		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	82 (13%)	543	9.9999e-06	3.69e-05	0.00277	0.00559	0.15694	0.191	0.10913	0.138	0.053799	0.0751	0.0086599	0.0152	0.20476	0.244	0.10456	0.133
1q gain	167 (27%)	458	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.02694	0.0411	0.00491	0.00914	0.00352	0.00696	9.9999e-06	3.69e-05	0.00060999	0.00144	0.00151	0.00326
2p gain	137 (22%)	488	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	8.9999e-05	0.000273	3e-05	9.74e-05	9.9999e-06	3.69e-05	2e-05	6.94e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
2q gain	111 (18%)	514	9.9999e-06	3.69e-05	6.9999e-05	0.000216	0.03454	0.0514	0.00383	0.0075	0.00477	0.00897	0.02447	0.0379	0.00134	0.00293	0.0129	0.0216
3p gain	83 (13%)	542	0.00414	0.00799	0.053329	0.0748	0.24935	0.288	0.69018	0.716	0.44716	0.482	0.67788	0.705	0.075199	0.0995	0.30156	0.34
3q gain	170 (27%)	455	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00026	0.000705	0.00053999	0.00131	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
4p gain	39 (6%)	586	0.00079999	0.00185	0.42473	0.46	0.0099099	0.0171	0.0061999	0.0112	0.3631	0.4	0.02512	0.0387	0.04333	0.0627	0.005	0.00927
4q gain	33 (5%)	592	0.00315	0.0063	0.43157	0.466	0.0094799	0.0165	0.00046	0.00114	0.16991	0.205	0.00132	0.0029	0.14424	0.179	0.00137	0.00299
5p gain	177 (28%)	448	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	3e-05	9.74e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
5q gain	63 (10%)	562	0.00238	0.00488	0.78469	0.798	0.73895	0.755	0.58509	0.618	0.61385	0.641	0.35769	0.396	0.53733	0.573	0.23408	0.272
6p gain	117 (19%)	508	9.9999e-06	3.69e-05	3e-05	9.74e-05	0.26938	0.308	0.00013	0.000377	0.0024	0.0049	9.9999e-06	3.69e-05	0.00323	0.00642	9.9999e-06	3.69e-05
6q gain	100 (16%)	525	9.9999e-06	3.69e-05	0.00029	0.000767	0.59847	0.629	0.00181	0.00382	0.03149	0.0472	4e-05	0.000127	0.062609	0.0852	9.9999e-06	3.69e-05
7p gain	306 (49%)	319	9.9999e-06	3.69e-05	2e-05	6.94e-05	0.00057999	0.00139	0.0052599	0.00967	0.00227	0.00467	0.02778	0.0423	0.00198	0.00414	0.00070999	0.00166
7q gain	257 (41%)	368	9.9999e-06	3.69e-05	0.00032	0.000833	0.03923	0.0576	0.17801	0.213	0.19035	0.227	0.20866	0.248	0.00492	0.00914	0.065719	0.0883
8p gain	248 (40%)	377	0.0050899	0.00938	0.051039	0.0726	0.0088299	0.0154	0.01618	0.0264	0.094159	0.122	0.10764	0.137	0.26707	0.306	0.6927	0.718
8q gain	338 (54%)	287	0.63354	0.661	0.01887	0.0299	0.069339	0.0925	0.01666	0.0269	0.03971	0.0581	0.01279	0.0215	0.29384	0.333	0.76672	0.782
9p gain	77 (12%)	548	0.47944	0.515	0.9343	0.944	0.81119	0.824	0.95932	0.964	0.30755	0.346	0.45811	0.493	0.9547	0.961	0.59631	0.628
9q gain	109 (17%)	516	0.04323	0.0627	0.70914	0.73	0.3488	0.388	0.71872	0.739	0.70147	0.725	0.97569	0.976	0.55263	0.588	0.8689	0.88
10p gain	135 (22%)	490	9.9999e-06	3.69e-05	0.18491	0.221	0.20513	0.244	0.01664	0.0269	0.96529	0.968	0.0075599	0.0135	0.61384	0.641	0.19865	0.237
10q gain	98 (16%)	527	0.00041	0.00104	0.56095	0.595	0.40525	0.441	0.01436	0.0237	0.51614	0.552	0.052739	0.0742	0.4236	0.459	0.10769	0.137
