		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	51 (12%)	390	9.9999e-06	6.69e-05	0.0074799	0.0205	0.00264	0.00816	0.40458	0.504	0.00143	0.00499	0.12491	0.206	0.00063999	0.0025	0.0032	0.00974	0.074199	0.137	0.063369	0.122
1q gain	103 (23%)	338	9.9999e-06	6.69e-05	0.00017	0.000796	0.056919	0.111	0.21954	0.319	5e-05	0.000265	0.00222	0.007	0.00077999	0.00295	5e-05	0.000265	0.00336	0.0101	0.30168	0.403
2p gain	77 (17%)	364	9.9999e-06	6.69e-05	0.00049	0.00198	0.0227	0.0521	0.11798	0.197	0.143	0.23	0.02794	0.0614	0.00029	0.00126	0.0072599	0.0199	0.14185	0.229	0.02385	0.054
2q gain	66 (15%)	375	9.9999e-06	6.69e-05	0.0086599	0.0229	0.23675	0.335	0.55475	0.638	0.04539	0.0915	0.03107	0.0673	0.00094999	0.00355	0.066779	0.126	0.03492	0.0733	0.2841	0.385
3p gain	53 (12%)	388	0.00202	0.00647	0.4064	0.505	0.79258	0.835	0.02499	0.0559	0.62434	0.696	0.22535	0.324	0.18799	0.286	0.58862	0.669	0.37153	0.47	0.02861	0.0625
3q gain	93 (21%)	348	9.9999e-06	6.69e-05	0.11818	0.197	0.87471	0.901	0.15021	0.238	0.14258	0.23	0.01965	0.0467	0.057629	0.112	0.34112	0.441	0.095239	0.168	0.019	0.0455
4p gain	21 (5%)	420	0.076929	0.141	0.70687	0.757	0.91207	0.933	0.27008	0.373	0.20934	0.307	0.3206	0.422	0.51274	0.598	0.16177	0.252	0.35209	0.451	0.23226	0.331
4q gain	16 (4%)	425	0.42946	0.528	0.66658	0.729	0.68969	0.743	0.090149	0.162	0.02111	0.0493	0.43074	0.528	0.49532	0.585	0.067779	0.127	0.61519	0.689	0.66589	0.729
5p gain	102 (23%)	339	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.26139	0.364	0.95979	0.971	2e-05	0.000119	0.0054499	0.0156	0.00024	0.00106	9.9999e-06	6.69e-05	0.0086699	0.0229	0.01911	0.0457
5q gain	44 (10%)	397	0.0112	0.0288	0.32329	0.424	0.85147	0.881	0.27485	0.378	0.19673	0.294	0.3677	0.468	0.41766	0.516	0.63986	0.707	0.1496	0.238	0.80499	0.846
6p gain	78 (18%)	363	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.1078	0.185	0.34462	0.443	0.00059999	0.00237	0.0079899	0.0216	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.0018	0.0059	0.00178	0.00586
6q gain	64 (15%)	377	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.066989	0.126	0.3421	0.441	0.00023	0.00102	0.02341	0.0531	5.9999e-05	0.000308	9.9999e-06	6.69e-05	0.00118	0.00423	0.00365	0.0108
7p gain	197 (45%)	244	9.9999e-06	6.69e-05	0.00028	0.00123	0.67586	0.733	0.49953	0.587	0.33912	0.44	0.00051999	0.00207	0.22264	0.321	0.02812	0.0616	0.36655	0.467	0.00311	0.00954
7q gain	169 (38%)	272	9.9999e-06	6.69e-05	0.00074999	0.00285	0.92409	0.944	0.43833	0.534	0.33377	0.437	0.00177	0.00585	0.31578	0.417	0.17801	0.272	0.54058	0.625	0.04222	0.0861
8p gain	182 (41%)	259	3e-05	0.000168	0.04451	0.0901	0.59978	0.676	0.24046	0.339	0.44567	0.54	0.10447	0.181	0.20848	0.307	0.40578	0.505	0.4528	0.544	0.31625	0.417
8q gain	237 (54%)	204	0.0097899	0.0254	0.0129	0.0326	0.67886	0.734	0.29581	0.398	0.03686	0.0766	0.01757	0.0425	0.04128	0.0846	0.03814	0.0789	0.62001	0.694	0.37391	0.471
