	0.72146	0.785	0.16345	0.266	0.69645	0.772	0.6674	0.749
3p loss	56 (22%)	200	0.051759	0.119	0.00012	0.00161	0.1228	0.215	0.00404	0.0191	0.00014	0.00177	0.00047	0.00419	0.00038	0.00354	0.00097999	0.00693	0.00075999	0.00577	0.00063999	0.0051
3q loss	49 (19%)	207	0.00139	0.00897	0.01213	0.0442	0.4841	0.595	0.10738	0.198	0.0096199	0.0387	0.059789	0.132	0.01643	0.0559	0.01682	0.0568	0.01114	0.0417	0.04636	0.109
4p loss	42 (16%)	214	0.083559	0.165	0.96122	0.975	0.59213	0.692	0.84175	0.879	0.90642	0.93	0.9864	0.994	0.6228	0.713	0.50173	0.607	0.81873	0.863	0.52907	0.635
4q loss	51 (20%)	205	0.00197	0.0116	0.37316	0.49	0.46489	0.577	0.3754	0.492	0.91879	0.939	0.64438	0.73	0.89668	0.923	0.77924	0.832	0.87467	0.906	0.58483	0.685
5p loss	22 (9%)	234	0.59548	0.693	0.067589	0.143	0.02273	0.0693	0.079759	0.162	0.058699	0.13	0.025	0.0736	0.43691	0.551	0.41628	0.53	0.094679	0.181	0.2571	0.37
5q loss	35 (14%)	221	0.084569	0.167	0.10922	0.199	0.02505	0.0736	0.02665	0.0756	0.15463	0.255	0.04204	0.104	0.74706	0.807	0.04068	0.101	0.30455	0.422	0.31758	0.435
6p loss	60 (23%)	196	0.49391	0.601	0.055119	0.124	0.097959	0.186	0.61072	0.703	0.12439	0.217	0.26188	0.376	0.2961	0.413	0.41803	0.531	0.45675	0.57	0.17255	0.276
6q loss	53 (21%)	203	0.02432	0.0728	0.01081	0.041	0.18388	0.291	0.33845	0.456	0.48369	0.595	0.11878	0.21	0.86325	0.896	0.65805	0.741	0.71021	0.778	0.57034	0.674
7p loss	32 (12%)	224	0.089649	0.173	0.03841	0.0977	0.00481	0.0218	0.052119	0.119	0.0097599	0.039	0.03353	0.0878	0.38867	0.503	0.517	0.622	0.25581	0.369	0.02041	0.0654
7q loss	34 (13%)	222	0.065349	0.139	0.44776	0.561	0.64388	0.73	0.65115	0.735	0.13062	0.224	0.097299	0.185	0.44132	0.555	0.61266	0.704	0.31863	0.436	0.46792	0.58
8p loss	62 (24%)	194	0.00022	0.00247	0.00394	0.0188	0.10417	0.195	0.00032	0.00316	0.11792	0.209	0.051999	0.119	0.10238	0.192	0.01494	0.0512	0.28069	0.396	0.10765	0.198
8q loss	46 (18%)	210	2e-05	0.000421	0.00441	0.0203	0.25184	0.366	5e-05	0.00082	0.055499	0.124	0.079909	0.162	0.15185	0.251	0.00261	0.0137	0.7648	0.82	0.13093	0.224
9p loss	83 (32%)	173	9.9999e-06	0.000256	0.23196	0.342	0.12177	0.213	0.48753	0.597	0.34283	0.461	0.052559	0.119	0.71436	0.781	0.85924	0.894	0.16861	0.272	0.347	0.465
9q loss	51 (20%)	205	9.9999e-06	0.000256	0.10799	0.198	0.19002	0.297	0.46158	0.573	0.23242	0.342	0.16918	0.272	1	1	0.49559	0.602	0.70968	0.778	0.28604	0.402
10p loss	120 (47%)	136	0.01868	0.0608	0.085189	0.167	0.055639	0.124	0.20013	0.307	0.082449	0.164	0.0093999	0.0382	0.064969	0.139	0.207	0.316	0.1168	0.208	0.7379	0.798
10q loss	131 (51%)	125	9.9999e-06	0.000256	9.9999e-06	0.000256	2e-05	0.000421	0.00078999	0.00584	9.9999e-06	0.000256	9.9999e-06	0.000256	9.9999e-06	0.000256	2e-05	0.000421	2e-05	0.000421	0.00024	0.00262
11p loss	94 (37%)	162	9.9999e-06	0.000256	0.00013	0.00169	0.95071	0.966	0.01015	0.0397	0.81797	0.863	0.13998	0.235	0.64634	0.731	0.59386	0.692	0.63392	0.721	0.10337	0.194
11q loss	91 (36%)	165	9.9999e-06	0.000256	0.00026	0.00281	0.19888	0.306	0.00156	0.00962	0.39646	0.51	0.01786	0.0591	0.50419	0.609	0.62238	0.713	0.88022	0.91	0.01018	0.0397
