		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p12	121 (33%)	245	0.03541	0.144	0.91118	0.932	0.70764	0.816	0.88325	0.913	0.37064	0.563	0.25057	0.463	0.62046	0.753	0.52524	0.693	0.77699	0.855	0.61165	0.752
amp_1q21.3	203 (55%)	163	9.9999e-06	0.00025	0.074089	0.234	0.3393	0.538	0.5227	0.693	0.00393	0.0333	0.47009	0.648	0.02278	0.108	0.063139	0.215	0.17339	0.378	0.082939	0.244
amp_1q44	201 (55%)	165	9.9999e-06	0.00025	0.0088199	0.0577	0.16237	0.367	0.14188	0.336	0.0087199	0.0577	0.36845	0.561	0.00437	0.0358	0.0061999	0.0449	0.01986	0.0975	0.00221	0.0217
amp_3p13	103 (28%)	263	0.12181	0.301	0.53449	0.698	0.065039	0.217	0.052019	0.186	0.60065	0.744	0.29394	0.497	0.48436	0.657	0.67097	0.792	0.84114	0.887	0.87206	0.905
amp_4q12	65 (18%)	301	0.00277	0.025	0.22269	0.439	0.082309	0.243	0.53851	0.699	0.75682	0.846	0.10316	0.272	0.063399	0.215	0.02761	0.127	0.27918	0.483	0.50319	0.677
amp_5p15.33	110 (30%)	256	9.9999e-06	0.00025	0.13425	0.321	0.69324	0.808	0.74037	0.84	0.061739	0.214	0.56308	0.707	0.0054599	0.0411	0.73941	0.84	0.24634	0.463	0.02347	0.109
amp_5q35.3	59 (16%)	307	0.00021	0.0035	0.00032	0.00489	0.091329	0.255	0.03275	0.143	0.01421	0.0782	0.52454	0.693	0.27289	0.479	0.35218	0.551	0.35589	0.554	0.45474	0.638
amp_6p24.3	210 (57%)	156	9.9999e-06	0.00025	9.9999e-06	0.00025	0.32335	0.525	0.01594	0.0868	0.0349	0.144	0.0081199	0.0551	0.00082999	0.0104	0.01739	0.0907	0.00079999	0.0102	0.00187	0.019
amp_6q12	80 (22%)	286	0.5501	0.703	0.5612	0.706	0.52822	0.693	0.081529	0.243	0.45575	0.638	0.069509	0.228	0.21407	0.431	0.16933	0.374	0.34732	0.546	0.106	0.278
amp_7p22.1	208 (57%)	158	9.9999e-06	0.00025	0.81403	0.878	0.62754	0.759	0.21411	0.431	0.02379	0.11	0.13067	0.315	0.075049	0.236	0.40833	0.602	0.91349	0.932	0.47459	0.651
amp_7q34	224 (61%)	142	2e-05	0.000423	0.4795	0.654	0.23384	0.453	0.93885	0.953	0.15721	0.364	0.25245	0.463	0.097359	0.261	0.25797	0.467	0.081999	0.243	0.41808	0.611
amp_8q11.21	163 (45%)	203	9.9999e-06	0.00025	0.00145	0.0153	0.56948	0.713	0.24644	0.463	0.01808	0.0921	0.01053	0.0616	0.83695	0.886	0.85696	0.896	0.76053	0.847	0.74744	0.846
amp_8q24.21	191 (52%)	175	9.9999e-06	0.00025	0.00401	0.0334	0.75442	0.846	0.9388	0.953	0.0099899	0.0606	0.31377	0.515	0.80582	0.874	0.75269	0.846	0.61609	0.753	0.76798	0.849
amp_11q13.3	69 (19%)	297	0.12756	0.31	0.086329	0.249	0.90712	0.929	0.83797	0.886	0.28275	0.487	0.44627	0.634	0.15697	0.364	0.10922	0.282	0.55701	0.706	0.24876	0.463
amp_12q14.1	58 (16%)	308	0.00285	0.0253	0.33181	0.534	0.87081	0.905	0.28507	0.49	0.04613	0.173	0.48483	0.657	0.76827	0.849	0.21586	0.431	0.17102	0.376	0.64379	0.771
amp_12q15	59 (16%)	307	0.072859	0.233	0.22784	0.446	0.60684	0.748	0.42698	0.618	0.096469	0.261	0.18352	0.391	0.65769	0.78	0.29065	0.495	0.36598	0.561	0.31355	0.515
amp_13q31.3	104 (28%)	262	9.9999e-06	0.00025	9.9999e-06	0.00025	0.75033	0.846	0.27041	0.477	0.00021	0.0035	0.00121	0.0133	0.67933	0.796	0.51252	0.686	0.058499	0.208	0.78872	0.862
amp_15q26.2	119 (33%)	247	0.00042	0.00608	0.20351	0.418	0.93864	0.953	0.80975	0.875	0.15902	0.366	0.45498	0.638	0.80517	0.874	0.23691	0.457	0.16283	0.367	0.4418	0.633