9p gain	60 (14%)	381	0.095219	0.168	0.98592	0.988	0.37489	0.471	0.85823	0.886	0.58075	0.662	0.49448	0.585	0.70332	0.756	0.77352	0.818	0.50186	0.589	1	1
9q gain	78 (18%)	363	0.21495	0.314	0.6287	0.698	0.25132	0.351	0.98293	0.988	0.42839	0.527	0.92754	0.945	0.97412	0.981	0.92955	0.946	0.35831	0.457	0.77633	0.82
10p gain	98 (22%)	343	9.9999e-06	6.69e-05	0.00011	0.000524	0.13091	0.215	0.52675	0.61	0.00149	0.00514	0.14865	0.237	0.15312	0.24	0.00335	0.0101	0.22895	0.327	0.42033	0.518
10q gain	70 (16%)	371	9.9999e-06	6.69e-05	0.03819	0.0789	0.12361	0.204	0.85325	0.882	0.01316	0.0331	0.12206	0.203	0.46354	0.555	0.33783	0.44	0.67712	0.733	0.44694	0.54
11p gain	64 (15%)	377	9.9999e-06	6.69e-05	0.00066999	0.00257	0.93468	0.95	0.84547	0.878	0.28339	0.384	0.39397	0.493	2e-05	0.000119	0.00172	0.00576	0.03892	0.0802	0.12285	0.203
11q gain	74 (17%)	367	9.9999e-06	6.69e-05	0.00019	0.000865	0.83527	0.869	1	1	0.31055	0.414	0.0059999	0.017	9.9999e-06	6.69e-05	0.00048	0.00195	0.01191	0.0304	0.0094499	0.0247
12p gain	90 (20%)	351	7.9999e-05	4e-04	0.19679	0.294	0.24149	0.34	0.33566	0.438	0.16641	0.258	0.10196	0.178	0.057219	0.111	0.17426	0.267	0.12767	0.21	0.083059	0.15
12q gain	77 (17%)	364	0.0035	0.0104	0.092379	0.164	0.43797	0.534	0.41964	0.518	0.96706	0.975	0.27603	0.379	0.1559	0.244	0.38516	0.483	0.2308	0.329	0.10707	0.185
13q gain	154 (35%)	287	9.9999e-06	6.69e-05	5.9999e-05	0.000308	0.67621	0.733	0.60925	0.684	0.02313	0.0528	5.9999e-05	0.000308	0.00085999	0.00324	5.9999e-05	0.000308	0.00131	0.00465	0.52611	0.61
14q gain	29 (7%)	412	5.9999e-05	0.000308	0.14977	0.238	0.81558	0.851	0.92762	0.945	0.19467	0.293	0.76489	0.811	0.0082099	0.0221	0.51107	0.597	0.20449	0.303	0.59612	0.673
15q gain	39 (9%)	402	3e-05	0.000168	8.9999e-05	0.000439	0.3477	0.446	0.82775	0.862	0.03543	0.0742	0.22421	0.323	0.11658	0.195	0.0085499	0.0229	0.59914	0.676	0.47498	0.567
16p gain	59 (13%)	382	0.00135	0.00478	0.092249	0.164	0.39569	0.494	0.11452	0.193	0.075559	0.139	0.28632	0.387	0.90548	0.928	0.97717	0.983	0.2438	0.342	0.098869	0.174
16q gain	47 (11%)	394	0.00255	0.00791	0.80684	0.847	0.67176	0.732	0.26171	0.364	0.18614	0.283	0.62474	0.696	0.706	0.757	0.95648	0.968	0.050639	0.1	0.01719	0.0418
17p gain	29 (7%)	412	0.00103	0.00381	0.053239	0.104	0.66651	0.729	0.6867	0.741	0.19283	0.292	0.21667	0.316	0.051239	0.101	0.19623	0.294	0.10801	0.185	0.31379	0.417
17q gain	62 (14%)	379	4e-05	0.000217	0.04725	0.0947	0.94427	0.958	0.96453	0.974	0.48544	0.577	0.20624	0.305	0.04349	0.0884	0.34189	0.441	0.072049	0.133	0.0070699	0.0196
18p gain	84 (19%)	357	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.10396	0.18	0.050739	0.1	0.0088999	0.0235	0.00144	0.00501	0.00019	0.000865	2e-05	0.000119	0.00379	0.0111	0.0099899	0.0259
18q gain	54 (12%)	387	0.0063399	0.0179	0.00291	0.00896	0.59515	0.673	0.23548	0.333	0.28173	0.384	0.02243	0.0519	0.01575	0.0389	0.02206	0.0513	0.28221	0.384	0.03665	0.0763
