		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q21.2	69 (46%)	81	0.078569	0.136	0.71594	0.766	0.42024	0.496	0.97138	0.978	0.87077	0.901	0.00078999	0.00509	0.080489	0.139	0.93179	0.942	0.67323	0.731	0.071499	0.127
amp_2p24.1	62 (41%)	88	0.00369	0.0149	0.00057999	0.00419	0.26694	0.353	0.17327	0.252	0.01901	0.0468	0.04402	0.0858	0.02932	0.0637	0.03917	0.0787	0.04194	0.0826	0.03176	0.0675
amp_3q27.3	49 (33%)	101	0.076239	0.133	0.10104	0.164	0.0078199	0.0237	0.00175	0.00866	0.0025	0.0111	0.0073699	0.0232	0.00095999	0.00594	0.00241	0.011	0.00099999	0.0061	0.00405	0.0156
amp_4q12	20 (13%)	130	0.0079699	0.0237	0.65449	0.712	0.73991	0.783	0.42687	0.503	0.39374	0.471	0.39228	0.471	0.35247	0.439	0.33305	0.42	0.27836	0.367	0.37771	0.459
amp_7p22.1	126 (84%)	24	0.084669	0.143	0.079409	0.137	0.20072	0.281	0.10153	0.165	0.0286	0.0631	0.10543	0.169	0.0079599	0.0237	0.0111	0.0302	0.0228	0.0533	0.02115	0.05
amp_7q11.22	120 (80%)	30	0.00071999	0.00483	0.03852	0.078	0.00155	0.0079	0.071969	0.127	7.9999e-05	0.00104	0.00253	0.0111	2e-04	0.00181	0.00014	0.00137	0.00014	0.00137	0.00063999	0.00449
amp_8q11.23	122 (81%)	28	5.9999e-05	0.000806	0.0099699	0.0276	0.00016	0.00153	0.00023	0.002	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-05	0.0012	9.9999e-06	0.000261	2e-05	0.000392	9.9999e-06	0.000261
amp_8q23.3	108 (72%)	42	0.18332	0.263	0.00329	0.0138	0.02068	0.0495	0.01516	0.0383	0.00046	0.00343	0.00065999	0.00456	5e-05	0.000734	0.00013	0.00136	0.00031	0.00256	0.00157	0.0079
amp_12p13.33	145 (97%)	5	0.052309	0.0976	0.1023	0.165	0.18466	0.264	0.03637	0.076	0.084069	0.143	0.68537	0.741	0.3733	0.456	0.080789	0.139	0.084789	0.143	0.063939	0.114
amp_12p12.1	147 (98%)	3	0.055859	0.103	0.10759	0.171	0.36918	0.454	0.2317	0.315	0.44535	0.521	0.55897	0.623	0.058519	0.107	0.33544	0.421	0.33016	0.418	0.02466	0.056
amp_12p11.21	144 (96%)	6	0.10901	0.172	0.03853	0.078	0.18674	0.266	0.03606	0.0757	0.03699	0.0766	0.49847	0.573	0.20254	0.282	0.03685	0.0766	0.03853	0.078	0.02244	0.0527
amp_12q15	100 (67%)	50	0.52776	0.595	0.92923	0.942	0.32326	0.411	1	1	0.81509	0.853	0.7376	0.783	0.29542	0.383	0.50927	0.582	0.52427	0.592	0.22556	0.309
amp_16q21	21 (14%)	129	0.00014	0.00137	0.37026	0.454	0.00189	0.00906	0.00124	0.00711	0.00269	0.0117	0.0074399	0.0232	0.00113	0.00672	0.0086199	0.0253	0.00249	0.0111	0.0083499	0.0247
amp_20q11.21	51 (34%)	99	0.00479	0.0176	0.00252	0.0111	0.04768	0.091	0.0071599	0.023	0.003	0.0128	0.03234	0.0685	0.01741	0.0431	0.0071799	0.023	0.0096199	0.0268	0.0087599	0.0256
amp_22q11.21	57 (38%)	93	2e-05	0.000392	0.0069299	0.0227	0.00337	0.014	0.0046	0.0172	0.00011	0.0012	2e-05	0.000392	0.01352	0.0353	0.00018	0.00166	0.00023	0.002	3e-05	0.000504