amp_17q25.3	122 (33%)	244	0.00017	0.00312	0.04093	0.16	0.02956	0.133	0.073709	0.234	0.42931	0.62	0.0072899	0.0516	0.56014	0.706	0.065569	0.217	0.23943	0.457	0.19383	0.402
amp_19p13.2	69 (19%)	297	0.00090999	0.0109	0.093439	0.257	0.44191	0.633	0.95861	0.966	0.00254	0.0233	0.13666	0.325	0.94985	0.961	0.28982	0.495	0.12894	0.312	0.73834	0.84
amp_20q13.33	187 (51%)	179	9.9999e-06	0.00025	0.00148	0.0154	0.82751	0.884	0.9888	0.989	0.0058399	0.0434	0.075649	0.236	0.18084	0.387	0.58873	0.733	0.79522	0.868	0.367	0.561
amp_22q13.2	151 (41%)	215	6.9999e-05	0.00137	0.04193	0.161	0.974	0.978	0.71482	0.819	0.23404	0.453	0.13337	0.32	0.80736	0.874	0.085649	0.248	0.26127	0.468	0.3171	0.519
del_1p36.31	81 (22%)	285	0.03768	0.151	2e-05	0.000423	0.57899	0.724	0.20896	0.426	0.03317	0.144	0.089479	0.254	0.064089	0.216	0.059489	0.208	0.403	0.596	0.8569	0.896
del_1p22.1	97 (27%)	269	0.00095999	0.011	9.9999e-06	0.00025	0.59131	0.734	0.21119	0.429	0.00022	0.00356	0.02298	0.108	0.080259	0.243	0.76894	0.849	0.19634	0.406	0.25754	0.467
del_2q37.3	93 (25%)	273	0.41939	0.611	0.096329	0.261	0.16478	0.369	0.0195	0.0975	0.00494	0.0377	0.01771	0.091	0.03053	0.135	0.01007	0.0606	0.26374	0.471	0.30803	0.51
del_3p25.1	71 (19%)	295	0.17391	0.378	0.23792	0.457	0.42655	0.618	0.21618	0.431	0.5282	0.693	0.75052	0.846	0.35294	0.551	0.3982	0.592	0.32383	0.525	0.16914	0.374
del_3q13.31	62 (17%)	304	0.16266	0.367	0.092569	0.256	0.41073	0.603	0.1151	0.289	0.052179	0.186	0.5548	0.705	0.25332	0.463	0.27868	0.483	0.077699	0.239	0.54996	0.703
del_4p16.3	91 (25%)	275	0.54422	0.701	0.11093	0.284	0.64912	0.775	0.70532	0.815	0.17613	0.381	0.01728	0.0907	0.66633	0.788	0.25296	0.463	0.43187	0.622	0.98136	0.983
del_4q34.3	110 (30%)	256	0.26778	0.474	0.065939	0.217	0.51453	0.687	0.551	0.703	0.076589	0.238	0.01097	0.0635	0.67779	0.796	0.0093499	0.0597	0.12355	0.303	0.17282	0.378
del_5p15.31	79 (22%)	287	0.65079	0.775	0.37575	0.568	0.54536	0.701	0.54106	0.699	0.81893	0.879	0.070959	0.23	0.67782	0.796	0.36314	0.561	0.089339	0.254	0.90466	0.929
del_5q12.1	97 (27%)	269	0.23303	0.453	0.22126	0.438	0.39007	0.585	0.11541	0.289	0.49368	0.667	0.03438	0.144	0.30198	0.506	0.52205	0.693	0.3403	0.538	0.65267	0.775
del_5q31.3	131 (36%)	235	0.27365	0.479	0.00249	0.0232	0.61646	0.753	0.30594	0.509	0.73611	0.84	0.17647	0.381	0.83206	0.886	0.63779	0.768	0.38992	0.585	0.47468	0.651
del_6q22.31	215 (59%)	151	9.9999e-06	0.00025	0.00482	0.0373	0.95857	0.966	0.44458	0.633	3e-04	0.00471	0.16512	0.369	0.47881	0.654	0.53272	0.698	0.46685	0.647	0.26735	0.474
del_6q26	221 (60%)	145	9.9999e-06	0.00025	0.0098099	0.0606	0.84137	0.887	0.53667	0.698	8.9999e-05	0.00171	0.04871	0.179	0.32365	0.525	0.60166	0.744	0.83663	0.886	0.45842	0.64
del_8p23.3	89 (24%)	277	0.0090799	0.0588	0.10667	0.278	0.20342	0.418	0.16025	0.366	0.03936	0.155	0.27827	0.483	0.37352	0.566	0.2526	0.463	0.085759	0.248	0.081649	0.243
del_9p23	249 (68%)	117	3e-05	0.000611	0.10292	0.272	0.4555	0.638	0.61236	0.752	0.0087399	0.0577	0.15769	0.364	0.03505	0.144	0.16879	0.374	0.82474	0.883	0.15332	0.359
del_9p21.3	278 (76%)	88	9.9999e-06	0.00025	0.0079199	0.0544	0.75622	0.846	0.70099	0.813	2e-05	0.000423	0.0074099	0.0516	0.03404	0.144	0.79868	0.87	0.41112	0.603	0.12195	0.301