19p gain	54 (12%)	387	9.9999e-05	0.000482	0.65244	0.718	0.49761	0.586	0.065929	0.125	0.48868	0.58	0.90543	0.928	0.57696	0.658	0.46178	0.554	0.54264	0.626	0.43204	0.528
19q gain	78 (18%)	363	9.9999e-06	6.69e-05	0.11109	0.188	0.15085	0.238	0.04354	0.0884	0.01609	0.0395	0.25143	0.351	0.01627	0.0398	0.057519	0.112	0.0072299	0.0199	0.087579	0.158
20p gain	243 (55%)	198	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.078199	0.143	0.19439	0.293	5e-04	0.00201	9.9999e-06	6.69e-05	3e-05	0.000168	9.9999e-06	6.69e-05	3e-05	0.000168	0.55528	0.638
20q gain	279 (63%)	162	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.052309	0.103	0.22691	0.325	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	3e-05	0.000168	0.11025	0.188
21q gain	21 (5%)	420	2e-04	9e-04	0.00149	0.00514	0.14454	0.231	0.63512	0.704	0.0103	0.0266	0.03049	0.0662	0.089919	0.161	7.9999e-05	4e-04	0.1699	0.262	0.02905	0.0633
22q gain	32 (7%)	409	0.00197	0.00636	0.12361	0.204	0.84766	0.879	0.22092	0.32	0.25745	0.359	0.066819	0.126	0.23464	0.333	0.62092	0.694	0.02798	0.0614	0.17134	0.263
xp gain	48 (11%)	393	9.9999e-06	6.69e-05	0.00103	0.00381	0.4517	0.544	0.85032	0.881	0.066099	0.125	0.0206	0.0484	0.02475	0.0555	0.34011	0.441	0.067139	0.126	0.11524	0.194
xq gain	56 (13%)	385	9.9999e-06	6.69e-05	0.02641	0.0586	0.50518	0.592	0.73303	0.781	0.03451	0.0726	0.00038	0.00158	0.16679	0.258	0.080319	0.146	0.49234	0.583	0.066149	0.125
1p loss	59 (13%)	382	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.03177	0.0683	0.18878	0.286	0.070279	0.131	0.0076199	0.0208	0.0089799	0.0236	0.0038	0.0111	0.0072299	0.0199	0.43172	0.528
1q loss	28 (6%)	413	2e-05	0.000119	8.9999e-05	0.000439	0.03388	0.0715	0.29801	0.4	0.59211	0.671	0.15207	0.239	0.071639	0.133	0.31444	0.417	0.51939	0.604	0.55552	0.638
2p loss	26 (6%)	415	2e-05	0.000119	0.00033	0.00141	0.37497	0.471	0.47304	0.565	0.01189	0.0304	0.29869	0.4	0.04145	0.0848	0.14245	0.23	0.46783	0.56	0.33519	0.438
2q loss	33 (7%)	408	9.9999e-06	6.69e-05	0.00033	0.00141	0.6659	0.729	0.80386	0.846	0.0096399	0.0251	0.26282	0.365	0.02334	0.0531	0.03294	0.0698	0.60734	0.682	0.20673	0.305
3p loss	91 (21%)	350	9.9999e-06	6.69e-05	3e-05	0.000168	0.35733	0.457	0.19713	0.294	0.00318	0.00972	0.00034	0.00143	0.00157	0.00539	0.00106	0.00387	0.15625	0.244	0.0207	0.0485
3q loss	54 (12%)	387	9.9999e-06	6.69e-05	5e-05	0.000265	0.19453	0.293	0.2744	0.378	2e-05	0.000119	9.9999e-06	6.69e-05	0.02711	0.06	0.01238	0.0314	0.080619	0.146	0.00165	0.00555
4p loss	167 (38%)	274	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.29102	0.393	0.13703	0.223	0.00052999	0.0021	0.00019	0.000865	2e-05	0.000119	9.9999e-06	6.69e-05	4e-04	0.00165	0.24266	0.341
4q loss	164 (37%)	277	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.080149	0.146	0.03236	0.0688	0.0051999	0.0149	0.00143	0.00499	4e-05	0.000217	9.9999e-06	6.69e-05	0.0056999	0.0162	0.21193	0.31
5p loss	60 (14%)	381	9.9999e-06	6.69e-05	5e-05	0.000265	0.22009	0.319	0.75676	0.804	0.00219	0.00693	0.01203	0.0306	0.00037	0.00154	0.00012	0.000568	0.00342	0.0103	0.14858	0.237