del_1p36.31	34 (23%)	116	0.28343	0.371	0.73615	0.783	0.12243	0.187	0.04618	0.0886	0.00233	0.0107	0.051619	0.0967	0.00413	0.0156	0.0052299	0.0184	0.00183	0.00896	0.01369	0.0355
del_1p31.1	27 (18%)	123	0.0073799	0.0232	0.59839	0.656	0.19952	0.28	0.17604	0.255	0.2443	0.326	0.72645	0.774	0.0077399	0.0236	0.15255	0.225	0.063769	0.114	0.23793	0.321
del_1q42.12	9 (6%)	141	0.03865	0.078	0.52009	0.592	0.44225	0.518	0.28901	0.376	0.55968	0.623	0.19516	0.275	0.12613	0.192	0.12701	0.193	0.49719	0.573	0.0078799	0.0237
del_2q37.3	15 (10%)	135	0.45914	0.534	0.04198	0.0826	0.04501	0.0871	0.30142	0.389	0.058609	0.107	0.17342	0.252	0.21468	0.296	0.11804	0.184	0.10759	0.171	0.11988	0.186
del_3p26.2	41 (27%)	109	0.76013	0.803	0.02074	0.0495	0.087479	0.147	0.46259	0.537	0.00146	0.00785	0.00353	0.0146	0.0055799	0.0193	0.00408	0.0156	0.00155	0.0079	0.00039	0.00305
del_4q22.2	110 (73%)	40	0.02095	0.0497	0.03328	0.0701	0.68714	0.741	0.60407	0.66	0.0088599	0.0257	0.0015	0.0079	0.00298	0.0128	0.00406	0.0156	0.03042	0.0653	0.0095999	0.0268
del_5p15.2	101 (67%)	49	0.18737	0.266	0.4891	0.566	0.36794	0.454	0.56752	0.626	0.21218	0.293	0.45915	0.534	0.54606	0.613	0.23993	0.323	0.28574	0.373	0.35841	0.444
del_5p14.3	103 (69%)	47	0.2624	0.348	0.31753	0.407	0.095869	0.156	0.77471	0.816	0.18129	0.261	0.29583	0.383	0.64672	0.705	0.15154	0.225	0.19794	0.279	0.17795	0.257
del_5q12.1	105 (70%)	45	0.087189	0.147	0.10355	0.166	0.04187	0.0826	0.37069	0.454	0.03043	0.0653	0.0074099	0.0232	0.38738	0.468	0.02346	0.054	0.02887	0.0634	0.01307	0.0343
del_6p22.3	24 (16%)	126	9.9999e-05	0.0012	0.01657	0.0414	3e-05	0.000504	0.00138	0.00754	0.00406	0.0156	0.0122	0.0328	0.0052199	0.0184	0.00416	0.0156	0.00357	0.0146	0.0075399	0.0233
del_6q26	26 (17%)	124	0.03172	0.0675	0.00077999	0.00509	0.0091999	0.026	0.01999	0.0484	0.0062499	0.0209	0.0013	0.00736	0.01509	0.0383	0.0050999	0.0183	0.0048	0.0176	0.01648	0.0414
del_7q11.22	4 (3%)	146	0.31307	0.402	0.0075699	0.0233	0.02398	0.0547	0.04587	0.0884	0.0090199	0.0257	0.02923	0.0637	0.0052499	0.0184	0.0089799	0.0257	0.01054	0.029	0.01473	0.0378
del_7q36.1	15 (10%)	135	0.051459	0.0967	0.89016	0.92	0.14901	0.222	0.03792	0.078	0.20146	0.281	0.0093499	0.0263	0.16648	0.244	0.83308	0.87	0.38225	0.463	0.0282	0.0625
del_9p24.3	70 (47%)	80	0.090069	0.15	0.89639	0.924	0.56719	0.626	0.5383	0.605	1	1	0.80407	0.844	0.33625	0.421	0.67762	0.734	1	1	0.79572	0.837
del_9p23	66 (44%)	84	0.03855	0.078	0.91508	0.931	0.35688	0.444	0.4114	0.487	0.91016	0.928	0.52251	0.592	0.52352	0.592	0.91005	0.928	0.93199	0.942	0.8367	0.872
del_9q33.3	60 (40%)	90	0.00032	0.00259	0.3905	0.471	0.075139	0.132	0.089119	0.149	0.11674	0.183	0.01453	0.0375	0.57725	0.634	0.056399	0.104	0.16498	0.242	0.18991	0.269