11p gain	99 (16%)	526	9.9999e-06	3.69e-05	0.011	0.0188	0.063669	0.0865	0.02584	0.0396	0.053349	0.0748	0.0265	0.0405	0.01687	0.0271	0.04254	0.0619
11q gain	104 (17%)	521	9.9999e-06	3.69e-05	0.096289	0.124	0.02191	0.0341	0.00435	0.0083	0.062279	0.0851	0.01204	0.0205	0.00384	0.0075	0.0096299	0.0167
12p gain	148 (24%)	477	9.9999e-06	3.69e-05	2e-05	6.94e-05	0.00075999	0.00176	0.00023	0.000642	8.9999e-05	0.000273	9.9999e-06	3.69e-05	0.00151	0.00326	0.00015	0.000424
12q gain	115 (18%)	510	0.0012	0.00267	0.15546	0.19	0.30027	0.339	0.52162	0.557	0.17178	0.207	0.14859	0.183	0.02149	0.0336	0.29692	0.336
13q gain	197 (32%)	428	9.9999e-06	3.69e-05	0.10148	0.13	2e-05	6.94e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.01606	0.0263	9.9999e-06	3.69e-05	0.26607	0.306	9.9999e-06	3.69e-05
14q gain	75 (12%)	550	9.9999e-06	3.69e-05	2e-05	6.94e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00019	0.000533	9.9999e-06	3.69e-05
15q gain	67 (11%)	558	9.9999e-06	3.69e-05	0.03125	0.0469	0.0080199	0.0142	0.00011	0.000325	0.01322	0.0221	0.23397	0.272	0.01578	0.0259	0.00033	0.000852
16p gain	99 (16%)	526	9.9999e-06	3.69e-05	0.00056999	0.00137	0.059899	0.0821	0.00049	0.0012	0.01337	0.0223	0.00013	0.000377	0.11051	0.139	0.00011	0.000325
16q gain	86 (14%)	539	9.9999e-06	3.69e-05	0.00113	0.00254	0.0011	0.00248	0.00013	0.000377	0.00028	0.000744	2e-05	6.94e-05	0.00195	0.0041	3e-05	9.74e-05
17p gain	62 (10%)	563	9.9999e-06	3.69e-05	0.00059999	0.00143	0.00479	0.00898	0.00028	0.000744	4e-05	0.000127	0.00384	0.0075	0.00241	0.00491	0.00039	0.000995
17q gain	106 (17%)	519	9.9999e-06	3.69e-05	0.00123	0.00273	0.02017	0.0318	0.057239	0.079	0.00321	0.0064	0.051769	0.0732	0.02802	0.0425	0.00447	0.00847
18p gain	137 (22%)	488	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00201	0.00419	0.00052999	0.0013	0.00032	0.000833	0.00011	0.000325	0.00067999	0.0016	0.00016	0.00045
18q gain	82 (13%)	543	0.00243	0.00494	0.00483	0.00903	0.0201	0.0318	0.00277	0.00559	0.0374	0.055	0.0285	0.0432	0.064539	0.0871	0.0354	0.0525
19p gain	83 (13%)	542	7.9999e-05	0.000245	0.31974	0.359	0.73316	0.751	0.73703	0.754	0.93692	0.946	0.56876	0.602	0.39206	0.429	0.77392	0.788
19q gain	117 (19%)	508	9.9999e-06	3.69e-05	0.40619	0.441	0.3226	0.361	0.45033	0.485	0.54342	0.579	0.0050599	0.00935	0.056589	0.0783	0.00424	0.00813
20p gain	349 (56%)	276	9.9999e-06	3.69e-05	0.0070999	0.0127	0.078939	0.104	0.00045	0.00112	0.01562	0.0257	9.9999e-06	3.69e-05	0.0417	0.0609	9.9999e-06	3.69e-05
20q gain	395 (63%)	230	9.9999e-06	3.69e-05	0.073239	0.0973	0.02312	0.0359	9.9999e-06	3.69e-05	0.21737	0.256	9.9999e-06	3.69e-05	0.35456	0.394	9.9999e-06	3.69e-05
21q gain	36 (6%)	589	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.03005	0.0452	0.00124	0.00274	0.01787	0.0285	4e-05	0.000127	0.02391	0.0371	0.03291	0.0491
22q gain	64 (10%)	561	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	5.9999e-05	0.000187	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
xp gain	71 (11%)	554	0.00363	0.00715	0.01012	0.0173	0.050089	0.0716	0.21607	0.255	0.04235	0.0617	0.23324	0.272	0.063809	0.0865	0.051409	0.073