12p loss	65 (25%)	191	9.9999e-06	0.000256	0.00243	0.0133	0.68496	0.765	0.48864	0.597	0.01678	0.0568	0.01266	0.0459	0.8957	0.923	0.55233	0.659	0.7963	0.848	0.38517	0.5
12q loss	54 (21%)	202	5e-05	0.00082	0.02955	0.081	0.72058	0.785	0.48185	0.594	0.23856	0.35	0.03948	0.0994	0.866	0.898	0.41547	0.53	0.60191	0.696	0.43114	0.546
13q loss	132 (52%)	124	9.9999e-06	0.000256	0.00078999	0.00584	0.0099099	0.0393	0.0232	0.0699	0.098249	0.186	0.00172	0.0104	0.40688	0.52	0.31188	0.429	0.13719	0.231	0.16426	0.267
14q loss	62 (24%)	194	0.1349	0.229	0.18872	0.296	0.73501	0.796	0.83138	0.871	0.29264	0.409	3e-05	0.000559	0.32121	0.437	0.060149	0.132	0.50184	0.607	0.063219	0.137
15q loss	45 (18%)	211	0.02551	0.0746	0.03246	0.0861	0.080329	0.162	0.10833	0.198	0.083189	0.165	0.087519	0.17	0.02158	0.0678	0.03053	0.0832	0.0264	0.0752	0.11056	0.201
16p loss	75 (29%)	181	0.00018	0.00211	0.0095399	0.0385	0.19363	0.301	0.078409	0.16	0.82093	0.863	0.085549	0.167	0.18399	0.291	0.73277	0.795	0.1669	0.27	0.61055	0.703
16q loss	124 (48%)	132	9.9999e-05	0.00141	8.9999e-05	0.00129	0.00037	0.00354	0.01811	0.0596	0.00066999	0.00523	0.00017	0.00205	0.0098699	0.0393	0.02319	0.0699	0.00013	0.00169	0.00062999	0.00506
17p loss	57 (22%)	199	0.31253	0.429	0.21394	0.322	0.97634	0.987	0.01054	0.0406	0.98006	0.988	0.31939	0.436	0.58035	0.681	0.69936	0.773	0.30622	0.423	0.3832	0.499
17q loss	48 (19%)	208	0.00232	0.0129	0.21075	0.319	0.82091	0.863	0.0194	0.0629	0.97768	0.987	0.48727	0.597	0.81248	0.86	0.68878	0.768	0.39474	0.509	0.67007	0.751
18p loss	62 (24%)	194	0.01451	0.0504	0.23187	0.342	0.31957	0.436	0.02082	0.0662	0.8007	0.849	0.57951	0.681	0.9253	0.941	0.83177	0.871	0.46153	0.573	0.40026	0.514
18q loss	72 (28%)	184	0.00018	0.00211	0.0064899	0.028	0.0196	0.0633	0.00038	0.00354	0.062919	0.137	0.02477	0.0736	0.49423	0.601	0.50991	0.614	0.19632	0.304	0.01198	0.0439
19p loss	21 (8%)	235	0.03076	0.0832	0.00187	0.0113	0.69273	0.769	0.35792	0.475	0.39501	0.509	0.03164	0.0848	0.44766	0.561	0.75552	0.812	0.66251	0.745	0.02811	0.0785
19q loss	39 (15%)	217	0.04007	0.0999	0.04772	0.111	0.64058	0.728	0.69026	0.768	0.9244	0.941	0.45371	0.568	0.92124	0.941	1	1	0.59866	0.694	0.17603	0.281
20p loss	55 (21%)	201	0.0418	0.104	0.00318	0.0161	0.69996	0.773	0.03784	0.0967	0.03991	0.0998	0.077759	0.159	0.79743	0.848	0.0116	0.0432	0.079159	0.161	0.02616	0.0752
20q loss	25 (10%)	231	0.14162	0.237	0.3027	0.421	0.6262	0.716	0.2029	0.311	0.4721	0.584	0.70887	0.778	0.55959	0.665	0.12425	0.217	0.11433	0.205	0.18992	0.297
21q loss	50 (20%)	206	0.00249	0.0133	0.02269	0.0693	0.21905	0.327	0.0051599	0.0231	0.13588	0.23	0.23901	0.35	0.085629	0.167	0.27682	0.393	0.37627	0.492	0.14515	0.242
22q loss	66 (26%)	190	9.9999e-06	0.000256	0.14301	0.239	0.59449	0.692	0.04277	0.105	0.20534	0.314	0.0451	0.108	0.14355	0.24	0.27469	0.39	0.081149	0.163	0.25493	0.369
xp loss	62 (24%)	194	0.41495	0.53	0.00131	0.00859	0.0012	0.008	0.12664	0.219	0.00105	0.00724	0.0071699	0.0306	0.02211	0.0689	0.04398	0.106	0.47692	0.589	0.094319	0.18
xq loss	101 (39%)	155	0.00056999	0.00477	9.9999e-06	0.000256	6.9999e-05	0.00106	0.00325	0.0163	3e-05	0.000559	0.00022	0.00247	0.0015	0.00946	0.00361	0.0174	0.11982	0.212	0.02247	0.069