del_9q34.2	60 (40%)	90	3e-04	0.00252	0.28027	0.369	0.078519	0.136	0.088539	0.148	0.093839	0.154	0.00407	0.0156	0.50078	0.574	0.02731	0.0608	0.14185	0.213	0.12018	0.186
del_10p15.3	84 (56%)	66	0.00158	0.0079	0.00045	0.00341	0.00138	0.00754	0.0059499	0.0202	0.00018	0.00166	0.00113	0.00672	0.01998	0.0484	0.00060999	0.00434	4e-04	0.00308	0.00035	0.00279
del_10q23.1	71 (47%)	79	0.0054499	0.019	9.9999e-06	0.000261	0.01301	0.0343	0.02386	0.0547	2e-05	0.000392	0.00027	0.00231	0.01688	0.042	0.00011	0.0012	0.00013	0.00136	0.00011	0.0012
del_10q26.3	76 (51%)	74	0.00053999	0.00397	2e-05	0.000392	0.0070099	0.0227	0.0057999	0.0199	9.9999e-06	0.000261	0.00011	0.0012	0.02067	0.0495	3e-05	0.000504	2e-05	0.000392	5e-05	0.000734
del_11p15.5	94 (63%)	56	0.02529	0.0569	0.25606	0.341	0.56696	0.626	0.49382	0.57	0.00327	0.0138	0.0041	0.0156	0.00499	0.0182	0.0023	0.0107	0.0062799	0.0209	0.0069999	0.0227
del_11p12	99 (66%)	51	0.055589	0.103	0.10942	0.172	0.51059	0.582	0.56756	0.626	0.00147	0.00785	0.0050299	0.0182	0.00206	0.00968	0.00118	0.00693	0.0059699	0.0202	0.00372	0.0149
del_11q12.3	114 (76%)	36	5e-05	0.000734	0.18368	0.263	0.02345	0.054	0.02939	0.0637	5e-05	0.000734	9.9999e-06	0.000261	5.9999e-05	0.000806	9.9999e-06	0.000261	3e-05	0.000504	5.9999e-05	0.000806
del_11q24.2	122 (81%)	28	9.9999e-05	0.0012	0.72409	0.773	0.39566	0.472	0.32145	0.409	0.0089099	0.0257	0.00071999	0.00483	0.01296	0.0343	0.0063399	0.021	0.01507	0.0383	0.00083999	0.00526
del_13q34	113 (75%)	37	0.04365	0.0855	0.55382	0.62	0.32009	0.409	0.15969	0.235	0.083859	0.143	0.002	0.00949	0.12178	0.187	0.13239	0.2	0.21776	0.299	0.00189	0.00906
del_16q23.1	66 (44%)	84	0.00124	0.00711	0.23188	0.315	0.96401	0.972	0.40778	0.484	0.35928	0.444	0.3929	0.471	0.11798	0.184	0.21004	0.291	0.57054	0.628	0.22777	0.311
del_18p11.32	118 (79%)	32	0.6993	0.752	0.12944	0.196	0.90855	0.928	0.85171	0.884	0.04957	0.0939	0.24415	0.326	0.12087	0.186	0.01994	0.0484	0.28251	0.371	0.14588	0.218
del_18q22.2	125 (83%)	25	0.060189	0.109	0.14273	0.214	0.90167	0.927	0.90718	0.928	0.10866	0.172	0.13669	0.206	0.091149	0.151	0.03991	0.0798	0.23761	0.321	0.0248	0.056
del_19q13.41	58 (39%)	92	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261	9.9999e-06	0.000261
del_20p12.1	29 (19%)	121	0.33739	0.422	0.3331	0.42	0.40612	0.483	0.43365	0.51	0.30822	0.397	0.094609	0.155	0.02687	0.0601	0.24151	0.324	0.061639	0.111	0.01251	0.0334
del_xp21.1	28 (19%)	122	0.056989	0.105	0.00081999	0.00521	0.37613	0.458	0.70438	0.756	0.0442	0.0858	0.051369	0.0967	0.04128	0.0822	0.072959	0.128	0.0478	0.091	0.00075999	0.00503
del_xq27.3	30 (20%)	120	0.00135	0.00754	0.00156	0.0079	0.02332	0.054	0.84516	0.879	0.093919	0.154	0.063919	0.114	0.01082	0.0296	0.01189	0.0321	0.10235	0.165	0.059559	0.108