xq gain	91 (15%)	534	0.00024	0.000662	0.00155	0.00332	0.00443	0.00842	0.0094899	0.0165	0.00038	0.000974	0.00278	0.00559	0.10443	0.133	0.00027	0.000726
1p loss	95 (15%)	530	9.9999e-06	3.69e-05	0.00058999	0.00141	0.01685	0.0271	0.13462	0.167	0.01626	0.0265	0.03195	0.0477	0.057349	0.079	0.088389	0.115
1q loss	47 (8%)	578	9.9999e-06	3.69e-05	0.02072	0.0325	0.39592	0.432	0.068309	0.0915	0.068749	0.0919	0.12671	0.159	0.098299	0.126	0.60362	0.634
2p loss	38 (6%)	587	5.9999e-05	0.000187	0.16469	0.199	0.22895	0.268	0.0068199	0.0122	0.36152	0.399	0.073509	0.0974	0.082929	0.108	0.0459	0.0662
2q loss	51 (8%)	574	3e-05	9.74e-05	0.01201	0.0205	0.00165	0.00353	0.00102	0.00232	0.055419	0.0772	0.02455	0.0379	0.01858	0.0296	0.02988	0.0451
3p loss	187 (30%)	438	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
3q loss	90 (14%)	535	9.9999e-06	3.69e-05	0.00139	0.00302	0.064559	0.0871	9.9999e-06	3.69e-05	0.01879	0.0298	0.00215	0.00445	0.059959	0.0821	0.057999	0.0798
4p loss	271 (43%)	354	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00047	0.00116	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
4q loss	251 (40%)	374	9.9999e-06	3.69e-05	5.9999e-05	0.000187	0.31894	0.358	0.01234	0.0209	0.0061499	0.0111	9.9999e-06	3.69e-05	0.00075999	0.00176	0.00014	0.000399
5p loss	112 (18%)	513	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00118	0.00263	9.9999e-06	3.69e-05	0.00126	0.00277	9.9999e-06	3.69e-05	0.056219	0.078	9.9999e-06	3.69e-05
5q loss	195 (31%)	430	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	5e-05	0.000158	9.9999e-06	3.69e-05
6p loss	93 (15%)	532	9.9999e-06	3.69e-05	0.00471	0.0089	0.00218	0.0045	0.0076299	0.0136	0.0173	0.0277	0.00015	0.000424	0.01005	0.0173	0.00427	0.00817
6q loss	110 (18%)	515	9.9999e-06	3.69e-05	0.050659	0.0722	0.04905	0.0703	0.10911	0.138	0.25868	0.298	0.10071	0.129	0.14457	0.179	0.21085	0.25
7p loss	33 (5%)	592	0.00083999	0.00193	0.00044	0.00111	0.21148	0.25	0.33074	0.37	0.04424	0.0639	0.03731	0.055	0.15252	0.187	0.26928	0.308
7q loss	51 (8%)	574	0.00014	0.000399	0.0083199	0.0147	0.094259	0.122	0.21702	0.256	0.0097799	0.0169	0.092239	0.12	0.39359	0.43	0.34722	0.387
8p loss	153 (24%)	472	9.9999e-06	3.69e-05	0.0054299	0.00995	0.00409	0.00791	9.9999e-06	3.69e-05	0.00014	0.000399	3e-05	9.74e-05	0.00041	0.00104	0.00012	0.000353
8q loss	57 (9%)	568	9.9999e-06	3.69e-05	0.37146	0.407	0.35743	0.396	0.077609	0.102	0.23975	0.277	0.27413	0.312	0.1326	0.165	0.04777	0.0686
9p loss	250 (40%)	375	9.9999e-06	3.69e-05	0.00024	0.000662	0.00115	0.00257	3e-05	9.74e-05	0.00053999	0.00131	9.9999e-06	3.69e-05	0.00344	0.00682	0.00031	0.000813
9q loss	175 (28%)	450	9.9999e-06	3.69e-05	0.00011	0.000325	0.01412	0.0234	0.00026	0.000705	0.00011	0.000325	9.9999e-06	3.69e-05	0.00028	0.000744	2e-05	6.94e-05
10p loss	117 (19%)	508	9.9999e-06	3.69e-05	2e-05	6.94e-05	3e-05	9.74e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00176	0.00375	9.9999e-06	3.69e-05	0.00031	0.000813	9.9999e-06	3.69e-05
10q loss	117 (19%)	508	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	0.00014	0.000399	9.9999e-06	3.69e-05	0.00053999	0.00131	9.9999e-06	3.69e-05	0.00096999	0.00222	9.9999e-06	3.69e-05