5q loss	106 (24%)	335	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.48059	0.572	0.95154	0.965	9.9999e-06	6.69e-05	3e-05	0.000168	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	2e-05	0.000119	0.00348	0.0104
6p loss	52 (12%)	389	9.9999e-06	6.69e-05	0.00019	0.000865	0.15133	0.238	0.91076	0.933	0.02259	0.052	0.0086299	0.0229	0.092729	0.165	0.01611	0.0395	0.0334	0.0706	0.45214	0.544
6q loss	70 (16%)	371	9.9999e-06	6.69e-05	0.00131	0.00465	0.90095	0.926	0.81174	0.849	0.062459	0.12	0.14002	0.227	0.55583	0.638	0.062569	0.12	0.1078	0.185	0.44594	0.54
7p loss	20 (5%)	421	0.00047	0.00192	0.00161	0.00546	0.44109	0.536	0.43221	0.528	0.00161	0.00546	0.33833	0.44	2e-04	9e-04	0.02247	0.0519	0.00196	0.00635	0.2211	0.32
7q loss	30 (7%)	411	9.9999e-06	6.69e-05	0.00215	0.00686	0.48486	0.577	0.78295	0.826	0.0056099	0.016	0.28041	0.382	0.0079099	0.0215	0.050619	0.1	0.04688	0.0942	0.41258	0.511
8p loss	88 (20%)	353	9.9999e-06	6.69e-05	0.00202	0.00647	0.39591	0.494	0.6448	0.712	0.01736	0.0421	0.00114	0.0041	0.00185	0.00602	0.0064599	0.0181	0.01923	0.0458	9.9999e-06	6.69e-05
8q loss	33 (7%)	408	0.00089999	0.00337	0.59074	0.67	0.82574	0.861	0.37537	0.471	0.75503	0.804	0.98508	0.988	0.02436	0.0548	0.51129	0.597	0.03191	0.0683	0.22617	0.324
9p loss	150 (34%)	291	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00224	0.00703	0.00033	0.00141	9.9999e-06	6.69e-05	0.00021	0.00094	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.02005	0.0472	0.064589	0.124
9q loss	104 (24%)	337	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.20866	0.307	0.01545	0.0384	3e-05	0.000168	0.0092499	0.0242	3e-05	0.000168	2e-05	0.000119	0.01361	0.0341	0.19369	0.293
10p loss	64 (15%)	377	9.9999e-06	6.69e-05	0.00065999	0.00257	0.70828	0.758	0.095289	0.168	0.01497	0.0374	0.073939	0.136	2e-05	0.000119	0.00034	0.00143	0.21436	0.313	0.35427	0.453
10q loss	67 (15%)	374	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.67401	0.733	0.04982	0.0994	0.00181	0.00591	0.00217	0.00689	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-05	0.000482	0.2767	0.379	0.20049	0.298
11p loss	62 (14%)	379	9.9999e-06	6.69e-05	0.00112	0.00405	0.01772	0.0427	0.069259	0.129	0.16699	0.258	0.31911	0.42	0.052439	0.103	0.01701	0.0415	0.17101	0.263	0.29423	0.397
11q loss	61 (14%)	380	8.9999e-05	0.000439	0.01998	0.0472	0.67422	0.733	0.45163	0.544	0.6255	0.696	0.62891	0.698	0.065829	0.125	0.36935	0.469	0.16992	0.262	0.23284	0.331
12p loss	63 (14%)	378	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.22137	0.32	0.13615	0.222	4e-05	0.000217	9.9999e-06	6.69e-05	7.9999e-05	4e-04	2e-05	0.000119	0.096969	0.171	0.03192	0.0683
12q loss	52 (12%)	389	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.27908	0.382	0.11251	0.19	0.00044	0.00181	0.00060999	0.0024	0.076159	0.14	0.00106	0.00387	0.37097	0.47	0.19817	0.295