del_10p15.3	199 (54%)	167	9.9999e-06	0.00025	0.04479	0.17	0.88557	0.914	0.22108	0.438	0.00063999	0.00859	0.00093999	0.011	0.071409	0.23	0.45327	0.638	0.32733	0.529	0.27549	0.481
del_10q21.1	217 (59%)	149	9.9999e-06	0.00025	0.46613	0.647	0.71463	0.819	0.14829	0.349	0.01335	0.0749	0.03175	0.14	0.060609	0.211	0.24989	0.463	0.22452	0.441	0.76124	0.847
del_10q23.31	230 (63%)	136	9.9999e-06	0.00025	0.12521	0.306	0.88066	0.912	0.20581	0.421	0.00394	0.0333	0.01719	0.0907	0.02989	0.134	0.68766	0.803	0.34178	0.539	0.77584	0.855
del_10q26.3	236 (64%)	130	9.9999e-06	0.00025	0.3933	0.587	0.83321	0.886	0.30906	0.51	2e-04	0.0035	0.00444	0.0358	0.079049	0.242	0.51278	0.686	0.18505	0.391	0.39352	0.587
del_11p15.5	114 (31%)	252	0.01976	0.0975	0.050259	0.182	0.61825	0.753	0.71183	0.819	0.53517	0.698	0.25523	0.465	0.4816	0.656	0.2467	0.463	0.02883	0.131	0.33767	0.537
del_11q23.3	202 (55%)	164	9.9999e-06	0.00025	0.33593	0.537	0.90392	0.929	0.26105	0.468	0.04296	0.164	0.00046	0.00649	0.4445	0.633	0.03373	0.144	0.0098599	0.0606	0.084549	0.247
del_12q23.3	92 (25%)	274	0.0137	0.0761	0.03606	0.146	0.96538	0.971	0.81943	0.879	0.30174	0.506	0.36771	0.561	0.3011	0.506	0.24479	0.463	0.46981	0.648	0.45506	0.638
del_13q34	85 (23%)	281	0.9507	0.961	0.01051	0.0616	0.065959	0.217	0.74041	0.84	0.81723	0.879	0.0073299	0.0516	0.64243	0.771	0.097439	0.261	0.29179	0.495	0.6974	0.811
del_14q23.3	120 (33%)	246	2e-05	0.000423	0.77933	0.856	0.55336	0.705	0.24749	0.463	0.0059199	0.0434	0.03544	0.144	0.00058999	0.00811	0.17845	0.383	0.11241	0.286	0.03883	0.154
del_14q32.31	117 (32%)	249	9.9999e-06	0.00025	0.62158	0.753	0.5882	0.733	0.18614	0.391	0.00449	0.0358	0.03443	0.144	0.00372	0.0325	0.18755	0.391	0.41987	0.611	0.18679	0.391
del_15q13.3	84 (23%)	282	0.04962	0.181	0.01013	0.0606	0.089659	0.254	0.3065	0.509	0.39994	0.593	0.01749	0.0907	0.6506	0.775	0.86925	0.905	0.01621	0.0874	0.76204	0.847
del_15q21.1	91 (25%)	275	0.077759	0.239	0.10337	0.272	0.54107	0.699	0.33774	0.537	0.50041	0.675	0.29117	0.495	0.86396	0.902	0.51836	0.69	0.11476	0.289	0.84564	0.889
del_16p13.3	62 (17%)	304	0.56125	0.706	0.090709	0.255	0.01209	0.0693	0.33585	0.537	0.16054	0.366	0.10804	0.28	0.36603	0.561	0.32971	0.532	0.04541	0.171	0.091039	0.255
del_16q12.1	117 (32%)	249	0.26049	0.468	0.3065	0.509	0.02172	0.104	0.67985	0.796	0.03867	0.154	0.070939	0.23	0.18588	0.391	0.02171	0.104	0.26721	0.474	0.059039	0.208
del_16q24.3	133 (36%)	233	0.11297	0.286	0.61975	0.753	0.14577	0.344	0.9061	0.929	0.0094499	0.0597	0.0024	0.0228	0.082079	0.243	0.094429	0.258	0.0128	0.0726	0.0413	0.16
del_17p13.3	135 (37%)	231	0.25194	0.463	0.00034	0.00505	0.36574	0.561	0.63634	0.768	0.091849	0.255	0.0183	0.0923	0.84966	0.892	0.35882	0.557	0.3867	0.583	0.21506	0.431
del_19p13.3	104 (28%)	262	0.02146	0.104	0.70515	0.815	0.00236	0.0228	0.062339	0.214	0.00078999	0.0102	0.00124	0.0134	0.78456	0.86	0.10073	0.269	0.18615	0.391	0.46214	0.643
del_xp21.1	87 (24%)	279	0.12108	0.301	9.9999e-06	0.00025	0.04692	0.174	0.11037	0.284	0.00463	0.0364	0.00219	0.0217	0.00085999	0.0105	0.04798	0.177	0.00106	0.0119	0.23948	0.457