11p loss	118 (19%)	507	9.9999e-06	3.69e-05	3e-05	9.74e-05	3e-05	9.74e-05	0.00070999	0.00166	6.9999e-05	0.000216	0.00026	0.000705	0.00024	0.000662	0.0054999	0.01
11q loss	120 (19%)	505	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
12p loss	95 (15%)	530	9.9999e-06	3.69e-05	0.0058799	0.0107	0.077489	0.102	9.9999e-06	3.69e-05	0.095379	0.123	9.9999e-06	3.69e-05	0.03709	0.0548	0.00098999	0.00225
12q loss	82 (13%)	543	9.9999e-06	3.69e-05	0.066799	0.0896	0.10878	0.138	0.00011	0.000325	0.082489	0.108	0.00027	0.000726	0.17492	0.21	0.081809	0.107
13q loss	102 (16%)	523	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
14q loss	158 (25%)	467	9.9999e-06	3.69e-05	0.01254	0.0211	0.28533	0.324	0.00043	0.00108	0.5884	0.621	9.9999e-06	3.69e-05	0.51426	0.551	0.00177	0.00375
15q loss	149 (24%)	476	9.9999e-06	3.69e-05	0.36521	0.402	0.16176	0.196	0.13372	0.166	0.22739	0.267	0.00198	0.00414	0.34703	0.387	0.23118	0.27
16p loss	156 (25%)	469	9.9999e-06	3.69e-05	0.00305	0.00612	0.235	0.272	9.9999e-06	3.69e-05	0.0087199	0.0153	3e-05	9.74e-05	0.01248	0.0211	9.9999e-06	3.69e-05
16q loss	168 (27%)	457	9.9999e-06	3.69e-05	0.04678	0.0673	0.66649	0.694	9.9999e-06	3.69e-05	0.11011	0.139	9.9999e-06	3.69e-05	0.01418	0.0235	9.9999e-06	3.69e-05
17p loss	236 (38%)	389	9.9999e-06	3.69e-05	0.00045	0.00112	0.0138	0.023	9.9999e-06	3.69e-05	0.0054699	0.01	9.9999e-06	3.69e-05	0.23252	0.271	2e-05	6.94e-05
17q loss	99 (16%)	526	9.9999e-06	3.69e-05	0.02133	0.0334	0.070119	0.0933	0.004	0.00776	0.02908	0.044	0.00034	0.000875	0.39872	0.434	0.0081299	0.0144
18p loss	187 (30%)	438	9.9999e-06	3.69e-05	0.12244	0.154	0.83358	0.845	0.72215	0.741	0.56703	0.601	0.15869	0.193	0.70452	0.727	0.69874	0.723
18q loss	256 (41%)	369	9.9999e-06	3.69e-05	0.02522	0.0387	0.12911	0.161	0.051589	0.0731	0.02068	0.0325	0.00153	0.00329	0.03691	0.0547	0.086639	0.113
19p loss	177 (28%)	448	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05
19q loss	136 (22%)	489	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	3e-05	9.74e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	9.9999e-06	3.69e-05	4e-05	0.000127
20p loss	41 (7%)	584	0.00177	0.00375	0.12453	0.156	0.94221	0.949	0.36832	0.405	0.97627	0.976	0.26418	0.304	0.27224	0.311	0.60684	0.636
20q loss	8 (1%)	617	0.16361	0.198	0.052089	0.0735	0.053459	0.0748	0.15704	0.191	0.0056599	0.0103	0.15713	0.191	0.1298	0.162	0.15315	0.188
21q loss	289 (46%)	336	9.9999e-06	3.69e-05	0.055829	0.0776	0.00069999	0.00165	3e-05	9.74e-05	0.00475	0.00895	0.00046	0.00114	0.0039	0.00759	0.01639	0.0266
22q loss	218 (35%)	407	9.9999e-06	3.69e-05	0.062539	0.0852	0.28019	0.319	2e-05	6.94e-05	0.00419	0.00806	9.9999e-06	3.69e-05	0.14596	0.18	0.00025	0.000686
xp loss	122 (20%)	503	9.9999e-06	3.69e-05	2e-05	6.94e-05	9.9999e-06	3.69e-05	5e-05	0.000158	9.9999e-06	3.69e-05	0.00084999	0.00195	0.0159	0.0261	0.00054999	0.00133
xq loss	96 (15%)	529	9.9999e-06	3.69e-05	0.0062499	0.0112	0.00215	0.00445	0.00104	0.00235	0.00033	0.000852	0.065369	0.0881	0.01693	0.0272	0.0099099	0.0171