13q loss	36 (8%)	405	0.00349	0.0104	0.73174	0.781	0.68625	0.741	0.30218	0.403	0.2801	0.382	0.60202	0.677	0.70019	0.753	0.44619	0.54	0.76074	0.808	0.14312	0.23
14q loss	111 (25%)	330	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.56222	0.642	0.53189	0.615	0.00111	0.00403	0.0084499	0.0227	2e-05	0.000119	2e-05	0.000119	0.13893	0.226	0.060249	0.116
15q loss	90 (20%)	351	9.9999e-06	6.69e-05	0.00174	0.00578	0.00488	0.0141	0.5266	0.61	0.00018	0.000838	0.00165	0.00555	0.02436	0.0548	0.01989	0.0471	0.1499	0.238	0.00328	0.00995
16p loss	100 (23%)	341	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.71298	0.762	0.88593	0.912	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.15071	0.238
16q loss	115 (26%)	326	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.03931	0.0808	0.087159	0.157	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00011	0.000524	0.4958	0.585
17p loss	164 (37%)	277	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.58346	0.664	0.02636	0.0586	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	2e-05	0.000119	0.11623	0.195	0.00069999	0.00267
17q loss	74 (17%)	367	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.26492	0.367	0.03203	0.0683	0.00241	0.00754	0.0079899	0.0216	0.00050999	0.00205	0.00017	0.000796	0.11188	0.189	0.63757	0.706
18p loss	119 (27%)	322	9.9999e-06	6.69e-05	0.16621	0.258	0.77293	0.818	0.65683	0.722	0.55882	0.64	0.24967	0.35	0.04835	0.0967	0.10998	0.188	0.37245	0.471	0.27444	0.378
18q loss	154 (35%)	287	9.9999e-06	6.69e-05	3e-04	0.0013	0.34197	0.441	0.81055	0.849	0.02277	0.0521	0.02512	0.0561	7.9999e-05	4e-04	0.00066999	0.00257	0.04469	0.0903	0.02224	0.0516
19p loss	115 (26%)	326	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.0063499	0.0179	0.10614	0.183	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	8.9999e-05	0.000439	0.0068099	0.019
19q loss	87 (20%)	354	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.03141	0.0678	0.2028	0.301	9.9999e-06	6.69e-05	4e-05	0.000217	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00026	0.00114	0.01271	0.0322
20p loss	22 (5%)	419	0.00246	0.00766	0.01576	0.0389	0.81515	0.851	0.31246	0.416	0.00037	0.00154	0.056129	0.11	0.17966	0.274	0.41295	0.511	0.56045	0.641	0.668	0.729
21q loss	180 (41%)	261	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.10027	0.175	0.29846	0.4	0.03641	0.076	0.00173	0.00577	0.00066999	0.00257	0.00442	0.0128	0.00161	0.00546	0.11045	0.188
22q loss	146 (33%)	295	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.01544	0.0384	0.0070799	0.0196	0.00104	0.00383	0.0043	0.0125	2e-05	0.000119	9.9999e-06	6.69e-05	0.0014	0.00493	0.090689	0.162
xp loss	59 (13%)	382	9.9999e-06	6.69e-05	0.0036	0.0106	0.64643	0.712	0.12033	0.2	0.1418	0.229	0.071519	0.133	0.10327	0.18	0.31527	0.417	0.33421	0.437	0.099179	0.174
xq loss	50 (11%)	391	9.9999e-06	6.69e-05	0.00426	0.0124	0.51043	0.597	0.067099	0.126	0.03204	0.0683	0.11058	0.188	0.02734	0.0603	0.1357	0.222	0.01848	0.0444	0.099029	0.174
